ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 4, 3, 8, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O2' B 0, 0.102, 0.242, 0.381, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.242 std_dev=0.140
C2' B 0, 0.158, 0.345, 0.531, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.345 std_dev=0.187
C2' A 0, 0.052, 0.241, 0.431, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.241 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.048, 0.241, 0.434, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.241 std_dev=0.193
O2' A 0, 0.084, 0.279, 0.474, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.279 std_dev=0.195
P A 0, 0.184, 0.386, 0.587, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.386 std_dev=0.201
O3' B 0, 0.137, 0.344, 0.551, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.344 std_dev=0.207
C3' B 0, 0.180, 0.387, 0.595, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.387 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.214, 0.431, 0.648, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.431 std_dev=0.217
OP1 A 0, 0.190, 0.413, 0.636, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.413 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.250, 0.509, 0.767, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.509 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.233, 0.505, 0.776, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.263, 0.538, 0.814, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.538 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.090, 0.373, 0.657, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.373 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.290, 0.579, 0.869, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.579 std_dev=0.290
O2 B 0, 0.351, 0.646, 0.940, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.646 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.329, 0.627, 0.925, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.627 std_dev=0.298
C3' A 0, 0.082, 0.385, 0.687, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.385 std_dev=0.302
O5' B 0, 0.266, 0.581, 0.896, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.581 std_dev=0.315
C5' B 0, 0.301, 0.620, 0.939, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.620 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.290, 0.614, 0.938, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.614 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.388, 0.742, 1.097, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.742 std_dev=0.355
C4 B 0, 0.371, 0.738, 1.106, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.738 std_dev=0.368
P B 0, 0.324, 0.705, 1.087, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.705 std_dev=0.381
OP2 B 0, 0.292, 0.687, 1.083, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.687 std_dev=0.396
O3' A 0, 0.137, 0.539, 0.941, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.539 std_dev=0.402
OP1 B 0, 0.366, 0.774, 1.182, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.774 std_dev=0.408
O5' A 0, 0.168, 0.599, 1.029, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.599 std_dev=0.430
N4 B 0, 0.439, 0.872, 1.305, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.872 std_dev=0.433
OP2 A 0, 0.303, 0.799, 1.296, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.799 std_dev=0.497
C5' A 0, 0.147, 0.672, 1.197, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.672 std_dev=0.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.14 0.39 0.09
C2 0.02 0.00 0.09 0.17 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.19 0.01 0.28 0.09 0.28 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.27 0.34 0.09
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.03 0.09 0.08 0.13 0.16 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.36 0.35 0.15
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.25 0.10 0.28 0.05
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.25 0.45 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.30 0.08 0.20 0.07
C5' 0.03 0.17 0.02 0.03 0.13 0.00 0.15 0.00 0.17 0.13 0.18 0.15 0.18 0.15 0.09 0.03 0.06 0.02 0.01 0.34 0.48 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.32 0.08 0.18 0.08
C8 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.23 0.11 0.22 0.07
N1 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.01 0.31 0.08 0.22 0.07
N3 0.02 0.00 0.10 0.16 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.17 0.01 0.24 0.10 0.32 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.34 0.08 0.15 0.11
N7 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.29 0.09 0.16 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.19 0.12 0.31 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.12 0.23 0.37 0.05
O3' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.09 0.02 0.06 0.06 0.09 0.09 0.15 0.17 0.08 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.40 0.41 0.33 0.17
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.20 0.11 0.48 0.18
O5' 0.07 0.28 0.27 0.39 0.25 0.01 0.30 0.01 0.32 0.23 0.31 0.24 0.34 0.29 0.19 0.12 0.40 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.09 0.27 0.36 0.10 0.25 0.08 0.34 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.12 0.23 0.41 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.28 0.34 0.35 0.28 0.45 0.20 0.48 0.18 0.22 0.22 0.32 0.15 0.16 0.31 0.37 0.33 0.48 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.06 0.09 0.15 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05 0.11 0.09 0.06 0.05 0.17 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.09 0.08 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.10 0.07 0.18 0.12 0.15 0.13 0.12
C2 0.09 0.12 0.07 0.04 0.15 0.07 0.14 0.06 0.13 0.11 0.15 0.16 0.14 0.10 0.04 0.10 0.06 0.09 0.09 0.07
C2' 0.10 0.12 0.07 0.06 0.12 0.09 0.12 0.08 0.12 0.11 0.13 0.13 0.13 0.12 0.06 0.14 0.07 0.13 0.11 0.09
C3' 0.12 0.10 0.12 0.13 0.09 0.14 0.10 0.14 0.11 0.10 0.09 0.08 0.11 0.14 0.13 0.14 0.12 0.19 0.15 0.14
C4 0.08 0.08 0.06 0.04 0.08 0.07 0.10 0.06 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.04 0.10 0.06 0.10 0.09 0.07
C4' 0.10 0.12 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.14 0.12 0.08 0.13 0.07 0.13 0.10 0.09
C5 0.07 0.10 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.07 0.10 0.09 0.13 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06
C5' 0.21 0.23 0.17 0.16 0.21 0.22 0.20 0.22 0.20 0.21 0.23 0.20 0.26 0.18 0.17 0.24 0.18 0.19 0.16 0.17
C6 0.08 0.13 0.09 0.06 0.13 0.06 0.12 0.07 0.12 0.10 0.15 0.15 0.16 0.11 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
C8 0.09 0.10 0.06 0.04 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.04 0.11 0.06 0.10 0.10 0.07
N1 0.09 0.14 0.09 0.05 0.16 0.06 0.15 0.06 0.14 0.11 0.16 0.18 0.16 0.11 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08
N3 0.09 0.10 0.07 0.04 0.12 0.08 0.13 0.07 0.13 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.04 0.11 0.06 0.10 0.09 0.07
N6 0.10 0.16 0.11 0.08 0.17 0.09 0.14 0.09 0.13 0.13 0.18 0.18 0.18 0.12 0.07 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11
N7 0.07 0.11 0.06 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.10 0.08 0.14 0.10 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.06
N9 0.10 0.09 0.06 0.05 0.09 0.09 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.04 0.13 0.08 0.11 0.10 0.09
O2' 0.14 0.18 0.08 0.06 0.18 0.12 0.17 0.12 0.16 0.15 0.19 0.19 0.20 0.10 0.05 0.19 0.10 0.13 0.11 0.11
O3' 0.12 0.10 0.14 0.15 0.09 0.15 0.10 0.16 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.15 0.15 0.15 0.14 0.21 0.16 0.16
O4' 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.16 0.12 0.17 0.14 0.13
O5' 0.18 0.23 0.06 0.10 0.17 0.34 0.13 0.35 0.12 0.18 0.22 0.16 0.30 0.17 0.01 0.35 0.24 0.27 0.20 0.25
OP1 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.17 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.07 0.02 0.12 0.20 0.28 0.27 0.25
OP2 0.08 0.06 0.22 0.19 0.11 0.11 0.17 0.20 0.17 0.10 0.07 0.11 0.08 0.23 0.01 0.07 0.29 0.36 0.36 0.33
P 0.04 0.06 0.03 0.01 0.04 0.09 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.04 0.09 0.09 0.00 0.10 0.05 0.12 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.10 0.09 0.07 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.08 0.07 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.11 0.10 0.08 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.09 0.09 0.08
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.08 0.12 0.12 0.09 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.11 0.07
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.03 0.09 0.09 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.03 0.10 0.04 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.06 0.06 0.11 0.10 0.12 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.10 0.09 0.12 0.08 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.07 0.08 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.05 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.08 0.10 0.07 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00