ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52387

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 1, 2, 1, 5, 2, 1, 6, 2, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.012, 0.020, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.031 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.067, 0.141, 0.215, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.141 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.067, 0.156, 0.244, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.156 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.091, 0.194, 0.298, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.194 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.099, 0.220, 0.340, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.220 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.124, 0.250, 0.376, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.250 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.187, 0.375, 0.562, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.375 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.180, 0.376, 0.573, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.376 std_dev=0.197
O3' B 0, 0.198, 0.441, 0.684, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.441 std_dev=0.243
O5' A 0, 0.214, 0.467, 0.721, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.467 std_dev=0.253
O4' B 0, 0.204, 0.459, 0.713, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.459 std_dev=0.255
C4' B 0, 0.216, 0.496, 0.775, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.496 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.226, 0.514, 0.802, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.514 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.220, 0.514, 0.807, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.514 std_dev=0.294
P A 0, 0.289, 0.606, 0.924, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.606 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.236, 0.564, 0.891, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.564 std_dev=0.328
C5' B 0, 0.265, 0.596, 0.926, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.596 std_dev=0.330
O2 B 0, 0.258, 0.591, 0.925, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.591 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.255, 0.595, 0.935, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.595 std_dev=0.340
N1 B 0, 0.254, 0.599, 0.944, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.599 std_dev=0.345
C2 B 0, 0.256, 0.613, 0.969, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.613 std_dev=0.357
C6 B 0, 0.293, 0.699, 1.106, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.699 std_dev=0.407
N3 B 0, 0.270, 0.692, 1.114, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.692 std_dev=0.422
OP1 A 0, 0.303, 0.727, 1.151, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.727 std_dev=0.424
OP2 A 0, 0.352, 0.781, 1.209, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.781 std_dev=0.428
C5 B 0, 0.310, 0.773, 1.237, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.773 std_dev=0.463
C4 B 0, 0.287, 0.751, 1.215, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.751 std_dev=0.464
O5' B 0, 0.230, 0.695, 1.159, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.695 std_dev=0.465
N4 B 0, 0.299, 0.823, 1.346, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.823 std_dev=0.524
P B 0, 0.315, 0.872, 1.429, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.872 std_dev=0.557
OP1 B 0, 0.374, 0.985, 1.595, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.985 std_dev=0.611
OP2 B 0, 0.351, 0.971, 1.591, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.971 std_dev=0.620

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.11 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.12 0.18 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.07 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.12 0.12 0.05
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.14 0.14 0.06
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.07 0.15 0.18 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.14 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.08 0.14 0.20 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.06 0.12 0.14 0.06
N6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.08 0.16 0.20 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.16 0.11 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.12 0.07 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.10 0.07 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.11 0.15 0.11 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.11 0.11 0.07
O5' 0.05 0.08 0.04 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.04 0.11 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.12 0.08 0.11 0.12 0.09 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.12 0.16 0.16 0.12 0.10 0.15 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.18 0.07 0.08 0.12 0.10 0.14 0.14 0.18 0.07 0.20 0.14 0.20 0.11 0.07 0.07 0.11 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.03 0.08 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.19 0.09 0.05 0.17 0.07 0.14 0.09 0.12 0.14 0.20 0.18 0.22 0.13 0.05 0.06 0.12 0.13 0.13 0.11
C2 0.13 0.21 0.11 0.08 0.24 0.10 0.21 0.12 0.18 0.17 0.24 0.26 0.23 0.14 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
C2' 0.14 0.23 0.11 0.05 0.22 0.08 0.18 0.10 0.16 0.18 0.24 0.23 0.26 0.16 0.04 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07
C3' 0.12 0.19 0.10 0.05 0.19 0.07 0.15 0.09 0.13 0.15 0.21 0.19 0.22 0.15 0.05 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06
C4 0.12 0.20 0.09 0.06 0.20 0.09 0.17 0.10 0.15 0.15 0.21 0.21 0.22 0.13 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06
C4' 0.09 0.15 0.07 0.04 0.13 0.06 0.10 0.08 0.09 0.11 0.15 0.14 0.18 0.12 0.04 0.07 0.13 0.13 0.16 0.12
C5 0.12 0.19 0.10 0.08 0.20 0.10 0.18 0.11 0.16 0.16 0.21 0.21 0.21 0.12 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.09
C5' 0.07 0.11 0.06 0.04 0.10 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.05 0.07 0.14 0.12 0.18 0.12
C6 0.13 0.20 0.11 0.09 0.23 0.12 0.21 0.13 0.18 0.17 0.23 0.24 0.21 0.13 0.08 0.09 0.12 0.13 0.13 0.13
C8 0.12 0.18 0.09 0.05 0.16 0.07 0.14 0.09 0.12 0.14 0.18 0.17 0.21 0.13 0.05 0.05 0.08 0.09 0.09 0.07
N1 0.13 0.21 0.12 0.09 0.24 0.12 0.22 0.13 0.19 0.17 0.24 0.26 0.22 0.14 0.08 0.09 0.11 0.12 0.12 0.12
N3 0.12 0.21 0.10 0.06 0.22 0.08 0.19 0.11 0.16 0.16 0.23 0.23 0.23 0.14 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06
N6 0.13 0.19 0.12 0.10 0.23 0.13 0.23 0.14 0.20 0.17 0.22 0.25 0.20 0.13 0.09 0.11 0.17 0.18 0.18 0.18
N7 0.12 0.18 0.10 0.08 0.17 0.10 0.16 0.11 0.14 0.15 0.19 0.18 0.21 0.13 0.06 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08
N9 0.12 0.19 0.09 0.05 0.18 0.07 0.15 0.09 0.13 0.14 0.20 0.19 0.22 0.13 0.05 0.05 0.09 0.10 0.09 0.08
O2' 0.13 0.23 0.09 0.04 0.22 0.07 0.17 0.09 0.14 0.17 0.24 0.23 0.26 0.15 0.04 0.07 0.11 0.14 0.13 0.11
O3' 0.13 0.20 0.11 0.07 0.19 0.08 0.16 0.09 0.14 0.16 0.21 0.20 0.22 0.15 0.06 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07
O4' 0.10 0.16 0.07 0.05 0.14 0.07 0.11 0.10 0.10 0.12 0.16 0.14 0.19 0.12 0.05 0.07 0.16 0.16 0.17 0.14
O5' 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.04 0.13 0.04 0.05 0.07 0.06 0.09 0.11 0.02 0.06 0.08 0.10 0.11 0.08
OP1 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.16 0.07 0.24 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.14 0.02 0.10 0.12 0.15 0.16 0.12
OP2 0.18 0.25 0.17 0.06 0.22 0.05 0.17 0.10 0.16 0.20 0.25 0.23 0.28 0.26 0.02 0.12 0.10 0.21 0.09 0.11
P 0.06 0.09 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.12 0.05 0.06 0.09 0.07 0.11 0.13 0.00 0.04 0.06 0.12 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.20 0.17 0.09 0.14
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.22 0.18 0.12 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.21 0.20 0.11 0.16
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.24 0.20 0.17 0.19
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.25 0.20 0.17 0.19
C5' 0.08 0.16 0.07 0.01 0.20 0.00 0.21 0.00 0.20 0.16 0.18 0.20 0.13 0.06 0.02 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.25 0.19 0.14 0.18
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.22 0.17 0.11 0.16
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.23 0.19 0.15 0.18
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.25 0.21 0.20 0.20
O2 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.07 0.20 0.17 0.11 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.07 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.05 0.01 0.21 0.22 0.14 0.18
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.07 0.04 0.08 0.10 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.16 0.16 0.07 0.13
O5' 0.20 0.22 0.21 0.08 0.24 0.01 0.25 0.01 0.25 0.22 0.23 0.25 0.20 0.21 0.04 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.18 0.20 0.11 0.20 0.06 0.20 0.13 0.19 0.17 0.19 0.21 0.17 0.22 0.08 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.12 0.11 0.10 0.17 0.12 0.17 0.20 0.14 0.11 0.15 0.20 0.11 0.14 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.16 0.16 0.06 0.19 0.01 0.19 0.01 0.18 0.16 0.18 0.20 0.15 0.18 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00