ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 17, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.017, 0.043, 0.069, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.043 std_dev=0.026
C2' B 0, 0.122, 0.315, 0.508, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.315 std_dev=0.193
O2' B 0, -0.027, 0.275, 0.576, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.275 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.018, 0.410, 0.801, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.410 std_dev=0.391
OP2 B 0, 0.196, 0.608, 1.019, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.608 std_dev=0.412
O5' B 0, 0.104, 0.580, 1.055, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.580 std_dev=0.476
O4' A 0, -0.233, 0.272, 0.777, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.272 std_dev=0.505
C1' B 0, -0.093, 0.436, 0.965, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.436 std_dev=0.529
C4' A 0, -0.102, 0.450, 1.003, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.450 std_dev=0.552
C2' A 0, -0.299, 0.259, 0.817, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.259 std_dev=0.558
C4' B 0, -0.129, 0.469, 1.068, 3.009 max_d=3.009 avg_d=0.469 std_dev=0.598
O4' B 0, -0.111, 0.496, 1.102, 3.363 max_d=3.363 avg_d=0.496 std_dev=0.606
P B 0, 0.054, 0.664, 1.274, 3.046 max_d=3.046 avg_d=0.664 std_dev=0.610
C3' A 0, -0.177, 0.467, 1.110, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.467 std_dev=0.644
O3' A 0, -0.205, 0.589, 1.383, 4.435 max_d=4.435 avg_d=0.589 std_dev=0.794
C5' B 0, -0.246, 0.576, 1.397, 4.234 max_d=4.234 avg_d=0.576 std_dev=0.821
O2' A 0, -0.393, 0.442, 1.278, 3.759 max_d=3.759 avg_d=0.442 std_dev=0.835
C6 B 0, -0.232, 0.625, 1.483, 4.812 max_d=4.812 avg_d=0.625 std_dev=0.858
N1 B 0, -0.295, 0.570, 1.436, 4.856 max_d=4.856 avg_d=0.570 std_dev=0.865
O3' B 0, -0.321, 0.549, 1.418, 4.237 max_d=4.237 avg_d=0.549 std_dev=0.870
C5' A 0, -0.276, 0.768, 1.812, 4.792 max_d=4.792 avg_d=0.768 std_dev=1.044
OP1 B 0, -0.277, 0.795, 1.866, 5.756 max_d=5.756 avg_d=0.795 std_dev=1.071
C5 B 0, -0.473, 0.804, 2.082, 7.073 max_d=7.073 avg_d=0.804 std_dev=1.278
C2 B 0, -0.563, 0.726, 2.015, 7.139 max_d=7.139 avg_d=0.726 std_dev=1.289
O2 B 0, -0.586, 0.730, 2.046, 7.241 max_d=7.241 avg_d=0.730 std_dev=1.316
O5' A 0, -0.502, 0.867, 2.236, 6.788 max_d=6.788 avg_d=0.867 std_dev=1.369
N3 B 0, -0.786, 0.909, 2.604, 9.345 max_d=9.345 avg_d=0.909 std_dev=1.695
C4 B 0, -0.765, 0.938, 2.640, 9.380 max_d=9.380 avg_d=0.938 std_dev=1.702
OP1 A 0, -0.290, 1.455, 3.200, 8.381 max_d=8.381 avg_d=1.455 std_dev=1.745
P A 0, -0.600, 1.281, 3.162, 9.172 max_d=9.172 avg_d=1.281 std_dev=1.881
N4 B 0, -1.020, 1.122, 3.264, 11.738 max_d=11.738 avg_d=1.122 std_dev=2.142
OP2 A 0, -0.675, 1.620, 3.916, 11.531 max_d=11.531 avg_d=1.620 std_dev=2.295

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.06 0.15 0.15 0.05
C2 0.03 0.00 0.12 0.23 0.01 0.32 0.01 0.49 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.10 0.30 0.87 0.91 1.27 1.08
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.09 0.04 0.11 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.20 0.22 0.29 0.16
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.12 0.19 0.17 0.23 0.12 0.17 0.08 0.02 0.00 0.02 0.17 0.15 0.32 0.13
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.07 0.16 0.41 0.37 0.59 0.47
C4' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.22 0.23 0.31 0.06 0.16 0.04 0.12 0.02 0.00 0.01 0.20 0.15 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.12 0.07 0.25 0.28 0.45 0.34
C5' 0.05 0.49 0.11 0.02 0.15 0.01 0.08 0.00 0.13 0.40 0.35 0.45 0.09 0.32 0.11 0.04 0.11 0.02 0.00 0.14 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.31 0.10 0.14 0.44 0.51 0.72 0.60
C8 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.22 0.01 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.19 0.17 0.28 0.29 0.29 0.26
N1 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.23 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.07 0.24 0.71 0.81 1.10 0.93
N3 0.03 0.00 0.11 0.23 0.01 0.31 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.10 0.29 0.78 0.72 1.05 0.89
N6 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.13 0.09 0.34 0.45 0.62 0.50
N7 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.16 0.00 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.19 0.09 0.17 0.15 0.24 0.11
N9 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.09 0.11 0.22 0.09
O2' 0.02 0.49 0.00 0.02 0.27 0.12 0.22 0.04 0.31 0.11 0.42 0.46 0.28 0.11 0.09 0.00 0.04 0.08 0.15 0.36 0.25 0.20
O3' 0.13 0.10 0.01 0.00 0.07 0.02 0.12 0.11 0.10 0.19 0.07 0.10 0.13 0.19 0.11 0.04 0.00 0.10 0.15 0.21 0.38 0.13
O4' 0.00 0.30 0.01 0.02 0.16 0.00 0.07 0.02 0.14 0.17 0.24 0.29 0.09 0.09 0.01 0.08 0.10 0.00 0.14 0.22 0.16 0.16
O5' 0.06 0.87 0.20 0.17 0.41 0.01 0.25 0.00 0.44 0.28 0.71 0.78 0.34 0.17 0.09 0.15 0.15 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.91 0.22 0.15 0.37 0.20 0.28 0.14 0.51 0.29 0.81 0.72 0.45 0.15 0.11 0.36 0.21 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 1.27 0.29 0.32 0.59 0.15 0.45 0.14 0.72 0.29 1.10 1.05 0.62 0.24 0.22 0.25 0.38 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 1.08 0.16 0.13 0.47 0.08 0.34 0.01 0.60 0.26 0.93 0.89 0.50 0.11 0.09 0.20 0.13 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.24 0.12 0.22 0.19 0.27 0.13 0.29 0.13 0.18 0.24 0.21 0.32 0.13 0.38 0.28 0.25 0.30 0.22 0.26
C2 0.31 0.53 0.16 0.23 0.50 0.25 0.38 0.28 0.32 0.37 0.58 0.56 0.62 0.20 0.47 0.31 0.22 0.28 0.19 0.23
C2' 0.39 0.32 0.23 0.34 0.27 0.50 0.26 0.54 0.29 0.31 0.31 0.27 0.38 0.23 0.45 0.53 0.46 0.54 0.42 0.49
C3' 0.18 0.44 0.28 0.40 0.53 0.33 0.44 0.40 0.35 0.32 0.54 0.61 0.46 0.21 0.58 0.24 0.39 0.44 0.41 0.40
C4 0.31 0.50 0.16 0.22 0.46 0.24 0.35 0.25 0.30 0.36 0.54 0.50 0.60 0.20 0.44 0.30 0.21 0.25 0.18 0.21
C4' 0.49 0.73 0.55 0.60 0.81 0.43 0.75 0.46 0.67 0.64 0.81 0.86 0.73 0.44 0.72 0.38 0.55 0.50 0.62 0.55
C5 0.35 0.68 0.20 0.23 0.68 0.24 0.51 0.27 0.42 0.48 0.77 0.75 0.78 0.23 0.48 0.28 0.21 0.29 0.17 0.21
C5' 0.90 1.10 0.91 0.97 1.19 0.80 1.16 0.82 1.08 1.04 1.17 1.23 1.08 0.75 1.02 0.81 0.95 0.86 1.05 0.95
C6 0.36 0.74 0.20 0.24 0.77 0.26 0.58 0.30 0.46 0.52 0.86 0.87 0.84 0.23 0.52 0.29 0.22 0.34 0.17 0.23
C8 0.32 0.57 0.19 0.20 0.53 0.21 0.42 0.23 0.35 0.41 0.61 0.57 0.68 0.22 0.42 0.26 0.19 0.23 0.16 0.18
N1 0.35 0.66 0.18 0.24 0.68 0.25 0.51 0.29 0.41 0.46 0.76 0.76 0.75 0.22 0.50 0.30 0.22 0.31 0.18 0.22
N3 0.29 0.43 0.15 0.23 0.38 0.26 0.28 0.27 0.25 0.31 0.46 0.41 0.52 0.19 0.44 0.31 0.23 0.26 0.20 0.23
N6 0.37 0.86 0.21 0.26 0.94 0.29 0.70 0.37 0.54 0.58 1.03 1.07 0.94 0.24 0.57 0.27 0.26 0.43 0.18 0.27
N7 0.37 0.76 0.22 0.22 0.75 0.24 0.58 0.29 0.47 0.53 0.85 0.82 0.87 0.23 0.48 0.27 0.21 0.30 0.16 0.21
N9 0.28 0.41 0.15 0.21 0.36 0.23 0.27 0.23 0.25 0.30 0.43 0.37 0.51 0.19 0.40 0.28 0.20 0.23 0.18 0.21
O2' 0.77 0.58 0.56 0.63 0.51 0.90 0.57 0.95 0.65 0.65 0.52 0.47 0.59 0.55 0.59 0.95 0.84 0.94 0.79 0.89
O3' 0.26 0.56 0.31 0.39 0.69 0.38 0.58 0.48 0.45 0.41 0.70 0.79 0.56 0.21 0.57 0.33 0.42 0.52 0.45 0.46
O4' 0.40 0.47 0.49 0.56 0.53 0.44 0.53 0.46 0.51 0.47 0.50 0.55 0.43 0.46 0.66 0.37 0.52 0.47 0.56 0.51
O5' 1.02 1.11 1.12 1.27 1.25 1.08 1.28 1.13 1.24 1.13 1.18 1.28 1.01 0.90 1.35 1.00 1.26 1.20 1.35 1.26
OP1 1.31 1.49 1.28 1.53 1.68 1.42 1.69 1.55 1.61 1.48 1.61 1.74 1.41 1.02 1.65 1.36 1.68 1.69 1.79 1.72
OP2 1.35 1.42 1.43 1.76 1.71 1.55 1.83 1.72 1.75 1.53 1.54 1.76 1.23 1.06 1.82 1.41 1.93 1.96 2.11 1.98
P 1.33 1.38 1.38 1.67 1.57 1.51 1.65 1.62 1.61 1.45 1.46 1.60 1.25 1.09 1.79 1.39 1.76 1.75 1.86 1.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.13 0.02 0.10 0.10 0.16 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.18 0.00 0.16 0.02 0.13 0.10 0.16 0.19 0.10 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.22 0.01 0.18 0.19 0.23 0.17
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.19 0.20 0.23 0.18
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.12 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.15 0.15 0.17 0.13
N1 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.09 0.10 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.16 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.02 0.14 0.15 0.20 0.14
N4 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.25 0.02 0.20 0.22 0.27 0.20
O2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.03 0.07 0.07 0.15 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.04 0.06 0.05 0.11 0.06 0.05
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.22 0.02 0.20 0.03 0.15 0.10 0.19 0.25 0.09 0.04 0.00 0.01 0.07 0.14 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.05
O5' 0.03 0.10 0.04 0.05 0.18 0.01 0.19 0.01 0.15 0.09 0.14 0.20 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.10 0.06 0.08 0.19 0.07 0.20 0.08 0.15 0.10 0.15 0.22 0.07 0.11 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.16 0.09 0.05 0.23 0.03 0.23 0.02 0.17 0.14 0.20 0.27 0.15 0.06 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.05 0.05 0.17 0.01 0.18 0.01 0.13 0.09 0.14 0.20 0.08 0.05 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00