Doublet Group distance statistics: 52389

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 6, 10, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5	A	0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4	A	0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7	A	0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N6	A	0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C8	A	0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2	A	0, -0.006, 0.008, 0.022, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.008 std_dev=0.014
N3	A	0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1'	A	0, -0.006, 0.011, 0.028, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.011 std_dev=0.017
O2'	B	0, 0.115, 0.246, 0.376, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.246 std_dev=0.130
C2'	A	0, -0.062, 0.162, 0.387, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.162 std_dev=0.224
O4'	A	0, -0.094, 0.137, 0.368, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.137 std_dev=0.231
C2'	B	0, 0.012, 0.281, 0.551, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.281 std_dev=0.270
O5'	A	0, -0.039, 0.297, 0.633, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.297 std_dev=0.336
C3'	A	0, -0.160, 0.211, 0.583, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.211 std_dev=0.372
O3'	B	0, -0.055, 0.331, 0.718, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.331 std_dev=0.386
C3'	B	0, -0.093, 0.315, 0.723, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.315 std_dev=0.408
O2'	A	0, -0.134, 0.275, 0.684, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.275 std_dev=0.409
C4'	A	0, -0.229, 0.194, 0.618, 2.313 max_d=2.313 avg_d=0.194 std_dev=0.424
C1'	B	0, -0.135, 0.388, 0.912, 2.905 max_d=2.905 avg_d=0.388 std_dev=0.523
O3'	A	0, -0.267, 0.257, 0.781, 2.897 max_d=2.897 avg_d=0.257 std_dev=0.524
C6	B	0, -0.084, 0.462, 1.008, 3.064 max_d=3.064 avg_d=0.462 std_dev=0.546
C4'	B	0, -0.160, 0.394, 0.949, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.394 std_dev=0.555
P	A	0, -0.196, 0.369, 0.934, 3.112 max_d=3.112 avg_d=0.369 std_dev=0.565
C5'	A	0, -0.273, 0.321, 0.914, 3.232 max_d=3.232 avg_d=0.321 std_dev=0.593
N1	B	0, -0.170, 0.435, 1.039, 3.360 max_d=3.360 avg_d=0.435 std_dev=0.604
O4'	B	0, -0.175, 0.434, 1.043, 3.350 max_d=3.350 avg_d=0.434 std_dev=0.609
C5	B	0, -0.102, 0.507, 1.117, 3.426 max_d=3.426 avg_d=0.507 std_dev=0.610
C5'	B	0, -0.234, 0.420, 1.074, 3.580 max_d=3.580 avg_d=0.420 std_dev=0.654
OP2	A	0, -0.342, 0.419, 1.179, 4.197 max_d=4.197 avg_d=0.419 std_dev=0.761
O5'	B	0, -0.366, 0.418, 1.201, 4.316 max_d=4.316 avg_d=0.418 std_dev=0.783
OP1	A	0, -0.383, 0.472, 1.326, 4.694 max_d=4.694 avg_d=0.472 std_dev=0.854
C4	B	0, -0.315, 0.559, 1.432, 4.845 max_d=4.845 avg_d=0.559 std_dev=0.873
C2	B	0, -0.349, 0.525, 1.399, 4.779 max_d=4.779 avg_d=0.525 std_dev=0.874
O2	B	0, -0.416, 0.602, 1.619, 5.532 max_d=5.532 avg_d=0.602 std_dev=1.018
N3	B	0, -0.444, 0.589, 1.623, 5.652 max_d=5.652 avg_d=0.589 std_dev=1.033
N4	B	0, -0.410, 0.632, 1.673, 5.758 max_d=5.758 avg_d=0.632 std_dev=1.041
P	B	0, -0.775, 0.491, 1.757, 6.898 max_d=6.898 avg_d=0.491 std_dev=1.266
OP1	B	0, -0.814, 0.526, 1.867, 7.330 max_d=7.330 avg_d=0.526 std_dev=1.341
OP2	B	0, -0.850, 0.554, 1.959, 7.655 max_d=7.655 avg_d=0.554 std_dev=1.404

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.14	0.00	0.03	0.03	0.19	0.06
C2	0.04	0.00	0.14	0.24	0.01	0.10	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.20	0.10	0.05	0.10	0.29	0.53	0.28
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.08	0.01	0.03	0.08	0.06	0.08	0.11	0.15	0.04	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.27	0.22	0.15	0.22
C3'	0.01	0.24	0.00	0.00	0.20	0.00	0.21	0.01	0.24	0.11	0.25	0.21	0.24	0.17	0.12	0.01	0.01	0.01	0.16	0.14	0.09	0.11
C4	0.02	0.01	0.08	0.20	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.06	0.03	0.11	0.24	0.49	0.26
C4'	0.00	0.10	0.01	0.00	0.09	0.00	0.12	0.00	0.13	0.08	0.12	0.08	0.14	0.11	0.07	0.11	0.02	0.00	0.02	0.07	0.13	0.01
C5	0.01	0.00	0.03	0.21	0.00	0.12	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.09	0.02	0.18	0.36	0.62	0.36
C5'	0.01	0.18	0.08	0.01	0.16	0.00	0.21	0.00	0.24	0.14	0.22	0.14	0.26	0.20	0.11	0.03	0.06	0.01	0.01	0.06	0.13	0.01
C6	0.02	0.00	0.06	0.24	0.00	0.13	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.12	0.03	0.19	0.42	0.67	0.40
C8	0.01	0.01	0.08	0.11	0.00	0.08	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.15	0.03	0.02	0.17	0.24	0.48	0.28
N1	0.03	0.00	0.11	0.25	0.01	0.12	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.12	0.04	0.15	0.38	0.62	0.36
N3	0.03	0.00	0.15	0.21	0.00	0.08	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.17	0.07	0.05	0.07	0.21	0.44	0.22
N6	0.01	0.00	0.04	0.24	0.00	0.14	0.00	0.26	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.23	0.14	0.02	0.22	0.50	0.74	0.46
N7	0.00	0.00	0.05	0.17	0.00	0.11	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.07	0.02	0.21	0.37	0.63	0.39
N9	0.00	0.01	0.01	0.12	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.12	0.03	0.01	0.09	0.16	0.38	0.19
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.17	0.11	0.20	0.03	0.22	0.15	0.22	0.17	0.23	0.19	0.12	0.00	0.04	0.11	0.18	0.18	0.21	0.20
O3'	0.14	0.10	0.02	0.01	0.06	0.02	0.09	0.06	0.12	0.03	0.12	0.07	0.14	0.07	0.03	0.04	0.00	0.09	0.10	0.07	0.12	0.05
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.05	0.02	0.02	0.01	0.11	0.09	0.00	0.08	0.03	0.22	0.10
O5'	0.03	0.10	0.27	0.16	0.11	0.02	0.18	0.01	0.19	0.17	0.15	0.07	0.22	0.21	0.09	0.18	0.10	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.03	0.29	0.22	0.14	0.24	0.07	0.36	0.06	0.42	0.24	0.38	0.21	0.50	0.37	0.16	0.18	0.07	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00
OP2	0.19	0.53	0.15	0.09	0.49	0.13	0.62	0.13	0.67	0.48	0.62	0.44	0.74	0.63	0.38	0.21	0.12	0.22	0.01	0.03	0.00	0.00
P	0.06	0.28	0.22	0.11	0.26	0.01	0.36	0.01	0.40	0.28	0.36	0.22	0.46	0.39	0.19	0.20	0.05	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.38	0.06	0.15	0.24	0.15	0.10	0.29	0.10	0.14	0.40	0.28	0.57	0.11	0.08	0.07	0.53	0.68	0.74	0.80
C2	0.23	0.73	0.12	0.09	0.62	0.09	0.32	0.22	0.23	0.38	0.83	0.71	0.92	0.11	0.15	0.14	0.48	0.96	0.89	0.91
C2'	0.19	0.26	0.21	0.39	0.16	0.43	0.12	0.58	0.21	0.08	0.32	0.23	0.44	0.25	0.28	0.30	0.79	0.92	1.05	1.08
C3'	0.12	0.28	0.11	0.23	0.24	0.26	0.08	0.35	0.09	0.08	0.35	0.31	0.41	0.19	0.16	0.19	0.53	0.64	0.75	0.79
C4	0.18	0.61	0.10	0.08	0.45	0.09	0.21	0.23	0.16	0.30	0.66	0.51	0.82	0.12	0.14	0.10	0.50	0.86	0.81	0.87
C4'	0.14	0.17	0.09	0.17	0.11	0.17	0.09	0.22	0.14	0.08	0.20	0.15	0.27	0.19	0.11	0.15	0.42	0.48	0.52	0.61
C5	0.24	0.68	0.14	0.13	0.51	0.10	0.26	0.16	0.20	0.36	0.73	0.55	0.88	0.11	0.21	0.16	0.44	0.88	0.76	0.83
C5'	0.22	0.14	0.13	0.17	0.11	0.18	0.11	0.16	0.15	0.14	0.15	0.13	0.20	0.25	0.12	0.20	0.34	0.35	0.38	0.48
C6	0.29	0.77	0.16	0.16	0.65	0.13	0.36	0.14	0.27	0.44	0.88	0.73	0.95	0.10	0.24	0.21	0.40	0.95	0.79	0.82
C8	0.13	0.44	0.09	0.08	0.25	0.08	0.11	0.20	0.11	0.19	0.43	0.27	0.64	0.12	0.15	0.08	0.48	0.71	0.66	0.76
N1	0.28	0.78	0.15	0.13	0.69	0.11	0.38	0.17	0.28	0.44	0.90	0.79	0.96	0.11	0.21	0.19	0.42	0.98	0.85	0.87
N3	0.19	0.64	0.10	0.08	0.51	0.10	0.25	0.25	0.17	0.32	0.72	0.59	0.85	0.12	0.12	0.10	0.51	0.90	0.88	0.91
N6	0.35	0.82	0.19	0.23	0.74	0.19	0.43	0.11	0.34	0.49	0.95	0.81	0.95	0.10	0.29	0.28	0.32	0.94	0.71	0.74
N7	0.22	0.58	0.14	0.15	0.38	0.11	0.18	0.14	0.16	0.31	0.58	0.39	0.78	0.11	0.23	0.16	0.43	0.80	0.66	0.76
N9	0.12	0.47	0.08	0.09	0.31	0.10	0.13	0.25	0.11	0.20	0.49	0.35	0.68	0.12	0.10	0.07	0.51	0.76	0.75	0.82
O2'	0.16	0.28	0.19	0.38	0.13	0.43	0.17	0.64	0.24	0.08	0.32	0.19	0.49	0.17	0.22	0.29	0.87	1.04	1.20	1.20
O3'	0.13	0.25	0.11	0.21	0.20	0.23	0.08	0.30	0.11	0.07	0.31	0.27	0.37	0.22	0.11	0.18	0.51	0.67	0.73	0.79
O4'	0.09	0.21	0.08	0.14	0.12	0.12	0.12	0.20	0.14	0.09	0.22	0.14	0.36	0.14	0.12	0.10	0.42	0.49	0.52	0.62
O5'	0.12	0.17	0.08	0.13	0.13	0.14	0.07	0.17	0.09	0.08	0.19	0.16	0.25	0.13	0.02	0.12	0.33	0.30	0.38	0.47
OP1	0.16	0.08	0.04	0.02	0.10	0.06	0.08	0.14	0.03	0.06	0.09	0.15	0.14	0.11	0.01	0.14	0.05	0.11	0.11	0.05
OP2	0.06	0.39	0.14	0.04	0.43	0.21	0.31	0.21	0.20	0.23	0.48	0.50	0.41	0.11	0.02	0.14	0.23	0.21	0.42	0.38
P	0.09	0.14	0.06	0.02	0.17	0.11	0.10	0.07	0.04	0.05	0.19	0.21	0.16	0.07	0.01	0.12	0.16	0.09	0.20	0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.15	0.00	0.07	0.20	0.03	0.04
C2	0.02	0.00	0.07	0.11	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.12	0.06	0.05	0.05	0.08	0.04	0.05
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.00	0.10	0.09	0.12	0.03	0.05	0.04	0.15	0.00	0.01	0.00	0.27	0.14	0.20	0.27
C3'	0.02	0.11	0.00	0.00	0.10	0.00	0.06	0.02	0.04	0.05	0.12	0.11	0.12	0.01	0.01	0.00	0.15	0.05	0.14	0.19
C4	0.02	0.00	0.04	0.10	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.18	0.03	0.03	0.05	0.12	0.08	0.07
C4'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.04	0.04	0.02	0.11	0.04	0.00	0.02	0.22	0.05	0.04
C5	0.02	0.01	0.10	0.06	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.19	0.04	0.03	0.07	0.15	0.10	0.09
C5'	0.03	0.04	0.09	0.02	0.06	0.01	0.06	0.00	0.04	0.03	0.06	0.07	0.03	0.02	0.03	0.01	0.01	0.08	0.03	0.01
C6	0.01	0.01	0.12	0.04	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.07	0.03	0.06	0.11	0.08	0.08
N1	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.08	0.02	0.05	0.10	0.04	0.04
N3	0.02	0.00	0.05	0.12	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.16	0.04	0.04	0.04	0.08	0.06	0.05
N4	0.02	0.00	0.04	0.11	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.20	0.03	0.03	0.06	0.17	0.10	0.08
O2	0.03	0.00	0.15	0.12	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.13	0.09	0.08	0.06	0.11	0.05	0.06
O2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.18	0.11	0.19	0.02	0.16	0.11	0.16	0.20	0.13	0.00	0.03	0.09	0.19	0.10	0.10	0.19
O3'	0.15	0.06	0.01	0.01	0.03	0.04	0.04	0.03	0.07	0.08	0.04	0.03	0.09	0.03	0.00	0.12	0.11	0.07	0.06	0.12
O4'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.04	0.03	0.08	0.09	0.12	0.00	0.06	0.38	0.14	0.19
O5'	0.07	0.05	0.27	0.15	0.05	0.02	0.07	0.01	0.06	0.05	0.04	0.06	0.06	0.19	0.11	0.06	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.20	0.08	0.14	0.05	0.12	0.22	0.15	0.08	0.11	0.10	0.08	0.17	0.11	0.10	0.07	0.38	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.03	0.04	0.20	0.14	0.08	0.05	0.10	0.03	0.08	0.04	0.06	0.10	0.05	0.10	0.06	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.05	0.27	0.19	0.07	0.04	0.09	0.01	0.08	0.04	0.05	0.08	0.06	0.19	0.12	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00