ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 5239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 14, 5, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 6, 1, 14, 4, 3, 0, 0, 16,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.100, 0.632, 1.164, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.632 std_dev=0.532
N9 B 0, 0.242, 0.793, 1.344, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.793 std_dev=0.551
C2 A 0, 0.107, 0.686, 1.266, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.686 std_dev=0.579
C4 B 0, 0.002, 0.622, 1.243, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.622 std_dev=0.621
N1 A 0, -0.035, 0.710, 1.455, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.710 std_dev=0.745
C1' A 0, 0.180, 0.956, 1.732, 2.792 max_d=2.792 avg_d=0.956 std_dev=0.776
O2 A 0, 0.239, 1.064, 1.890, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.064 std_dev=0.826
C5 B 0, 0.243, 1.096, 1.950, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.096 std_dev=0.853
C4 A 0, -0.040, 0.866, 1.771, 3.421 max_d=3.421 avg_d=0.866 std_dev=0.905
O4' A 0, 0.197, 1.180, 2.163, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.180 std_dev=0.983
C8 B 0, 0.221, 1.204, 2.188, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.204 std_dev=0.984
O4 A 0, 0.058, 1.049, 2.040, 4.227 max_d=4.227 avg_d=1.049 std_dev=0.991
C2' B 0, 0.536, 1.548, 2.559, 3.624 max_d=3.624 avg_d=1.548 std_dev=1.012
C1' B 0, 0.224, 1.277, 2.331, 3.159 max_d=3.159 avg_d=1.277 std_dev=1.053
N3 B 0, 0.106, 1.166, 2.225, 2.875 max_d=2.875 avg_d=1.166 std_dev=1.060
O2' B 0, 0.334, 1.451, 2.568, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.451 std_dev=1.117
C6 A 0, -0.141, 0.991, 2.123, 3.500 max_d=3.500 avg_d=0.991 std_dev=1.132
C2' A 0, 0.136, 1.306, 2.475, 4.351 max_d=4.351 avg_d=1.306 std_dev=1.170
C4' A 0, 0.280, 1.493, 2.707, 3.929 max_d=3.929 avg_d=1.493 std_dev=1.213
C6 B 0, 0.331, 1.575, 2.819, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.575 std_dev=1.244
N7 B 0, 0.201, 1.447, 2.693, 4.271 max_d=4.271 avg_d=1.447 std_dev=1.246
C5 A 0, -0.191, 1.114, 2.420, 4.523 max_d=4.523 avg_d=1.114 std_dev=1.305
C2 B 0, 0.017, 1.409, 2.801, 3.915 max_d=3.915 avg_d=1.409 std_dev=1.392
C3' A 0, 0.138, 1.566, 2.994, 4.776 max_d=4.776 avg_d=1.566 std_dev=1.428
O2' A 0, 0.394, 1.830, 3.266, 6.114 max_d=6.114 avg_d=1.830 std_dev=1.436
N1 B 0, 0.028, 1.512, 2.996, 4.359 max_d=4.359 avg_d=1.512 std_dev=1.484
C5' A 0, 0.283, 1.897, 3.510, 5.153 max_d=5.153 avg_d=1.897 std_dev=1.614
N6 B 0, 0.726, 2.388, 4.050, 4.872 max_d=4.872 avg_d=2.388 std_dev=1.662
O5' A 0, 0.198, 1.991, 3.784, 6.350 max_d=6.350 avg_d=1.991 std_dev=1.793
O3' A 0, 0.255, 2.118, 3.981, 7.028 max_d=7.028 avg_d=2.118 std_dev=1.863
C3' B 0, 0.580, 2.472, 4.365, 6.118 max_d=6.118 avg_d=2.472 std_dev=1.893
O3' B 0, 0.853, 2.922, 4.990, 7.577 max_d=7.577 avg_d=2.922 std_dev=2.069
O4' B 0, 0.027, 2.131, 4.235, 5.857 max_d=5.857 avg_d=2.131 std_dev=2.104
P A 0, 0.107, 2.479, 4.851, 9.394 max_d=9.394 avg_d=2.479 std_dev=2.372
OP2 A 0, 0.043, 2.617, 5.192, 10.458 max_d=10.458 avg_d=2.617 std_dev=2.575
C4' B 0, 0.063, 2.649, 5.235, 7.228 max_d=7.228 avg_d=2.649 std_dev=2.586
OP1 A 0, 0.281, 3.126, 5.971, 10.967 max_d=10.967 avg_d=3.126 std_dev=2.845
C5' B 0, -0.384, 3.266, 6.916, 9.653 max_d=9.653 avg_d=3.266 std_dev=3.650
O5' B 0, -0.108, 3.601, 7.311, 10.155 max_d=10.155 avg_d=3.601 std_dev=3.710
OP2 B 0, 0.529, 4.996, 9.463, 12.492 max_d=12.492 avg_d=4.996 std_dev=4.467
P B 0, -0.061, 4.594, 9.249, 12.593 max_d=12.593 avg_d=4.594 std_dev=4.655
OP1 B 0, -0.457, 4.893, 10.243, 14.403 max_d=14.403 avg_d=4.893 std_dev=5.350

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.29 0.03 0.01 0.17 0.49 0.26 0.18
C2 0.03 0.00 0.12 0.17 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.19 0.03 0.08 0.22 0.71 0.51 0.22
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.20 0.10 0.02 0.10 0.20 0.00 0.03 0.05 0.02 0.32 0.57 0.35 0.42
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.32 0.01 0.37 0.02 0.34 0.19 0.24 0.14 0.02 0.01 0.35 0.02 0.21 0.25 0.28 0.21
C4 0.02 0.02 0.04 0.32 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.29 0.14 0.01 0.03 0.34 0.82 0.83 0.31
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.09 0.26 0.03 0.12 0.01 0.02 0.15 0.15 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.37 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.24 0.01 0.05 0.38 0.79 0.85 0.34
C5' 0.10 0.15 0.20 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.14 0.17 0.17 0.08 0.19 0.22 0.02 0.01 0.21 0.25 0.03
C6 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.15 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.19 0.02 0.07 0.33 0.69 0.65 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.09 0.02 0.02 0.23 0.64 0.46 0.20
N3 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.10 0.02 0.06 0.27 0.79 0.68 0.26
O2 0.06 0.01 0.20 0.14 0.03 0.09 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.00 0.35 0.38 0.04 0.13 0.18 0.69 0.43 0.24
O2' 0.03 0.28 0.00 0.02 0.29 0.26 0.25 0.08 0.20 0.17 0.31 0.35 0.00 0.05 0.31 0.18 0.27 0.48 0.38 0.37
O3' 0.29 0.19 0.03 0.01 0.14 0.03 0.24 0.19 0.19 0.09 0.10 0.38 0.05 0.00 0.17 0.22 0.30 0.52 0.36 0.34
O4 0.03 0.03 0.05 0.35 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.04 0.31 0.17 0.00 0.04 0.36 0.86 0.92 0.34
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.13 0.18 0.22 0.04 0.00 0.15 0.31 0.23 0.14
O5' 0.17 0.22 0.32 0.21 0.34 0.02 0.38 0.01 0.33 0.23 0.27 0.18 0.27 0.30 0.36 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.71 0.57 0.25 0.82 0.15 0.79 0.21 0.69 0.64 0.79 0.69 0.48 0.52 0.86 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.51 0.35 0.28 0.83 0.15 0.85 0.25 0.65 0.46 0.68 0.43 0.38 0.36 0.92 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.22 0.42 0.21 0.31 0.06 0.34 0.03 0.27 0.20 0.26 0.24 0.37 0.34 0.34 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.86 2.47 0.42 0.67 1.47 1.43 1.74 1.35 2.36 0.92 2.68 1.92 2.61 1.45 0.83 0.41 0.86 1.35 1.24 1.90 2.07 1.67
C2 0.79 2.07 0.31 0.51 1.28 1.21 1.39 1.05 1.82 0.71 2.12 1.69 1.88 1.08 0.71 0.34 0.64 1.24 0.87 1.26 1.48 1.12
C2' 0.90 2.73 0.60 0.71 1.54 1.42 1.78 1.34 2.48 0.93 2.92 2.10 2.74 1.47 0.83 0.66 0.84 1.33 1.33 2.19 2.19 1.83
C3' 0.85 2.89 0.49 0.57 1.70 1.23 2.02 1.11 2.81 1.04 3.20 2.22 3.18 1.66 0.93 0.58 0.76 1.20 1.19 2.00 2.16 1.70
C4 0.69 2.07 0.37 0.55 1.49 0.85 1.65 0.91 2.00 0.87 2.17 1.74 2.05 1.30 0.93 0.30 0.46 1.00 1.07 1.10 1.55 1.18
C4' 0.86 2.76 0.42 0.61 1.67 1.33 2.03 1.21 2.78 1.03 3.09 2.12 3.19 1.68 0.94 0.48 0.86 1.28 1.14 1.89 2.10 1.62
C5 0.77 2.41 0.35 0.51 1.70 0.88 1.99 0.84 2.49 1.06 2.64 1.96 2.67 1.63 1.05 0.30 0.52 1.02 0.97 1.04 1.66 1.14
C5' 0.95 2.89 0.54 0.60 1.83 1.24 2.21 1.01 2.99 1.11 3.26 2.26 3.45 1.81 1.08 0.63 0.87 1.26 0.88 1.51 1.89 1.31
C6 0.79 2.52 0.28 0.41 1.68 0.98 1.98 0.75 2.59 0.96 2.80 2.00 2.82 1.57 0.97 0.32 0.57 1.10 0.67 0.90 1.51 0.90
N1 0.81 2.39 0.30 0.48 1.50 1.18 1.73 0.98 2.30 0.83 2.58 1.90 2.47 1.35 0.83 0.33 0.66 1.22 0.81 1.26 1.58 1.12
N3 0.68 1.86 0.21 0.35 1.25 0.90 1.30 0.75 1.65 0.58 1.88 1.58 1.65 0.93 0.69 0.33 0.40 1.07 0.68 0.80 1.16 0.79
O2 0.88 1.89 0.51 0.81 1.11 1.55 1.20 1.52 1.56 0.87 1.86 1.56 1.64 1.11 0.71 0.49 0.89 1.43 1.41 1.89 1.97 1.72
O2' 1.17 2.77 0.97 1.07 1.61 1.76 1.74 1.81 2.36 1.03 2.83 2.23 2.60 1.48 1.02 0.92 1.11 1.60 1.80 2.83 2.58 2.37
O3' 0.99 3.08 0.65 0.72 1.80 1.36 2.07 1.31 2.88 1.05 3.34 2.40 3.25 1.68 1.03 0.66 0.87 1.33 1.38 2.29 2.22 1.87
O4 0.71 1.89 0.61 0.86 1.43 0.99 1.55 1.35 1.80 0.99 1.95 1.63 1.84 1.31 1.00 0.46 0.67 1.01 1.64 1.74 2.00 1.78
O4' 0.87 2.56 0.39 0.64 1.59 1.38 1.93 1.26 2.61 1.01 2.86 1.98 2.96 1.62 0.93 0.39 0.91 1.33 1.11 1.73 1.99 1.53
O5' 0.90 2.83 0.46 0.51 1.84 1.06 2.26 0.76 3.03 1.18 3.23 2.20 3.53 1.90 1.10 0.62 0.80 1.15 0.77 1.20 1.89 1.17
OP1 1.54 3.33 1.20 1.20 2.37 1.62 2.72 1.35 3.48 1.58 3.70 2.75 4.00 2.28 1.68 1.32 1.43 1.71 1.03 1.20 1.68 1.15
OP2 0.95 2.75 0.65 0.67 1.97 0.86 2.50 0.81 3.16 1.61 3.21 2.16 3.72 2.29 1.36 0.69 0.77 1.03 1.30 1.59 2.48 1.72
P 1.01 2.89 0.57 0.58 1.96 1.07 2.40 0.77 3.14 1.32 3.30 2.29 3.68 2.06 1.25 0.75 0.88 1.19 0.80 1.12 1.91 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.04 0.37 0.01 0.28 0.38 0.37 0.28
C2 0.07 0.00 0.52 0.82 0.01 0.58 0.01 0.92 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.50 0.58 0.39 0.80 1.13 1.20 0.98
C2' 0.01 0.52 0.00 0.01 0.28 0.02 0.14 0.21 0.24 0.26 0.40 0.52 0.17 0.15 0.05 0.01 0.06 0.03 0.62 0.70 0.61 0.60
C3' 0.04 0.82 0.01 0.00 0.48 0.01 0.41 0.03 0.53 0.34 0.70 0.78 0.49 0.34 0.22 0.03 0.01 0.02 0.39 0.65 0.39 0.34
C4 0.04 0.01 0.28 0.48 0.00 0.28 0.01 0.42 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.31 0.25 0.20 0.51 0.78 0.93 0.66
C4' 0.02 0.58 0.02 0.01 0.28 0.00 0.19 0.01 0.28 0.35 0.45 0.56 0.23 0.27 0.10 0.32 0.04 0.01 0.03 0.23 0.56 0.15
C5 0.03 0.01 0.14 0.41 0.01 0.19 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.19 0.08 0.63 0.89 1.25 0.86
C5' 0.08 0.92 0.21 0.03 0.42 0.01 0.32 0.00 0.48 0.55 0.74 0.83 0.43 0.45 0.16 0.12 0.22 0.02 0.01 0.37 0.37 0.03
C6 0.05 0.01 0.24 0.53 0.02 0.28 0.01 0.48 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.27 0.16 0.67 1.01 1.36 0.92
C8 0.03 0.02 0.26 0.34 0.01 0.35 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.50 0.34 0.25 0.89 0.88 1.29 1.04
N1 0.06 0.01 0.40 0.70 0.02 0.45 0.01 0.74 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.44 0.45 0.29 0.74 1.11 1.29 0.95
N3 0.07 0.01 0.52 0.78 0.00 0.56 0.01 0.83 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.48 0.53 0.39 0.70 0.97 1.02 0.84
N6 0.04 0.02 0.17 0.49 0.02 0.23 0.01 0.43 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.44 0.25 0.10 0.73 1.09 1.56 1.04
N7 0.02 0.02 0.15 0.34 0.01 0.27 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.50 0.28 0.15 0.86 0.99 1.52 1.12
N9 0.01 0.02 0.05 0.22 0.01 0.10 0.02 0.16 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.25 0.20 0.02 0.47 0.59 0.74 0.56
O2' 0.04 0.50 0.01 0.03 0.31 0.32 0.37 0.12 0.40 0.50 0.44 0.48 0.44 0.50 0.25 0.00 0.11 0.21 0.39 0.54 0.68 0.42
O3' 0.37 0.58 0.06 0.01 0.25 0.04 0.19 0.22 0.27 0.34 0.45 0.53 0.25 0.28 0.20 0.11 0.00 0.23 0.29 0.63 0.74 0.36
O4' 0.01 0.39 0.03 0.02 0.20 0.01 0.08 0.02 0.16 0.25 0.29 0.39 0.10 0.15 0.02 0.21 0.23 0.00 0.26 0.35 0.45 0.27
O5' 0.28 0.80 0.62 0.39 0.51 0.03 0.63 0.01 0.67 0.89 0.74 0.70 0.73 0.86 0.47 0.39 0.29 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 1.13 0.70 0.65 0.78 0.23 0.89 0.37 1.01 0.88 1.11 0.97 1.09 0.99 0.59 0.54 0.63 0.35 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.37 1.20 0.61 0.39 0.93 0.56 1.25 0.37 1.36 1.29 1.29 1.02 1.56 1.52 0.74 0.68 0.74 0.45 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.28 0.98 0.60 0.34 0.66 0.15 0.86 0.03 0.92 1.04 0.95 0.84 1.04 1.12 0.56 0.42 0.36 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00