ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52390

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 1, 2, 6, 6, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.008, 0.045, 0.083, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.045 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.008, 0.056, 0.105, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.056 std_dev=0.048
O2' B 0, 0.383, 0.652, 0.920, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.652 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.375, 0.662, 0.950, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.662 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.571, 1.062, 1.553, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.062 std_dev=0.491
O4' A 0, 0.490, 1.438, 2.385, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.438 std_dev=0.947
C2' A 0, 0.511, 1.499, 2.487, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.499 std_dev=0.988
C1' B 0, 0.026, 1.205, 2.384, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.205 std_dev=1.179
O3' B 0, 0.340, 1.528, 2.716, 4.217 max_d=4.217 avg_d=1.528 std_dev=1.188
C4' A 0, 0.691, 1.891, 3.091, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.891 std_dev=1.200
O2' A 0, 0.655, 1.867, 3.078, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.867 std_dev=1.212
C6 B 0, 0.624, 1.861, 3.097, 4.632 max_d=4.632 avg_d=1.861 std_dev=1.237
C4' B 0, 0.397, 1.644, 2.890, 4.306 max_d=4.306 avg_d=1.644 std_dev=1.247
C3' A 0, 0.809, 2.265, 3.721, 3.716 max_d=3.716 avg_d=2.265 std_dev=1.456
O4' B 0, 0.171, 1.658, 3.144, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.658 std_dev=1.487
N1 B 0, -0.224, 1.447, 3.118, 5.354 max_d=5.354 avg_d=1.447 std_dev=1.671
C5' B 0, 0.748, 2.436, 4.125, 5.888 max_d=5.888 avg_d=2.436 std_dev=1.689
C5 B 0, 0.378, 2.222, 4.065, 6.478 max_d=6.478 avg_d=2.222 std_dev=1.843
OP2 B 0, -0.019, 1.909, 3.837, 5.917 max_d=5.917 avg_d=1.909 std_dev=1.928
O3' A 0, 1.179, 3.178, 5.178, 5.195 max_d=5.195 avg_d=3.178 std_dev=2.000
O5' B 0, -0.161, 1.866, 3.893, 6.332 max_d=6.332 avg_d=1.866 std_dev=2.027
C5' A 0, 1.226, 3.475, 5.724, 5.630 max_d=5.630 avg_d=3.475 std_dev=2.249
C2 B 0, 0.420, 2.750, 5.081, 7.918 max_d=7.918 avg_d=2.750 std_dev=2.330
P B 0, -0.008, 2.409, 4.826, 7.597 max_d=7.597 avg_d=2.409 std_dev=2.417
O2 B 0, 1.268, 3.752, 6.236, 8.695 max_d=8.695 avg_d=3.752 std_dev=2.484
O5' A 0, 1.494, 4.259, 7.024, 6.783 max_d=6.783 avg_d=4.259 std_dev=2.765
OP1 B 0, 0.151, 2.994, 5.836, 9.264 max_d=9.264 avg_d=2.994 std_dev=2.843
N3 B 0, 0.184, 3.114, 6.044, 9.653 max_d=9.653 avg_d=3.114 std_dev=2.930
C4 B 0, -0.675, 2.264, 5.204, 9.010 max_d=9.010 avg_d=2.264 std_dev=2.940
N4 B 0, -0.827, 2.769, 6.364, 10.978 max_d=10.978 avg_d=2.769 std_dev=3.596
P A 0, 2.144, 6.137, 10.129, 9.747 max_d=9.747 avg_d=6.137 std_dev=3.992
OP1 A 0, 2.119, 6.239, 10.359, 10.275 max_d=10.275 avg_d=6.239 std_dev=4.120
OP2 A 0, 2.688, 7.301, 11.913, 11.221 max_d=11.221 avg_d=7.301 std_dev=4.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.12 0.15 0.04
C2 0.02 0.00 0.27 0.42 0.01 0.54 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.44 0.54 1.32 1.40 1.59 1.62
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.01 0.11 0.01 0.16 0.07 0.22 0.26 0.13 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.09 0.09 0.25 0.11
C3' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.17 0.00 0.17 0.02 0.18 0.34 0.29 0.43 0.19 0.31 0.13 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.39 0.17
C4 0.01 0.01 0.15 0.17 0.00 0.21 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.20 0.28 0.45 0.46 0.36 0.50
C4' 0.02 0.54 0.01 0.00 0.21 0.00 0.06 0.01 0.16 0.37 0.38 0.54 0.08 0.27 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.12 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.21 0.13 0.11 0.28 0.40 0.14
C5' 0.01 0.94 0.01 0.02 0.33 0.01 0.07 0.00 0.28 0.62 0.68 0.88 0.12 0.48 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.15 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01 0.16 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.26 0.25 0.39 0.46 0.32 0.49
C8 0.02 0.01 0.07 0.34 0.00 0.37 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.27 0.29 0.84 0.89 1.34 0.97
N1 0.02 0.00 0.22 0.29 0.01 0.38 0.00 0.68 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.35 0.43 0.95 1.03 1.06 1.20
N3 0.02 0.00 0.26 0.43 0.00 0.54 0.00 0.88 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.40 0.54 1.21 1.20 1.33 1.38
N6 0.01 0.01 0.13 0.19 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.28 0.18 0.19 0.36 0.40 0.24
N7 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.27 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.28 0.15 0.66 0.81 1.28 0.81
N9 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.15 0.23 0.41 0.18
O2' 0.02 0.46 0.00 0.01 0.18 0.06 0.06 0.05 0.17 0.26 0.34 0.44 0.10 0.17 0.04 0.00 0.07 0.07 0.04 0.08 0.28 0.07
O3' 0.03 0.44 0.02 0.01 0.20 0.03 0.21 0.03 0.26 0.27 0.35 0.40 0.28 0.28 0.11 0.07 0.00 0.03 0.17 0.19 0.61 0.22
O4' 0.01 0.54 0.00 0.02 0.28 0.01 0.13 0.02 0.25 0.29 0.43 0.54 0.18 0.15 0.02 0.07 0.03 0.00 0.10 0.20 0.14 0.08
O5' 0.03 1.32 0.09 0.15 0.45 0.02 0.11 0.01 0.39 0.84 0.95 1.21 0.19 0.66 0.15 0.04 0.17 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 1.40 0.09 0.13 0.46 0.12 0.28 0.15 0.46 0.89 1.03 1.20 0.36 0.81 0.23 0.08 0.19 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 1.59 0.25 0.39 0.36 0.20 0.40 0.23 0.32 1.34 1.06 1.33 0.40 1.28 0.41 0.28 0.61 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 1.62 0.11 0.17 0.50 0.03 0.14 0.01 0.49 0.97 1.20 1.38 0.24 0.81 0.18 0.07 0.22 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.70 0.20 0.14 0.54 0.24 0.48 0.24 0.40 0.34 0.72 0.61 1.06 0.15 0.21 0.32 0.20 0.28 0.15 0.20
C2 0.27 1.07 0.22 0.39 1.15 0.65 1.02 0.82 0.77 0.56 1.27 1.38 1.50 0.12 0.63 0.50 0.65 0.98 0.58 0.74
C2' 0.66 0.91 0.40 0.36 0.67 0.62 0.56 0.65 0.52 0.60 0.89 0.72 1.27 0.40 0.37 0.79 0.58 0.60 0.48 0.61
C3' 0.24 0.46 0.69 0.89 0.60 0.45 0.83 0.49 0.80 0.38 0.55 0.69 0.80 0.54 1.21 0.19 0.51 0.59 0.65 0.52
C4 0.27 1.02 0.22 0.36 1.01 0.57 0.90 0.69 0.71 0.53 1.16 1.17 1.46 0.12 0.58 0.45 0.55 0.81 0.49 0.61
C4' 0.72 0.73 0.99 1.19 0.91 0.88 1.12 0.90 1.12 0.81 0.82 0.95 0.84 0.87 1.44 0.70 0.97 0.99 1.08 0.97
C5 0.27 1.20 0.23 0.51 1.25 0.83 1.10 1.02 0.85 0.63 1.41 1.46 1.68 0.16 0.79 0.57 0.81 1.17 0.69 0.90
C5' 1.56 1.37 1.81 2.18 1.68 1.87 1.97 1.94 2.00 1.63 1.45 1.69 1.23 1.57 2.50 1.64 1.97 2.01 2.13 1.99
C6 0.27 1.28 0.24 0.57 1.42 0.95 1.24 1.20 0.92 0.67 1.56 1.70 1.75 0.17 0.87 0.64 0.95 1.41 0.83 1.08
C8 0.26 1.04 0.23 0.41 0.93 0.62 0.84 0.71 0.70 0.54 1.11 1.03 1.50 0.16 0.64 0.44 0.57 0.80 0.49 0.61
N1 0.27 1.20 0.23 0.50 1.34 0.84 1.18 1.07 0.87 0.63 1.46 1.62 1.64 0.14 0.79 0.59 0.85 1.28 0.76 0.98
N3 0.28 0.97 0.21 0.30 0.97 0.50 0.88 0.61 0.67 0.50 1.11 1.15 1.38 0.11 0.51 0.43 0.49 0.73 0.44 0.55
N6 0.26 1.40 0.25 0.68 1.63 1.13 1.40 1.47 1.02 0.73 1.75 1.97 1.87 0.20 1.02 0.74 1.16 1.74 1.01 1.33
N7 0.26 1.26 0.24 0.57 1.25 0.91 1.11 1.09 0.87 0.66 1.45 1.41 1.77 0.19 0.86 0.60 0.86 1.22 0.72 0.94
N9 0.26 0.89 0.21 0.27 0.80 0.41 0.73 0.47 0.60 0.46 0.96 0.90 1.31 0.11 0.45 0.36 0.39 0.57 0.35 0.42
O2' 1.24 1.24 0.88 0.92 0.98 1.40 0.87 1.50 0.93 1.09 1.18 0.97 1.49 0.87 0.65 1.50 1.32 1.41 1.19 1.38
O3' 0.30 0.48 0.63 0.88 0.46 0.63 0.65 0.73 0.64 0.27 0.53 0.56 0.87 0.52 1.24 0.46 0.68 0.87 0.72 0.73
O4' 0.74 0.69 0.86 0.93 0.83 0.74 1.04 0.73 1.07 0.80 0.73 0.84 0.78 0.78 1.00 0.73 0.79 0.73 0.91 0.79
O5' 1.96 1.57 2.33 2.74 2.04 2.32 2.51 2.43 2.56 2.05 1.64 2.02 1.20 1.94 3.05 2.06 2.36 2.41 2.61 2.42
OP1 2.53 2.33 2.65 3.37 2.87 3.05 3.31 3.39 3.29 2.73 2.46 2.90 1.95 2.05 3.78 2.80 3.31 3.53 3.68 3.47
OP2 2.95 2.59 3.36 4.00 3.43 3.38 4.07 3.65 4.05 3.25 2.77 3.44 1.86 2.53 4.13 3.04 3.51 3.65 4.03 3.66
P 2.67 2.22 3.01 3.70 2.83 3.23 3.39 3.48 3.44 2.81 2.31 2.80 1.66 2.37 4.08 2.88 3.36 3.50 3.70 3.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.15 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.25 0.16 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.23 0.26 0.24 0.26 0.40 0.28
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.11 0.02 0.13 0.02 0.20 0.05 0.22 0.13 0.38 0.00 0.02 0.01 0.29 0.29 0.17 0.24
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.18 0.00 0.14 0.02 0.12 0.09 0.19 0.20 0.17 0.01 0.01 0.02 0.40 0.38 0.20 0.33
C4 0.02 0.01 0.11 0.18 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.25 0.03 0.51 0.39 0.32 0.43
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.16 0.03 0.14 0.06 0.27 0.06 0.04 0.00 0.01 0.10 0.22 0.02
C5 0.02 0.01 0.13 0.14 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.20 0.18 0.89 0.78 0.81 0.89
C5' 0.03 0.32 0.02 0.02 0.10 0.00 0.18 0.00 0.24 0.06 0.29 0.11 0.50 0.05 0.04 0.01 0.01 0.12 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.20 0.12 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.16 0.25 0.88 0.75 0.72 0.85
N1 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.34 0.26 0.13 0.25
N3 0.01 0.01 0.22 0.19 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.28 0.19 0.26 0.24 0.32 0.24
N4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.30 0.04 0.55 0.43 0.40 0.47
O2 0.01 0.00 0.38 0.17 0.01 0.27 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.43 0.27 0.44 0.55 0.60 0.80 0.69
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.08 0.06 0.13 0.05 0.19 0.03 0.22 0.10 0.43 0.00 0.04 0.04 0.08 0.16 0.10 0.08
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.25 0.04 0.20 0.04 0.16 0.10 0.28 0.30 0.27 0.04 0.00 0.03 0.35 0.40 0.26 0.34
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.03 0.00 0.18 0.01 0.25 0.01 0.19 0.04 0.44 0.04 0.03 0.00 0.06 0.05 0.29 0.07
O5' 0.15 0.24 0.29 0.40 0.51 0.01 0.89 0.01 0.88 0.34 0.26 0.55 0.55 0.08 0.35 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.26 0.29 0.38 0.39 0.10 0.78 0.12 0.75 0.26 0.24 0.43 0.60 0.16 0.40 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.40 0.17 0.20 0.32 0.22 0.81 0.33 0.72 0.13 0.32 0.40 0.80 0.10 0.26 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.28 0.24 0.33 0.43 0.02 0.89 0.01 0.85 0.25 0.24 0.47 0.69 0.08 0.34 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00