ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52391

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 2, 4, 2, 6, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.023, 0.040, 0.058, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.061, 0.167, 0.273, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.167 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.056, 0.171, 0.286, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.171 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.104, 0.222, 0.340, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.222 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.132, 0.309, 0.486, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.309 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.123, 0.320, 0.517, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.320 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.262, 0.479, 0.696, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.479 std_dev=0.217
P A 0, 0.230, 0.462, 0.694, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.462 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.314, 0.560, 0.807, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.560 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.223, 0.474, 0.725, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.474 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.324, 0.578, 0.831, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.578 std_dev=0.254
C1' B 0, 0.293, 0.553, 0.814, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.553 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.215, 0.478, 0.741, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.478 std_dev=0.263
OP1 A 0, 0.272, 0.541, 0.810, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.541 std_dev=0.269
O5' A 0, 0.216, 0.513, 0.810, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.513 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.296, 0.594, 0.892, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.594 std_dev=0.298
O4' B 0, 0.328, 0.629, 0.930, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.629 std_dev=0.301
C4' B 0, 0.343, 0.645, 0.947, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.645 std_dev=0.302
O3' A 0, 0.217, 0.547, 0.877, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.547 std_dev=0.330
C6 B 0, 0.409, 0.753, 1.096, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.753 std_dev=0.344
OP2 A 0, 0.170, 0.515, 0.860, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.515 std_dev=0.345
C2 B 0, 0.223, 0.592, 0.960, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.592 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.380, 0.764, 1.148, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.764 std_dev=0.384
O2 B 0, 0.278, 0.671, 1.063, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.671 std_dev=0.392
C5 B 0, 0.422, 0.839, 1.256, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.839 std_dev=0.417
N3 B 0, 0.223, 0.658, 1.092, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.658 std_dev=0.435
C4 B 0, 0.314, 0.753, 1.193, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.753 std_dev=0.440
O5' B 0, 0.377, 0.850, 1.323, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.850 std_dev=0.473
P B 0, 0.514, 1.002, 1.490, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.002 std_dev=0.488
N4 B 0, 0.378, 0.879, 1.380, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.879 std_dev=0.501
OP1 B 0, 0.539, 1.152, 1.765, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.152 std_dev=0.613
OP2 B 0, 0.419, 1.235, 2.051, 3.761 max_d=3.761 avg_d=1.235 std_dev=0.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.11 0.22 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.04 0.17 0.16 0.24 0.16
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.19 0.10
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.13 0.11 0.13 0.11 0.14 0.13 0.07 0.03 0.01 0.01 0.18 0.21 0.17 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.03 0.17 0.16 0.24 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.06 0.02 0.01 0.03 0.09 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.22 0.20 0.26 0.20
C5' 0.02 0.08 0.02 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.11 0.07 0.15 0.15 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.10 0.18 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.04 0.22 0.21 0.27 0.21
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.22 0.19 0.25 0.18
N1 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.04 0.20 0.19 0.26 0.19
N3 0.03 0.00 0.09 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.14 0.14 0.23 0.13
N6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.19 0.04 0.25 0.25 0.30 0.24
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.04 0.25 0.23 0.28 0.22
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.15 0.14 0.23 0.13
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.10 0.10 0.07 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.07 0.14 0.18 0.08
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.04 0.17 0.13 0.17 0.13 0.19 0.16 0.07 0.05 0.00 0.02 0.21 0.28 0.18 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.14 0.13 0.24 0.13
O5' 0.08 0.17 0.11 0.18 0.17 0.03 0.22 0.01 0.22 0.22 0.20 0.14 0.25 0.25 0.15 0.07 0.21 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.11 0.16 0.16 0.21 0.16 0.09 0.20 0.10 0.21 0.19 0.19 0.14 0.25 0.23 0.14 0.14 0.28 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.24 0.19 0.17 0.24 0.18 0.26 0.18 0.27 0.25 0.26 0.23 0.30 0.28 0.23 0.18 0.18 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.10 0.14 0.15 0.04 0.20 0.02 0.21 0.18 0.19 0.13 0.24 0.22 0.13 0.08 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.31 0.17 0.16 0.41 0.16 0.45 0.18 0.39 0.28 0.36 0.46 0.39 0.13 0.12 0.20 0.25 0.30 0.44 0.27
C2 0.20 0.29 0.13 0.18 0.58 0.19 0.60 0.23 0.47 0.30 0.43 0.70 0.31 0.10 0.16 0.22 0.36 0.40 0.63 0.34
C2' 0.18 0.28 0.14 0.14 0.42 0.12 0.47 0.14 0.40 0.25 0.34 0.48 0.38 0.12 0.13 0.16 0.22 0.31 0.45 0.26
C3' 0.18 0.22 0.17 0.18 0.36 0.16 0.45 0.18 0.39 0.22 0.27 0.42 0.35 0.17 0.20 0.16 0.22 0.35 0.43 0.27
C4 0.18 0.26 0.12 0.17 0.51 0.17 0.55 0.21 0.46 0.29 0.38 0.58 0.32 0.08 0.15 0.19 0.32 0.35 0.56 0.31
C4' 0.20 0.24 0.19 0.17 0.31 0.15 0.36 0.16 0.33 0.22 0.27 0.34 0.36 0.19 0.16 0.18 0.19 0.32 0.37 0.24
C5 0.17 0.19 0.12 0.20 0.50 0.20 0.59 0.24 0.48 0.27 0.31 0.57 0.30 0.09 0.19 0.20 0.37 0.40 0.63 0.34
C5' 0.25 0.23 0.25 0.23 0.25 0.23 0.32 0.22 0.31 0.23 0.22 0.27 0.35 0.28 0.23 0.25 0.20 0.34 0.35 0.24
C6 0.18 0.19 0.13 0.21 0.53 0.21 0.61 0.27 0.48 0.27 0.31 0.66 0.29 0.10 0.20 0.22 0.41 0.45 0.70 0.38
C8 0.17 0.19 0.12 0.17 0.37 0.17 0.48 0.20 0.44 0.25 0.25 0.39 0.33 0.08 0.16 0.18 0.30 0.32 0.52 0.29
N1 0.19 0.24 0.13 0.20 0.57 0.21 0.61 0.26 0.47 0.29 0.38 0.71 0.28 0.10 0.18 0.22 0.40 0.45 0.69 0.37
N3 0.20 0.31 0.13 0.17 0.55 0.17 0.57 0.21 0.46 0.31 0.44 0.65 0.34 0.10 0.14 0.21 0.32 0.36 0.57 0.31
N6 0.19 0.18 0.14 0.23 0.49 0.24 0.61 0.30 0.47 0.25 0.25 0.64 0.30 0.12 0.23 0.24 0.46 0.52 0.77 0.42
N7 0.17 0.16 0.12 0.20 0.41 0.20 0.56 0.24 0.48 0.25 0.23 0.43 0.34 0.10 0.20 0.20 0.36 0.38 0.61 0.33
N9 0.18 0.26 0.13 0.16 0.43 0.16 0.49 0.18 0.43 0.27 0.34 0.47 0.34 0.08 0.13 0.18 0.28 0.31 0.50 0.29
O2' 0.23 0.33 0.19 0.16 0.43 0.16 0.45 0.16 0.39 0.28 0.39 0.49 0.43 0.17 0.15 0.21 0.22 0.32 0.42 0.26
O3' 0.19 0.22 0.19 0.21 0.37 0.20 0.46 0.22 0.40 0.22 0.28 0.44 0.35 0.21 0.25 0.18 0.23 0.40 0.42 0.29
O4' 0.21 0.27 0.18 0.17 0.33 0.15 0.36 0.17 0.33 0.25 0.30 0.36 0.37 0.14 0.14 0.19 0.23 0.30 0.39 0.26
O5' 0.17 0.21 0.18 0.09 0.21 0.09 0.31 0.07 0.29 0.16 0.19 0.23 0.37 0.27 0.02 0.13 0.19 0.33 0.41 0.26
OP1 0.05 0.14 0.08 0.03 0.14 0.05 0.24 0.15 0.23 0.06 0.13 0.16 0.29 0.17 0.01 0.04 0.24 0.42 0.44 0.26
OP2 0.11 0.21 0.12 0.08 0.23 0.13 0.35 0.23 0.33 0.16 0.21 0.25 0.33 0.17 0.03 0.13 0.28 0.47 0.50 0.38
P 0.05 0.15 0.08 0.03 0.14 0.04 0.25 0.11 0.24 0.07 0.13 0.16 0.29 0.16 0.01 0.02 0.20 0.37 0.41 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.15 0.14 0.22 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.11 0.05 0.23 0.35 0.35 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.03 0.09 0.04 0.11 0.03 0.09 0.06 0.20 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.21 0.13
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.03 0.14 0.05 0.08 0.07 0.17 0.02 0.01 0.02 0.13 0.20 0.22 0.16
C4 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04 0.32 0.54 0.51 0.27
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.10 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.17 0.13 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.06 0.34 0.54 0.53 0.26
C5' 0.04 0.13 0.04 0.03 0.23 0.01 0.25 0.00 0.21 0.13 0.18 0.25 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.21 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.07 0.31 0.40 0.43 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.23 0.29 0.32 0.14
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.27 0.46 0.44 0.23
N4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.05 0.34 0.62 0.57 0.31
O2 0.04 0.01 0.20 0.17 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.21 0.08 0.19 0.29 0.30 0.16
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.11 0.09 0.20 0.00 0.05 0.05 0.10 0.19 0.19 0.13
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.03 0.16 0.06 0.16 0.04 0.09 0.08 0.21 0.05 0.00 0.02 0.21 0.32 0.33 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.19 0.12 0.27 0.16
O5' 0.15 0.23 0.11 0.13 0.32 0.04 0.34 0.01 0.31 0.23 0.27 0.34 0.19 0.10 0.21 0.19 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.14 0.35 0.16 0.20 0.54 0.17 0.54 0.21 0.40 0.29 0.46 0.62 0.29 0.19 0.32 0.12 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.22 0.35 0.21 0.22 0.51 0.13 0.53 0.19 0.43 0.32 0.44 0.57 0.30 0.19 0.33 0.27 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.18 0.13 0.16 0.27 0.04 0.26 0.02 0.20 0.14 0.23 0.31 0.16 0.13 0.23 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00