ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52392

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 7, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.012, 0.054, 0.095, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.054 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.014, 0.059, 0.104, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.059 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.029, 0.088, 0.146, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.088 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.029, 0.095, 0.162, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.095 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.033, 0.105, 0.178, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.105 std_dev=0.073
P A 0, 0.101, 0.186, 0.271, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.186 std_dev=0.085
C5' A 0, 0.039, 0.135, 0.232, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.135 std_dev=0.097
O3' B 0, 0.118, 0.214, 0.311, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.214 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.033, 0.132, 0.230, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.132 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.061, 0.160, 0.259, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.160 std_dev=0.099
C3' B 0, 0.070, 0.181, 0.293, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.181 std_dev=0.112
OP1 A 0, 0.168, 0.282, 0.397, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.282 std_dev=0.115
OP2 A 0, 0.129, 0.245, 0.360, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.245 std_dev=0.116
N1 B 0, 0.120, 0.236, 0.353, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.236 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.127, 0.246, 0.364, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.246 std_dev=0.118
C6 B 0, 0.117, 0.235, 0.354, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.235 std_dev=0.119
C2' B 0, 0.075, 0.195, 0.316, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.195 std_dev=0.121
C5 B 0, 0.109, 0.236, 0.362, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.236 std_dev=0.126
O5' B 0, 0.179, 0.306, 0.434, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.306 std_dev=0.127
C4 B 0, 0.107, 0.235, 0.364, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.235 std_dev=0.128
C4' B 0, 0.108, 0.238, 0.368, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.238 std_dev=0.130
N3 B 0, 0.136, 0.268, 0.399, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.268 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.135, 0.267, 0.400, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.267 std_dev=0.132
O4' B 0, 0.130, 0.266, 0.401, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.266 std_dev=0.135
N4 B 0, 0.114, 0.250, 0.386, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.250 std_dev=0.136
O2' B 0, 0.128, 0.265, 0.402, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.265 std_dev=0.137
C5' B 0, 0.149, 0.311, 0.473, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.311 std_dev=0.162
O2 B 0, 0.142, 0.311, 0.480, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.311 std_dev=0.169
P B 0, 0.184, 0.371, 0.557, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.371 std_dev=0.186
OP2 B 0, 0.176, 0.388, 0.600, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.388 std_dev=0.212
OP1 B 0, 0.183, 0.397, 0.611, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.397 std_dev=0.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.03 0.08 0.08 0.15 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.09 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.08 0.08 0.15 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.09 0.10 0.16 0.09
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.09 0.10 0.16 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.09 0.15 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.09 0.09 0.16 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.08 0.07 0.14 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.10 0.12 0.17 0.11
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.11 0.16 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.13 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.11 0.11 0.07
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.10 0.06
O5' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.11 0.07 0.11 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.15 0.09 0.05 0.15 0.04 0.16 0.02 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.16 0.13 0.11 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.07 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.11 0.06 0.15 0.06 0.13 0.08 0.08 0.13 0.13 0.08 0.09 0.06 0.07 0.11 0.11 0.09
C2 0.08 0.08 0.08 0.06 0.11 0.06 0.15 0.06 0.13 0.08 0.07 0.15 0.15 0.10 0.08 0.07 0.08 0.14 0.15 0.11
C2' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.11 0.04 0.15 0.05 0.14 0.07 0.08 0.13 0.12 0.07 0.07 0.05 0.07 0.12 0.11 0.09
C3' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.10 0.04 0.14 0.05 0.12 0.07 0.07 0.12 0.10 0.07 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.06
C4 0.06 0.07 0.06 0.05 0.10 0.05 0.15 0.05 0.13 0.06 0.07 0.13 0.16 0.08 0.08 0.05 0.07 0.13 0.13 0.10
C4' 0.06 0.05 0.05 0.05 0.10 0.05 0.13 0.06 0.12 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.08 0.07 0.05
C5 0.07 0.11 0.07 0.06 0.08 0.05 0.14 0.06 0.11 0.06 0.09 0.11 0.18 0.08 0.08 0.06 0.08 0.15 0.14 0.12
C5' 0.09 0.08 0.09 0.05 0.10 0.06 0.13 0.06 0.13 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06
C6 0.09 0.12 0.08 0.07 0.06 0.06 0.13 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.18 0.09 0.08 0.07 0.09 0.16 0.16 0.13
C8 0.07 0.10 0.07 0.05 0.11 0.05 0.14 0.06 0.13 0.08 0.10 0.12 0.16 0.08 0.07 0.06 0.08 0.13 0.12 0.10
N1 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.06 0.14 0.07 0.11 0.08 0.08 0.11 0.16 0.10 0.08 0.07 0.09 0.15 0.16 0.13
N3 0.07 0.07 0.07 0.06 0.12 0.05 0.16 0.05 0.13 0.07 0.07 0.15 0.14 0.09 0.08 0.06 0.07 0.13 0.14 0.10
N6 0.11 0.16 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.11 0.16 0.11 0.19 0.10 0.09 0.09 0.11 0.17 0.17 0.15
N7 0.09 0.13 0.08 0.06 0.10 0.06 0.14 0.07 0.12 0.08 0.12 0.12 0.18 0.09 0.08 0.07 0.09 0.15 0.14 0.12
N9 0.06 0.08 0.05 0.05 0.11 0.05 0.15 0.05 0.13 0.07 0.08 0.13 0.15 0.08 0.08 0.05 0.07 0.12 0.12 0.10
O2' 0.07 0.09 0.06 0.05 0.14 0.05 0.17 0.06 0.15 0.09 0.11 0.16 0.14 0.07 0.07 0.06 0.10 0.15 0.15 0.12
O3' 0.07 0.07 0.05 0.05 0.12 0.05 0.14 0.05 0.12 0.08 0.09 0.14 0.11 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.09 0.06
O4' 0.07 0.06 0.07 0.09 0.11 0.08 0.14 0.08 0.13 0.08 0.07 0.12 0.09 0.09 0.13 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08
O5' 0.13 0.14 0.14 0.07 0.15 0.06 0.17 0.03 0.17 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.01 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08
OP1 0.03 0.07 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.13 0.09 0.05 0.07 0.09 0.10 0.11 0.02 0.04 0.14 0.17 0.15 0.15
OP2 0.07 0.13 0.06 0.05 0.13 0.06 0.13 0.09 0.11 0.09 0.14 0.14 0.16 0.05 0.01 0.07 0.11 0.10 0.10 0.08
P 0.03 0.07 0.04 0.01 0.08 0.03 0.10 0.06 0.09 0.05 0.08 0.09 0.10 0.07 0.00 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.09 0.10 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.12 0.14 0.16 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.13 0.13 0.14 0.13
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.11 0.10 0.10 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.11 0.12 0.15 0.11
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.13 0.16 0.18 0.15
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.08 0.09 0.12 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.06 0.09 0.03 0.00 0.01 0.05 0.11 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.11 0.13 0.08 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.05 0.13 0.06 0.10 0.08 0.12 0.16 0.09 0.07 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.06 0.04 0.16 0.03 0.14 0.01 0.10 0.09 0.15 0.18 0.12 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.04 0.13 0.01 0.13 0.01 0.09 0.07 0.11 0.15 0.08 0.02 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00