ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52393

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 2, 1, 4, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C1' A 0, -0.001, 0.027, 0.054, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.007, 0.034, 0.062, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.034 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.010, 0.043, 0.075, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.043 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.035 std_dev=0.032
O2' B 0, 0.058, 0.280, 0.503, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.280 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.072, 0.319, 0.567, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.319 std_dev=0.248
C2' A 0, -0.032, 0.290, 0.613, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.290 std_dev=0.322
O4' A 0, -0.074, 0.270, 0.615, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.270 std_dev=0.345
C1' B 0, 0.051, 0.556, 1.062, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.556 std_dev=0.506
C6 B 0, 0.167, 0.701, 1.235, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.701 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.042, 0.596, 1.151, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.596 std_dev=0.554
O3' B 0, -0.047, 0.515, 1.078, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.515 std_dev=0.563
C3' B 0, -0.012, 0.554, 1.120, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.554 std_dev=0.566
C4' A 0, -0.184, 0.530, 1.245, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.530 std_dev=0.714
C3' A 0, -0.147, 0.568, 1.283, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.568 std_dev=0.715
C5 B 0, 0.117, 0.893, 1.668, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.893 std_dev=0.775
O5' A 0, -0.130, 0.663, 1.456, 2.238 max_d=2.238 avg_d=0.663 std_dev=0.793
O4' B 0, -0.009, 0.812, 1.634, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.812 std_dev=0.821
O2' A 0, -0.141, 0.695, 1.531, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.695 std_dev=0.836
C5' A 0, -0.201, 0.712, 1.625, 2.703 max_d=2.703 avg_d=0.712 std_dev=0.913
C4' B 0, -0.073, 0.872, 1.817, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.872 std_dev=0.945
P A 0, -0.261, 0.873, 2.008, 3.041 max_d=3.041 avg_d=0.873 std_dev=1.134
C4 B 0, -0.084, 1.065, 2.214, 4.641 max_d=4.641 avg_d=1.065 std_dev=1.149
O3' A 0, -0.289, 0.948, 2.185, 3.072 max_d=3.072 avg_d=0.948 std_dev=1.237
C2 B 0, -0.153, 1.091, 2.336, 4.681 max_d=4.681 avg_d=1.091 std_dev=1.244
N3 B 0, -0.203, 1.284, 2.772, 5.687 max_d=5.687 avg_d=1.284 std_dev=1.488
N4 B 0, -0.142, 1.365, 2.871, 5.868 max_d=5.868 avg_d=1.365 std_dev=1.507
OP2 A 0, -0.379, 1.180, 2.740, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.180 std_dev=1.560
C5' B 0, -0.280, 1.408, 3.096, 4.366 max_d=4.366 avg_d=1.408 std_dev=1.688
OP1 A 0, -0.477, 1.251, 2.979, 4.438 max_d=4.438 avg_d=1.251 std_dev=1.728
O2 B 0, -0.304, 1.459, 3.221, 5.879 max_d=5.879 avg_d=1.459 std_dev=1.763
O5' B 0, -0.433, 1.582, 3.597, 5.553 max_d=5.553 avg_d=1.582 std_dev=2.015
OP2 B 0, -0.780, 2.350, 5.481, 7.737 max_d=7.737 avg_d=2.350 std_dev=3.131
P B 0, -0.847, 2.336, 5.520, 7.710 max_d=7.710 avg_d=2.336 std_dev=3.183
OP1 B 0, -1.049, 2.784, 6.616, 9.417 max_d=9.417 avg_d=2.784 std_dev=3.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.00 0.12 0.15 0.09 0.10
C2 0.06 0.00 0.19 0.26 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.32 0.08 0.37 0.61 0.69 0.45
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.19 0.09 0.09 0.14 0.19 0.07 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.46 0.36 0.54 0.44
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.27 0.00 0.36 0.02 0.38 0.33 0.33 0.21 0.42 0.39 0.24 0.03 0.01 0.01 0.20 0.42 0.12 0.20
C4 0.03 0.01 0.10 0.27 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.39 0.19 0.03 0.37 0.50 0.61 0.39
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.19 0.24 0.14 0.07 0.23 0.26 0.13 0.29 0.02 0.00 0.01 0.13 0.14 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.36 0.00 0.20 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.10 0.02 0.53 0.65 0.92 0.58
C5' 0.03 0.19 0.19 0.02 0.21 0.00 0.33 0.00 0.35 0.33 0.28 0.13 0.42 0.41 0.17 0.08 0.19 0.01 0.01 0.19 0.22 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.38 0.01 0.19 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.51 0.14 0.02 0.57 0.76 1.05 0.66
C8 0.02 0.01 0.09 0.33 0.00 0.24 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.09 0.09 0.48 0.43 0.67 0.42
N1 0.05 0.01 0.14 0.33 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.51 0.23 0.05 0.49 0.73 0.92 0.59
N3 0.06 0.00 0.19 0.21 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.36 0.09 0.29 0.48 0.50 0.33
N6 0.02 0.01 0.07 0.42 0.01 0.23 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.54 0.15 0.03 0.65 0.87 1.25 0.79
N7 0.01 0.01 0.06 0.39 0.00 0.26 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.13 0.07 0.61 0.63 1.00 0.62
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.11 0.01 0.30 0.35 0.41 0.26
O2' 0.01 0.45 0.00 0.03 0.39 0.29 0.45 0.08 0.51 0.29 0.51 0.38 0.54 0.40 0.25 0.00 0.03 0.23 0.31 0.21 0.66 0.36
O3' 0.34 0.32 0.03 0.01 0.19 0.02 0.10 0.19 0.14 0.09 0.23 0.36 0.15 0.13 0.11 0.03 0.00 0.21 0.21 0.73 0.19 0.38
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.09 0.03 0.07 0.01 0.23 0.21 0.00 0.08 0.07 0.16 0.09
O5' 0.12 0.37 0.46 0.20 0.37 0.01 0.53 0.01 0.57 0.48 0.49 0.29 0.65 0.61 0.30 0.31 0.21 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.61 0.36 0.42 0.50 0.13 0.65 0.19 0.76 0.43 0.73 0.48 0.87 0.63 0.35 0.21 0.73 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.69 0.54 0.12 0.61 0.14 0.92 0.22 1.05 0.67 0.92 0.50 1.25 1.00 0.41 0.66 0.19 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.45 0.44 0.20 0.39 0.02 0.58 0.01 0.66 0.42 0.59 0.33 0.79 0.62 0.26 0.36 0.38 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.33 0.24 0.56 0.31 0.30 0.44 0.69 0.42 0.23 0.31 0.33 0.58 0.12 0.24 0.18 1.17 1.76 1.78 1.88
C2 0.28 0.78 0.19 0.47 0.43 0.46 0.54 1.14 0.52 0.34 0.77 0.46 1.27 0.13 0.10 0.28 1.72 3.03 2.48 2.73
C2' 0.42 0.34 0.47 0.92 0.42 0.76 0.59 1.15 0.62 0.41 0.36 0.42 0.45 0.20 0.53 0.57 1.53 1.97 2.24 2.24
C3' 0.13 0.43 0.14 0.28 0.38 0.18 0.23 0.38 0.17 0.24 0.48 0.42 0.55 0.24 0.16 0.08 0.67 0.98 1.23 1.23
C4 0.25 0.62 0.21 0.49 0.36 0.42 0.53 1.01 0.52 0.30 0.58 0.38 1.06 0.13 0.11 0.26 1.57 2.64 2.20 2.47
C4' 0.13 0.24 0.16 0.15 0.20 0.22 0.14 0.16 0.11 0.14 0.25 0.22 0.32 0.24 0.11 0.19 0.38 0.67 0.80 0.83
C5 0.30 0.76 0.17 0.39 0.38 0.41 0.55 1.05 0.53 0.34 0.71 0.40 1.28 0.14 0.08 0.28 1.65 2.91 2.18 2.56
C5' 0.18 0.19 0.28 0.12 0.24 0.37 0.27 0.37 0.26 0.19 0.22 0.26 0.22 0.36 0.21 0.29 0.31 0.57 0.34 0.44
C6 0.33 0.92 0.14 0.34 0.46 0.42 0.55 1.13 0.53 0.39 0.89 0.48 1.47 0.13 0.11 0.29 1.74 3.24 2.33 2.73
C8 0.24 0.46 0.22 0.45 0.31 0.34 0.51 0.83 0.50 0.27 0.39 0.32 0.84 0.14 0.10 0.25 1.37 2.18 1.75 2.07
N1 0.32 0.90 0.16 0.39 0.47 0.45 0.55 1.17 0.53 0.38 0.89 0.51 1.43 0.13 0.09 0.29 1.77 3.26 2.48 2.81
N3 0.25 0.65 0.22 0.52 0.38 0.44 0.53 1.05 0.51 0.30 0.62 0.41 1.08 0.13 0.14 0.27 1.61 2.72 2.35 2.56
N6 0.38 1.05 0.12 0.23 0.53 0.40 0.55 1.14 0.52 0.44 1.04 0.55 1.62 0.13 0.17 0.29 1.75 3.43 2.26 2.74
N7 0.30 0.69 0.17 0.33 0.33 0.36 0.53 0.95 0.53 0.32 0.60 0.34 1.19 0.13 0.08 0.27 1.53 2.66 1.89 2.32
N9 0.22 0.45 0.24 0.53 0.32 0.37 0.51 0.87 0.49 0.27 0.41 0.35 0.80 0.13 0.16 0.24 1.39 2.20 1.94 2.16
O2' 0.38 0.31 0.48 0.90 0.50 0.74 0.73 1.22 0.73 0.43 0.35 0.53 0.44 0.12 0.41 0.54 1.68 2.23 2.61 2.51
O3' 0.18 0.42 0.20 0.12 0.39 0.25 0.27 0.26 0.21 0.27 0.47 0.44 0.51 0.25 0.37 0.21 0.49 0.86 0.97 0.99
O4' 0.14 0.24 0.16 0.33 0.26 0.10 0.30 0.21 0.25 0.17 0.24 0.30 0.37 0.15 0.16 0.14 0.67 1.08 1.14 1.23
O5' 0.13 0.25 0.26 0.15 0.35 0.10 0.33 0.16 0.27 0.23 0.31 0.39 0.21 0.39 0.02 0.09 0.32 0.47 0.64 0.67
OP1 0.35 0.27 0.10 0.03 0.22 0.14 0.39 0.26 0.28 0.10 0.13 0.32 0.59 0.10 0.02 0.33 0.44 1.06 0.37 0.41
OP2 0.26 0.81 0.58 0.05 1.12 0.43 1.03 0.50 0.82 0.69 1.02 1.25 0.65 0.56 0.02 0.18 0.26 0.38 0.46 0.45
P 0.10 0.16 0.26 0.03 0.46 0.20 0.51 0.10 0.40 0.20 0.30 0.54 0.08 0.27 0.01 0.20 0.17 0.52 0.17 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.34 0.00 0.22 0.44 0.08 0.23
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.28 0.06 0.23 0.69 0.36 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.20 0.11 0.03 0.05 0.05 0.16 0.01 0.04 0.02 0.51 0.78 0.40 0.68
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.29 0.01 0.35 0.02 0.31 0.17 0.20 0.32 0.08 0.02 0.01 0.02 0.18 0.29 0.14 0.26
C4 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.37 0.07 0.02 0.23 0.81 0.73 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.04 0.11 0.06 0.29 0.03 0.01 0.01 0.20 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.35 0.00 0.14 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.17 0.07 0.25 0.78 0.76 0.16
C5' 0.07 0.07 0.20 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.23 0.01 0.01 0.35 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.14 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.13 0.09 0.24 0.69 0.52 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.15 0.01 0.23 0.62 0.30 0.15
N3 0.03 0.01 0.05 0.20 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.34 0.18 0.05 0.23 0.78 0.55 0.12
N4 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.10 0.03 0.24 0.83 0.89 0.17
O2 0.04 0.01 0.16 0.08 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.49 0.11 0.24 0.64 0.22 0.22
O2' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.37 0.29 0.34 0.08 0.28 0.21 0.34 0.40 0.22 0.00 0.05 0.18 0.34 0.68 0.38 0.61
O3' 0.34 0.28 0.04 0.01 0.07 0.03 0.17 0.23 0.13 0.15 0.18 0.10 0.49 0.05 0.00 0.23 0.27 0.61 0.12 0.21
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.05 0.03 0.11 0.18 0.23 0.00 0.06 0.10 0.16 0.13
O5' 0.22 0.23 0.51 0.18 0.23 0.01 0.25 0.01 0.24 0.23 0.23 0.24 0.24 0.34 0.27 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.44 0.69 0.78 0.29 0.81 0.20 0.78 0.35 0.69 0.62 0.78 0.83 0.64 0.68 0.61 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.36 0.40 0.14 0.73 0.24 0.76 0.39 0.52 0.30 0.55 0.89 0.22 0.38 0.12 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.16 0.68 0.26 0.12 0.05 0.16 0.02 0.11 0.15 0.12 0.17 0.22 0.61 0.21 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00