ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52394

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 2, 1, 2, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.024, 0.043, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.027, 0.048, 0.070, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.048 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.025, 0.050, 0.076, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.050 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.035, 0.071, 0.106, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.071 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.054, 0.098, 0.141, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.098 std_dev=0.043
N9 A 0, 0.036, 0.091, 0.146, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.091 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.067, 0.126, 0.185, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.126 std_dev=0.059
N6 A 0, 0.044, 0.106, 0.168, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.106 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.158, 0.427, 0.697, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.351, 0.628, 0.905, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.628 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.198, 0.476, 0.754, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.476 std_dev=0.278
O4' A 0, 0.148, 0.480, 0.812, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.480 std_dev=0.332
C3' A 0, 0.302, 0.983, 1.664, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.983 std_dev=0.681
C4' A 0, 0.176, 0.889, 1.602, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.889 std_dev=0.713
O2' A 0, 0.312, 1.119, 1.926, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.119 std_dev=0.807
C5' A 0, 0.399, 1.368, 2.337, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.368 std_dev=0.969
C1' B 0, 0.589, 1.559, 2.528, 2.802 max_d=2.802 avg_d=1.559 std_dev=0.970
C6 B 0, 0.674, 1.693, 2.712, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.693 std_dev=1.019
N1 B 0, 0.617, 1.651, 2.686, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.651 std_dev=1.034
C5 B 0, 0.676, 1.712, 2.749, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.712 std_dev=1.036
O3' A 0, 0.549, 1.651, 2.753, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.651 std_dev=1.102
C3' B 0, 0.530, 1.668, 2.806, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.668 std_dev=1.138
O5' A 0, 0.422, 1.669, 2.917, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.669 std_dev=1.248
C4 B 0, 0.664, 2.199, 3.734, 4.680 max_d=4.680 avg_d=2.199 std_dev=1.535
O4' B 0, 0.676, 2.364, 4.052, 4.693 max_d=4.693 avg_d=2.364 std_dev=1.688
O3' B 0, 0.455, 2.230, 4.005, 4.841 max_d=4.841 avg_d=2.230 std_dev=1.775
C4' B 0, 0.602, 2.386, 4.171, 4.980 max_d=4.980 avg_d=2.386 std_dev=1.784
OP1 A 0, 0.888, 2.718, 4.549, 5.684 max_d=5.684 avg_d=2.718 std_dev=1.831
P A 0, 0.628, 2.485, 4.343, 4.745 max_d=4.745 avg_d=2.485 std_dev=1.858
N4 B 0, 0.685, 2.564, 4.443, 5.658 max_d=5.658 avg_d=2.564 std_dev=1.879
C2 B 0, 0.566, 2.454, 4.342, 5.090 max_d=5.090 avg_d=2.454 std_dev=1.888
N3 B 0, 0.565, 2.790, 5.016, 6.060 max_d=6.060 avg_d=2.790 std_dev=2.226
O5' B 0, 0.803, 3.279, 5.754, 6.804 max_d=6.804 avg_d=3.279 std_dev=2.476
O2 B 0, 0.682, 3.161, 5.639, 6.311 max_d=6.311 avg_d=3.161 std_dev=2.478
OP2 A 0, 1.052, 3.689, 6.326, 6.689 max_d=6.689 avg_d=3.689 std_dev=2.637
C5' B 0, 0.719, 3.424, 6.129, 7.283 max_d=7.283 avg_d=3.424 std_dev=2.705
OP2 B 0, 1.088, 3.932, 6.776, 7.904 max_d=7.904 avg_d=3.932 std_dev=2.844
P B 0, 0.980, 4.311, 7.641, 8.921 max_d=8.921 avg_d=4.311 std_dev=3.331
OP1 B 0, 0.997, 5.126, 9.254, 10.782 max_d=10.782 avg_d=5.126 std_dev=4.129

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.15 0.37 0.18 0.31
C2 0.05 0.00 0.08 0.60 0.03 0.55 0.03 0.85 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.72 0.48 0.34 0.88 1.17 1.76 1.22
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.17 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.04 0.00 0.02 0.05 0.33 0.18 0.47 0.25
C3' 0.04 0.60 0.01 0.00 0.38 0.01 0.32 0.01 0.42 0.08 0.54 0.56 0.37 0.17 0.15 0.03 0.01 0.02 0.14 0.15 0.37 0.09
C4 0.03 0.03 0.04 0.38 0.00 0.29 0.01 0.44 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.47 0.12 0.18 0.51 0.79 1.15 0.88
C4' 0.03 0.55 0.01 0.01 0.29 0.00 0.18 0.01 0.29 0.16 0.45 0.53 0.21 0.08 0.06 0.26 0.03 0.00 0.01 0.21 0.26 0.10
C5 0.02 0.03 0.07 0.32 0.01 0.18 0.00 0.33 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.42 0.09 0.07 0.54 0.93 1.37 1.02
C5' 0.05 0.85 0.17 0.01 0.44 0.01 0.33 0.00 0.51 0.13 0.73 0.76 0.43 0.09 0.10 0.09 0.18 0.01 0.01 0.24 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.42 0.01 0.29 0.02 0.51 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.53 0.17 0.14 0.68 1.10 1.72 1.19
C8 0.03 0.05 0.08 0.08 0.02 0.16 0.04 0.13 0.06 0.00 0.06 0.03 0.09 0.00 0.01 0.21 0.37 0.19 0.39 0.79 0.80 0.76
N1 0.04 0.01 0.07 0.54 0.02 0.45 0.03 0.73 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.65 0.37 0.25 0.83 1.21 1.89 1.27
N3 0.06 0.00 0.08 0.56 0.01 0.53 0.01 0.76 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.68 0.40 0.35 0.74 0.92 1.36 0.99
N6 0.05 0.02 0.08 0.37 0.02 0.21 0.04 0.43 0.01 0.09 0.03 0.02 0.00 0.09 0.05 0.51 0.13 0.08 0.67 1.15 1.82 1.24
N7 0.02 0.03 0.10 0.17 0.02 0.08 0.01 0.09 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.28 0.25 0.10 0.45 0.91 1.15 0.94
N9 0.01 0.04 0.04 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.22 0.20 0.01 0.29 0.61 0.68 0.63
O2' 0.02 0.72 0.00 0.03 0.47 0.26 0.42 0.09 0.53 0.21 0.65 0.68 0.51 0.28 0.22 0.00 0.05 0.16 0.25 0.05 0.54 0.22
O3' 0.33 0.48 0.02 0.01 0.12 0.03 0.09 0.18 0.17 0.37 0.37 0.40 0.13 0.25 0.20 0.05 0.00 0.18 0.21 0.29 0.31 0.11
O4' 0.01 0.34 0.05 0.02 0.18 0.00 0.07 0.01 0.14 0.19 0.25 0.35 0.08 0.10 0.01 0.16 0.18 0.00 0.23 0.50 0.30 0.45
O5' 0.15 0.88 0.33 0.14 0.51 0.01 0.54 0.01 0.68 0.39 0.83 0.74 0.67 0.45 0.29 0.25 0.21 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.37 1.17 0.18 0.15 0.79 0.21 0.93 0.24 1.10 0.79 1.21 0.92 1.15 0.91 0.61 0.05 0.29 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 1.76 0.47 0.37 1.15 0.26 1.37 0.36 1.72 0.80 1.89 1.36 1.82 1.15 0.68 0.54 0.31 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.22 0.25 0.09 0.88 0.10 1.02 0.02 1.19 0.76 1.27 0.99 1.24 0.94 0.63 0.22 0.11 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.55 0.13 0.34 0.27 0.12 0.29 0.17 0.27 0.28 0.47 0.28 0.92 0.07 0.67 0.34 0.12 0.25 0.13 0.11
C2 0.75 0.75 0.12 0.18 0.44 0.81 0.37 0.97 0.44 0.60 0.65 0.40 1.06 0.17 0.39 1.14 0.82 0.89 0.82 0.97
C2' 0.22 0.58 0.20 0.45 0.34 0.29 0.23 0.37 0.21 0.25 0.56 0.37 0.92 0.19 0.79 0.20 0.29 0.46 0.26 0.30
C3' 0.53 1.02 0.26 0.18 0.74 0.11 0.49 0.22 0.39 0.61 1.02 0.79 1.41 0.28 0.54 0.37 0.13 0.39 0.15 0.17
C4 0.66 0.63 0.11 0.14 0.32 0.71 0.27 0.81 0.33 0.48 0.52 0.30 0.95 0.16 0.35 1.00 0.67 0.71 0.64 0.77
C4' 0.87 1.45 0.58 0.42 1.14 0.35 0.88 0.42 0.79 0.99 1.44 1.18 1.89 0.54 0.72 0.62 0.37 0.61 0.42 0.41
C5 0.78 0.67 0.18 0.35 0.42 1.09 0.34 1.29 0.44 0.55 0.61 0.45 0.96 0.22 0.25 1.32 1.07 1.22 1.02 1.24
C5' 1.14 1.92 0.78 0.60 1.62 0.53 1.28 0.60 1.13 1.35 1.98 1.69 2.41 0.65 0.87 0.86 0.61 0.86 0.72 0.67
C6 0.86 0.75 0.22 0.43 0.52 1.25 0.44 1.53 0.56 0.64 0.73 0.56 1.02 0.24 0.29 1.47 1.30 1.51 1.28 1.52
C8 0.62 0.49 0.16 0.27 0.29 0.85 0.23 0.92 0.26 0.37 0.42 0.32 0.77 0.21 0.19 1.01 0.75 0.82 0.67 0.83
N1 0.84 0.76 0.18 0.32 0.49 1.09 0.43 1.33 0.54 0.65 0.70 0.49 1.03 0.21 0.29 1.36 1.13 1.31 1.14 1.35
N3 0.64 0.70 0.09 0.14 0.37 0.59 0.31 0.68 0.34 0.51 0.59 0.33 1.04 0.15 0.48 0.92 0.55 0.57 0.55 0.65
N6 0.95 0.83 0.30 0.63 0.67 1.53 0.56 1.91 0.71 0.72 0.89 0.75 1.08 0.30 0.46 1.69 1.65 1.98 1.64 1.95
N7 0.77 0.67 0.21 0.47 0.47 1.23 0.34 1.43 0.43 0.52 0.66 0.53 0.98 0.24 0.33 1.39 1.18 1.35 1.09 1.33
N9 0.53 0.53 0.11 0.12 0.23 0.49 0.22 0.53 0.24 0.37 0.41 0.21 0.86 0.15 0.38 0.76 0.43 0.43 0.40 0.48
O2' 0.42 0.30 0.59 0.86 0.27 0.78 0.46 0.87 0.52 0.35 0.27 0.24 0.52 0.58 1.12 0.55 0.79 0.91 0.76 0.81
O3' 0.81 1.20 0.62 0.34 0.90 0.48 0.58 0.42 0.51 0.83 1.19 0.93 1.55 0.71 0.22 0.69 0.48 0.44 0.49 0.45
O4' 0.86 1.23 0.46 0.43 0.88 0.41 0.75 0.43 0.71 0.88 1.15 0.88 1.67 0.47 0.77 0.72 0.40 0.53 0.43 0.42
O5' 1.18 1.92 0.78 0.69 1.71 0.57 1.44 0.59 1.27 1.40 2.00 1.80 2.37 0.57 0.95 0.95 0.67 0.81 0.81 0.71
OP1 1.54 2.46 1.21 1.31 2.55 1.08 2.31 1.24 2.04 1.95 2.73 2.75 2.77 0.77 1.52 1.32 1.36 1.60 1.57 1.45
OP2 0.80 1.45 0.75 0.98 1.49 0.64 1.44 0.81 1.25 1.07 1.61 1.65 1.82 0.43 1.29 0.63 0.93 1.29 1.11 1.03
P 1.04 1.74 0.89 1.10 1.77 0.80 1.68 0.96 1.49 1.34 1.91 1.92 2.10 0.52 1.44 0.87 1.04 1.35 1.18 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.05 0.07
C2 0.03 0.00 0.19 0.18 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.22 0.08 0.12 0.13 0.14 0.11
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.14 0.03 0.36 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.18 0.09
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.17 0.06 0.16 0.11 0.29 0.02 0.01 0.01 0.17 0.11 0.24 0.17
C4 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.03 0.15 0.13 0.08 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.12 0.14 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.20 0.11 0.19 0.14 0.21 0.21
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.15 0.06 0.08 0.14 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.17 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.22 0.14 0.19 0.14 0.20 0.21
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.11 0.11 0.06 0.08
N3 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.19 0.06 0.14 0.15 0.13 0.11
N4 0.03 0.02 0.03 0.11 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.13 0.03 0.16 0.14 0.10 0.12
O2 0.06 0.01 0.36 0.29 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.31 0.38 0.14 0.12 0.13 0.22 0.16
O2' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.03 0.05 0.10 0.05 0.13 0.02 0.11 0.03 0.31 0.00 0.06 0.04 0.07 0.10 0.12 0.07
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.11 0.03 0.20 0.03 0.22 0.05 0.19 0.13 0.38 0.06 0.00 0.03 0.24 0.18 0.31 0.23
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.06 0.03 0.14 0.04 0.03 0.00 0.16 0.20 0.13 0.15
O5' 0.08 0.12 0.09 0.17 0.15 0.01 0.19 0.01 0.19 0.11 0.14 0.16 0.12 0.07 0.24 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.13 0.07 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.14 0.13 0.10 0.18 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.14 0.18 0.24 0.08 0.04 0.21 0.04 0.20 0.06 0.13 0.10 0.22 0.12 0.31 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.09 0.17 0.10 0.03 0.21 0.01 0.21 0.08 0.11 0.12 0.16 0.07 0.23 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00