ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52395

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.025, 0.040, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.040 std_dev=0.015
C6 A 0, -0.002, 0.014, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.043, 0.070, 0.097, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.070 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.024, 0.052, 0.079, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.052 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.006, 0.033, 0.061, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.033 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.044 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.042, 0.075, 0.108, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.075 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.006, 0.041, 0.075, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.041 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.008, 0.253, 0.498, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.253 std_dev=0.245
O4' A 0, 0.007, 0.277, 0.546, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.277 std_dev=0.269
O2' B 0, 0.442, 0.715, 0.988, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.715 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.436, 0.825, 1.214, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.825 std_dev=0.389
C3' A 0, 0.040, 0.475, 0.910, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.475 std_dev=0.435
C4' A 0, 0.045, 0.485, 0.924, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.485 std_dev=0.439
P A 0, 0.298, 0.766, 1.233, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.766 std_dev=0.468
O5' A 0, 0.284, 0.760, 1.237, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.760 std_dev=0.477
C5' A 0, 0.259, 0.769, 1.280, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.769 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.415, 0.945, 1.475, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.945 std_dev=0.530
O2' A 0, -0.078, 0.455, 0.988, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.455 std_dev=0.533
C3' B 0, 0.332, 0.902, 1.471, 2.052 max_d=2.052 avg_d=0.902 std_dev=0.569
O3' B 0, 0.323, 0.896, 1.468, 2.061 max_d=2.061 avg_d=0.896 std_dev=0.572
OP1 A 0, 0.241, 0.900, 1.559, 2.719 max_d=2.719 avg_d=0.900 std_dev=0.659
O3' A 0, 0.027, 0.738, 1.448, 2.902 max_d=2.902 avg_d=0.738 std_dev=0.710
C1' B 0, 0.437, 1.263, 2.089, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.263 std_dev=0.826
C4' B 0, 0.356, 1.290, 2.224, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.290 std_dev=0.934
O4' B 0, 0.425, 1.442, 2.458, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.442 std_dev=1.017
N1 B 0, 0.383, 1.816, 3.249, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.816 std_dev=1.433
C5' B 0, 0.336, 1.893, 3.449, 4.580 max_d=4.580 avg_d=1.893 std_dev=1.556
C6 B 0, 0.599, 2.304, 4.008, 4.791 max_d=4.791 avg_d=2.304 std_dev=1.704
O2 B 0, 0.439, 2.250, 4.061, 5.922 max_d=5.922 avg_d=2.250 std_dev=1.811
C2 B 0, 0.283, 2.192, 4.102, 5.106 max_d=5.106 avg_d=2.192 std_dev=1.909
O5' B 0, 0.185, 2.411, 4.637, 6.662 max_d=6.662 avg_d=2.411 std_dev=2.226
C5 B 0, 0.666, 2.952, 5.238, 6.106 max_d=6.106 avg_d=2.952 std_dev=2.286
N3 B 0, 0.313, 2.817, 5.320, 6.622 max_d=6.622 avg_d=2.817 std_dev=2.503
OP2 B 0, 1.695, 4.329, 6.964, 8.814 max_d=8.814 avg_d=4.329 std_dev=2.634
P B 0, 0.878, 3.515, 6.151, 8.429 max_d=8.429 avg_d=3.515 std_dev=2.636
OP1 B 0, 1.021, 3.658, 6.296, 8.876 max_d=8.876 avg_d=3.658 std_dev=2.638
C4 B 0, 0.421, 3.099, 5.777, 7.118 max_d=7.118 avg_d=3.099 std_dev=2.678
N4 B 0, 0.541, 3.794, 7.047, 8.789 max_d=8.789 avg_d=3.794 std_dev=3.253

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.04 0.19 0.01 0.18 0.19 0.36 0.24
C2 0.07 0.00 0.20 0.19 0.02 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.31 0.24 0.11 0.25 0.30 0.47 0.34
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.15 0.08 0.09 0.15 0.20 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.39 0.56 0.41
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.19 0.00 0.26 0.04 0.25 0.28 0.22 0.16 0.29 0.31 0.18 0.04 0.01 0.05 0.10 0.21 0.21 0.13
C4 0.03 0.02 0.10 0.19 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.22 0.12 0.05 0.24 0.28 0.42 0.31
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.12 0.22 0.07 0.08 0.17 0.23 0.10 0.19 0.02 0.01 0.05 0.12 0.12 0.07
C5 0.03 0.01 0.05 0.26 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.13 0.03 0.34 0.40 0.52 0.42
C5' 0.07 0.13 0.15 0.04 0.15 0.01 0.26 0.00 0.25 0.29 0.18 0.11 0.31 0.34 0.15 0.07 0.11 0.06 0.02 0.09 0.06 0.03
C6 0.05 0.02 0.08 0.25 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.13 0.05 0.35 0.45 0.59 0.46
C8 0.02 0.02 0.09 0.28 0.01 0.22 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.22 0.21 0.09 0.30 0.31 0.39 0.32
N1 0.07 0.01 0.15 0.22 0.03 0.07 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.32 0.17 0.09 0.31 0.39 0.55 0.41
N3 0.07 0.01 0.20 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.28 0.25 0.12 0.22 0.24 0.42 0.29
N6 0.04 0.03 0.06 0.29 0.03 0.17 0.02 0.31 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.33 0.18 0.04 0.41 0.54 0.68 0.54
N7 0.02 0.02 0.06 0.31 0.01 0.23 0.00 0.34 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.27 0.23 0.07 0.39 0.44 0.54 0.46
N9 0.01 0.03 0.01 0.18 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.20 0.22 0.35 0.26
O2' 0.04 0.31 0.01 0.04 0.22 0.19 0.27 0.07 0.31 0.22 0.32 0.28 0.33 0.27 0.15 0.00 0.06 0.15 0.24 0.36 0.66 0.39
O3' 0.19 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.11 0.13 0.21 0.17 0.25 0.18 0.23 0.08 0.06 0.00 0.13 0.20 0.30 0.23 0.20
O4' 0.01 0.11 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.09 0.12 0.04 0.07 0.02 0.15 0.13 0.00 0.18 0.15 0.36 0.25
O5' 0.18 0.25 0.31 0.10 0.24 0.05 0.34 0.02 0.35 0.30 0.31 0.22 0.41 0.39 0.20 0.24 0.20 0.18 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.19 0.30 0.39 0.21 0.28 0.12 0.40 0.09 0.45 0.31 0.39 0.24 0.54 0.44 0.22 0.36 0.30 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.47 0.56 0.21 0.42 0.12 0.52 0.06 0.59 0.39 0.55 0.42 0.68 0.54 0.35 0.66 0.23 0.36 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.24 0.34 0.41 0.13 0.31 0.07 0.42 0.03 0.46 0.32 0.41 0.29 0.54 0.46 0.26 0.39 0.20 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 1.12 0.39 0.35 1.30 0.27 1.14 0.39 0.90 0.79 1.33 1.46 1.20 0.25 0.30 0.29 0.47 1.04 0.93 0.74
C2 0.79 1.71 0.50 0.59 2.30 0.52 2.06 0.74 1.62 1.33 2.19 2.68 1.70 0.33 0.35 0.72 1.13 1.76 1.86 1.52
C2' 0.38 0.99 0.38 0.49 1.29 0.42 1.16 0.64 0.93 0.73 1.25 1.48 1.02 0.27 0.35 0.32 0.63 1.24 1.02 0.93
C3' 0.38 0.92 0.38 0.25 1.15 0.14 1.03 0.27 0.81 0.69 1.13 1.31 0.93 0.33 0.14 0.21 0.33 0.70 0.74 0.50
C4 0.69 1.51 0.47 0.55 1.91 0.47 1.74 0.67 1.41 1.18 1.87 2.14 1.53 0.33 0.34 0.62 0.99 1.59 1.59 1.33
C4' 0.32 0.77 0.36 0.18 0.89 0.21 0.77 0.26 0.60 0.55 0.91 0.99 0.83 0.27 0.22 0.17 0.29 0.50 0.55 0.32
C5 0.79 1.59 0.51 0.66 2.08 0.64 1.95 0.88 1.60 1.30 1.98 2.29 1.57 0.37 0.43 0.79 1.29 1.89 1.91 1.65
C5' 0.31 0.58 0.35 0.17 0.66 0.18 0.59 0.27 0.48 0.44 0.67 0.73 0.63 0.35 0.18 0.17 0.30 0.33 0.49 0.25
C6 0.87 1.72 0.52 0.71 2.41 0.72 2.24 1.00 1.78 1.42 2.22 2.76 1.68 0.37 0.46 0.91 1.48 2.11 2.21 1.89
C8 0.58 1.16 0.44 0.56 1.37 0.48 1.32 0.67 1.14 0.95 1.34 1.45 1.19 0.37 0.37 0.55 0.94 1.50 1.39 1.23
N1 0.86 1.77 0.52 0.67 2.47 0.65 2.24 0.91 1.76 1.42 2.29 2.89 1.73 0.35 0.41 0.86 1.38 2.01 2.14 1.79
N3 0.69 1.58 0.47 0.52 2.05 0.42 1.82 0.61 1.44 1.20 1.99 2.35 1.60 0.31 0.32 0.59 0.92 1.54 1.58 1.28
N6 0.94 1.73 0.54 0.79 2.55 0.86 2.42 1.18 1.91 1.48 2.25 2.96 1.69 0.39 0.54 1.05 1.75 2.40 2.52 2.19
N7 0.75 1.40 0.49 0.69 1.74 0.68 1.72 0.92 1.48 1.19 1.65 1.83 1.38 0.38 0.47 0.78 1.31 1.89 1.83 1.64
N9 0.56 1.27 0.43 0.48 1.52 0.37 1.39 0.54 1.14 0.97 1.51 1.67 1.32 0.32 0.31 0.47 0.77 1.34 1.27 1.07
O2' 0.35 1.00 0.38 0.46 1.25 0.42 1.10 0.70 0.87 0.70 1.25 1.44 1.08 0.19 0.30 0.27 0.67 1.38 1.05 1.01
O3' 0.38 0.87 0.39 0.23 1.09 0.14 0.97 0.20 0.76 0.64 1.07 1.25 0.90 0.33 0.20 0.22 0.28 0.53 0.65 0.36
O4' 0.36 0.87 0.36 0.26 0.94 0.30 0.80 0.29 0.62 0.60 1.00 1.04 0.98 0.24 0.36 0.26 0.34 0.69 0.67 0.46
O5' 0.31 0.50 0.31 0.19 0.65 0.13 0.61 0.17 0.50 0.39 0.61 0.73 0.52 0.47 0.03 0.21 0.31 0.54 0.57 0.39
OP1 0.21 0.31 0.09 0.15 0.56 0.18 0.58 0.32 0.43 0.24 0.45 0.66 0.39 0.19 0.02 0.22 0.41 0.46 0.74 0.43
OP2 0.23 0.74 0.36 0.08 0.97 0.23 0.85 0.40 0.62 0.52 0.93 1.09 0.72 0.44 0.02 0.11 0.68 0.98 0.88 0.79
P 0.11 0.35 0.14 0.05 0.56 0.10 0.53 0.16 0.38 0.22 0.50 0.66 0.36 0.26 0.01 0.10 0.35 0.50 0.57 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.11 0.05 0.21 0.01 0.21 0.39 0.36 0.28
C2 0.05 0.00 0.16 0.28 0.02 0.10 0.03 0.18 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.25 0.13 0.40 0.52 0.53 0.45
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.15 0.13 0.18 0.04 0.14 0.08 0.26 0.01 0.01 0.02 0.39 0.65 0.52 0.47
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.35 0.01 0.32 0.03 0.25 0.21 0.34 0.38 0.26 0.02 0.01 0.02 0.29 0.46 0.28 0.29
C4 0.04 0.02 0.08 0.35 0.00 0.19 0.01 0.32 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.29 0.09 0.56 0.64 0.70 0.62
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.19 0.00 0.24 0.01 0.22 0.11 0.13 0.20 0.17 0.25 0.03 0.01 0.04 0.19 0.25 0.11
C5 0.04 0.03 0.15 0.32 0.01 0.24 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.33 0.27 0.15 0.58 0.65 0.69 0.65
C5' 0.06 0.18 0.13 0.03 0.32 0.01 0.38 0.00 0.32 0.17 0.24 0.36 0.21 0.12 0.15 0.03 0.02 0.21 0.33 0.04
C6 0.04 0.01 0.18 0.25 0.02 0.22 0.01 0.32 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.30 0.18 0.18 0.48 0.57 0.56 0.53
N1 0.02 0.01 0.04 0.21 0.02 0.11 0.02 0.17 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.16 0.14 0.05 0.36 0.50 0.48 0.42
N3 0.04 0.01 0.14 0.34 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.28 0.10 0.48 0.58 0.62 0.53
N4 0.04 0.03 0.08 0.38 0.01 0.20 0.02 0.36 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.29 0.32 0.10 0.60 0.70 0.78 0.69
O2 0.11 0.01 0.26 0.26 0.02 0.17 0.04 0.21 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.13 0.35 0.25 0.38 0.51 0.50 0.42
O2' 0.05 0.12 0.01 0.02 0.27 0.25 0.33 0.12 0.30 0.16 0.18 0.29 0.13 0.00 0.05 0.18 0.22 0.47 0.51 0.32
O3' 0.21 0.25 0.01 0.01 0.29 0.03 0.27 0.15 0.18 0.14 0.28 0.32 0.35 0.05 0.00 0.14 0.26 0.35 0.35 0.25
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.09 0.01 0.15 0.03 0.18 0.05 0.10 0.10 0.25 0.18 0.14 0.00 0.17 0.24 0.40 0.27
O5' 0.21 0.40 0.39 0.29 0.56 0.04 0.58 0.02 0.48 0.36 0.48 0.60 0.38 0.22 0.26 0.17 0.00 0.04 0.02 0.02
OP1 0.39 0.52 0.65 0.46 0.64 0.19 0.65 0.21 0.57 0.50 0.58 0.70 0.51 0.47 0.35 0.24 0.04 0.00 0.04 0.02
OP2 0.36 0.53 0.52 0.28 0.70 0.25 0.69 0.33 0.56 0.48 0.62 0.78 0.50 0.51 0.35 0.40 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.28 0.45 0.47 0.29 0.62 0.11 0.65 0.04 0.53 0.42 0.53 0.69 0.42 0.32 0.25 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00