ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.001, 0.024, 0.047, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.027 std_dev=0.023
O3' B 0, 0.388, 0.616, 0.844, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.616 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.369, 0.615, 0.862, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.615 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.472, 0.743, 1.014, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.743 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.443, 0.740, 1.038, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.740 std_dev=0.298
C3' A 0, 0.617, 0.980, 1.343, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.980 std_dev=0.363
C2' A 0, 0.214, 0.591, 0.968, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.591 std_dev=0.377
C5' B 0, 0.657, 1.038, 1.419, 1.312 max_d=1.312 avg_d=1.038 std_dev=0.381
O4' A 0, 0.219, 0.605, 0.991, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.605 std_dev=0.386
O3' A 0, 0.712, 1.111, 1.510, 1.634 max_d=1.634 avg_d=1.111 std_dev=0.399
O4' B 0, 0.670, 1.119, 1.568, 1.465 max_d=1.465 avg_d=1.119 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.747, 1.207, 1.668, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.207 std_dev=0.460
O2' B 0, 0.876, 1.339, 1.802, 1.741 max_d=1.741 avg_d=1.339 std_dev=0.463
O5' B 0, 0.571, 1.142, 1.714, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.142 std_dev=0.571
O2' A 0, 0.457, 1.031, 1.604, 1.536 max_d=1.536 avg_d=1.031 std_dev=0.573
C4' A 0, 0.730, 1.314, 1.898, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.314 std_dev=0.584
C5' A 0, 1.120, 1.978, 2.836, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.978 std_dev=0.858
P B 0, 0.968, 1.851, 2.734, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.851 std_dev=0.883
N1 B 0, 0.990, 1.881, 2.773, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.881 std_dev=0.892
C6 B 0, 0.942, 1.844, 2.745, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.844 std_dev=0.902
OP1 B 0, 1.443, 2.493, 3.544, 3.352 max_d=3.352 avg_d=2.493 std_dev=1.050
OP2 B 0, 1.273, 2.369, 3.464, 3.454 max_d=3.454 avg_d=2.369 std_dev=1.096
C5 B 0, 1.318, 2.770, 4.222, 4.338 max_d=4.338 avg_d=2.770 std_dev=1.452
C2 B 0, 1.449, 2.976, 4.502, 4.437 max_d=4.437 avg_d=2.976 std_dev=1.526
O2 B 0, 1.652, 3.352, 5.053, 4.889 max_d=4.889 avg_d=3.352 std_dev=1.700
O5' A 0, 1.426, 3.146, 4.867, 4.761 max_d=4.761 avg_d=3.146 std_dev=1.720
C4 B 0, 1.681, 3.646, 5.612, 5.636 max_d=5.636 avg_d=3.646 std_dev=1.966
N3 B 0, 1.749, 3.757, 5.766, 5.698 max_d=5.698 avg_d=3.757 std_dev=2.009
N4 B 0, 2.055, 4.558, 7.062, 7.069 max_d=7.069 avg_d=4.558 std_dev=2.504
P A 0, 1.430, 3.949, 6.467, 6.331 max_d=6.331 avg_d=3.949 std_dev=2.518
OP1 A 0, 1.488, 4.009, 6.531, 6.492 max_d=6.492 avg_d=4.009 std_dev=2.522
OP2 A 0, 1.658, 4.293, 6.927, 6.710 max_d=6.710 avg_d=4.293 std_dev=2.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.35 0.39 0.13 0.33
C2 0.03 0.00 0.11 0.05 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.10 0.23 0.24 0.26 0.84 0.26
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.08 0.07 0.10 0.11 0.08 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.52 0.31 0.30 0.52
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.36 0.30
C4 0.01 0.01 0.08 0.03 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.06 0.11 0.21 0.55 0.52 0.18
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.15 0.15 0.18 0.06 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.10 0.01
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.05 0.36 0.85 0.51 0.37
C5' 0.03 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.11 0.24 0.19 0.22 0.11 0.20 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.05 0.09 0.22 0.77 0.70 0.21
C8 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.06 0.14 0.80 1.14 0.14 0.85
N1 0.03 0.00 0.10 0.04 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.08 0.17 0.16 0.48 0.85 0.15
N3 0.03 0.01 0.11 0.05 0.00 0.18 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.29 0.10 0.23 0.20 0.24 0.70 0.20
N6 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.05 0.06 0.31 0.96 0.68 0.33
N7 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.05 0.09 0.67 1.21 0.25 0.76
N9 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.45 0.69 0.24 0.44
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.17 0.01 0.11 0.02 0.16 0.15 0.25 0.29 0.13 0.10 0.05 0.00 0.05 0.01 0.53 0.33 0.37 0.58
O3' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.02 0.16 0.18 0.31 0.17
O4' 0.00 0.23 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.14 0.17 0.23 0.06 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.23 0.25 0.10
O5' 0.35 0.24 0.52 0.29 0.21 0.02 0.36 0.01 0.22 0.80 0.16 0.20 0.31 0.67 0.45 0.53 0.16 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.39 0.26 0.31 0.11 0.55 0.16 0.85 0.21 0.77 1.14 0.48 0.24 0.96 1.21 0.69 0.33 0.18 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.84 0.30 0.36 0.52 0.10 0.51 0.15 0.70 0.14 0.85 0.70 0.68 0.25 0.24 0.37 0.31 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.26 0.52 0.30 0.18 0.01 0.37 0.01 0.21 0.85 0.15 0.20 0.33 0.76 0.44 0.58 0.17 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.87 1.64 0.31 0.08 1.43 0.27 1.03 0.68 0.85 1.14 1.71 1.52 1.98 0.21 0.09 0.44 0.40 1.01 0.30 0.59
C2 1.01 2.06 0.40 0.15 1.79 0.12 1.16 0.76 0.92 1.34 2.21 1.94 2.52 0.20 0.25 0.60 0.56 1.58 0.65 0.96
C2' 0.77 1.57 0.18 0.17 1.43 0.40 1.07 0.67 0.89 1.11 1.65 1.51 1.82 0.16 0.28 0.32 0.33 0.80 0.16 0.44
C3' 0.77 1.41 0.27 0.09 1.40 0.25 1.14 0.45 0.96 1.08 1.53 1.49 1.53 0.30 0.15 0.37 0.14 0.51 0.20 0.20
C4 1.02 1.90 0.41 0.16 1.57 0.13 1.04 0.75 0.85 1.27 1.96 1.67 2.35 0.23 0.24 0.60 0.54 1.44 0.59 0.88
C4' 1.03 1.49 0.60 0.41 1.38 0.17 1.14 0.22 1.03 1.20 1.54 1.43 1.66 0.65 0.33 0.64 0.11 0.46 0.21 0.15
C5 1.03 1.83 0.45 0.21 1.44 0.06 0.90 0.73 0.74 1.21 1.86 1.51 2.30 0.25 0.32 0.67 0.61 1.62 0.77 1.02
C5' 1.28 1.47 0.94 0.78 1.31 0.53 1.17 0.23 1.15 1.31 1.44 1.31 1.60 1.08 0.64 0.94 0.38 0.24 0.42 0.27
C6 1.03 1.90 0.45 0.22 1.51 0.06 0.92 0.72 0.74 1.23 1.96 1.61 2.38 0.24 0.34 0.67 0.65 1.76 0.87 1.11
C8 1.01 1.57 0.45 0.19 1.18 0.12 0.76 0.72 0.66 1.09 1.53 1.20 1.98 0.29 0.28 0.64 0.56 1.33 0.62 0.85
N1 1.03 2.02 0.43 0.19 1.69 0.05 1.06 0.74 0.84 1.30 2.14 1.83 2.50 0.22 0.31 0.64 0.62 1.72 0.80 1.07
N3 1.00 2.00 0.38 0.13 1.74 0.17 1.17 0.76 0.93 1.32 2.13 1.88 2.44 0.20 0.21 0.57 0.52 1.43 0.54 0.86
N6 1.00 1.80 0.47 0.25 1.38 0.12 0.79 0.68 0.64 1.15 1.85 1.47 2.29 0.25 0.38 0.69 0.69 1.90 1.03 1.23
N7 1.02 1.62 0.48 0.24 1.19 0.10 0.72 0.71 0.62 1.09 1.59 1.22 2.07 0.28 0.35 0.70 0.64 1.59 0.81 1.03
N9 0.99 1.74 0.40 0.14 1.42 0.18 0.96 0.72 0.81 1.19 1.76 1.48 2.15 0.24 0.20 0.57 0.49 1.25 0.49 0.76
O2' 0.30 1.45 0.37 0.65 1.42 0.89 0.99 1.05 0.69 0.85 1.66 1.57 1.71 0.62 0.68 0.25 0.61 1.01 0.31 0.67
O3' 0.53 1.34 0.09 0.18 1.44 0.46 1.13 0.63 0.88 0.94 1.56 1.60 1.43 0.12 0.23 0.20 0.25 0.63 0.16 0.32
O4' 1.06 1.62 0.58 0.39 1.41 0.14 1.08 0.36 0.96 1.23 1.65 1.46 1.90 0.54 0.40 0.66 0.16 0.76 0.14 0.36
O5' 2.21 2.30 1.86 1.74 2.07 1.48 1.92 1.06 1.95 2.16 2.22 2.03 2.44 1.88 1.63 1.89 1.18 0.64 1.11 0.97
OP1 2.26 1.95 1.97 2.20 1.71 2.15 1.73 1.91 1.89 2.02 1.79 1.59 2.03 1.83 2.06 2.26 1.78 1.49 1.57 1.66
OP2 2.24 2.16 2.23 1.96 1.98 1.57 1.93 1.19 2.01 2.15 2.07 1.91 2.21 2.38 1.48 1.88 1.31 0.75 1.22 1.08
P 2.62 2.46 2.41 2.42 2.23 2.15 2.18 1.76 2.29 2.46 2.34 2.15 2.54 2.35 2.24 2.40 1.78 1.24 1.60 1.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.00 0.17 0.19 0.20 0.15
C2 0.01 0.00 0.17 0.22 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.15 0.13 0.14 0.18 0.14
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.17 0.18 0.01 0.13 0.02 0.29 0.00 0.02 0.01 0.38 0.47 0.48 0.41
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.34 0.01 0.34 0.01 0.28 0.21 0.29 0.36 0.14 0.02 0.00 0.03 0.10 0.22 0.15 0.13
C4 0.01 0.00 0.02 0.34 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.15 0.06 0.07 0.09 0.18 0.10
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.14 0.06 0.05 0.08 0.11 0.32 0.04 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.13 0.34 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.22 0.06 0.06 0.09 0.18 0.10
C5' 0.08 0.14 0.17 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.14 0.11 0.18 0.15 0.20 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.28 0.01 0.14 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.15 0.11 0.05 0.08 0.17 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.06 0.03 0.10 0.12 0.18 0.11
N3 0.01 0.00 0.13 0.29 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.04 0.13 0.11 0.11 0.18 0.12
N4 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.35 0.20 0.07 0.07 0.10 0.19 0.10
O2 0.02 0.01 0.29 0.14 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.29 0.22 0.17 0.19 0.19 0.17
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.33 0.32 0.42 0.15 0.39 0.20 0.20 0.35 0.17 0.00 0.06 0.21 0.22 0.34 0.48 0.29
O3' 0.29 0.12 0.02 0.00 0.15 0.04 0.22 0.20 0.15 0.06 0.04 0.20 0.29 0.06 0.00 0.20 0.31 0.41 0.38 0.34
O4' 0.00 0.15 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.11 0.03 0.13 0.07 0.22 0.21 0.20 0.00 0.10 0.06 0.16 0.11
O5' 0.17 0.13 0.38 0.10 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.11 0.07 0.17 0.22 0.31 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.14 0.47 0.22 0.09 0.10 0.09 0.04 0.08 0.12 0.11 0.10 0.19 0.34 0.41 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.18 0.48 0.15 0.18 0.04 0.18 0.02 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.48 0.38 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.14 0.41 0.13 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.11 0.12 0.10 0.17 0.29 0.34 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00