ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.029, 0.046, 0.064, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.046 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.020, 0.044, 0.069, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.050 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.051, 0.088, 0.124, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.088 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.100, 0.195, 0.290, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.195 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.114, 0.221, 0.328, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.221 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.178, 0.324, 0.469, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.324 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.181, 0.346, 0.512, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.346 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.079, 0.298, 0.517, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.298 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.272, 0.512, 0.753, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.512 std_dev=0.241
O5' A 0, 0.182, 0.427, 0.672, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.427 std_dev=0.245
O3' A 0, 0.276, 0.542, 0.808, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.542 std_dev=0.266
P A 0, 0.283, 0.581, 0.880, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.581 std_dev=0.298
O3' B 0, 0.350, 0.650, 0.950, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.650 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.398, 0.709, 1.019, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.709 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.451, 0.769, 1.087, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.769 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.321, 0.646, 0.971, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.646 std_dev=0.325
OP2 A 0, 0.550, 0.942, 1.334, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.942 std_dev=0.392
OP1 A 0, 0.401, 0.803, 1.206, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.803 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.778, 1.388, 1.999, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.388 std_dev=0.611
O4' B 0, 0.662, 1.275, 1.887, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.275 std_dev=0.612
C1' B 0, 0.804, 1.569, 2.333, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.569 std_dev=0.764
C5' B 0, 0.816, 1.803, 2.790, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.803 std_dev=0.987
C6 B 0, 1.264, 2.436, 3.607, 3.808 max_d=3.808 avg_d=2.436 std_dev=1.172
N1 B 0, 1.240, 2.425, 3.609, 3.629 max_d=3.629 avg_d=2.425 std_dev=1.185
C5 B 0, 1.978, 3.811, 5.644, 5.536 max_d=5.536 avg_d=3.811 std_dev=1.833
C2 B 0, 1.979, 3.937, 5.895, 5.699 max_d=5.699 avg_d=3.937 std_dev=1.958
O5' B 0, 1.188, 3.176, 5.163, 5.288 max_d=5.288 avg_d=3.176 std_dev=1.987
O2 B 0, 2.170, 4.362, 6.554, 6.221 max_d=6.221 avg_d=4.362 std_dev=2.192
OP2 B 0, 1.870, 4.080, 6.291, 6.425 max_d=6.425 avg_d=4.080 std_dev=2.211
C4 B 0, 2.556, 5.035, 7.514, 7.008 max_d=7.008 avg_d=5.035 std_dev=2.479
N3 B 0, 2.547, 5.097, 7.647, 7.242 max_d=7.242 avg_d=5.097 std_dev=2.550
P B 0, 1.939, 4.645, 7.352, 7.294 max_d=7.294 avg_d=4.645 std_dev=2.706
N4 B 0, 3.239, 6.407, 9.576, 8.814 max_d=8.814 avg_d=6.407 std_dev=3.168
OP1 B 0, 2.754, 6.144, 9.534, 9.295 max_d=9.295 avg_d=6.144 std_dev=3.390

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.15 0.28 0.14
C2 0.05 0.00 0.18 0.18 0.01 0.10 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.23 0.23 0.03 0.10 0.17 0.33 0.18
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.09 0.06 0.15 0.18 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.29 0.20 0.09
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.10 0.15 0.15 0.17 0.11 0.13 0.06 0.02 0.02 0.02 0.13 0.35 0.20 0.15
C4 0.03 0.01 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.06 0.15 0.33 0.16
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.03 0.07 0.03 0.00 0.03 0.17 0.15 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.14 0.31 0.16
C5' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.13 0.06 0.08 0.11 0.13 0.04 0.08 0.06 0.02 0.02 0.13 0.09 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.14 0.02 0.10 0.15 0.31 0.16
C8 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.09 0.10 0.30 0.14
N1 0.05 0.01 0.15 0.15 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.19 0.03 0.10 0.16 0.32 0.17
N3 0.05 0.00 0.18 0.17 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.04 0.10 0.18 0.34 0.18
N6 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.10 0.15 0.02 0.14 0.17 0.29 0.17
N7 0.02 0.02 0.04 0.13 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.16 0.03 0.11 0.12 0.29 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.13 0.32 0.16
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.11 0.07 0.08 0.08 0.13 0.04 0.19 0.22 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.34 0.18 0.10
O3' 0.02 0.23 0.02 0.02 0.11 0.03 0.11 0.06 0.14 0.16 0.19 0.22 0.15 0.16 0.06 0.04 0.00 0.03 0.16 0.53 0.32 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.16 0.15 0.31 0.21
O5' 0.08 0.10 0.08 0.13 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.11 0.05 0.06 0.16 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.17 0.29 0.35 0.15 0.17 0.14 0.13 0.15 0.10 0.16 0.18 0.17 0.12 0.13 0.34 0.53 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.33 0.20 0.20 0.33 0.15 0.31 0.09 0.31 0.30 0.32 0.34 0.29 0.29 0.32 0.18 0.32 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.18 0.09 0.15 0.16 0.04 0.16 0.02 0.16 0.14 0.17 0.18 0.17 0.14 0.16 0.10 0.29 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.51 0.20 0.22 0.53 0.30 0.45 0.32 0.37 0.36 0.58 0.59 0.61 0.21 0.33 0.20 0.41 0.63 0.44 0.59
C2 0.31 0.77 0.23 0.21 0.80 0.22 0.64 0.23 0.50 0.49 0.89 0.90 0.95 0.20 0.29 0.25 0.64 1.25 0.84 1.03
C2' 0.18 0.50 0.16 0.08 0.48 0.21 0.38 0.25 0.31 0.31 0.57 0.54 0.62 0.16 0.21 0.12 0.31 0.52 0.32 0.50
C3' 0.24 0.47 0.23 0.10 0.41 0.19 0.34 0.24 0.30 0.31 0.50 0.45 0.62 0.24 0.16 0.14 0.20 0.40 0.22 0.40
C4 0.29 0.69 0.23 0.22 0.68 0.22 0.57 0.23 0.46 0.45 0.77 0.75 0.85 0.20 0.30 0.23 0.59 1.11 0.74 0.94
C4' 0.23 0.48 0.17 0.12 0.36 0.27 0.24 0.36 0.22 0.29 0.50 0.39 0.65 0.23 0.24 0.16 0.36 0.44 0.27 0.37
C5 0.37 0.87 0.24 0.22 0.84 0.21 0.67 0.26 0.53 0.56 0.98 0.92 1.07 0.18 0.27 0.29 0.76 1.39 0.93 1.16
C5' 0.34 0.44 0.32 0.19 0.27 0.30 0.25 0.38 0.28 0.31 0.40 0.26 0.64 0.43 0.22 0.27 0.32 0.42 0.28 0.31
C6 0.41 1.00 0.25 0.22 0.99 0.21 0.76 0.29 0.59 0.63 1.15 1.11 1.21 0.18 0.25 0.33 0.85 1.58 1.07 1.29
C8 0.29 0.64 0.24 0.22 0.59 0.21 0.50 0.23 0.43 0.44 0.68 0.61 0.80 0.19 0.28 0.24 0.62 1.08 0.71 0.94
N1 0.37 0.91 0.24 0.22 0.93 0.21 0.72 0.26 0.56 0.58 1.06 1.05 1.12 0.19 0.27 0.30 0.78 1.48 1.01 1.22
N3 0.27 0.66 0.23 0.22 0.69 0.24 0.58 0.24 0.46 0.44 0.77 0.78 0.81 0.21 0.31 0.23 0.55 1.06 0.71 0.90
N6 0.49 1.18 0.26 0.22 1.20 0.23 0.88 0.34 0.67 0.74 1.38 1.36 1.41 0.18 0.23 0.39 0.99 1.81 1.23 1.46
N7 0.39 0.90 0.25 0.22 0.84 0.21 0.66 0.28 0.54 0.58 0.98 0.89 1.09 0.17 0.25 0.31 0.81 1.42 0.94 1.19
N9 0.25 0.56 0.22 0.22 0.55 0.24 0.48 0.24 0.40 0.38 0.62 0.60 0.70 0.20 0.31 0.21 0.51 0.91 0.61 0.80
O2' 0.22 0.61 0.13 0.10 0.60 0.25 0.44 0.31 0.33 0.38 0.70 0.68 0.73 0.14 0.21 0.14 0.36 0.48 0.28 0.43
O3' 0.30 0.52 0.29 0.20 0.45 0.24 0.38 0.30 0.34 0.35 0.56 0.50 0.69 0.29 0.22 0.21 0.22 0.43 0.22 0.34
O4' 0.22 0.49 0.17 0.25 0.48 0.33 0.39 0.38 0.33 0.34 0.55 0.53 0.59 0.18 0.39 0.20 0.41 0.52 0.40 0.51
O5' 0.37 0.41 0.38 0.15 0.34 0.13 0.36 0.09 0.36 0.35 0.38 0.35 0.55 0.46 0.01 0.25 0.24 0.33 0.27 0.45
OP1 0.16 0.19 0.08 0.12 0.44 0.21 0.57 0.34 0.45 0.16 0.27 0.54 0.39 0.18 0.01 0.21 0.37 0.28 0.40 0.39
OP2 0.16 0.59 0.21 0.03 0.85 0.11 0.81 0.18 0.65 0.48 0.76 0.95 0.53 0.12 0.02 0.04 0.62 0.81 0.65 0.92
P 0.09 0.21 0.16 0.01 0.42 0.07 0.48 0.11 0.39 0.17 0.31 0.49 0.30 0.18 0.00 0.06 0.32 0.29 0.33 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.21 0.01 0.20 0.31 0.31 0.23
C2 0.04 0.00 0.13 0.16 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.20 0.20 0.11 0.31 0.40 0.61 0.34
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.13 0.01 0.10 0.03 0.23 0.00 0.02 0.03 0.43 0.65 0.23 0.53
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.28 0.00 0.32 0.01 0.29 0.16 0.21 0.31 0.15 0.02 0.00 0.01 0.34 0.37 0.16 0.42
C4 0.02 0.02 0.02 0.28 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.11 0.04 0.48 0.56 1.00 0.59
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.06 0.03 0.13 0.11 0.21 0.02 0.01 0.02 0.06 0.16 0.07
C5 0.02 0.02 0.09 0.32 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.22 0.08 0.56 0.64 1.08 0.69
C5' 0.02 0.05 0.09 0.01 0.20 0.01 0.28 0.00 0.24 0.09 0.11 0.24 0.08 0.11 0.13 0.01 0.01 0.17 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01 0.17 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.19 0.11 0.51 0.56 0.86 0.59
N1 0.02 0.01 0.01 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.06 0.03 0.33 0.41 0.59 0.36
N3 0.04 0.01 0.10 0.21 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.13 0.09 0.38 0.46 0.81 0.45
N4 0.02 0.03 0.03 0.31 0.00 0.13 0.02 0.24 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.28 0.16 0.04 0.52 0.62 1.13 0.67
O2 0.04 0.00 0.23 0.15 0.02 0.11 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.21 0.39 0.17 0.27 0.36 0.48 0.28
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.26 0.21 0.27 0.11 0.23 0.17 0.24 0.28 0.21 0.00 0.03 0.14 0.15 0.48 0.13 0.34
O3' 0.21 0.20 0.02 0.00 0.11 0.02 0.22 0.13 0.19 0.06 0.13 0.16 0.39 0.03 0.00 0.12 0.19 0.15 0.08 0.22
O4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.09 0.04 0.17 0.14 0.12 0.00 0.06 0.10 0.36 0.18
O5' 0.20 0.31 0.43 0.34 0.48 0.02 0.56 0.01 0.51 0.33 0.38 0.52 0.27 0.15 0.19 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.31 0.40 0.65 0.37 0.56 0.06 0.64 0.17 0.56 0.41 0.46 0.62 0.36 0.48 0.15 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.61 0.23 0.16 1.00 0.16 1.08 0.25 0.86 0.59 0.81 1.13 0.48 0.13 0.08 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.34 0.53 0.42 0.59 0.07 0.69 0.02 0.59 0.36 0.45 0.67 0.28 0.34 0.22 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00