ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52399

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.139, 0.396, 0.654, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.396 std_dev=0.257
O4' A 0, 0.066, 0.417, 0.768, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.417 std_dev=0.351
C2' A 0, 0.084, 0.436, 0.788, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.436 std_dev=0.352
O2' A 0, 0.175, 0.528, 0.881, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.528 std_dev=0.353
C3' B 0, 0.163, 0.578, 0.993, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.578 std_dev=0.415
O2' B 0, 0.159, 0.575, 0.992, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.575 std_dev=0.416
C4' A 0, 0.164, 0.669, 1.174, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.669 std_dev=0.505
O3' B 0, 0.247, 0.752, 1.258, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.752 std_dev=0.506
C3' A 0, 0.245, 0.768, 1.291, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.768 std_dev=0.523
C1' B 0, 0.264, 0.820, 1.376, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.820 std_dev=0.556
OP1 A 0, 0.427, 0.987, 1.546, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.987 std_dev=0.559
P A 0, 0.233, 0.812, 1.391, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.812 std_dev=0.579
O2 B 0, 0.488, 1.111, 1.733, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.111 std_dev=0.622
O5' A 0, 0.285, 0.908, 1.530, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.908 std_dev=0.623
N1 B 0, 0.398, 1.029, 1.659, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.029 std_dev=0.631
C4' B 0, 0.396, 1.048, 1.700, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.048 std_dev=0.652
C2 B 0, 0.500, 1.164, 1.828, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.164 std_dev=0.664
OP2 A 0, 0.296, 1.001, 1.706, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.001 std_dev=0.705
O4' B 0, 0.470, 1.192, 1.914, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.192 std_dev=0.722
C6 B 0, 0.490, 1.227, 1.965, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.227 std_dev=0.738
O3' A 0, 0.406, 1.162, 1.918, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.162 std_dev=0.756
N3 B 0, 0.626, 1.441, 2.255, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.441 std_dev=0.815
C5 B 0, 0.603, 1.483, 2.362, 2.704 max_d=2.704 avg_d=1.483 std_dev=0.880
O5' B 0, 0.896, 1.780, 2.663, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.780 std_dev=0.884
C4 B 0, 0.662, 1.578, 2.494, 2.840 max_d=2.840 avg_d=1.578 std_dev=0.916
C5' A 0, 0.189, 1.121, 2.054, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.121 std_dev=0.933
C5' B 0, 0.642, 1.619, 2.596, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.619 std_dev=0.977
N4 B 0, 0.760, 1.873, 2.986, 3.606 max_d=3.606 avg_d=1.873 std_dev=1.113
P B 0, 0.832, 1.990, 3.148, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.990 std_dev=1.158
OP1 B 0, 0.926, 2.611, 4.295, 4.911 max_d=4.911 avg_d=2.611 std_dev=1.685
OP2 B 0, 0.449, 2.277, 4.105, 5.555 max_d=5.555 avg_d=2.277 std_dev=1.828

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.28 0.24 0.56 0.26
C2 0.03 0.00 0.17 0.35 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.40 0.03 0.56 0.36 0.48 0.31
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.04 0.03 0.03 0.07 0.09 0.13 0.19 0.05 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.33 0.25 0.49 0.15
C3' 0.04 0.35 0.01 0.00 0.24 0.01 0.22 0.03 0.26 0.17 0.32 0.32 0.24 0.18 0.14 0.02 0.01 0.01 0.35 0.35 0.44 0.14
C4 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.24 0.02 0.57 0.34 0.48 0.29
C4' 0.01 0.17 0.04 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.12 0.11 0.15 0.15 0.12 0.10 0.07 0.13 0.03 0.00 0.02 0.21 0.54 0.17
C5 0.02 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.25 0.02 0.68 0.38 0.41 0.34
C5' 0.03 0.22 0.03 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.19 0.22 0.19 0.19 0.18 0.11 0.12 0.10 0.01 0.01 0.35 0.46 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.31 0.03 0.69 0.40 0.40 0.35
C8 0.01 0.02 0.09 0.17 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.19 0.03 0.67 0.33 0.42 0.31
N1 0.03 0.00 0.13 0.32 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.38 0.03 0.64 0.39 0.44 0.34
N3 0.03 0.00 0.19 0.32 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.34 0.03 0.50 0.32 0.50 0.29
N6 0.02 0.01 0.05 0.24 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.31 0.04 0.72 0.41 0.36 0.37
N7 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.22 0.03 0.73 0.39 0.37 0.37
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.02 0.53 0.30 0.50 0.27
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.13 0.09 0.12 0.11 0.06 0.13 0.13 0.11 0.07 0.05 0.00 0.14 0.10 0.13 0.25 0.53 0.24
O3' 0.05 0.40 0.04 0.01 0.24 0.03 0.25 0.10 0.31 0.19 0.38 0.34 0.31 0.22 0.12 0.14 0.00 0.05 0.28 0.42 0.43 0.18
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.10 0.05 0.00 0.11 0.26 0.64 0.33
O5' 0.28 0.56 0.33 0.35 0.57 0.02 0.68 0.01 0.69 0.67 0.64 0.50 0.72 0.73 0.53 0.13 0.28 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.24 0.36 0.25 0.35 0.34 0.21 0.38 0.35 0.40 0.33 0.39 0.32 0.41 0.39 0.30 0.25 0.42 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.48 0.49 0.44 0.48 0.54 0.41 0.46 0.40 0.42 0.44 0.50 0.36 0.37 0.50 0.53 0.43 0.64 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.31 0.15 0.14 0.29 0.17 0.34 0.02 0.35 0.31 0.34 0.29 0.37 0.37 0.27 0.24 0.18 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.47 0.27 0.23 0.60 0.21 0.63 0.29 0.59 0.51 0.53 0.60 0.34 0.26 0.38 0.33 0.54 0.74 0.74 0.57
C2 0.46 0.40 0.23 0.23 0.88 0.39 1.04 0.52 0.89 0.60 0.52 0.99 0.24 0.25 0.24 0.58 1.00 1.53 1.24 1.20
C2' 0.40 0.49 0.30 0.17 0.63 0.17 0.65 0.24 0.59 0.51 0.56 0.66 0.37 0.32 0.27 0.33 0.57 0.73 0.66 0.55
C3' 0.40 0.35 0.40 0.12 0.35 0.10 0.38 0.19 0.40 0.38 0.34 0.35 0.35 0.51 0.17 0.26 0.41 0.50 0.48 0.28
C4 0.39 0.29 0.21 0.21 0.60 0.33 0.78 0.45 0.72 0.50 0.35 0.58 0.20 0.22 0.26 0.48 0.87 1.23 1.09 1.00
C4' 0.48 0.45 0.49 0.14 0.38 0.10 0.40 0.18 0.43 0.46 0.41 0.36 0.49 0.61 0.19 0.30 0.33 0.50 0.40 0.18
C5 0.27 0.21 0.15 0.23 0.30 0.38 0.57 0.54 0.56 0.29 0.29 0.32 0.40 0.17 0.24 0.46 0.99 1.39 1.25 1.15
C5' 0.52 0.35 0.62 0.28 0.22 0.21 0.26 0.18 0.34 0.40 0.25 0.20 0.44 0.81 0.19 0.34 0.32 0.55 0.36 0.18
C6 0.28 0.23 0.16 0.24 0.30 0.43 0.63 0.61 0.59 0.29 0.33 0.34 0.44 0.17 0.24 0.51 1.09 1.65 1.40 1.33
C8 0.21 0.28 0.14 0.20 0.29 0.29 0.35 0.42 0.37 0.23 0.34 0.30 0.38 0.14 0.25 0.32 0.74 0.92 0.95 0.79
N1 0.38 0.23 0.20 0.25 0.60 0.43 0.89 0.59 0.77 0.45 0.25 0.65 0.32 0.21 0.24 0.57 1.08 1.68 1.38 1.33
N3 0.48 0.49 0.25 0.21 0.91 0.34 1.00 0.44 0.87 0.64 0.63 0.96 0.24 0.26 0.26 0.54 0.89 1.31 1.10 1.03
N6 0.19 0.41 0.13 0.24 0.36 0.44 0.36 0.65 0.39 0.14 0.62 0.58 0.59 0.15 0.24 0.47 1.15 1.80 1.53 1.46
N7 0.15 0.42 0.11 0.23 0.40 0.36 0.33 0.53 0.31 0.15 0.56 0.48 0.53 0.12 0.25 0.36 0.94 1.22 1.19 1.05
N9 0.35 0.29 0.22 0.20 0.46 0.27 0.59 0.37 0.58 0.43 0.32 0.43 0.19 0.21 0.29 0.38 0.71 0.95 0.91 0.78
O2' 0.41 0.65 0.28 0.24 0.85 0.20 0.79 0.27 0.67 0.58 0.80 0.94 0.53 0.30 0.44 0.31 0.48 0.68 0.67 0.50
O3' 0.45 0.48 0.44 0.12 0.43 0.10 0.41 0.21 0.42 0.44 0.48 0.44 0.53 0.58 0.17 0.27 0.36 0.49 0.47 0.19
O4' 0.47 0.49 0.40 0.18 0.47 0.15 0.50 0.23 0.50 0.50 0.47 0.45 0.48 0.44 0.38 0.31 0.38 0.54 0.52 0.33
O5' 0.38 0.39 0.44 0.24 0.38 0.10 0.38 0.25 0.38 0.38 0.40 0.38 0.41 0.42 0.02 0.24 0.43 0.63 0.31 0.28
OP1 0.19 0.27 0.04 0.16 0.40 0.46 0.46 0.68 0.42 0.28 0.31 0.43 0.28 0.11 0.01 0.40 0.61 1.15 0.50 0.58
OP2 0.12 0.40 0.08 0.04 0.51 0.23 0.45 0.42 0.34 0.29 0.49 0.57 0.39 0.06 0.02 0.21 0.58 0.68 0.40 0.43
P 0.04 0.19 0.11 0.02 0.26 0.19 0.26 0.35 0.21 0.12 0.24 0.30 0.23 0.15 0.01 0.13 0.35 0.67 0.29 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.15 0.46 0.72 0.43
C2 0.03 0.00 0.12 0.23 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.25 0.02 0.27 0.59 1.11 0.57
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.10 0.06 0.20 0.00 0.02 0.01 0.17 0.34 0.54 0.27
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.20 0.01 0.17 0.03 0.15 0.13 0.24 0.22 0.29 0.02 0.01 0.02 0.23 0.33 0.41 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.15 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.24 0.02 0.37 0.83 1.54 0.78
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.15 0.00 0.16 0.00 0.14 0.09 0.15 0.17 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.20 0.45 0.21
C5 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.16 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.19 0.03 0.40 0.89 1.59 0.82
C5' 0.04 0.23 0.03 0.03 0.34 0.00 0.34 0.00 0.29 0.20 0.30 0.37 0.20 0.07 0.06 0.01 0.01 0.30 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.03 0.36 0.77 1.34 0.71
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.27 0.59 1.06 0.56
N3 0.02 0.00 0.10 0.24 0.00 0.15 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.28 0.02 0.32 0.70 1.34 0.67
N4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.17 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.27 0.02 0.40 0.90 1.67 0.84
O2 0.05 0.00 0.20 0.29 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.33 0.05 0.23 0.49 0.93 0.47
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.04 0.02 0.07 0.04 0.14 0.00 0.06 0.08 0.08 0.25 0.63 0.33
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.24 0.02 0.19 0.06 0.16 0.12 0.28 0.27 0.33 0.06 0.00 0.02 0.18 0.37 0.49 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.00 0.10 0.44 0.64 0.43
O5' 0.15 0.27 0.17 0.23 0.37 0.02 0.40 0.01 0.36 0.27 0.32 0.40 0.23 0.08 0.18 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.46 0.59 0.34 0.33 0.83 0.20 0.89 0.30 0.77 0.59 0.70 0.90 0.49 0.25 0.37 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.72 1.11 0.54 0.41 1.54 0.45 1.59 0.29 1.34 1.06 1.34 1.67 0.93 0.63 0.49 0.64 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.57 0.27 0.16 0.78 0.21 0.82 0.03 0.71 0.56 0.67 0.84 0.47 0.33 0.19 0.43 0.00 0.00 0.01 0.00