ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52401

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.021, 0.039, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.022, 0.042, 0.062, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.040 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.017, 0.041, 0.064, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.044, 0.081, 0.118, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.081 std_dev=0.037
O2' B 0, 0.165, 0.373, 0.582, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.373 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.294, 0.860, 1.427, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.860 std_dev=0.567
O4' A 0, 0.208, 0.780, 1.352, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.780 std_dev=0.572
C2' A 0, 0.250, 0.901, 1.552, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.901 std_dev=0.651
C3' A 0, 0.428, 1.209, 1.990, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.209 std_dev=0.781
C4' A 0, 0.428, 1.221, 2.013, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.221 std_dev=0.793
O5' A 0, 0.305, 1.142, 1.979, 2.792 max_d=2.792 avg_d=1.142 std_dev=0.837
O2' A 0, 0.520, 1.507, 2.494, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.507 std_dev=0.987
O3' A 0, 0.626, 1.613, 2.601, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.613 std_dev=0.988
C1' B 0, 0.012, 1.099, 2.186, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.099 std_dev=1.087
C3' B 0, 0.684, 1.776, 2.869, 3.582 max_d=3.582 avg_d=1.776 std_dev=1.092
C5' A 0, 0.619, 1.734, 2.850, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.734 std_dev=1.115
N1 B 0, 0.657, 1.778, 2.899, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.778 std_dev=1.121
O2 B 0, 1.105, 2.226, 3.348, 3.618 max_d=3.618 avg_d=2.226 std_dev=1.122
C2 B 0, 1.067, 2.266, 3.466, 3.829 max_d=3.829 avg_d=2.266 std_dev=1.199
C6 B 0, 1.117, 2.347, 3.577, 4.085 max_d=4.085 avg_d=2.347 std_dev=1.230
O3' B 0, 0.913, 2.148, 3.383, 3.647 max_d=3.647 avg_d=2.148 std_dev=1.235
C5 B 0, 1.604, 3.053, 4.502, 4.526 max_d=4.526 avg_d=3.053 std_dev=1.449
N3 B 0, 1.594, 3.085, 4.575, 4.483 max_d=4.483 avg_d=3.085 std_dev=1.491
C4' B 0, 0.673, 2.237, 3.801, 5.107 max_d=5.107 avg_d=2.237 std_dev=1.564
O4' B 0, 0.150, 1.739, 3.328, 4.774 max_d=4.774 avg_d=1.739 std_dev=1.589
P A 0, 0.483, 2.077, 3.671, 5.012 max_d=5.012 avg_d=2.077 std_dev=1.594
C4 B 0, 1.788, 3.390, 4.993, 4.776 max_d=4.776 avg_d=3.390 std_dev=1.603
O5' B 0, 1.485, 3.154, 4.824, 5.549 max_d=5.549 avg_d=3.154 std_dev=1.669
C5' B 0, 1.106, 2.978, 4.849, 6.175 max_d=6.175 avg_d=2.978 std_dev=1.871
OP2 B 0, 2.032, 3.914, 5.796, 5.884 max_d=5.884 avg_d=3.914 std_dev=1.882
N4 B 0, 2.293, 4.258, 6.224, 6.007 max_d=6.007 avg_d=4.258 std_dev=1.965
OP1 A 0, -0.076, 1.913, 3.901, 5.919 max_d=5.919 avg_d=1.913 std_dev=1.989
P B 0, 2.415, 4.437, 6.459, 5.927 max_d=5.927 avg_d=4.437 std_dev=2.022
OP2 A 0, 1.857, 4.034, 6.210, 7.317 max_d=7.317 avg_d=4.034 std_dev=2.177
OP1 B 0, 3.612, 6.598, 9.585, 8.609 max_d=8.609 avg_d=6.598 std_dev=2.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.00 0.24 0.28 0.14 0.12
C2 0.03 0.00 0.34 0.31 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.07 0.20 0.56 0.64 0.73 0.56
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.15 0.15 0.17 0.26 0.33 0.10 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.26 0.39 0.30
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.28 0.01 0.33 0.02 0.37 0.23 0.36 0.26 0.39 0.30 0.21 0.02 0.01 0.02 0.17 0.26 0.14 0.10
C4 0.01 0.01 0.17 0.28 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.04 0.10 0.59 0.60 0.63 0.53
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.19 0.09 0.08 0.14 0.18 0.09 0.25 0.01 0.00 0.01 0.25 0.25 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.11 0.03 0.75 0.78 0.88 0.73
C5' 0.04 0.12 0.15 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.18 0.21 0.14 0.11 0.21 0.23 0.10 0.09 0.18 0.02 0.01 0.32 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.37 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.13 0.08 0.77 0.85 1.00 0.80
C8 0.01 0.01 0.17 0.23 0.00 0.19 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.09 0.14 0.73 0.67 0.65 0.62
N1 0.02 0.00 0.26 0.36 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.15 0.69 0.78 0.91 0.71
N3 0.03 0.00 0.33 0.26 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.10 0.20 0.48 0.53 0.57 0.44
N6 0.02 0.02 0.10 0.39 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.19 0.05 0.85 0.96 1.15 0.91
N7 0.01 0.01 0.09 0.30 0.00 0.18 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.15 0.08 0.83 0.83 0.94 0.80
N9 0.00 0.01 0.01 0.21 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.01 0.53 0.51 0.44 0.42
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.18 0.25 0.27 0.09 0.25 0.37 0.21 0.24 0.30 0.38 0.19 0.00 0.01 0.19 0.22 0.20 0.51 0.27
O3' 0.25 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.18 0.13 0.09 0.09 0.10 0.19 0.15 0.05 0.01 0.00 0.17 0.16 0.39 0.23 0.16
O4' 0.00 0.20 0.01 0.02 0.10 0.00 0.03 0.02 0.08 0.14 0.15 0.20 0.05 0.08 0.01 0.19 0.17 0.00 0.28 0.36 0.26 0.20
O5' 0.24 0.56 0.30 0.17 0.59 0.01 0.75 0.01 0.77 0.73 0.69 0.48 0.85 0.83 0.53 0.22 0.16 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.64 0.26 0.26 0.60 0.25 0.78 0.32 0.85 0.67 0.78 0.53 0.96 0.83 0.51 0.20 0.39 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.73 0.39 0.14 0.63 0.25 0.88 0.17 1.00 0.65 0.91 0.57 1.15 0.94 0.44 0.51 0.23 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.56 0.30 0.10 0.53 0.08 0.73 0.02 0.80 0.62 0.71 0.44 0.91 0.80 0.42 0.27 0.16 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.59 0.22 0.29 0.68 0.10 0.60 0.43 0.52 0.50 0.68 0.73 0.55 0.09 0.17 0.31 0.25 0.43 0.92 0.51
C2 0.25 0.63 0.39 0.53 0.76 0.36 0.56 0.83 0.39 0.40 0.81 0.94 0.70 0.06 0.29 0.24 0.55 1.20 1.47 1.10
C2' 0.65 0.72 0.32 0.49 0.80 0.43 0.75 0.70 0.70 0.69 0.78 0.85 0.67 0.49 0.47 0.55 0.59 0.79 1.24 0.85
C3' 0.55 0.62 0.12 0.27 0.63 0.24 0.56 0.34 0.53 0.56 0.66 0.67 0.65 0.20 0.38 0.46 0.27 0.43 0.75 0.41
C4 0.23 0.60 0.38 0.52 0.74 0.35 0.58 0.75 0.42 0.40 0.77 0.85 0.61 0.06 0.31 0.19 0.42 0.87 1.24 0.87
C4' 0.58 0.68 0.13 0.20 0.66 0.28 0.59 0.18 0.56 0.60 0.71 0.69 0.73 0.19 0.34 0.56 0.34 0.46 0.63 0.35
C5 0.13 0.55 0.47 0.68 0.72 0.54 0.51 0.91 0.32 0.31 0.76 0.86 0.55 0.08 0.48 0.23 0.55 1.08 1.38 1.04
C5' 0.71 0.72 0.21 0.31 0.65 0.47 0.61 0.33 0.62 0.67 0.70 0.65 0.77 0.15 0.46 0.70 0.52 0.74 0.61 0.52
C6 0.14 0.54 0.48 0.72 0.73 0.59 0.48 1.01 0.28 0.28 0.78 0.93 0.56 0.10 0.52 0.28 0.69 1.38 1.59 1.26
C8 0.11 0.47 0.44 0.61 0.62 0.47 0.52 0.72 0.39 0.32 0.60 0.68 0.43 0.06 0.46 0.15 0.30 0.55 0.99 0.63
N1 0.16 0.58 0.44 0.64 0.73 0.49 0.51 0.95 0.32 0.32 0.79 0.93 0.63 0.08 0.42 0.23 0.66 1.40 1.60 1.26
N3 0.31 0.65 0.34 0.46 0.78 0.27 0.60 0.72 0.44 0.45 0.81 0.92 0.70 0.06 0.23 0.27 0.43 0.95 1.30 0.92
N6 0.24 0.51 0.52 0.81 0.73 0.73 0.45 1.12 0.28 0.29 0.75 0.97 0.51 0.12 0.63 0.42 0.83 1.61 1.74 1.45
N7 0.17 0.50 0.52 0.76 0.67 0.64 0.49 0.93 0.29 0.29 0.68 0.77 0.48 0.11 0.59 0.33 0.51 0.90 1.23 0.91
N9 0.27 0.57 0.33 0.45 0.69 0.27 0.58 0.61 0.46 0.43 0.69 0.76 0.54 0.05 0.27 0.17 0.29 0.58 1.03 0.64
O2' 0.53 0.65 0.25 0.44 0.84 0.35 0.80 0.74 0.72 0.63 0.78 0.93 0.54 0.45 0.37 0.41 0.60 0.87 1.40 0.93
O3' 0.56 0.73 0.12 0.24 0.72 0.23 0.60 0.30 0.55 0.59 0.78 0.78 0.79 0.12 0.37 0.48 0.20 0.29 0.65 0.26
O4' 0.45 0.64 0.29 0.23 0.65 0.15 0.57 0.17 0.52 0.54 0.69 0.69 0.66 0.39 0.18 0.43 0.24 0.25 0.66 0.27
O5' 0.28 0.33 0.26 0.30 0.27 0.23 0.23 0.35 0.24 0.24 0.33 0.29 0.41 0.21 0.26 0.22 0.21 0.52 0.48 0.30
OP1 0.23 0.38 0.03 0.19 0.23 0.19 0.17 0.34 0.16 0.19 0.36 0.25 0.57 0.17 0.18 0.15 0.48 1.16 0.62 0.72
OP2 0.46 0.31 0.60 0.59 0.45 0.53 0.61 0.65 0.63 0.44 0.35 0.46 0.32 0.83 0.51 0.39 0.73 1.15 1.09 0.97
P 0.30 0.19 0.28 0.43 0.14 0.41 0.26 0.48 0.31 0.20 0.17 0.14 0.33 0.26 0.45 0.31 0.53 0.98 0.70 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.22 0.00 0.14 0.24 0.43 0.17
C2 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.03 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.21 0.14 0.14 0.35 0.79 0.41
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.07 0.01 0.16 0.19 0.22 0.03 0.19 0.09 0.39 0.00 0.01 0.02 0.52 0.70 0.69 0.57
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.14 0.07 0.14 0.12 0.18 0.01 0.00 0.02 0.32 0.69 0.33 0.41
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.10 0.01 0.19 0.67 0.97 0.64
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.11 0.04 0.04 0.09 0.07 0.21 0.03 0.01 0.00 0.28 0.25 0.04
C5 0.01 0.01 0.16 0.12 0.00 0.12 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.08 0.11 0.22 0.69 0.89 0.66
C5' 0.08 0.19 0.19 0.02 0.29 0.00 0.31 0.00 0.27 0.19 0.24 0.31 0.14 0.03 0.17 0.01 0.00 0.17 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.14 0.01 0.11 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.10 0.16 0.19 0.49 0.72 0.51
N1 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.14 0.31 0.66 0.37
N3 0.01 0.01 0.19 0.14 0.00 0.04 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.11 0.16 0.52 0.93 0.54
N4 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.09 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.09 0.02 0.20 0.80 1.03 0.71
O2 0.02 0.00 0.39 0.18 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.57 0.30 0.23 0.13 0.24 0.72 0.31
O2' 0.03 0.27 0.00 0.01 0.23 0.21 0.38 0.03 0.39 0.12 0.23 0.25 0.57 0.00 0.03 0.12 0.51 0.78 0.86 0.63
O3' 0.22 0.21 0.01 0.00 0.10 0.03 0.08 0.17 0.10 0.14 0.17 0.09 0.30 0.03 0.00 0.15 0.26 0.69 0.22 0.35
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.11 0.02 0.23 0.12 0.15 0.00 0.14 0.12 0.46 0.27
O5' 0.14 0.14 0.52 0.32 0.19 0.00 0.22 0.00 0.19 0.14 0.16 0.20 0.13 0.51 0.26 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.24 0.35 0.70 0.69 0.67 0.28 0.69 0.17 0.49 0.31 0.52 0.80 0.24 0.78 0.69 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.79 0.69 0.33 0.97 0.25 0.89 0.33 0.72 0.66 0.93 1.03 0.72 0.86 0.22 0.46 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.41 0.57 0.41 0.64 0.04 0.66 0.01 0.51 0.37 0.54 0.71 0.31 0.63 0.35 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00