ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.024
N6 A 0, -0.003, 0.044, 0.091, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.044 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.068, 0.238, 0.407, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.238 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.100, 0.283, 0.465, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.283 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.121, 0.375, 0.628, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.375 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.049, 0.317, 0.586, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.317 std_dev=0.269
C3' B 0, 0.180, 0.465, 0.750, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.465 std_dev=0.285
C3' A 0, 0.197, 0.502, 0.807, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.502 std_dev=0.305
O3' B 0, 0.185, 0.498, 0.812, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.498 std_dev=0.313
C2' B 0, 0.180, 0.522, 0.864, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.522 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.148, 0.605, 1.062, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.605 std_dev=0.457
C4' B 0, 0.440, 0.909, 1.379, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.909 std_dev=0.469
P A 0, 0.224, 0.701, 1.179, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.701 std_dev=0.478
O3' A 0, 0.390, 0.879, 1.369, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.879 std_dev=0.490
C1' B 0, 0.334, 0.837, 1.339, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.837 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.167, 0.678, 1.189, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.678 std_dev=0.511
O4' B 0, 0.465, 1.048, 1.631, 1.763 max_d=1.763 avg_d=1.048 std_dev=0.583
OP1 A 0, 0.319, 0.926, 1.532, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.926 std_dev=0.606
O5' A 0, 0.057, 0.726, 1.395, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.726 std_dev=0.669
OP2 A 0, 0.258, 0.958, 1.657, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.958 std_dev=0.700
C5' B 0, 0.690, 1.483, 2.277, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.483 std_dev=0.794
N1 B 0, 0.350, 1.172, 1.995, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.172 std_dev=0.822
O5' B 0, 0.618, 1.500, 2.383, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.500 std_dev=0.882
C2 B 0, 0.250, 1.324, 2.397, 3.232 max_d=3.232 avg_d=1.324 std_dev=1.073
C6 B 0, 0.504, 1.630, 2.755, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.630 std_dev=1.125
OP2 B 0, 0.820, 1.983, 3.145, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.983 std_dev=1.162
O2 B 0, 0.199, 1.373, 2.547, 3.529 max_d=3.529 avg_d=1.373 std_dev=1.174
N3 B 0, 0.283, 1.705, 3.127, 4.333 max_d=4.333 avg_d=1.705 std_dev=1.422
P B 0, 0.624, 2.138, 3.653, 4.712 max_d=4.712 avg_d=2.138 std_dev=1.514
C5 B 0, 0.495, 2.024, 3.552, 4.747 max_d=4.747 avg_d=2.024 std_dev=1.529
C4 B 0, 0.380, 1.990, 3.600, 4.936 max_d=4.936 avg_d=1.990 std_dev=1.610
N4 B 0, 0.369, 2.420, 4.470, 6.186 max_d=6.186 avg_d=2.420 std_dev=2.050
OP1 B 0, 0.221, 2.665, 5.109, 7.283 max_d=7.283 avg_d=2.665 std_dev=2.444

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.23 0.34 0.07
C2 0.03 0.00 0.21 0.24 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.32 0.03 0.46 0.22 0.51 0.21
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.09 0.16 0.21 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.24 0.41 0.05
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.02 0.13 0.18 0.19 0.23 0.13 0.14 0.06 0.02 0.01 0.01 0.29 0.29 0.44 0.14
C4 0.02 0.01 0.11 0.12 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.47 0.20 0.48 0.20
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.30 0.38 0.09
C5 0.03 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.58 0.33 0.58 0.33
C5' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.15 0.07 0.10 0.10 0.13 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.31 0.39 0.01
C6 0.04 0.01 0.10 0.13 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.17 0.04 0.60 0.37 0.63 0.37
C8 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.20 0.03 0.59 0.28 0.48 0.29
N1 0.03 0.01 0.16 0.19 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.26 0.04 0.54 0.30 0.58 0.30
N3 0.02 0.00 0.21 0.23 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.29 0.03 0.40 0.19 0.46 0.14
N6 0.06 0.01 0.10 0.13 0.03 0.10 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.07 0.17 0.07 0.67 0.48 0.69 0.46
N7 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.17 0.03 0.64 0.41 0.63 0.41
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.43 0.17 0.41 0.14
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.13 0.16 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.33 0.34 0.09
O3' 0.01 0.32 0.01 0.01 0.14 0.02 0.12 0.05 0.17 0.20 0.26 0.29 0.17 0.17 0.06 0.03 0.00 0.01 0.25 0.33 0.45 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.14 0.33 0.35 0.20
O5' 0.22 0.46 0.25 0.29 0.47 0.01 0.58 0.01 0.60 0.59 0.54 0.40 0.67 0.64 0.43 0.10 0.25 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.22 0.24 0.29 0.20 0.30 0.33 0.31 0.37 0.28 0.30 0.19 0.48 0.41 0.17 0.33 0.33 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.51 0.41 0.44 0.48 0.38 0.58 0.39 0.63 0.48 0.58 0.46 0.69 0.63 0.41 0.34 0.45 0.35 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.21 0.05 0.14 0.20 0.09 0.33 0.01 0.37 0.29 0.30 0.14 0.46 0.41 0.14 0.09 0.16 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.29 0.12 0.04 0.90 0.10 1.31 0.23 1.15 0.52 0.46 0.98 0.61 0.45 0.28 0.24 0.88 1.38 0.61 1.05
C2 0.24 0.51 0.29 0.19 0.98 0.38 1.44 0.71 1.09 0.44 0.61 1.22 0.96 0.55 0.13 0.44 1.43 2.45 1.31 1.88
C2' 0.25 0.29 0.10 0.10 0.88 0.13 1.28 0.26 1.11 0.51 0.45 0.99 0.61 0.32 0.17 0.26 0.93 1.32 0.70 1.07
C3' 0.36 0.26 0.25 0.23 0.71 0.22 1.10 0.28 1.03 0.52 0.37 0.76 0.48 0.13 0.03 0.33 0.90 1.06 0.68 0.95
C4 0.16 0.52 0.29 0.14 0.66 0.28 1.23 0.56 0.99 0.30 0.50 0.76 1.04 0.53 0.13 0.31 1.28 2.03 1.04 1.59
C4' 0.48 0.36 0.39 0.23 0.76 0.19 1.08 0.17 1.05 0.64 0.46 0.79 0.30 0.22 0.09 0.36 0.70 0.80 0.44 0.70
C5 0.24 0.83 0.37 0.18 0.39 0.33 0.74 0.67 0.63 0.27 0.83 0.41 1.26 0.52 0.12 0.28 1.39 2.10 1.17 1.72
C5' 0.56 0.29 0.57 0.37 0.52 0.30 0.82 0.19 0.87 0.57 0.31 0.50 0.24 0.53 0.19 0.43 0.65 0.59 0.38 0.54
C6 0.28 0.88 0.39 0.22 0.56 0.41 0.75 0.79 0.62 0.35 0.96 0.64 1.29 0.54 0.15 0.35 1.50 2.37 1.39 1.94
C8 0.21 0.72 0.36 0.11 0.15 0.15 0.49 0.39 0.49 0.18 0.63 0.15 1.11 0.46 0.11 0.10 1.07 1.40 0.74 1.18
N1 0.25 0.67 0.35 0.22 0.70 0.42 1.10 0.80 0.85 0.34 0.74 0.87 1.13 0.55 0.13 0.42 1.51 2.52 1.43 1.99
N3 0.23 0.44 0.25 0.15 1.07 0.31 1.56 0.59 1.19 0.49 0.58 1.27 0.88 0.54 0.16 0.40 1.31 2.21 1.12 1.69
N6 0.38 1.08 0.44 0.27 0.84 0.45 0.54 0.87 0.45 0.51 1.27 0.97 1.39 0.53 0.22 0.36 1.53 2.35 1.51 2.00
N7 0.32 1.00 0.41 0.16 0.52 0.27 0.24 0.58 0.26 0.42 1.02 0.51 1.32 0.47 0.14 0.18 1.29 1.70 1.00 1.49
N9 0.10 0.42 0.25 0.09 0.55 0.17 1.09 0.39 0.96 0.26 0.35 0.61 0.92 0.50 0.17 0.21 1.09 1.61 0.79 1.28
O2' 0.31 0.41 0.13 0.08 1.13 0.12 1.43 0.17 1.20 0.64 0.67 1.29 0.47 0.37 0.28 0.27 0.82 1.29 0.62 0.99
O3' 0.41 0.30 0.33 0.26 0.75 0.22 1.11 0.25 1.04 0.56 0.42 0.82 0.42 0.21 0.05 0.35 0.86 0.96 0.69 0.90
O4' 0.40 0.35 0.21 0.10 0.82 0.12 1.15 0.16 1.11 0.64 0.48 0.85 0.35 0.18 0.29 0.31 0.71 1.00 0.41 0.78
O5' 0.25 0.41 0.24 0.17 0.50 0.07 0.66 0.09 0.65 0.36 0.46 0.55 0.55 0.10 0.02 0.15 0.59 0.66 0.56 0.60
OP1 0.17 0.30 0.04 0.14 0.17 0.34 0.26 0.50 0.29 0.17 0.29 0.17 0.48 0.05 0.01 0.31 0.35 0.79 0.41 0.35
OP2 0.08 0.35 0.08 0.06 0.19 0.19 0.19 0.26 0.21 0.12 0.35 0.22 0.50 0.07 0.01 0.15 0.76 1.00 0.50 0.76
P 0.01 0.27 0.03 0.01 0.09 0.09 0.24 0.15 0.28 0.04 0.26 0.11 0.47 0.02 0.01 0.06 0.39 0.60 0.27 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.15 0.75 0.20 0.19
C2 0.03 0.00 0.25 0.21 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.27 0.10 0.32 1.20 0.23 0.35
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.18 0.03 0.20 0.08 0.42 0.00 0.02 0.01 0.24 0.59 0.15 0.24
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.06 0.00 0.13 0.03 0.18 0.03 0.18 0.06 0.34 0.02 0.01 0.00 0.33 0.44 0.12 0.27
C4 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.40 1.37 0.44 0.39
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.25 0.07
C5 0.01 0.02 0.12 0.13 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.08 0.37 1.25 0.52 0.32
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.06 0.08 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.22 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.18 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.21 0.12 0.32 1.07 0.44 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.28 1.04 0.26 0.27
N3 0.03 0.00 0.20 0.18 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.24 0.08 0.38 1.34 0.33 0.40
N4 0.03 0.02 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.09 0.02 0.42 1.41 0.50 0.42
O2 0.04 0.01 0.42 0.34 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.36 0.45 0.16 0.29 1.13 0.15 0.34
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.14 0.03 0.17 0.08 0.36 0.00 0.05 0.02 0.10 0.43 0.13 0.14
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.08 0.02 0.15 0.04 0.21 0.04 0.24 0.09 0.45 0.05 0.00 0.02 0.34 0.41 0.15 0.28
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.15 0.57 0.31 0.16
O5' 0.15 0.32 0.24 0.33 0.40 0.01 0.37 0.00 0.32 0.28 0.38 0.42 0.29 0.10 0.34 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.75 1.20 0.59 0.44 1.37 0.22 1.25 0.22 1.07 1.04 1.34 1.41 1.13 0.43 0.41 0.57 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.23 0.15 0.12 0.44 0.25 0.52 0.36 0.44 0.26 0.33 0.50 0.15 0.13 0.15 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.24 0.27 0.39 0.07 0.32 0.01 0.25 0.27 0.40 0.42 0.34 0.14 0.28 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00