ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52403

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.003, 0.123, 0.244, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.123 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.007, 0.147, 0.287, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.147 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.031, 0.204, 0.378, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.204 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.005, 0.194, 0.383, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.194 std_dev=0.189
C3' A 0, 0.007, 0.221, 0.435, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.221 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.027, 0.328, 0.629, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.328 std_dev=0.301
C5' A 0, -0.009, 0.334, 0.676, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.334 std_dev=0.343
O5' A 0, -0.037, 0.344, 0.724, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.344 std_dev=0.381
OP1 A 0, 0.078, 0.476, 0.874, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.476 std_dev=0.398
P A 0, -0.028, 0.412, 0.852, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.412 std_dev=0.440
O3' B 0, 0.044, 0.489, 0.935, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.489 std_dev=0.445
OP2 A 0, 0.032, 0.502, 0.972, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.502 std_dev=0.470
C3' B 0, 0.034, 0.513, 0.992, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.513 std_dev=0.479
C2' B 0, -0.020, 0.498, 1.016, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.498 std_dev=0.518
O2' B 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C4' B 0, 0.032, 0.829, 1.626, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.829 std_dev=0.797
C5' B 0, 0.043, 0.875, 1.707, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.875 std_dev=0.832
OP1 B 0, 0.174, 1.077, 1.979, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.077 std_dev=0.902
P B 0, 0.029, 1.225, 2.420, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.225 std_dev=1.196
O5' B 0, -0.082, 1.256, 2.594, 3.716 max_d=3.716 avg_d=1.256 std_dev=1.338
O4' B 0, -0.069, 1.400, 2.870, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.400 std_dev=1.470
C1' B 0, -0.176, 1.306, 2.789, 3.350 max_d=3.350 avg_d=1.306 std_dev=1.482
OP2 B 0, 0.045, 1.704, 3.363, 4.175 max_d=4.175 avg_d=1.704 std_dev=1.659
N1 B 0, -0.291, 1.995, 4.280, 5.084 max_d=5.084 avg_d=1.995 std_dev=2.286
C6 B 0, -0.231, 2.198, 4.628, 5.309 max_d=5.309 avg_d=2.198 std_dev=2.429
C2 B 0, -0.456, 2.735, 5.927, 7.258 max_d=7.258 avg_d=2.735 std_dev=3.191
C5 B 0, -0.340, 3.000, 6.340, 7.413 max_d=7.413 avg_d=3.000 std_dev=3.340
O2 B 0, -0.502, 2.870, 6.241, 7.762 max_d=7.762 avg_d=2.870 std_dev=3.371
N3 B 0, -0.531, 3.464, 7.459, 9.124 max_d=9.124 avg_d=3.464 std_dev=3.995
C4 B 0, -0.483, 3.568, 7.618, 9.166 max_d=9.166 avg_d=3.568 std_dev=4.051
N4 B 0, -0.571, 4.377, 9.325, 11.273 max_d=11.273 avg_d=4.377 std_dev=4.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.15 0.03 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.18 0.01 0.11 0.19 0.13 0.15
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.12 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.05
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.11 0.09 0.13 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.07 0.18 0.08 0.11
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.18 0.08 0.10
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.11 0.05 0.07 0.06 0.10 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.18 0.09 0.11
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.12 0.16 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.09 0.19 0.11 0.13
N3 0.02 0.00 0.12 0.13 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.17 0.01 0.11 0.19 0.11 0.14
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.17 0.10 0.10
N7 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.11 0.17 0.12 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.17 0.05 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.11 0.12 0.17 0.02 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.18 0.06 0.10
O5' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.12 0.09 0.11 0.07 0.11 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.19 0.08 0.03 0.18 0.07 0.18 0.03 0.18 0.16 0.19 0.19 0.17 0.17 0.17 0.07 0.07 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.13 0.06 0.07 0.08 0.03 0.08 0.05 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.05 0.06 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.05 0.03 0.11 0.03 0.10 0.00 0.11 0.07 0.13 0.14 0.10 0.08 0.08 0.04 0.05 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.04 1.56 0.19 0.16 1.48 0.38 1.20 0.31 1.06 1.23 1.64 1.56 1.72 0.18 0.14 0.90 0.31 0.27 0.27 0.09
C2 0.73 1.41 0.14 0.07 1.90 0.05 1.73 0.08 1.41 1.20 1.77 2.14 1.19 0.16 0.21 0.55 0.23 0.28 0.46 0.20
C2' 0.88 1.22 0.14 0.07 1.12 0.32 0.89 0.29 0.81 0.97 1.27 1.17 1.38 0.32 0.11 0.77 0.33 0.33 0.27 0.13
C3' 0.74 0.88 0.17 0.03 0.64 0.30 0.45 0.33 0.46 0.68 0.83 0.63 1.10 0.41 0.07 0.66 0.41 0.42 0.39 0.27
C4 0.83 1.40 0.10 0.07 1.65 0.11 1.48 0.09 1.26 1.19 1.62 1.79 1.30 0.16 0.19 0.61 0.27 0.27 0.41 0.17
C4' 0.89 1.15 0.18 0.13 0.82 0.42 0.54 0.41 0.53 0.84 1.09 0.81 1.46 0.30 0.07 0.83 0.34 0.41 0.31 0.21
C5 0.69 1.25 0.14 0.08 1.61 0.05 1.53 0.10 1.30 1.12 1.50 1.75 1.03 0.16 0.20 0.47 0.25 0.30 0.48 0.22
C5' 0.71 0.81 0.16 0.09 0.38 0.37 0.14 0.45 0.19 0.54 0.68 0.33 1.15 0.31 0.06 0.67 0.41 0.48 0.44 0.34
C6 0.57 1.22 0.20 0.12 1.80 0.14 1.73 0.19 1.41 1.09 1.59 2.00 0.94 0.17 0.21 0.41 0.22 0.33 0.55 0.26
C8 0.88 1.24 0.14 0.07 1.28 0.16 1.16 0.15 1.05 1.09 1.31 1.33 1.21 0.16 0.15 0.63 0.31 0.27 0.38 0.17
N1 0.61 1.30 0.18 0.10 1.92 0.09 1.80 0.16 1.44 1.14 1.71 2.18 1.02 0.16 0.21 0.46 0.21 0.32 0.53 0.24
N3 0.83 1.47 0.10 0.07 1.79 0.13 1.59 0.08 1.32 1.23 1.75 1.98 1.36 0.16 0.20 0.64 0.25 0.26 0.40 0.17
N6 0.44 1.09 0.27 0.17 1.82 0.26 1.81 0.30 1.44 1.00 1.51 2.05 0.90 0.19 0.21 0.38 0.19 0.38 0.62 0.30
N7 0.69 1.09 0.12 0.08 1.34 0.07 1.31 0.10 1.17 1.04 1.24 1.41 0.89 0.15 0.19 0.43 0.27 0.30 0.48 0.22
N9 0.94 1.42 0.13 0.10 1.48 0.23 1.28 0.18 1.13 1.18 1.54 1.56 1.45 0.16 0.16 0.73 0.30 0.26 0.34 0.14
O2' 0.99 1.44 0.17 0.12 1.31 0.41 1.01 0.35 0.90 1.11 1.51 1.38 1.65 0.29 0.10 0.90 0.31 0.35 0.26 0.11
O3' 0.68 0.74 0.21 0.03 0.42 0.30 0.26 0.35 0.30 0.56 0.65 0.38 0.99 0.48 0.04 0.62 0.48 0.51 0.54 0.39
O4' 1.11 1.56 0.28 0.24 1.33 0.48 1.02 0.40 0.93 1.20 1.58 1.37 1.83 0.16 0.15 1.00 0.30 0.28 0.23 0.06
O5' 0.52 0.43 0.18 0.03 0.11 0.22 0.12 0.35 0.09 0.30 0.29 0.09 0.68 0.39 0.00 0.44 0.47 0.44 0.40 0.33
OP1 0.41 0.38 0.15 0.18 0.46 0.48 0.63 0.65 0.51 0.28 0.34 0.54 0.67 0.11 0.01 0.50 0.59 0.48 0.55 0.43
OP2 0.19 0.55 0.33 0.15 0.96 0.07 0.96 0.33 0.74 0.50 0.78 1.09 0.33 0.56 0.01 0.06 0.72 0.46 0.61 0.49
P 0.29 0.07 0.10 0.01 0.37 0.21 0.49 0.40 0.36 0.07 0.16 0.46 0.31 0.28 0.01 0.25 0.56 0.44 0.44 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.00 0.36 0.24 0.42 0.27
C2 0.01 0.00 0.23 0.22 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.18 0.27 0.50 0.18 0.81 0.55
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.03 0.00 0.17 0.22 0.23 0.01 0.18 0.03 0.40 0.00 0.03 0.02 0.49 0.59 0.66 0.50
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.37 0.00 0.38 0.01 0.33 0.22 0.30 0.39 0.11 0.02 0.00 0.01 0.27 0.45 0.20 0.13
C4 0.01 0.00 0.03 0.37 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.06 0.01 0.81 0.69 1.41 1.07
C4' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.31 0.00 0.34 0.09 0.07 0.15 0.33 0.30 0.01 0.00 0.01 0.35 0.13 0.14
C5 0.01 0.00 0.17 0.38 0.00 0.31 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.59 0.14 0.21 1.00 0.90 1.53 1.26
C5' 0.08 0.20 0.22 0.01 0.13 0.00 0.37 0.00 0.37 0.04 0.11 0.16 0.43 0.07 0.22 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.23 0.33 0.00 0.34 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.59 0.09 0.28 0.92 0.66 1.20 1.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.13 0.00 0.58 0.21 0.80 0.60
N3 0.01 0.00 0.18 0.30 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.08 0.20 0.61 0.36 1.10 0.76
N4 0.01 0.00 0.03 0.39 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.41 0.09 0.01 0.87 0.84 1.60 1.20
O2 0.02 0.00 0.40 0.11 0.00 0.33 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.42 0.34 0.49 0.42 0.36 0.57 0.37
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.37 0.30 0.59 0.07 0.59 0.22 0.15 0.41 0.42 0.00 0.04 0.22 0.48 0.54 0.80 0.49
O3' 0.35 0.18 0.03 0.00 0.06 0.01 0.14 0.22 0.09 0.13 0.08 0.09 0.34 0.04 0.00 0.23 0.28 0.46 0.10 0.15
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.01 0.28 0.00 0.20 0.01 0.49 0.22 0.23 0.00 0.19 0.11 0.23 0.18
O5' 0.36 0.50 0.49 0.27 0.81 0.01 1.00 0.01 0.92 0.58 0.61 0.87 0.42 0.48 0.28 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.24 0.18 0.59 0.45 0.69 0.35 0.90 0.10 0.66 0.21 0.36 0.84 0.36 0.54 0.46 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.81 0.66 0.20 1.41 0.13 1.53 0.23 1.20 0.80 1.10 1.60 0.57 0.80 0.10 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.55 0.50 0.13 1.07 0.14 1.26 0.01 1.04 0.60 0.76 1.20 0.37 0.49 0.15 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00