ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52405

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.011, 0.048, 0.085, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.015, 0.054, 0.092, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.054 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.022, 0.069, 0.116, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.069 std_dev=0.047
N9 A 0, 0.020, 0.072, 0.123, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.072 std_dev=0.052
N7 A 0, 0.012, 0.064, 0.116, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.064 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.021, 0.076, 0.131, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.076 std_dev=0.055
C2' B 0, 0.386, 0.950, 1.513, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.950 std_dev=0.563
O2' B 0, 0.426, 1.017, 1.608, 1.438 max_d=1.438 avg_d=1.017 std_dev=0.591
C3' B 0, 0.193, 0.859, 1.525, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.859 std_dev=0.666
O3' B 0, 0.358, 1.147, 1.936, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.147 std_dev=0.789
O4' A 0, 0.022, 0.899, 1.776, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.899 std_dev=0.877
C2' A 0, 0.048, 0.928, 1.808, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.928 std_dev=0.880
C1' B 0, 0.485, 1.401, 2.317, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.401 std_dev=0.916
O2' A 0, 0.045, 1.012, 1.980, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.012 std_dev=0.967
O4' B 0, 0.187, 1.192, 2.197, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.192 std_dev=1.005
C6 B 0, 0.382, 1.513, 2.643, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.513 std_dev=1.130
N1 B 0, 0.642, 1.786, 2.930, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.786 std_dev=1.144
C4' B 0, -0.148, 1.106, 2.360, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.106 std_dev=1.254
C4' A 0, 0.076, 1.379, 2.682, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.379 std_dev=1.303
C3' A 0, 0.143, 1.502, 2.862, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.502 std_dev=1.360
O5' B 0, 0.217, 1.616, 3.016, 3.852 max_d=3.852 avg_d=1.616 std_dev=1.400
C5' B 0, 0.178, 1.682, 3.186, 4.118 max_d=4.118 avg_d=1.682 std_dev=1.504
O3' A 0, 0.243, 2.054, 3.865, 3.869 max_d=3.869 avg_d=2.054 std_dev=1.811
C5 B 0, 0.486, 2.314, 4.141, 5.115 max_d=5.115 avg_d=2.314 std_dev=1.828
C2 B 0, 1.011, 3.033, 5.055, 5.694 max_d=5.694 avg_d=3.033 std_dev=2.022
C5' A 0, 0.057, 2.380, 4.703, 4.721 max_d=4.721 avg_d=2.380 std_dev=2.323
P B 0, 0.368, 2.714, 5.060, 6.467 max_d=6.467 avg_d=2.714 std_dev=2.346
C4 B 0, 0.921, 3.287, 5.654, 6.691 max_d=6.691 avg_d=3.287 std_dev=2.366
O2 B 0, 1.156, 3.668, 6.180, 7.095 max_d=7.095 avg_d=3.668 std_dev=2.512
N3 B 0, 1.157, 3.672, 6.187, 7.104 max_d=7.104 avg_d=3.672 std_dev=2.515
O5' A 0, 0.538, 3.069, 5.601, 5.588 max_d=5.588 avg_d=3.069 std_dev=2.532
OP2 B 0, 0.246, 2.861, 5.476, 7.122 max_d=7.122 avg_d=2.861 std_dev=2.615
OP1 B 0, 0.646, 3.680, 6.715, 8.441 max_d=8.441 avg_d=3.680 std_dev=3.034
N4 B 0, 1.056, 4.118, 7.179, 8.640 max_d=8.640 avg_d=4.118 std_dev=3.062
P A 0, 0.258, 3.962, 7.667, 7.696 max_d=7.696 avg_d=3.962 std_dev=3.705
OP2 A 0, 1.213, 5.102, 8.991, 8.911 max_d=8.911 avg_d=5.102 std_dev=3.889
OP1 A 0, 0.560, 4.670, 8.779, 8.824 max_d=8.824 avg_d=4.670 std_dev=4.110

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.29 0.36 0.15
C2 0.06 0.00 0.18 0.69 0.03 0.60 0.03 1.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.16 0.70 0.20 0.72 0.43 0.94 0.87
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.06 0.12 0.11 0.20 0.04 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.22 0.23 0.10
C3' 0.01 0.69 0.00 0.00 0.35 0.00 0.16 0.01 0.30 0.28 0.52 0.69 0.21 0.16 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.08 0.04
C4 0.03 0.03 0.09 0.35 0.00 0.33 0.00 0.61 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.30 0.12 0.37 0.16 0.35 0.39
C4' 0.00 0.60 0.01 0.00 0.33 0.00 0.21 0.01 0.33 0.21 0.50 0.57 0.26 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.24 0.08
C5 0.01 0.03 0.02 0.16 0.00 0.21 0.00 0.45 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.14 0.06 0.28 0.18 0.26 0.30
C5' 0.07 1.05 0.04 0.01 0.61 0.01 0.45 0.00 0.66 0.22 0.93 0.95 0.56 0.03 0.18 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.02 0.02 0.06 0.30 0.01 0.33 0.01 0.66 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.29 0.11 0.43 0.25 0.57 0.56
C8 0.03 0.03 0.12 0.28 0.00 0.21 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.12 0.41 0.56 0.49 0.38
N1 0.05 0.00 0.11 0.52 0.02 0.50 0.03 0.93 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.14 0.53 0.16 0.63 0.40 0.88 0.82
N3 0.06 0.01 0.20 0.69 0.01 0.57 0.01 0.95 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.65 0.19 0.62 0.31 0.72 0.70
N6 0.03 0.03 0.04 0.21 0.01 0.26 0.02 0.56 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.20 0.07 0.36 0.23 0.52 0.50
N7 0.03 0.04 0.08 0.16 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.18 0.05 0.27 0.42 0.22 0.14
N9 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.28 0.17 0.04
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.02 0.10 0.02 0.14 0.15 0.10 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.18 0.34 0.12
O3' 0.02 0.70 0.02 0.01 0.30 0.02 0.14 0.05 0.29 0.28 0.53 0.65 0.20 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03
O4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.12 0.16 0.19 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.27 0.44 0.21
O5' 0.09 0.72 0.08 0.07 0.37 0.01 0.28 0.00 0.43 0.41 0.63 0.62 0.36 0.27 0.13 0.02 0.05 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.29 0.43 0.22 0.12 0.16 0.10 0.18 0.01 0.25 0.56 0.40 0.31 0.23 0.42 0.28 0.18 0.06 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.94 0.23 0.08 0.35 0.24 0.26 0.04 0.57 0.49 0.88 0.72 0.52 0.22 0.17 0.34 0.05 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.87 0.10 0.04 0.39 0.08 0.30 0.01 0.56 0.38 0.82 0.70 0.50 0.14 0.04 0.12 0.03 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.53 0.27 0.61 0.70 0.79 0.66 1.00 0.55 0.48 0.65 0.77 0.45 0.16 0.82 0.18 0.56 0.79 0.24 0.57
C2 0.27 1.13 0.12 0.78 1.70 1.23 1.48 1.51 1.06 0.86 1.55 2.01 0.91 0.07 1.08 0.46 0.83 1.47 0.34 0.96
C2' 0.46 0.58 0.11 0.27 0.78 0.52 0.83 0.74 0.75 0.62 0.68 0.83 0.43 0.34 0.49 0.08 0.26 0.45 0.13 0.24
C3' 0.92 0.89 0.71 0.56 1.10 0.33 1.24 0.29 1.22 1.04 0.95 1.12 0.68 0.83 0.47 0.61 0.58 0.55 0.98 0.66
C4 0.29 0.98 0.14 0.76 1.41 1.15 1.26 1.38 0.94 0.78 1.30 1.62 0.79 0.09 1.05 0.39 0.74 1.24 0.28 0.82
C4' 0.87 0.74 0.59 0.63 0.91 0.41 1.05 0.40 1.07 0.92 0.77 0.90 0.55 0.61 0.67 0.68 0.70 0.78 1.01 0.79
C5 0.28 1.15 0.12 0.82 1.68 1.29 1.49 1.52 1.08 0.89 1.54 1.94 0.92 0.11 1.12 0.52 0.81 1.37 0.29 0.90
C5' 1.34 1.13 1.23 1.40 1.35 1.03 1.55 1.01 1.58 1.38 1.17 1.34 0.86 1.10 1.52 1.18 1.44 1.58 1.79 1.55
C6 0.27 1.29 0.10 0.83 1.97 1.36 1.71 1.62 1.20 0.97 1.79 2.32 1.04 0.12 1.14 0.59 0.87 1.56 0.34 1.01
C8 0.30 0.85 0.14 0.76 1.15 1.11 1.06 1.26 0.83 0.72 1.08 1.28 0.68 0.10 1.06 0.37 0.65 0.99 0.21 0.67
N1 0.27 1.27 0.10 0.82 1.94 1.33 1.67 1.61 1.17 0.94 1.76 2.31 1.02 0.10 1.12 0.55 0.88 1.59 0.36 1.03
N3 0.29 0.98 0.15 0.74 1.44 1.13 1.28 1.39 0.94 0.78 1.32 1.68 0.79 0.08 1.02 0.37 0.76 1.29 0.30 0.85
N6 0.28 1.43 0.13 0.84 2.23 1.43 1.92 1.68 1.31 1.05 2.01 2.66 1.15 0.17 1.13 0.68 0.90 1.67 0.35 1.06
N7 0.28 1.10 0.11 0.82 1.56 1.30 1.40 1.47 1.05 0.87 1.44 1.76 0.87 0.11 1.12 0.53 0.76 1.23 0.25 0.82
N9 0.30 0.79 0.17 0.70 1.08 1.01 0.99 1.21 0.78 0.66 1.00 1.21 0.63 0.10 0.98 0.29 0.65 1.00 0.23 0.68
O2' 0.22 0.29 0.28 0.57 0.40 0.70 0.43 0.96 0.39 0.31 0.35 0.44 0.23 0.11 0.74 0.17 0.60 0.76 0.35 0.59
O3' 0.98 0.85 0.80 0.73 1.04 0.46 1.22 0.37 1.23 1.04 0.88 1.04 0.65 0.92 0.64 0.74 0.76 0.83 1.16 0.87
O4' 0.52 0.60 0.08 0.15 0.72 0.30 0.75 0.47 0.71 0.63 0.67 0.75 0.52 0.19 0.26 0.25 0.24 0.39 0.37 0.29
O5' 1.46 1.22 1.27 1.49 1.42 1.17 1.62 1.21 1.66 1.48 1.23 1.40 0.95 1.08 1.64 1.34 1.60 1.73 1.90 1.70
OP1 1.84 1.62 1.39 1.91 1.69 1.89 1.84 1.98 1.87 1.79 1.57 1.65 1.49 0.76 2.10 2.04 2.21 2.37 2.38 2.28
OP2 1.95 1.71 1.78 2.39 1.92 2.17 2.11 2.17 2.13 1.95 1.73 1.91 1.45 1.19 2.73 2.14 2.44 2.62 2.64 2.52
P 1.86 1.56 1.67 2.21 1.73 1.95 1.93 1.96 1.97 1.82 1.55 1.70 1.31 1.10 2.54 1.96 2.26 2.40 2.45 2.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.13 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.19 0.01 0.20 0.26 0.19 0.17
C2 0.02 0.00 0.26 0.24 0.01 0.18 0.02 0.41 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.07 0.34 0.27 0.25 0.15 0.22
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.11 0.03 0.08 0.22 0.17 0.04 0.23 0.13 0.41 0.01 0.03 0.02 0.51 0.68 0.66 0.59
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.40 0.01 0.41 0.02 0.35 0.24 0.31 0.44 0.15 0.05 0.02 0.03 0.11 0.38 0.15 0.21
C4 0.03 0.01 0.11 0.40 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.31 0.06 0.10 0.14 0.21 0.14
C4' 0.01 0.18 0.03 0.01 0.07 0.00 0.24 0.00 0.29 0.05 0.14 0.08 0.35 0.35 0.02 0.00 0.01 0.12 0.01 0.03
C5 0.03 0.02 0.08 0.41 0.01 0.24 0.00 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.37 0.35 0.20 0.21 0.26 0.30 0.28
C5' 0.13 0.41 0.22 0.02 0.18 0.00 0.11 0.00 0.16 0.16 0.39 0.18 0.57 0.11 0.23 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.03 0.03 0.17 0.35 0.01 0.29 0.01 0.16 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.41 0.25 0.30 0.19 0.18 0.16 0.22
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.02 0.05 0.02 0.16 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.07 0.02 0.14 0.15 0.11 0.11
N3 0.03 0.01 0.23 0.31 0.01 0.14 0.02 0.39 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.18 0.28 0.21 0.17 0.11 0.16
N4 0.03 0.02 0.13 0.44 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.15 0.38 0.06 0.12 0.23 0.33 0.21
O2 0.04 0.01 0.41 0.15 0.02 0.35 0.03 0.57 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.46 0.12 0.56 0.39 0.40 0.25 0.35
O2' 0.06 0.17 0.01 0.05 0.14 0.35 0.37 0.11 0.41 0.10 0.08 0.15 0.46 0.00 0.03 0.25 0.37 0.60 0.76 0.53
O3' 0.19 0.07 0.03 0.02 0.31 0.02 0.35 0.23 0.25 0.07 0.18 0.38 0.12 0.03 0.00 0.17 0.16 0.07 0.13 0.08
O4' 0.01 0.34 0.02 0.03 0.06 0.00 0.20 0.02 0.30 0.02 0.28 0.06 0.56 0.25 0.17 0.00 0.09 0.08 0.15 0.14
O5' 0.20 0.27 0.51 0.11 0.10 0.01 0.21 0.01 0.19 0.14 0.21 0.12 0.39 0.37 0.16 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.25 0.68 0.38 0.14 0.12 0.26 0.10 0.18 0.15 0.17 0.23 0.40 0.60 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.15 0.66 0.15 0.21 0.01 0.30 0.01 0.16 0.11 0.11 0.33 0.25 0.76 0.13 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.22 0.59 0.21 0.14 0.03 0.28 0.01 0.22 0.11 0.16 0.21 0.35 0.53 0.08 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00