ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.016, 0.041, 0.065, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.055, 0.411, 0.767, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.411 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.050, 0.409, 0.768, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.409 std_dev=0.359
O2' A 0, 0.097, 0.471, 0.844, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.471 std_dev=0.374
O2' B 0, 0.057, 0.497, 0.937, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.497 std_dev=0.440
C4' A 0, 0.168, 0.694, 1.220, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.694 std_dev=0.526
C3' A 0, 0.127, 0.695, 1.263, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.695 std_dev=0.568
C2' B 0, 0.162, 0.773, 1.384, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.773 std_dev=0.611
C3' B 0, 0.366, 0.979, 1.592, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.979 std_dev=0.613
O3' A 0, 0.140, 0.925, 1.710, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.925 std_dev=0.785
O4' B 0, 0.338, 1.142, 1.946, 2.245 max_d=2.245 avg_d=1.142 std_dev=0.804
C4' B 0, 0.416, 1.230, 2.043, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.230 std_dev=0.814
C5' A 0, 0.301, 1.197, 2.094, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.197 std_dev=0.897
O3' B 0, 0.196, 1.099, 2.002, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.099 std_dev=0.903
O5' A 0, 0.300, 1.218, 2.135, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.218 std_dev=0.917
P A 0, 0.518, 1.514, 2.509, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.514 std_dev=0.995
C1' B 0, 0.246, 1.271, 2.296, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.271 std_dev=1.025
OP2 A 0, 0.684, 1.855, 3.026, 3.216 max_d=3.216 avg_d=1.855 std_dev=1.171
OP1 A 0, 0.895, 2.201, 3.508, 3.417 max_d=3.417 avg_d=2.201 std_dev=1.306
C5' B 0, 0.223, 1.797, 3.370, 4.312 max_d=4.312 avg_d=1.797 std_dev=1.574
O5' B 0, 0.678, 2.326, 3.974, 4.447 max_d=4.447 avg_d=2.326 std_dev=1.648
N1 B 0, 0.298, 2.031, 3.765, 4.004 max_d=4.004 avg_d=2.031 std_dev=1.734
C6 B 0, 0.372, 2.548, 4.723, 5.247 max_d=5.247 avg_d=2.548 std_dev=2.176
C2 B 0, 0.338, 2.576, 4.814, 5.621 max_d=5.621 avg_d=2.576 std_dev=2.238
O2 B 0, 0.208, 2.562, 4.916, 6.013 max_d=6.013 avg_d=2.562 std_dev=2.354
P B 0, 1.144, 3.719, 6.294, 7.266 max_d=7.266 avg_d=3.719 std_dev=2.575
OP2 B 0, 1.551, 4.386, 7.220, 7.744 max_d=7.744 avg_d=4.386 std_dev=2.834
N3 B 0, 0.498, 3.353, 6.207, 7.426 max_d=7.426 avg_d=3.353 std_dev=2.855
C5 B 0, 0.429, 3.339, 6.248, 7.324 max_d=7.324 avg_d=3.339 std_dev=2.909
C4 B 0, 0.538, 3.672, 6.807, 8.111 max_d=8.111 avg_d=3.672 std_dev=3.135
OP1 B 0, 1.599, 4.813, 8.028, 9.038 max_d=9.038 avg_d=4.813 std_dev=3.214
N4 B 0, 0.670, 4.519, 8.368, 10.163 max_d=10.163 avg_d=4.519 std_dev=3.849

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.40 0.33 0.39
C2 0.04 0.00 0.24 0.28 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.37 0.03 0.30 0.44 0.57 0.51
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.13 0.18 0.25 0.05 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.19 0.15 0.08
C3' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.24 0.21 0.28 0.07 0.18 0.05 0.02 0.00 0.01 0.14 0.25 0.25 0.12
C4 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.13 0.02 0.22 0.41 0.50 0.46
C4' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.17 0.10 0.12 0.09 0.14 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.22 0.06 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.22 0.42 0.54 0.46
C5' 0.03 0.13 0.01 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.15 0.27 0.13 0.11 0.20 0.26 0.11 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.26 0.45 0.59 0.48
C8 0.02 0.01 0.13 0.24 0.00 0.17 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.26 0.03 0.16 0.37 0.39 0.37
N1 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.26 0.03 0.30 0.46 0.60 0.51
N3 0.04 0.00 0.25 0.28 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.35 0.03 0.28 0.42 0.52 0.49
N6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.05 0.04 0.27 0.46 0.59 0.47
N7 0.01 0.01 0.09 0.18 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.21 0.03 0.20 0.39 0.47 0.40
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.14 0.39 0.41 0.42
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.11 0.03 0.06 0.02 0.11 0.07 0.19 0.23 0.09 0.04 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.27 0.13 0.05
O3' 0.02 0.37 0.02 0.00 0.13 0.03 0.03 0.04 0.10 0.26 0.26 0.35 0.05 0.21 0.04 0.04 0.00 0.03 0.29 0.59 0.53 0.41
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.23 0.54 0.43 0.51
O5' 0.13 0.30 0.04 0.14 0.22 0.00 0.22 0.00 0.26 0.16 0.30 0.28 0.27 0.20 0.14 0.08 0.29 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.40 0.44 0.19 0.25 0.41 0.22 0.42 0.11 0.45 0.37 0.46 0.42 0.46 0.39 0.39 0.27 0.59 0.54 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.57 0.15 0.25 0.50 0.06 0.54 0.02 0.59 0.39 0.60 0.52 0.59 0.47 0.41 0.13 0.53 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.51 0.08 0.12 0.46 0.12 0.46 0.01 0.48 0.37 0.51 0.49 0.47 0.40 0.42 0.05 0.41 0.51 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.87 1.73 0.42 0.69 2.02 1.01 1.65 1.15 1.31 1.30 2.08 2.26 1.68 0.21 0.81 0.79 0.85 1.62 0.59 0.82
C2 0.76 1.73 0.34 0.57 2.75 0.73 2.42 0.64 1.78 1.41 2.43 3.31 1.36 0.16 0.87 0.62 0.34 0.94 1.02 0.19
C2' 0.83 1.64 0.35 0.38 1.97 0.75 1.66 0.93 1.32 1.27 1.97 2.20 1.55 0.46 0.51 0.64 0.56 1.47 0.37 0.58
C3' 0.87 1.56 0.51 0.07 1.78 0.39 1.54 0.63 1.28 1.25 1.79 1.95 1.51 0.75 0.22 0.45 0.27 1.40 0.27 0.47
C4 0.78 1.72 0.36 0.59 2.49 0.78 2.17 0.71 1.65 1.38 2.29 2.86 1.39 0.15 0.87 0.63 0.42 0.99 0.88 0.22
C4' 0.86 1.62 0.40 0.25 1.63 0.54 1.29 0.88 1.07 1.20 1.78 1.76 1.73 0.57 0.30 0.47 0.61 1.73 0.28 0.81
C5 0.68 1.55 0.32 0.51 2.54 0.61 2.33 0.45 1.76 1.33 2.17 2.92 1.14 0.20 0.83 0.50 0.16 0.61 1.23 0.29
C5' 1.04 1.59 0.62 0.14 1.50 0.10 1.24 0.55 1.10 1.26 1.65 1.57 1.73 0.79 0.14 0.57 0.39 1.62 0.48 0.76
C6 0.62 1.47 0.29 0.46 2.69 0.53 2.52 0.32 1.85 1.30 2.17 3.23 1.06 0.23 0.81 0.46 0.07 0.54 1.46 0.51
C8 0.73 1.51 0.36 0.58 2.02 0.72 1.83 0.64 1.47 1.27 1.88 2.19 1.20 0.14 0.83 0.55 0.36 0.79 0.87 0.13
N1 0.68 1.59 0.31 0.51 2.78 0.61 2.53 0.44 1.85 1.36 2.31 3.39 1.17 0.21 0.84 0.53 0.13 0.67 1.32 0.36
N3 0.80 1.79 0.36 0.61 2.61 0.82 2.24 0.79 1.68 1.41 2.41 3.07 1.49 0.14 0.87 0.67 0.50 1.16 0.80 0.33
N6 0.50 1.24 0.25 0.38 2.62 0.38 2.59 0.15 1.87 1.18 1.91 3.21 0.92 0.29 0.74 0.35 0.27 0.61 1.81 0.86
N7 0.62 1.39 0.31 0.47 2.25 0.54 2.16 0.36 1.69 1.26 1.89 2.47 0.99 0.21 0.78 0.42 0.10 0.46 1.29 0.38
N9 0.80 1.70 0.38 0.64 2.20 0.86 1.88 0.86 1.47 1.33 2.13 2.45 1.47 0.14 0.86 0.67 0.57 1.17 0.68 0.40
O2' 0.89 1.69 0.38 0.46 1.95 0.90 1.58 1.15 1.27 1.27 2.01 2.19 1.69 0.44 0.47 0.79 0.80 1.78 0.56 0.91
O3' 0.91 1.50 0.65 0.17 1.70 0.27 1.48 0.54 1.26 1.23 1.71 1.85 1.47 0.94 0.08 0.48 0.18 1.43 0.30 0.50
O4' 0.80 1.69 0.37 0.70 1.75 0.96 1.35 1.19 1.08 1.19 1.92 1.92 1.80 0.20 0.80 0.64 0.96 1.84 0.54 1.00
O5' 0.91 1.20 0.60 0.15 1.26 0.10 1.16 0.30 1.06 1.07 1.27 1.31 1.18 0.82 0.01 0.51 0.12 0.99 0.52 0.35
OP1 0.10 0.21 0.16 0.32 0.33 0.44 0.39 0.87 0.32 0.16 0.25 0.38 0.32 0.22 0.01 0.21 0.61 0.87 0.43 0.59
OP2 0.31 0.23 0.26 0.15 0.47 0.09 0.60 0.07 0.58 0.36 0.31 0.50 0.13 0.39 0.02 0.19 0.65 0.53 1.02 0.71
P 0.38 0.40 0.19 0.03 0.45 0.13 0.46 0.35 0.42 0.38 0.42 0.47 0.39 0.38 0.01 0.15 0.24 0.52 0.34 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.26 0.01 0.17 0.40 1.11 0.54
C2 0.03 0.00 0.17 0.08 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.23 0.16 0.24 0.85 1.36 0.76
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.23 0.17 0.28 0.04 0.11 0.09 0.33 0.00 0.02 0.03 0.55 0.52 1.32 0.84
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.14 0.09 0.11 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.40 0.12 0.65 0.40
C4 0.03 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.34 0.19 0.03 0.34 1.34 1.53 1.01
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.14 0.04 0.07 0.06 0.18 0.19 0.06 0.01 0.01 0.31 0.45 0.10
C5 0.02 0.01 0.23 0.15 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.56 0.17 0.17 0.37 1.41 1.53 1.06
C5' 0.05 0.15 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.07 0.13 0.08 0.24 0.09 0.19 0.02 0.00 0.30 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.28 0.14 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.55 0.17 0.22 0.34 1.15 1.47 0.95
N1 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.19 0.01 0.26 0.82 1.35 0.77
N3 0.03 0.00 0.11 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.21 0.11 0.28 1.10 1.47 0.89
N4 0.03 0.01 0.09 0.14 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.37 0.19 0.03 0.36 1.48 1.55 1.07
O2 0.05 0.00 0.33 0.07 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.52 0.28 0.31 0.18 0.61 1.25 0.63
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.34 0.19 0.56 0.09 0.55 0.17 0.17 0.37 0.52 0.00 0.08 0.12 0.40 0.36 1.32 0.70
O3' 0.26 0.23 0.02 0.01 0.19 0.06 0.17 0.19 0.17 0.19 0.21 0.19 0.28 0.08 0.00 0.15 0.16 0.58 0.31 0.14
O4' 0.01 0.16 0.03 0.02 0.03 0.01 0.17 0.02 0.22 0.01 0.11 0.03 0.31 0.12 0.15 0.00 0.21 0.41 0.89 0.40
O5' 0.17 0.24 0.55 0.40 0.34 0.01 0.37 0.00 0.34 0.26 0.28 0.36 0.18 0.40 0.16 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.85 0.52 0.12 1.34 0.31 1.41 0.30 1.15 0.82 1.10 1.48 0.61 0.36 0.58 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 1.11 1.36 1.32 0.65 1.53 0.45 1.53 0.18 1.47 1.35 1.47 1.55 1.25 1.32 0.31 0.89 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.54 0.76 0.84 0.40 1.01 0.10 1.06 0.01 0.95 0.77 0.89 1.07 0.63 0.70 0.14 0.40 0.00 0.00 0.01 0.00