ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52407

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.015, 0.313, 0.611, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.313 std_dev=0.298
O4' A 0, -0.064, 0.253, 0.569, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.253 std_dev=0.317
P A 0, 0.188, 0.506, 0.823, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.506 std_dev=0.317
O2' A 0, 0.125, 0.484, 0.842, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.484 std_dev=0.358
O3' B 0, 0.091, 0.462, 0.833, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.462 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.208, 0.600, 0.992, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.600 std_dev=0.392
C4' A 0, -0.042, 0.414, 0.871, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.414 std_dev=0.457
C3' A 0, -0.036, 0.458, 0.952, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.458 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.159, 0.660, 1.161, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.660 std_dev=0.501
O2' B 0, 0.191, 0.696, 1.200, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.696 std_dev=0.504
O5' A 0, 0.233, 0.782, 1.331, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.782 std_dev=0.549
C3' B 0, 0.286, 0.915, 1.544, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.915 std_dev=0.629
O3' A 0, 0.008, 0.671, 1.334, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.671 std_dev=0.663
OP2 A 0, 0.385, 1.085, 1.785, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.085 std_dev=0.700
N1 B 0, 0.526, 1.372, 2.217, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.372 std_dev=0.845
C2 B 0, 0.613, 1.460, 2.307, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.460 std_dev=0.847
OP1 A 0, 0.591, 1.443, 2.296, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.443 std_dev=0.852
C5' A 0, -0.147, 0.761, 1.669, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.761 std_dev=0.908
O2 B 0, 0.686, 1.901, 3.117, 3.013 max_d=3.013 avg_d=1.901 std_dev=1.216
O4' B 0, 0.595, 1.814, 3.032, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.814 std_dev=1.219
C4' B 0, 0.844, 2.184, 3.525, 3.654 max_d=3.654 avg_d=2.184 std_dev=1.341
N3 B 0, 0.995, 2.391, 3.787, 3.436 max_d=3.436 avg_d=2.391 std_dev=1.396
C6 B 0, 1.210, 2.968, 4.727, 4.584 max_d=4.584 avg_d=2.968 std_dev=1.758
C4 B 0, 1.383, 3.402, 5.420, 5.229 max_d=5.229 avg_d=3.402 std_dev=2.018
C5' B 0, 1.493, 3.732, 5.971, 5.968 max_d=5.968 avg_d=3.732 std_dev=2.239
C5 B 0, 1.599, 3.903, 6.207, 5.944 max_d=5.944 avg_d=3.903 std_dev=2.304
N4 B 0, 1.806, 4.425, 7.043, 6.730 max_d=6.730 avg_d=4.425 std_dev=2.618
O5' B 0, 1.800, 4.502, 7.203, 7.184 max_d=7.184 avg_d=4.502 std_dev=2.701
OP1 B 0, 2.045, 5.181, 8.316, 8.379 max_d=8.379 avg_d=5.181 std_dev=3.135
P B 0, 2.253, 5.593, 8.933, 8.808 max_d=8.808 avg_d=5.593 std_dev=3.340
OP2 B 0, 2.500, 6.364, 10.227, 10.112 max_d=10.112 avg_d=6.364 std_dev=3.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.32 0.14 0.10
C2 0.05 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.24 0.06 0.24 0.31 0.20 0.13
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.11 0.03 0.09 0.06 0.11 0.07 0.14 0.17 0.11 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.25 0.35 0.11 0.19
C3' 0.03 0.19 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.09 0.16 0.15 0.17 0.08 0.12 0.08 0.02 0.01 0.03 0.42 0.43 0.20 0.36
C4 0.03 0.01 0.11 0.09 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.23 0.10 0.02 0.26 0.30 0.19 0.13
C4' 0.02 0.07 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.04 0.08 0.05 0.10 0.06 0.03 0.22 0.02 0.00 0.01 0.26 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.07 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.07 0.02 0.31 0.28 0.24 0.16
C5' 0.05 0.22 0.06 0.01 0.20 0.00 0.26 0.00 0.28 0.19 0.27 0.18 0.32 0.25 0.15 0.16 0.13 0.01 0.00 0.19 0.36 0.03
C6 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.09 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.10 0.02 0.32 0.29 0.26 0.17
C8 0.03 0.01 0.07 0.16 0.00 0.04 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.17 0.07 0.32 0.28 0.20 0.15
N1 0.05 0.00 0.14 0.15 0.01 0.08 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.18 0.04 0.29 0.30 0.24 0.16
N3 0.06 0.00 0.17 0.17 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.07 0.22 0.32 0.17 0.12
N6 0.03 0.01 0.11 0.08 0.02 0.10 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.08 0.04 0.34 0.28 0.30 0.20
N7 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.15 0.06 0.34 0.26 0.25 0.17
N9 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.01 0.25 0.30 0.15 0.11
O2' 0.01 0.34 0.00 0.02 0.23 0.22 0.21 0.16 0.27 0.07 0.32 0.31 0.26 0.13 0.10 0.00 0.09 0.12 0.29 0.42 0.13 0.28
O3' 0.07 0.24 0.03 0.01 0.10 0.02 0.07 0.13 0.10 0.17 0.18 0.23 0.08 0.15 0.03 0.09 0.00 0.06 0.54 0.59 0.41 0.52
O4' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.12 0.06 0.00 0.20 0.35 0.29 0.18
O5' 0.13 0.24 0.25 0.42 0.26 0.01 0.31 0.00 0.32 0.32 0.29 0.22 0.34 0.34 0.25 0.29 0.54 0.20 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.32 0.31 0.35 0.43 0.30 0.26 0.28 0.19 0.29 0.28 0.30 0.32 0.28 0.26 0.30 0.42 0.59 0.35 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.20 0.11 0.20 0.19 0.21 0.24 0.36 0.26 0.20 0.24 0.17 0.30 0.25 0.15 0.13 0.41 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.19 0.36 0.13 0.06 0.16 0.03 0.17 0.15 0.16 0.12 0.20 0.17 0.11 0.28 0.52 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.44 0.17 0.14 0.54 0.49 0.45 0.53 0.37 0.33 0.55 0.60 0.43 0.35 0.13 0.51 0.50 0.50 0.21 0.24
C2 0.17 0.37 0.16 0.13 0.81 0.32 0.72 0.26 0.50 0.30 0.67 1.02 0.19 0.14 0.08 0.33 0.40 0.14 0.41 0.17
C2' 0.32 0.43 0.12 0.10 0.55 0.48 0.47 0.51 0.39 0.34 0.55 0.63 0.41 0.23 0.24 0.49 0.35 0.43 0.27 0.15
C3' 0.52 0.52 0.24 0.29 0.61 0.54 0.59 0.52 0.56 0.52 0.59 0.66 0.46 0.25 0.44 0.58 0.21 0.56 0.40 0.21
C4 0.18 0.39 0.16 0.12 0.75 0.32 0.68 0.25 0.50 0.32 0.64 0.89 0.23 0.15 0.07 0.32 0.38 0.20 0.40 0.12
C4' 0.38 0.47 0.13 0.06 0.47 0.48 0.38 0.52 0.35 0.38 0.51 0.51 0.50 0.35 0.21 0.50 0.28 0.53 0.18 0.17
C5 0.09 0.36 0.17 0.17 0.84 0.21 0.81 0.11 0.58 0.31 0.66 0.99 0.27 0.06 0.07 0.18 0.42 0.17 0.57 0.33
C5' 0.43 0.43 0.17 0.16 0.43 0.45 0.36 0.37 0.32 0.38 0.45 0.47 0.47 0.33 0.37 0.50 0.10 0.42 0.37 0.07
C6 0.08 0.35 0.17 0.19 0.90 0.20 0.86 0.11 0.60 0.31 0.68 1.12 0.29 0.06 0.08 0.16 0.45 0.23 0.64 0.43
C8 0.12 0.35 0.17 0.14 0.64 0.23 0.65 0.15 0.52 0.31 0.53 0.71 0.28 0.09 0.07 0.20 0.38 0.23 0.49 0.21
N1 0.12 0.34 0.17 0.17 0.87 0.25 0.81 0.14 0.55 0.29 0.66 1.11 0.20 0.08 0.07 0.23 0.41 0.16 0.54 0.32
N3 0.21 0.41 0.15 0.12 0.75 0.38 0.65 0.34 0.47 0.32 0.66 0.91 0.25 0.19 0.09 0.39 0.41 0.23 0.33 0.09
N6 0.09 0.38 0.19 0.24 0.96 0.20 0.95 0.23 0.66 0.33 0.70 1.23 0.42 0.08 0.12 0.13 0.55 0.40 0.79 0.61
N7 0.04 0.39 0.17 0.19 0.80 0.18 0.82 0.13 0.62 0.33 0.64 0.90 0.38 0.06 0.09 0.10 0.46 0.23 0.65 0.41
N9 0.21 0.39 0.15 0.11 0.64 0.35 0.58 0.31 0.45 0.32 0.58 0.73 0.28 0.21 0.08 0.36 0.38 0.30 0.34 0.04
O2' 0.40 0.43 0.07 0.20 0.46 0.63 0.36 0.72 0.34 0.34 0.52 0.54 0.50 0.22 0.38 0.65 0.57 0.64 0.23 0.37
O3' 0.51 0.49 0.30 0.38 0.58 0.60 0.57 0.63 0.56 0.50 0.56 0.63 0.44 0.31 0.53 0.60 0.34 0.73 0.41 0.35
O4' 0.33 0.48 0.21 0.16 0.49 0.50 0.40 0.55 0.35 0.37 0.53 0.53 0.51 0.50 0.14 0.51 0.47 0.60 0.20 0.29
O5' 0.16 0.13 0.18 0.13 0.24 0.36 0.25 0.39 0.22 0.15 0.19 0.27 0.08 0.24 0.01 0.27 0.25 0.46 0.25 0.10
OP1 0.21 0.09 0.06 0.12 0.17 0.44 0.22 0.60 0.22 0.15 0.10 0.18 0.09 0.05 0.01 0.36 0.38 0.71 0.11 0.33
OP2 0.30 0.35 0.33 0.24 0.49 0.08 0.49 0.19 0.43 0.35 0.43 0.53 0.29 0.42 0.01 0.13 0.51 0.44 0.73 0.42
P 0.14 0.11 0.08 0.05 0.18 0.22 0.17 0.31 0.12 0.09 0.15 0.21 0.12 0.09 0.01 0.13 0.26 0.48 0.27 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.18 0.00 0.31 0.30 0.56 0.10
C2 0.01 0.00 0.20 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.12 0.14 0.42 0.25 0.48 0.14
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.10 0.15 0.13 0.08 0.18 0.12 0.28 0.00 0.01 0.01 0.33 0.54 0.62 0.34
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.17 0.01 0.17 0.02 0.14 0.09 0.14 0.18 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.48 0.33 0.13
C4 0.01 0.00 0.11 0.17 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.04 0.01 0.57 0.39 0.45 0.35
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.19 0.05 0.02 0.08 0.15 0.11 0.02 0.00 0.02 0.35 0.40 0.04
C5 0.01 0.01 0.10 0.17 0.00 0.18 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.33 0.05 0.12 0.63 0.42 0.43 0.40
C5' 0.07 0.11 0.15 0.02 0.17 0.01 0.28 0.00 0.28 0.12 0.11 0.18 0.19 0.09 0.09 0.01 0.00 0.36 0.32 0.02
C6 0.01 0.00 0.13 0.14 0.01 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.34 0.03 0.16 0.60 0.29 0.44 0.27
N1 0.00 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.45 0.24 0.50 0.11
N3 0.01 0.00 0.18 0.14 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.07 0.11 0.48 0.30 0.46 0.25
N4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.08 0.02 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.04 0.02 0.58 0.47 0.46 0.41
O2 0.03 0.00 0.28 0.06 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.44 0.18 0.25 0.34 0.26 0.49 0.07
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.19 0.11 0.33 0.09 0.34 0.10 0.18 0.20 0.44 0.00 0.06 0.07 0.31 0.73 0.71 0.45
O3' 0.18 0.12 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.03 0.09 0.07 0.04 0.18 0.06 0.00 0.14 0.16 0.52 0.25 0.07
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.11 0.02 0.25 0.07 0.14 0.00 0.26 0.27 0.58 0.14
O5' 0.31 0.42 0.33 0.12 0.57 0.02 0.63 0.00 0.60 0.45 0.48 0.58 0.34 0.31 0.16 0.26 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.30 0.25 0.54 0.48 0.39 0.35 0.42 0.36 0.29 0.24 0.30 0.47 0.26 0.73 0.52 0.27 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.48 0.62 0.33 0.45 0.40 0.43 0.32 0.44 0.50 0.46 0.46 0.49 0.71 0.25 0.58 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.34 0.13 0.35 0.04 0.40 0.02 0.27 0.11 0.25 0.41 0.07 0.45 0.07 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00