ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52408

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.008, 0.039, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.010, 0.044, 0.078, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.044 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.006, 0.047, 0.089, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.047 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.011, 0.056, 0.101, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.056 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.072, 0.316, 0.559, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.316 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.212, 0.528, 0.844, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.528 std_dev=0.316
C2' B 0, 0.215, 0.545, 0.875, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.545 std_dev=0.330
C2' A 0, 0.108, 0.439, 0.769, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.439 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.125, 0.525, 0.926, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.525 std_dev=0.400
O2' A 0, 0.170, 0.617, 1.065, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.617 std_dev=0.448
C3' A 0, 0.161, 0.636, 1.112, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.636 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.227, 0.813, 1.400, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.813 std_dev=0.586
C5' A 0, 0.221, 0.912, 1.603, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.912 std_dev=0.691
O3' A 0, 0.245, 0.944, 1.642, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.944 std_dev=0.699
O3' B 0, 0.246, 0.978, 1.710, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.978 std_dev=0.732
C1' B 0, 0.121, 0.897, 1.673, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.897 std_dev=0.776
C4' B 0, 0.296, 1.091, 1.887, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.091 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.241, 1.196, 2.150, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.196 std_dev=0.955
N1 B 0, 0.130, 1.236, 2.341, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.236 std_dev=1.106
C5' B 0, 0.166, 1.304, 2.441, 3.120 max_d=3.120 avg_d=1.304 std_dev=1.137
O5' B 0, 0.245, 1.392, 2.539, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.392 std_dev=1.147
O5' A 0, 0.096, 1.275, 2.453, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.275 std_dev=1.179
P A 0, 0.075, 1.357, 2.639, 3.364 max_d=3.364 avg_d=1.357 std_dev=1.282
C2 B 0, -0.103, 1.286, 2.675, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.286 std_dev=1.389
O2 B 0, -0.233, 1.184, 2.602, 3.567 max_d=3.567 avg_d=1.184 std_dev=1.417
C6 B 0, 0.244, 1.671, 3.099, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.671 std_dev=1.428
OP1 B 0, 0.563, 2.100, 3.638, 3.943 max_d=3.943 avg_d=2.100 std_dev=1.538
OP2 A 0, 0.054, 1.632, 3.209, 4.041 max_d=4.041 avg_d=1.632 std_dev=1.578
P B 0, 0.086, 1.818, 3.550, 4.658 max_d=4.658 avg_d=1.818 std_dev=1.732
N3 B 0, -0.058, 1.694, 3.447, 4.414 max_d=4.414 avg_d=1.694 std_dev=1.752
OP1 A 0, -0.145, 1.663, 3.470, 4.686 max_d=4.686 avg_d=1.663 std_dev=1.808
C5 B 0, 0.245, 2.146, 4.046, 4.236 max_d=4.236 avg_d=2.146 std_dev=1.900
C4 B 0, 0.134, 2.128, 4.122, 4.814 max_d=4.814 avg_d=2.128 std_dev=1.994
N4 B 0, 0.153, 2.614, 5.075, 5.908 max_d=5.908 avg_d=2.614 std_dev=2.461
OP2 B 0, 0.111, 2.601, 5.092, 6.528 max_d=6.528 avg_d=2.601 std_dev=2.490

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.25 0.42 0.32
C2 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.08 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.10 0.20 0.02 0.68 0.65 1.07 0.72
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.30 0.33 0.28 0.27
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.10 0.17 0.03 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.34 0.46 0.11 0.27
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.02 0.64 0.58 0.98 0.67
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.04 0.09 0.04 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.14 0.14 0.05
C5 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.72 0.70 1.18 0.78
C5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.14 0.05 0.09 0.08 0.13 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.29 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.76 0.77 1.28 0.83
C8 0.03 0.03 0.09 0.12 0.02 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.13 0.06 0.61 0.56 0.95 0.65
N1 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.13 0.03 0.74 0.74 1.21 0.80
N3 0.02 0.00 0.13 0.17 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.20 0.02 0.61 0.56 0.93 0.64
N6 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.81 0.87 1.41 0.91
N7 0.03 0.03 0.07 0.10 0.03 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.11 0.06 0.71 0.70 1.20 0.78
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.54 0.48 0.79 0.56
O2' 0.01 0.10 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.10 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.08 0.10 0.09
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.05 0.13 0.13 0.20 0.05 0.11 0.02 0.07 0.00 0.02 0.19 0.48 0.15 0.18
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.24 0.22 0.23
O5' 0.28 0.68 0.30 0.34 0.64 0.03 0.72 0.01 0.76 0.61 0.74 0.61 0.81 0.71 0.54 0.05 0.19 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.65 0.33 0.46 0.58 0.14 0.70 0.29 0.77 0.56 0.74 0.56 0.87 0.70 0.48 0.08 0.48 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 1.07 0.28 0.11 0.98 0.14 1.18 0.30 1.28 0.95 1.21 0.93 1.41 1.20 0.79 0.10 0.15 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.72 0.27 0.27 0.67 0.05 0.78 0.02 0.83 0.65 0.80 0.64 0.91 0.78 0.56 0.09 0.18 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.80 1.11 0.15 0.20 1.26 0.39 1.24 0.25 1.11 1.02 1.21 1.33 1.10 0.21 0.37 0.81 0.44 0.45 0.93 0.29
C2 0.62 0.76 0.14 0.32 1.25 0.29 1.42 0.16 1.21 0.86 0.93 1.40 0.65 0.24 0.50 0.60 0.32 0.79 0.99 0.33
C2' 0.77 1.05 0.12 0.07 1.16 0.32 1.13 0.14 1.02 0.95 1.14 1.23 1.09 0.11 0.22 0.76 0.30 0.63 0.79 0.10
C3' 0.74 0.93 0.23 0.08 0.98 0.29 0.98 0.13 0.90 0.86 0.98 1.02 0.97 0.20 0.13 0.70 0.22 0.71 0.69 0.10
C4 0.65 0.80 0.15 0.32 1.17 0.32 1.32 0.19 1.16 0.87 0.92 1.26 0.72 0.24 0.50 0.62 0.34 0.69 1.00 0.34
C4' 0.75 0.99 0.23 0.09 1.00 0.35 0.94 0.21 0.87 0.88 1.03 1.03 1.03 0.25 0.06 0.77 0.33 0.54 0.69 0.09
C5 0.53 0.54 0.16 0.35 1.00 0.28 1.25 0.19 1.10 0.73 0.65 1.08 0.48 0.25 0.52 0.48 0.29 0.82 1.02 0.42
C5' 0.70 0.80 0.39 0.23 0.78 0.33 0.77 0.20 0.73 0.75 0.80 0.79 0.82 0.42 0.13 0.67 0.30 0.61 0.58 0.13
C6 0.46 0.42 0.15 0.36 0.99 0.25 1.28 0.19 1.10 0.66 0.57 1.11 0.37 0.25 0.52 0.41 0.25 0.92 1.01 0.45
C8 0.63 0.67 0.17 0.33 0.93 0.32 1.10 0.21 1.03 0.79 0.73 0.95 0.63 0.22 0.51 0.56 0.34 0.63 1.02 0.39
N1 0.52 0.55 0.14 0.34 1.12 0.25 1.37 0.16 1.16 0.74 0.72 1.27 0.46 0.25 0.51 0.48 0.26 0.90 0.99 0.40
N3 0.69 0.90 0.15 0.30 1.30 0.33 1.40 0.19 1.21 0.93 1.06 1.43 0.80 0.25 0.49 0.68 0.36 0.68 0.99 0.31
N6 0.36 0.22 0.15 0.37 0.88 0.23 1.22 0.22 1.04 0.54 0.41 1.01 0.28 0.26 0.52 0.30 0.23 1.01 1.02 0.53
N7 0.48 0.41 0.17 0.37 0.82 0.28 1.11 0.22 1.02 0.64 0.49 0.87 0.40 0.25 0.52 0.41 0.29 0.79 1.05 0.47
N9 0.72 0.91 0.17 0.29 1.16 0.35 1.25 0.21 1.12 0.93 1.00 1.21 0.85 0.22 0.47 0.69 0.39 0.57 0.99 0.33
O2' 0.80 1.21 0.13 0.07 1.31 0.38 1.19 0.22 1.04 1.02 1.33 1.40 1.27 0.15 0.18 0.84 0.38 0.51 0.79 0.15
O3' 0.71 0.92 0.29 0.18 0.94 0.30 0.90 0.20 0.83 0.81 0.97 0.97 1.00 0.28 0.16 0.68 0.24 0.76 0.60 0.20
O4' 0.80 1.10 0.14 0.15 1.18 0.41 1.13 0.29 1.02 1.00 1.17 1.22 1.10 0.22 0.33 0.84 0.46 0.36 0.89 0.29
O5' 0.55 0.60 0.33 0.07 0.72 0.07 0.78 0.16 0.74 0.64 0.65 0.73 0.54 0.40 0.02 0.35 0.11 0.37 0.85 0.14
OP1 0.13 0.15 0.08 0.17 0.10 0.49 0.12 0.57 0.11 0.12 0.12 0.10 0.21 0.33 0.01 0.41 0.40 0.20 1.25 0.58
OP2 0.49 0.52 0.53 0.07 0.69 0.42 0.81 0.66 0.79 0.61 0.58 0.70 0.43 1.02 0.02 0.24 0.27 0.47 0.95 0.39
P 0.25 0.25 0.26 0.03 0.34 0.25 0.42 0.36 0.42 0.31 0.28 0.35 0.22 0.48 0.01 0.07 0.12 0.26 1.01 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.05 0.45 0.27 0.12
C2 0.01 0.00 0.13 0.01 0.01 0.20 0.02 0.29 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.15 0.28 0.26 0.62 0.43 0.21
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.07 0.12 0.02 0.11 0.06 0.21 0.01 0.04 0.01 0.24 0.38 0.76 0.31
C3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.28 0.85 0.23
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.08 0.88 0.61 0.24
C4' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.00 0.19 0.01 0.24 0.02 0.16 0.03 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.44 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 0.04 0.20 0.33 1.06 0.56 0.50
C5' 0.01 0.29 0.07 0.00 0.04 0.01 0.28 0.00 0.34 0.02 0.25 0.06 0.52 0.07 0.03 0.01 0.01 0.14 0.32 0.02
C6 0.02 0.02 0.12 0.06 0.01 0.24 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.38 0.04 0.28 0.39 0.97 0.32 0.51
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.65 0.16 0.13
N3 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.14 0.21 0.22 0.71 0.59 0.23
N4 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.11 0.94 0.77 0.30
O2 0.03 0.01 0.21 0.03 0.02 0.39 0.03 0.52 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.59 0.20 0.51 0.46 0.58 0.51 0.40
O2' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.03 0.01 0.29 0.07 0.38 0.03 0.26 0.03 0.59 0.00 0.10 0.01 0.28 0.36 0.94 0.40
O3' 0.10 0.15 0.04 0.01 0.09 0.01 0.04 0.03 0.04 0.09 0.14 0.09 0.20 0.10 0.00 0.07 0.09 0.27 0.86 0.21
O4' 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.01 0.28 0.01 0.21 0.01 0.51 0.01 0.07 0.00 0.09 0.31 0.08 0.10
O5' 0.05 0.26 0.24 0.13 0.08 0.01 0.33 0.01 0.39 0.03 0.22 0.11 0.46 0.28 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.45 0.62 0.38 0.28 0.88 0.17 1.06 0.14 0.97 0.65 0.71 0.94 0.58 0.36 0.27 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.43 0.76 0.85 0.61 0.44 0.56 0.32 0.32 0.16 0.59 0.77 0.51 0.94 0.86 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.31 0.23 0.24 0.05 0.50 0.02 0.51 0.13 0.23 0.30 0.40 0.40 0.21 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00