ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52409

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.008, 0.038, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.015, 0.048, 0.082, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.048 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.023, 0.066, 0.108, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.066 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.009, 0.064, 0.120, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.064 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.027, 0.084, 0.141, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.084 std_dev=0.057
O2' B 0, 0.180, 0.454, 0.728, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.454 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.175, 0.479, 0.784, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.479 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.075, 0.747, 1.419, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.747 std_dev=0.672
C4' B 0, -0.043, 0.645, 1.332, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.645 std_dev=0.688
C1' B 0, 0.204, 0.918, 1.632, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.918 std_dev=0.714
O3' B 0, 0.065, 0.898, 1.731, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.898 std_dev=0.833
O4' B 0, 0.044, 0.899, 1.754, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.899 std_dev=0.855
C2' A 0, -0.073, 0.972, 2.017, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.972 std_dev=1.045
O4' A 0, -0.272, 0.781, 1.833, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.781 std_dev=1.053
C5' B 0, -0.050, 1.107, 2.264, 3.010 max_d=3.010 avg_d=1.107 std_dev=1.157
O3' A 0, -0.232, 1.071, 2.374, 3.297 max_d=3.297 avg_d=1.071 std_dev=1.303
C3' A 0, -0.304, 1.062, 2.429, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.062 std_dev=1.366
C4' A 0, -0.348, 1.073, 2.493, 3.512 max_d=3.512 avg_d=1.073 std_dev=1.421
N1 B 0, 0.197, 1.638, 3.078, 3.423 max_d=3.423 avg_d=1.638 std_dev=1.441
O5' B 0, 0.033, 1.529, 3.024, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.529 std_dev=1.496
O2 B 0, 0.207, 1.747, 3.287, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.747 std_dev=1.540
O2' A 0, 0.013, 1.556, 3.098, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.556 std_dev=1.542
C2 B 0, 0.186, 2.002, 3.818, 4.442 max_d=4.442 avg_d=2.002 std_dev=1.816
C6 B 0, 0.220, 2.051, 3.882, 4.335 max_d=4.335 avg_d=2.051 std_dev=1.831
P B 0, 0.094, 1.999, 3.903, 4.726 max_d=4.726 avg_d=1.999 std_dev=1.905
OP1 B 0, 0.235, 2.244, 4.253, 4.775 max_d=4.775 avg_d=2.244 std_dev=2.009
OP2 B 0, 0.193, 2.515, 4.838, 5.304 max_d=5.304 avg_d=2.515 std_dev=2.323
C5' A 0, -0.563, 1.860, 4.282, 5.999 max_d=5.999 avg_d=1.860 std_dev=2.422
N3 B 0, 0.185, 2.710, 5.235, 6.210 max_d=6.210 avg_d=2.710 std_dev=2.525
C5 B 0, 0.221, 2.784, 5.348, 6.171 max_d=6.171 avg_d=2.784 std_dev=2.564
O5' A 0, -0.421, 2.404, 5.230, 7.105 max_d=7.105 avg_d=2.404 std_dev=2.826
C4 B 0, 0.196, 3.089, 5.981, 7.057 max_d=7.057 avg_d=3.089 std_dev=2.892
N4 B 0, 0.190, 3.823, 7.456, 8.894 max_d=8.894 avg_d=3.823 std_dev=3.633
P A 0, -1.005, 2.935, 6.875, 9.686 max_d=9.686 avg_d=2.935 std_dev=3.940
OP1 A 0, -1.000, 3.489, 7.978, 11.157 max_d=11.157 avg_d=3.489 std_dev=4.489
OP2 A 0, -1.340, 3.326, 7.991, 11.347 max_d=11.347 avg_d=3.326 std_dev=4.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.11 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.28 0.01 0.20 0.65 0.09 0.33
C2 0.06 0.00 0.54 1.02 0.00 0.55 0.01 0.75 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.31 0.87 0.15 1.00 0.34 1.52 1.01
C2' 0.01 0.54 0.00 0.00 0.27 0.02 0.13 0.23 0.24 0.29 0.41 0.56 0.17 0.19 0.06 0.01 0.02 0.02 0.21 0.44 0.34 0.30
C3' 0.01 1.02 0.00 0.00 0.58 0.00 0.42 0.02 0.61 0.14 0.87 0.97 0.52 0.10 0.18 0.02 0.01 0.01 0.23 0.38 0.48 0.21
C4 0.03 0.00 0.27 0.58 0.00 0.28 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.40 0.08 0.48 0.33 0.58 0.26
C4' 0.02 0.55 0.02 0.00 0.28 0.00 0.17 0.01 0.28 0.22 0.44 0.53 0.22 0.14 0.06 0.25 0.05 0.01 0.02 0.45 0.18 0.09
C5 0.01 0.01 0.13 0.42 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.33 0.04 0.47 0.71 0.38 0.37
C5' 0.11 0.75 0.23 0.02 0.34 0.01 0.30 0.00 0.41 0.52 0.61 0.67 0.39 0.43 0.19 0.06 0.20 0.03 0.01 0.34 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.24 0.61 0.01 0.28 0.01 0.41 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.16 0.52 0.07 0.62 0.54 0.68 0.44
C8 0.03 0.02 0.29 0.14 0.01 0.22 0.02 0.52 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.35 0.28 0.08 0.72 1.29 0.83 1.05
N1 0.05 0.01 0.41 0.87 0.01 0.44 0.01 0.61 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.20 0.75 0.11 0.87 0.26 1.23 0.80
N3 0.07 0.00 0.56 0.97 0.01 0.53 0.01 0.67 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.75 0.15 0.86 0.21 1.29 0.81
N6 0.01 0.03 0.17 0.52 0.01 0.22 0.01 0.39 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.21 0.46 0.06 0.61 0.81 0.57 0.50
N7 0.01 0.02 0.19 0.10 0.01 0.14 0.01 0.43 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.33 0.19 0.05 0.61 1.28 0.70 0.92
N9 0.00 0.01 0.06 0.18 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.18 0.01 0.30 0.72 0.20 0.40
O2' 0.03 0.31 0.01 0.02 0.14 0.25 0.19 0.06 0.16 0.35 0.20 0.32 0.21 0.33 0.16 0.00 0.10 0.15 0.08 0.37 0.39 0.21
O3' 0.28 0.87 0.02 0.01 0.40 0.05 0.33 0.20 0.52 0.28 0.75 0.75 0.46 0.19 0.18 0.10 0.00 0.22 0.35 0.57 0.95 0.54
O4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.11 0.15 0.06 0.05 0.01 0.15 0.22 0.00 0.15 0.70 0.11 0.34
O5' 0.20 1.00 0.21 0.23 0.48 0.02 0.47 0.01 0.62 0.72 0.87 0.86 0.61 0.61 0.30 0.08 0.35 0.15 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.65 0.34 0.44 0.38 0.33 0.45 0.71 0.34 0.54 1.29 0.26 0.21 0.81 1.28 0.72 0.37 0.57 0.70 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.09 1.52 0.34 0.48 0.58 0.18 0.38 0.14 0.68 0.83 1.23 1.29 0.57 0.70 0.20 0.39 0.95 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.33 1.01 0.30 0.21 0.26 0.09 0.37 0.01 0.44 1.05 0.80 0.81 0.50 0.92 0.40 0.21 0.54 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.71 0.20 0.34 0.58 0.13 0.42 0.12 0.37 0.52 0.71 0.60 0.87 0.28 0.69 0.37 0.15 0.32 0.25 0.17
C2 0.64 1.14 0.21 0.19 1.16 0.14 0.88 0.17 0.71 0.84 1.28 1.29 1.26 0.22 0.50 0.51 0.09 0.59 0.14 0.12
C2' 0.71 1.00 0.97 1.09 1.02 0.77 0.92 0.80 0.84 0.85 1.07 1.08 1.08 0.92 1.31 0.58 0.88 0.86 0.95 0.88
C3' 0.73 0.92 1.17 1.28 0.98 0.76 0.95 0.77 0.88 0.86 0.97 1.01 0.95 1.12 1.54 0.51 0.95 0.90 1.12 0.95
C4 0.62 1.01 0.22 0.23 0.96 0.13 0.74 0.09 0.61 0.76 1.09 1.04 1.14 0.23 0.54 0.48 0.08 0.48 0.20 0.11
C4' 0.21 0.24 0.66 0.99 0.13 0.45 0.24 0.54 0.22 0.16 0.17 0.14 0.48 0.64 1.45 0.13 0.66 0.81 0.78 0.70
C5 0.59 0.99 0.16 0.19 0.97 0.10 0.74 0.16 0.61 0.74 1.08 1.06 1.09 0.16 0.46 0.45 0.12 0.59 0.16 0.16
C5' 0.33 0.15 1.12 1.54 0.45 0.85 0.64 0.97 0.61 0.36 0.25 0.49 0.28 0.98 2.08 0.27 1.14 1.35 1.29 1.19
C6 0.58 1.05 0.13 0.18 1.07 0.10 0.82 0.24 0.65 0.77 1.17 1.19 1.13 0.13 0.43 0.43 0.17 0.71 0.11 0.21
C8 0.57 0.81 0.19 0.26 0.71 0.17 0.55 0.14 0.48 0.63 0.82 0.75 0.92 0.22 0.54 0.43 0.17 0.41 0.25 0.19
N1 0.61 1.13 0.17 0.17 1.17 0.13 0.89 0.23 0.70 0.82 1.28 1.31 1.22 0.16 0.45 0.47 0.15 0.69 0.09 0.18
N3 0.64 1.09 0.24 0.23 1.07 0.15 0.81 0.10 0.67 0.81 1.20 1.17 1.23 0.27 0.55 0.52 0.06 0.48 0.19 0.08
N6 0.50 0.98 0.05 0.24 1.04 0.12 0.79 0.33 0.61 0.71 1.12 1.17 1.04 0.09 0.42 0.35 0.27 0.85 0.15 0.31
N7 0.57 0.87 0.14 0.20 0.82 0.10 0.64 0.16 0.54 0.67 0.92 0.89 0.96 0.16 0.44 0.42 0.15 0.55 0.20 0.19
N9 0.58 0.88 0.23 0.28 0.78 0.16 0.59 0.10 0.51 0.66 0.90 0.82 1.02 0.27 0.60 0.44 0.14 0.37 0.25 0.16
O2' 0.59 0.73 0.79 0.91 0.75 0.78 0.65 0.81 0.61 0.61 0.81 0.82 0.79 0.78 1.05 0.61 0.78 0.83 0.74 0.77
O3' 0.71 0.92 1.16 1.27 0.99 0.76 0.94 0.78 0.87 0.84 0.99 1.03 0.94 1.11 1.53 0.50 0.95 0.91 1.14 0.96
O4' 0.70 0.80 0.31 0.45 0.56 0.30 0.43 0.20 0.45 0.65 0.73 0.53 1.02 0.51 0.95 0.64 0.19 0.31 0.24 0.19
O5' 0.75 0.50 1.50 1.92 0.50 1.15 0.73 1.24 0.79 0.65 0.40 0.44 0.64 1.42 2.49 0.58 1.42 1.62 1.57 1.45
OP1 0.70 0.07 1.57 2.35 0.47 1.67 0.85 1.95 0.93 0.50 0.27 0.53 0.50 1.41 3.15 0.75 2.06 2.63 2.21 2.21
OP2 1.68 1.31 2.49 3.18 1.80 2.34 2.18 2.59 2.18 1.76 1.39 1.79 0.80 1.94 3.52 1.66 2.95 3.18 3.22 3.03
P 1.24 0.68 2.09 2.78 1.00 1.97 1.39 2.14 1.47 1.14 0.65 0.95 0.36 1.78 3.43 1.21 2.33 2.59 2.46 2.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.04 0.04 0.28 0.14
C2 0.03 0.00 0.16 0.17 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.06 0.15 0.10 0.15 0.07
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.12 0.02 0.14 0.01 0.16 0.06 0.15 0.13 0.27 0.01 0.03 0.01 0.07 0.13 0.20 0.10
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.31 0.00 0.38 0.02 0.36 0.18 0.23 0.33 0.20 0.02 0.01 0.01 0.09 0.25 0.16 0.15
C4 0.03 0.00 0.12 0.31 0.00 0.15 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.24 0.03 0.34 0.24 0.15 0.21
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.17 0.08 0.10 0.15 0.04 0.13 0.06 0.00 0.02 0.11 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.18 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.07 0.38 0.26 0.16 0.24
C5' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.25 0.00 0.29 0.00 0.25 0.13 0.19 0.27 0.06 0.10 0.05 0.02 0.01 0.09 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.36 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.29 0.09 0.31 0.18 0.11 0.15
N1 0.01 0.01 0.06 0.18 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.09 0.01 0.15 0.08 0.17 0.07
N3 0.04 0.01 0.15 0.23 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.24 0.19 0.05 0.25 0.17 0.12 0.14
N4 0.03 0.01 0.13 0.33 0.00 0.15 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.28 0.03 0.38 0.28 0.21 0.26
O2 0.06 0.01 0.27 0.20 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.41 0.34 0.10 0.08 0.06 0.18 0.06
O2' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.13 0.13 0.03 0.10 0.06 0.08 0.24 0.15 0.41 0.00 0.08 0.11 0.04 0.21 0.16 0.06
O3' 0.11 0.18 0.03 0.01 0.24 0.06 0.33 0.05 0.29 0.09 0.19 0.28 0.34 0.08 0.00 0.08 0.18 0.49 0.32 0.30
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.10 0.11 0.08 0.00 0.11 0.09 0.36 0.22
O5' 0.04 0.15 0.07 0.09 0.34 0.02 0.38 0.01 0.31 0.15 0.25 0.38 0.08 0.04 0.18 0.11 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.04 0.10 0.13 0.25 0.24 0.11 0.26 0.09 0.18 0.08 0.17 0.28 0.06 0.21 0.49 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.15 0.20 0.16 0.15 0.12 0.16 0.04 0.11 0.17 0.12 0.21 0.18 0.16 0.32 0.36 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.07 0.10 0.15 0.21 0.04 0.24 0.01 0.15 0.07 0.14 0.26 0.06 0.06 0.30 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00