ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.044, 0.075, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.025, 0.061, 0.097, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.061 std_dev=0.036
O2' B 0, 0.039, 0.337, 0.636, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.337 std_dev=0.298
C2' B 0, 0.273, 0.658, 1.044, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.658 std_dev=0.385
O4' A 0, 0.583, 1.396, 2.210, 2.009 max_d=2.009 avg_d=1.396 std_dev=0.813
C2' A 0, 0.618, 1.466, 2.313, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.466 std_dev=0.847
C4' A 0, 0.611, 1.641, 2.671, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.641 std_dev=1.030
C3' A 0, 0.557, 1.591, 2.625, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.591 std_dev=1.034
C3' B 0, 0.550, 1.597, 2.644, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.597 std_dev=1.047
C1' B 0, 0.317, 1.507, 2.696, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.507 std_dev=1.190
N1 B 0, 0.437, 1.767, 3.097, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.767 std_dev=1.330
O3' B 0, 0.761, 2.099, 3.436, 3.308 max_d=3.308 avg_d=2.099 std_dev=1.338
C2 B 0, 0.735, 2.087, 3.438, 3.656 max_d=3.656 avg_d=2.087 std_dev=1.351
O2' A 0, 1.041, 2.466, 3.891, 3.367 max_d=3.367 avg_d=2.466 std_dev=1.425
O3' A 0, 0.190, 1.655, 3.119, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.655 std_dev=1.464
O2 B 0, 0.887, 2.356, 3.825, 3.894 max_d=3.894 avg_d=2.356 std_dev=1.469
N3 B 0, 0.936, 2.466, 3.996, 4.147 max_d=4.147 avg_d=2.466 std_dev=1.530
C4 B 0, 0.918, 2.481, 4.043, 4.267 max_d=4.267 avg_d=2.481 std_dev=1.562
C4' B 0, 0.650, 2.259, 3.869, 4.021 max_d=4.021 avg_d=2.259 std_dev=1.609
C6 B 0, 0.581, 2.215, 3.850, 4.199 max_d=4.199 avg_d=2.215 std_dev=1.635
C5 B 0, 0.811, 2.500, 4.190, 4.507 max_d=4.507 avg_d=2.500 std_dev=1.689
O4' B 0, 0.494, 2.222, 3.951, 4.259 max_d=4.259 avg_d=2.222 std_dev=1.728
N4 B 0, 1.125, 2.860, 4.595, 4.681 max_d=4.681 avg_d=2.860 std_dev=1.735
C5' A 0, 1.302, 3.171, 5.039, 4.836 max_d=4.836 avg_d=3.171 std_dev=1.868
O5' A 0, 1.075, 3.293, 5.510, 6.178 max_d=6.178 avg_d=3.293 std_dev=2.218
C5' B 0, 1.012, 3.400, 5.788, 6.003 max_d=6.003 avg_d=3.400 std_dev=2.388
O5' B 0, 0.415, 3.071, 5.726, 6.079 max_d=6.079 avg_d=3.071 std_dev=2.655
P A 0, 1.707, 4.885, 8.063, 8.845 max_d=8.845 avg_d=4.885 std_dev=3.178
OP2 B 0, 0.862, 4.152, 7.443, 7.416 max_d=7.416 avg_d=4.152 std_dev=3.290
P B 0, 0.683, 4.135, 7.587, 7.860 max_d=7.860 avg_d=4.135 std_dev=3.452
OP1 B 0, 1.690, 5.260, 8.830, 8.975 max_d=8.975 avg_d=5.260 std_dev=3.570
OP1 A 0, 2.427, 6.042, 9.656, 9.527 max_d=9.527 avg_d=6.042 std_dev=3.614
OP2 A 0, 2.277, 5.963, 9.649, 10.045 max_d=10.045 avg_d=5.963 std_dev=3.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.12 0.40 0.59 0.19
C2 0.01 0.00 0.36 0.25 0.01 0.68 0.01 1.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.72 0.13 0.70 1.27 0.99 2.63 1.68
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.17 0.02 0.07 0.07 0.15 0.19 0.28 0.35 0.11 0.12 0.01 0.01 0.02 0.04 0.29 0.28 0.60 0.28
C3' 0.04 0.25 0.00 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.17 0.22 0.20 0.26 0.18 0.22 0.10 0.02 0.00 0.01 0.17 0.07 0.47 0.15
C4 0.01 0.01 0.17 0.15 0.00 0.31 0.00 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.36 0.12 0.35 0.39 0.24 1.40 0.57
C4' 0.04 0.68 0.02 0.01 0.31 0.00 0.13 0.01 0.26 0.37 0.50 0.67 0.16 0.25 0.05 0.13 0.02 0.01 0.01 0.10 0.32 0.06
C5 0.00 0.01 0.07 0.16 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.13 0.12 0.08 0.81 1.06 0.30
C5' 0.04 1.18 0.07 0.01 0.52 0.01 0.27 0.00 0.48 0.61 0.89 1.11 0.34 0.46 0.13 0.08 0.08 0.03 0.01 0.22 0.18 0.02
C6 0.00 0.01 0.15 0.17 0.01 0.26 0.01 0.48 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.36 0.14 0.26 0.30 0.50 1.50 0.53
C8 0.01 0.01 0.19 0.22 0.01 0.37 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.15 0.40 0.94 1.72 0.63 1.07
N1 0.01 0.01 0.28 0.20 0.01 0.50 0.01 0.89 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.58 0.13 0.51 0.88 0.49 2.22 1.22
N3 0.02 0.00 0.35 0.26 0.00 0.67 0.01 1.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.68 0.13 0.72 1.17 0.83 2.31 1.47
N6 0.02 0.02 0.11 0.18 0.02 0.16 0.02 0.34 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.30 0.16 0.13 0.12 0.88 1.24 0.37
N7 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.25 0.00 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.27 0.15 0.24 0.76 1.71 0.62 0.93
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.13 0.01 0.20 0.75 0.70 0.28
O2' 0.02 0.72 0.01 0.02 0.36 0.13 0.24 0.08 0.36 0.36 0.58 0.68 0.30 0.27 0.13 0.00 0.06 0.10 0.21 0.23 0.45 0.18
O3' 0.16 0.13 0.02 0.00 0.12 0.02 0.13 0.08 0.14 0.15 0.13 0.13 0.16 0.15 0.13 0.06 0.00 0.06 0.07 0.35 0.32 0.06
O4' 0.01 0.70 0.04 0.01 0.35 0.01 0.12 0.03 0.26 0.40 0.51 0.72 0.13 0.24 0.01 0.10 0.06 0.00 0.08 0.30 0.54 0.18
O5' 0.12 1.27 0.29 0.17 0.39 0.01 0.08 0.01 0.30 0.94 0.88 1.17 0.12 0.76 0.20 0.21 0.07 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.40 0.99 0.28 0.07 0.24 0.10 0.81 0.22 0.50 1.72 0.49 0.83 0.88 1.71 0.75 0.23 0.35 0.30 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.59 2.63 0.60 0.47 1.40 0.32 1.06 0.18 1.50 0.63 2.22 2.31 1.24 0.62 0.70 0.45 0.32 0.54 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 1.68 0.28 0.15 0.57 0.06 0.30 0.02 0.53 1.07 1.22 1.47 0.37 0.93 0.28 0.18 0.06 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.70 0.16 0.15 0.69 0.22 0.55 0.24 0.46 0.50 0.76 0.74 0.81 0.20 0.40 0.29 0.23 0.25 0.12 0.23
C2 0.84 1.16 0.41 0.33 1.30 0.59 1.23 0.68 1.12 1.05 1.29 1.37 1.12 0.13 0.07 0.90 0.79 0.93 1.13 0.91
C2' 0.30 1.14 0.33 0.50 1.20 0.60 0.88 0.67 0.63 0.69 1.35 1.35 1.30 0.49 0.81 0.27 0.65 0.70 0.53 0.65
C3' 1.01 1.82 1.01 0.72 1.96 0.40 1.70 0.36 1.45 1.47 2.03 2.09 1.85 0.51 0.46 0.64 0.31 0.46 0.41 0.34
C4 0.68 0.90 0.34 0.26 0.93 0.47 0.89 0.53 0.83 0.81 0.94 0.95 0.92 0.11 0.08 0.71 0.58 0.68 0.80 0.66
C4' 1.18 1.56 1.18 0.97 1.63 0.77 1.52 0.71 1.40 1.41 1.64 1.68 1.55 0.88 0.75 0.95 0.61 0.55 0.60 0.59
C5 0.73 0.72 0.39 0.43 0.78 0.70 0.84 0.81 0.85 0.78 0.73 0.76 0.68 0.18 0.21 0.88 0.93 1.08 1.22 1.03
C5' 1.87 2.07 2.00 2.00 2.24 1.73 2.25 1.73 2.16 2.07 2.15 2.27 1.93 1.62 1.92 1.75 1.59 1.56 1.54 1.59
C6 0.83 0.83 0.44 0.52 0.94 0.84 1.03 1.00 1.02 0.91 0.85 0.92 0.72 0.21 0.27 1.04 1.18 1.38 1.58 1.33
C8 0.43 0.37 0.26 0.28 0.38 0.46 0.43 0.51 0.45 0.42 0.36 0.36 0.38 0.15 0.17 0.54 0.53 0.62 0.65 0.57
N1 0.89 1.05 0.45 0.46 1.21 0.76 1.23 0.91 1.15 1.04 1.14 1.24 0.95 0.18 0.16 1.03 1.08 1.28 1.50 1.24
N3 0.73 1.10 0.34 0.21 1.19 0.43 1.08 0.48 0.97 0.94 1.21 1.25 1.13 0.11 0.15 0.73 0.52 0.61 0.77 0.60
N6 0.83 0.65 0.47 0.64 0.78 1.00 0.98 1.23 1.01 0.84 0.65 0.74 0.54 0.27 0.43 1.15 1.48 1.73 1.97 1.67
N7 0.59 0.40 0.35 0.46 0.42 0.73 0.55 0.84 0.61 0.53 0.37 0.38 0.40 0.24 0.33 0.81 0.95 1.08 1.17 1.02
N9 0.51 0.70 0.25 0.15 0.69 0.32 0.64 0.34 0.60 0.60 0.72 0.71 0.75 0.09 0.13 0.50 0.32 0.39 0.43 0.36
O2' 0.59 0.62 0.84 1.31 0.71 1.46 0.42 1.58 0.40 0.33 0.89 0.91 0.83 1.10 1.71 1.00 1.61 1.64 1.50 1.62
O3' 0.78 1.82 0.76 0.41 2.07 0.08 1.69 0.23 1.33 1.34 2.14 2.29 1.83 0.27 0.20 0.32 0.26 0.36 0.20 0.28
O4' 1.00 1.14 0.88 0.70 1.13 0.70 1.09 0.65 1.06 1.08 1.13 1.13 1.15 0.74 0.49 0.89 0.59 0.51 0.60 0.57
O5' 2.13 1.98 2.21 2.35 2.09 2.29 2.23 2.30 2.25 2.15 1.97 2.06 1.82 2.06 2.35 2.20 2.15 2.04 2.05 2.13
OP1 3.28 2.89 3.13 3.50 3.09 3.84 3.34 3.93 3.42 3.21 2.88 3.04 2.61 2.89 3.34 3.63 3.92 3.61 3.83 3.87
OP2 2.04 1.71 2.21 2.82 2.02 2.79 2.32 3.09 2.36 2.05 1.74 2.00 1.38 1.88 3.16 2.36 2.97 3.00 2.89 3.06
P 2.67 2.32 2.75 3.23 2.55 3.25 2.82 3.40 2.89 2.65 2.31 2.50 2.01 2.45 3.39 2.95 3.24 3.16 3.12 3.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.32 0.14 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.35 0.33 0.47 0.27
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.27 0.10 0.32 0.21
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.06 0.10 0.01 0.02 0.01 0.41 0.13 0.46 0.32
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.53 0.40 0.83 0.45
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.15 0.08 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03 0.55 0.45 0.82 0.44
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.14 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03 0.45 0.44 0.56 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.31 0.37 0.37 0.21
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.46 0.36 0.67 0.37
N4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.59 0.41 0.97 0.52
O2 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.27 0.29 0.36 0.22
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.10 0.00 0.05 0.04 0.06 0.12 0.07 0.05
O3' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.10 0.10 0.12 0.05 0.00 0.03 0.43 0.36 0.55 0.39
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.11 0.40 0.30 0.16
O5' 0.10 0.35 0.27 0.41 0.53 0.01 0.55 0.01 0.45 0.31 0.46 0.59 0.27 0.06 0.43 0.11 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.32 0.33 0.10 0.13 0.40 0.15 0.45 0.14 0.44 0.37 0.36 0.41 0.29 0.12 0.36 0.40 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.47 0.32 0.46 0.83 0.08 0.82 0.05 0.56 0.37 0.67 0.97 0.36 0.07 0.55 0.30 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.27 0.21 0.32 0.45 0.01 0.44 0.01 0.31 0.21 0.37 0.52 0.22 0.05 0.39 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00