ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.026
C6 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.048 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.015, 0.045, 0.074, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.045 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.019, 0.053, 0.086, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.053 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.019, 0.054, 0.088, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.054 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.019, 0.055, 0.092, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.055 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.051 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.029, 0.073, 0.117, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.073 std_dev=0.044
N6 A 0, 0.044, 0.109, 0.174, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.109 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.124, 0.298, 0.473, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.298 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.103, 0.286, 0.469, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.286 std_dev=0.183
O3' A 0, 0.086, 0.271, 0.455, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.271 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.132, 0.336, 0.540, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.336 std_dev=0.204
C4' A 0, 0.149, 0.365, 0.580, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.365 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.133, 0.426, 0.719, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.426 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.129, 0.437, 0.745, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.437 std_dev=0.308
O3' B 0, 0.029, 0.371, 0.713, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.371 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.232, 0.587, 0.943, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.587 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.211, 0.569, 0.926, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.569 std_dev=0.358
C5 B 0, 0.162, 0.548, 0.934, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.548 std_dev=0.386
C3' B 0, -0.028, 0.370, 0.768, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.370 std_dev=0.398
N1 B 0, 0.132, 0.536, 0.940, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.536 std_dev=0.404
C6 B 0, 0.027, 0.436, 0.845, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.436 std_dev=0.409
C1' B 0, 0.112, 0.527, 0.943, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.527 std_dev=0.415
C4 B 0, 0.310, 0.743, 1.176, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.743 std_dev=0.433
C2 B 0, 0.269, 0.758, 1.247, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.758 std_dev=0.489
N4 B 0, 0.358, 0.853, 1.349, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.853 std_dev=0.496
P B 0, 0.223, 0.721, 1.219, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.721 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.319, 0.843, 1.367, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.843 std_dev=0.524
C4' B 0, 0.092, 0.620, 1.148, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.620 std_dev=0.528
O4' B 0, 0.045, 0.578, 1.111, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.578 std_dev=0.533
OP2 B 0, 0.278, 0.818, 1.359, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.818 std_dev=0.540
O5' A 0, 0.370, 0.919, 1.468, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.919 std_dev=0.549
O5' B 0, 0.380, 0.944, 1.508, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.944 std_dev=0.564
O2 B 0, 0.253, 0.876, 1.499, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.876 std_dev=0.623
OP1 B 0, 0.359, 1.011, 1.663, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.011 std_dev=0.652
C5' B 0, 0.316, 1.005, 1.694, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.005 std_dev=0.689
P A 0, 0.382, 1.247, 2.112, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.247 std_dev=0.865
OP2 A 0, 0.446, 1.463, 2.480, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.463 std_dev=1.017
OP1 A 0, 0.463, 1.731, 2.998, 3.379 max_d=3.379 avg_d=1.731 std_dev=1.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.13 0.16 0.38 0.13
C2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.03 0.13 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.05 0.09 0.25 0.41 0.69 0.34
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.17 0.29 0.12
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.18 0.22 0.01
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.21 0.40 0.58 0.31
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.28 0.04
C5 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.24 0.53 0.61 0.39
C5' 0.03 0.13 0.05 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.16 0.12 0.15 0.11 0.18 0.15 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01
C6 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.28 0.58 0.68 0.43
C8 0.02 0.03 0.08 0.07 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.10 0.09 0.03 0.18 0.44 0.45 0.31
N1 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.08 0.28 0.52 0.70 0.40
N3 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.03 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.08 0.22 0.33 0.62 0.28
N6 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.09 0.02 0.18 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.08 0.30 0.67 0.70 0.48
N7 0.03 0.04 0.07 0.07 0.03 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.08 0.04 0.22 0.56 0.54 0.39
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.18 0.33 0.46 0.24
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.10 0.06 0.07 0.04 0.09 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.18 0.29 0.11
O3' 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.09 0.05 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.00 0.04 0.05 0.23 0.28 0.03
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.14 0.10 0.39 0.11
O5' 0.13 0.25 0.06 0.03 0.21 0.02 0.24 0.01 0.28 0.18 0.28 0.22 0.30 0.22 0.18 0.05 0.05 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.41 0.17 0.18 0.40 0.12 0.53 0.11 0.58 0.44 0.52 0.33 0.67 0.56 0.33 0.18 0.23 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.69 0.29 0.22 0.58 0.28 0.61 0.15 0.68 0.45 0.70 0.62 0.70 0.54 0.46 0.29 0.28 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.34 0.12 0.01 0.31 0.04 0.39 0.01 0.43 0.31 0.40 0.28 0.48 0.39 0.24 0.11 0.03 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.13 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.10 0.09 0.05 0.26 0.09 0.08
C2 0.12 0.13 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.20 0.09 0.11 0.12 0.09 0.16 0.18 0.10 0.11 0.15 0.17 0.04 0.02
C2' 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.09 0.06 0.10 0.05 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04 0.10 0.11 0.04 0.26 0.09 0.10
C3' 0.09 0.08 0.06 0.05 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.06 0.08 0.11 0.14 0.08 0.06 0.13 0.08 0.30 0.11 0.14
C4 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.17 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.15 0.09 0.08 0.12 0.20 0.06 0.03
C4' 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.11 0.17 0.08 0.07 0.12 0.10 0.32 0.14 0.17
C5 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.15 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.14 0.07 0.07 0.15 0.19 0.06 0.04
C5' 0.13 0.19 0.14 0.12 0.15 0.11 0.16 0.12 0.14 0.13 0.17 0.16 0.28 0.14 0.11 0.12 0.16 0.36 0.21 0.23
C6 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.05 0.10 0.16 0.08 0.07 0.07 0.09 0.10 0.16 0.07 0.07 0.18 0.14 0.05 0.02
C8 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.12 0.04 0.05 0.05 0.04 0.09 0.11 0.06 0.09 0.10 0.25 0.10 0.09
N1 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.10 0.18 0.09 0.09 0.10 0.09 0.15 0.18 0.08 0.09 0.18 0.14 0.05 0.02
N3 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.18 0.10 0.11 0.12 0.10 0.15 0.18 0.11 0.11 0.13 0.19 0.05 0.02
N6 0.10 0.08 0.09 0.05 0.11 0.02 0.13 0.13 0.10 0.08 0.08 0.13 0.11 0.17 0.06 0.08 0.23 0.09 0.07 0.05
N7 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.13 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.12 0.07 0.08 0.15 0.22 0.09 0.08
N9 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.14 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.11 0.09 0.08 0.09 0.23 0.08 0.06
O2' 0.04 0.12 0.15 0.13 0.13 0.06 0.09 0.10 0.07 0.08 0.14 0.14 0.15 0.17 0.18 0.06 0.05 0.19 0.12 0.05
O3' 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.10 0.06 0.11 0.03 0.02 0.06 0.11 0.07 0.03 0.07 0.14 0.06 0.27 0.10 0.11
O4' 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.09 0.07 0.13 0.06 0.05 0.05 0.07 0.10 0.02 0.09 0.10 0.06 0.32 0.12 0.14
O5' 0.06 0.15 0.07 0.02 0.12 0.07 0.14 0.07 0.11 0.06 0.14 0.15 0.26 0.09 0.02 0.08 0.09 0.27 0.17 0.14
OP1 0.16 0.16 0.11 0.24 0.12 0.32 0.30 0.46 0.29 0.14 0.10 0.13 0.36 0.15 0.26 0.26 0.43 0.46 0.46 0.45
OP2 0.09 0.16 0.11 0.12 0.16 0.16 0.23 0.24 0.22 0.10 0.18 0.19 0.28 0.10 0.12 0.13 0.16 0.18 0.06 0.11
P 0.06 0.13 0.05 0.10 0.08 0.15 0.20 0.24 0.19 0.06 0.10 0.11 0.29 0.07 0.11 0.12 0.22 0.22 0.21 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.05 0.19 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.08 0.03 0.19 0.14 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.03 0.03 0.13 0.00 0.04 0.01 0.12 0.17 0.10 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.03 0.15 0.02 0.01 0.02 0.16 0.25 0.10 0.13
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.24 0.15 0.17 0.15
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.19 0.03
C5 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.05 0.22 0.10 0.15 0.11
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.14 0.01 0.14 0.00 0.10 0.06 0.11 0.16 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.05 0.18 0.07 0.18 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.09 0.14 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.24 0.17 0.18 0.14
N4 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.26 0.18 0.21 0.19
O2 0.03 0.00 0.13 0.15 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.15 0.06 0.17 0.16 0.15 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.05 0.09 0.00 0.08 0.01 0.02 0.12 0.14 0.02
O3' 0.03 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.04 0.10 0.02 0.07 0.03 0.15 0.08 0.00 0.02 0.15 0.34 0.16 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.09 0.06 0.27 0.15
O5' 0.07 0.19 0.12 0.16 0.24 0.02 0.22 0.01 0.18 0.16 0.24 0.26 0.17 0.02 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.14 0.17 0.25 0.15 0.09 0.10 0.11 0.07 0.09 0.17 0.18 0.16 0.12 0.34 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.14 0.10 0.10 0.17 0.19 0.15 0.21 0.18 0.14 0.18 0.21 0.15 0.14 0.16 0.27 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.05 0.13 0.15 0.03 0.11 0.01 0.06 0.04 0.14 0.19 0.07 0.02 0.19 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00