ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52412

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C6 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C2' A 0, -0.028, 0.386, 0.801, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.386 std_dev=0.415
O4' A 0, -0.047, 0.383, 0.813, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.383 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.130, 0.663, 1.197, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.663 std_dev=0.533
C2' B 0, 0.274, 0.960, 1.646, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.960 std_dev=0.686
O3' B 0, 0.308, 1.071, 1.834, 1.724 max_d=1.724 avg_d=1.071 std_dev=0.763
O2' A 0, -0.095, 0.704, 1.502, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.704 std_dev=0.799
C4' A 0, -0.106, 0.705, 1.516, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.705 std_dev=0.811
C3' A 0, -0.152, 0.687, 1.526, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.687 std_dev=0.839
C5' A 0, 0.012, 0.966, 1.919, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.966 std_dev=0.953
O5' A 0, 0.161, 1.140, 2.120, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.140 std_dev=0.979
P A 0, 0.360, 1.368, 2.376, 2.398 max_d=2.398 avg_d=1.368 std_dev=1.008
OP2 A 0, 0.439, 1.582, 2.725, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.582 std_dev=1.143
C3' B 0, 0.386, 1.568, 2.749, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.568 std_dev=1.182
C1' B 0, 0.482, 1.711, 2.940, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.711 std_dev=1.229
OP1 A 0, 0.425, 1.675, 2.926, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.675 std_dev=1.251
O3' A 0, -0.268, 1.066, 2.400, 2.947 max_d=2.947 avg_d=1.066 std_dev=1.334
O4' B 0, 0.587, 2.467, 4.347, 4.560 max_d=4.560 avg_d=2.467 std_dev=1.880
O2 B 0, 0.778, 2.662, 4.546, 4.091 max_d=4.091 avg_d=2.662 std_dev=1.884
C4' B 0, 0.591, 2.509, 4.426, 4.654 max_d=4.654 avg_d=2.509 std_dev=1.917
N1 B 0, 0.736, 2.694, 4.652, 4.597 max_d=4.597 avg_d=2.694 std_dev=1.958
C2 B 0, 0.848, 3.035, 5.221, 5.065 max_d=5.065 avg_d=3.035 std_dev=2.186
C6 B 0, 0.909, 3.527, 6.146, 6.268 max_d=6.268 avg_d=3.527 std_dev=2.619
C5' B 0, 0.905, 3.829, 6.754, 7.098 max_d=7.098 avg_d=3.829 std_dev=2.925
N3 B 0, 1.067, 4.043, 7.018, 7.075 max_d=7.075 avg_d=4.043 std_dev=2.975
O5' B 0, 0.842, 3.880, 6.918, 7.418 max_d=7.418 avg_d=3.880 std_dev=3.038
C5 B 0, 1.089, 4.423, 7.757, 8.050 max_d=8.050 avg_d=4.423 std_dev=3.334
C4 B 0, 1.151, 4.636, 8.121, 8.403 max_d=8.403 avg_d=4.636 std_dev=3.485
P B 0, 1.290, 5.501, 9.713, 10.227 max_d=10.227 avg_d=5.501 std_dev=4.211
N4 B 0, 1.348, 5.623, 9.897, 10.356 max_d=10.356 avg_d=5.623 std_dev=4.275
OP2 B 0, 1.414, 5.797, 10.180, 10.596 max_d=10.596 avg_d=5.797 std_dev=4.383
OP1 B 0, 1.524, 6.298, 11.072, 11.554 max_d=11.554 avg_d=6.298 std_dev=4.774

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.32 0.00 0.05 0.03 0.25 0.10
C2 0.03 0.00 0.27 0.22 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.23 0.14 0.23 0.20 0.24 0.19
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.01 0.08 0.21 0.13 0.11 0.24 0.26 0.08 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.43 0.42 0.76 0.55
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.25 0.00 0.35 0.01 0.35 0.34 0.32 0.17 0.38 0.39 0.23 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.24 0.14
C4 0.02 0.01 0.14 0.25 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.19 0.11 0.09 0.25 0.19 0.18 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.08 0.19 0.05 0.03 0.10 0.18 0.09 0.27 0.02 0.00 0.01 0.11 0.09 0.01
C5 0.02 0.01 0.08 0.35 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.31 0.06 0.06 0.39 0.31 0.35 0.31
C5' 0.07 0.03 0.21 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.11 0.18 0.08 0.04 0.14 0.20 0.06 0.05 0.19 0.01 0.00 0.14 0.04 0.00
C6 0.02 0.02 0.13 0.35 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.04 0.09 0.41 0.34 0.43 0.34
C8 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01 0.19 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.34 0.17 0.06 0.40 0.26 0.20 0.25
N1 0.03 0.00 0.24 0.32 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.07 0.11 0.35 0.30 0.37 0.30
N3 0.03 0.00 0.26 0.17 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.28 0.14 0.16 0.13 0.16 0.12
N6 0.04 0.02 0.08 0.38 0.03 0.10 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.36 0.12 0.09 0.46 0.40 0.53 0.41
N7 0.02 0.01 0.06 0.39 0.02 0.18 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.38 0.21 0.01 0.49 0.37 0.42 0.38
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.21 0.06 0.01 0.21 0.14 0.09 0.10
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.19 0.27 0.31 0.05 0.29 0.34 0.17 0.06 0.36 0.38 0.21 0.00 0.06 0.20 0.36 0.33 0.91 0.52
O3' 0.32 0.23 0.04 0.00 0.11 0.02 0.06 0.19 0.04 0.17 0.07 0.28 0.12 0.21 0.06 0.06 0.00 0.21 0.14 0.29 0.11 0.13
O4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.09 0.06 0.11 0.14 0.09 0.01 0.01 0.20 0.21 0.00 0.11 0.19 0.04 0.11
O5' 0.05 0.23 0.43 0.11 0.25 0.01 0.39 0.00 0.41 0.40 0.35 0.16 0.46 0.49 0.21 0.36 0.14 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.03 0.20 0.42 0.04 0.19 0.11 0.31 0.14 0.34 0.26 0.30 0.13 0.40 0.37 0.14 0.33 0.29 0.19 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.24 0.76 0.24 0.18 0.09 0.35 0.04 0.43 0.20 0.37 0.16 0.53 0.42 0.09 0.91 0.11 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.55 0.14 0.17 0.01 0.31 0.00 0.34 0.25 0.30 0.12 0.41 0.38 0.10 0.52 0.13 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.81 0.28 0.14 1.04 0.39 0.81 0.43 0.54 0.52 1.04 1.23 0.81 0.28 0.04 0.31 0.44 0.58 0.13 0.33
C2 0.46 1.22 0.35 0.36 1.79 0.47 1.49 0.50 1.07 0.91 1.67 2.14 1.05 0.55 0.10 0.47 0.31 0.38 0.92 0.46
C2' 0.35 0.99 0.45 0.46 1.32 0.20 1.16 0.26 0.89 0.77 1.25 1.52 0.92 0.04 0.42 0.18 0.41 0.58 0.68 0.48
C3' 0.16 0.64 0.22 0.14 0.77 0.13 0.59 0.17 0.40 0.41 0.79 0.90 0.66 0.11 0.07 0.08 0.39 0.54 0.16 0.34
C4 0.40 1.12 0.35 0.35 1.55 0.38 1.30 0.39 0.94 0.83 1.47 1.81 0.99 0.48 0.09 0.37 0.20 0.22 0.74 0.31
C4' 0.10 0.52 0.21 0.06 0.53 0.34 0.32 0.53 0.17 0.27 0.62 0.63 0.61 0.13 0.04 0.22 0.73 0.96 0.46 0.74
C5 0.50 1.25 0.39 0.46 1.76 0.42 1.52 0.54 1.15 0.99 1.63 2.02 1.04 0.55 0.16 0.46 0.39 0.48 1.08 0.64
C5' 0.13 0.42 0.23 0.04 0.34 0.15 0.19 0.36 0.14 0.23 0.45 0.39 0.54 0.31 0.08 0.07 0.68 0.89 0.57 0.73
C6 0.55 1.35 0.39 0.50 2.00 0.48 1.74 0.65 1.31 1.09 1.82 2.34 1.08 0.59 0.18 0.53 0.54 0.70 1.33 0.85
C8 0.40 1.03 0.37 0.41 1.35 0.29 1.17 0.34 0.89 0.81 1.28 1.53 0.91 0.41 0.14 0.32 0.16 0.16 0.71 0.33
N1 0.52 1.32 0.37 0.44 1.97 0.48 1.69 0.60 1.24 1.03 1.81 2.35 1.08 0.60 0.16 0.52 0.45 0.58 1.21 0.72
N3 0.40 1.12 0.34 0.30 1.57 0.45 1.29 0.45 0.91 0.80 1.50 1.87 1.01 0.48 0.06 0.43 0.26 0.31 0.67 0.27
N6 0.62 1.44 0.40 0.58 2.22 0.57 1.98 0.84 1.50 1.21 1.98 2.59 1.11 0.58 0.22 0.65 0.79 1.03 1.66 1.17
N7 0.53 1.21 0.40 0.53 1.65 0.44 1.47 0.60 1.15 1.00 1.54 1.86 1.01 0.51 0.21 0.49 0.46 0.55 1.10 0.70
N9 0.33 0.97 0.33 0.28 1.29 0.32 1.07 0.30 0.77 0.70 1.25 1.50 0.90 0.40 0.05 0.29 0.17 0.20 0.49 0.10
O2' 0.23 0.98 0.38 0.33 1.39 0.26 1.20 0.37 0.87 0.71 1.30 1.65 0.91 0.11 0.30 0.12 0.51 0.78 0.70 0.57
O3' 0.14 0.58 0.19 0.12 0.65 0.24 0.43 0.35 0.26 0.33 0.72 0.79 0.64 0.08 0.06 0.17 0.61 0.79 0.33 0.59
O4' 0.21 0.59 0.22 0.15 0.65 0.56 0.41 0.71 0.22 0.31 0.73 0.78 0.66 0.17 0.15 0.43 0.77 0.96 0.38 0.74
O5' 0.05 0.28 0.08 0.05 0.30 0.06 0.22 0.13 0.15 0.15 0.33 0.35 0.32 0.11 0.01 0.04 0.32 0.39 0.19 0.28
OP1 0.18 0.15 0.12 0.12 0.27 0.47 0.35 0.62 0.33 0.21 0.18 0.30 0.13 0.13 0.03 0.36 0.35 0.56 0.50 0.45
OP2 0.04 0.08 0.31 0.13 0.28 0.40 0.36 0.80 0.29 0.12 0.15 0.32 0.05 0.54 0.02 0.26 0.48 0.90 0.83 0.78
P 0.03 0.10 0.14 0.03 0.15 0.26 0.18 0.42 0.17 0.09 0.12 0.17 0.12 0.17 0.01 0.17 0.19 0.41 0.24 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.24 0.07
C2 0.02 0.00 0.11 0.19 0.02 0.08 0.03 0.13 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.20 0.04 0.26 0.23 0.36 0.20
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.03 0.08 0.06 0.19 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.13 0.08
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.18 0.00 0.15 0.01 0.13 0.13 0.20 0.20 0.21 0.02 0.00 0.01 0.27 0.18 0.08 0.16
C4 0.02 0.02 0.05 0.18 0.00 0.13 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.22 0.04 0.33 0.35 0.46 0.32
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.16 0.10 0.09 0.15 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.01
C5 0.02 0.03 0.09 0.15 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.18 0.09 0.35 0.39 0.47 0.36
C5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.25 0.00 0.29 0.00 0.27 0.15 0.18 0.27 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.16 0.00 0.27 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.14 0.11 0.34 0.33 0.39 0.30
N1 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.10 0.02 0.15 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.25 0.22 0.32 0.19
N3 0.02 0.00 0.08 0.20 0.01 0.09 0.00 0.18 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.23 0.02 0.28 0.28 0.42 0.25
N4 0.02 0.03 0.06 0.20 0.01 0.15 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.25 0.04 0.34 0.40 0.49 0.36
O2 0.04 0.01 0.19 0.21 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.23 0.08 0.22 0.17 0.32 0.15
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.07 0.08 0.15 0.12 0.03
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.22 0.01 0.18 0.02 0.14 0.13 0.23 0.25 0.23 0.01 0.00 0.01 0.31 0.26 0.12 0.23
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.11 0.04 0.02 0.04 0.08 0.07 0.01 0.00 0.15 0.13 0.27 0.11
O5' 0.11 0.26 0.16 0.27 0.33 0.01 0.35 0.00 0.34 0.25 0.28 0.34 0.22 0.08 0.31 0.15 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.11 0.23 0.12 0.18 0.35 0.11 0.39 0.13 0.33 0.22 0.28 0.40 0.17 0.15 0.26 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.36 0.13 0.08 0.46 0.17 0.47 0.19 0.39 0.32 0.42 0.49 0.32 0.12 0.12 0.27 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.20 0.08 0.16 0.32 0.01 0.36 0.01 0.30 0.19 0.25 0.36 0.15 0.03 0.23 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00