ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52413

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.003, 0.017, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.019
N7 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N9 A 0, -0.006, 0.019, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.026
C8 A 0, -0.005, 0.022, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.009, 0.040, 0.071, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.008, 0.060, 0.128, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.060 std_dev=0.068
C3' A 0, -0.003, 0.082, 0.167, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.082 std_dev=0.085
O3' A 0, -0.007, 0.111, 0.230, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.111 std_dev=0.118
C4' A 0, -0.032, 0.134, 0.299, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.134 std_dev=0.166
C5' A 0, -0.058, 0.205, 0.467, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.205 std_dev=0.263
O5' A 0, -0.058, 0.239, 0.535, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.239 std_dev=0.297
O2 B 0, -0.047, 0.316, 0.678, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.316 std_dev=0.362
P A 0, -0.096, 0.320, 0.735, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.320 std_dev=0.416
C2 B 0, -0.088, 0.343, 0.773, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.343 std_dev=0.431
C1' B 0, -0.114, 0.325, 0.763, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.325 std_dev=0.438
O2' B 0, -0.117, 0.339, 0.794, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.339 std_dev=0.455
C2' B 0, -0.117, 0.344, 0.805, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.344 std_dev=0.461
OP1 A 0, -0.125, 0.338, 0.801, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.338 std_dev=0.463
O3' B 0, -0.117, 0.355, 0.828, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.355 std_dev=0.473
N1 B 0, -0.118, 0.356, 0.830, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.356 std_dev=0.474
OP2 A 0, -0.121, 0.378, 0.878, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.378 std_dev=0.499
N3 B 0, -0.120, 0.393, 0.905, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.393 std_dev=0.513
C3' B 0, -0.138, 0.387, 0.913, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.387 std_dev=0.525
O4' B 0, -0.146, 0.422, 0.989, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.422 std_dev=0.567
C6 B 0, -0.159, 0.412, 0.983, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.412 std_dev=0.571
C4' B 0, -0.164, 0.445, 1.054, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.445 std_dev=0.609
C4 B 0, -0.169, 0.450, 1.068, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.450 std_dev=0.619
C5 B 0, -0.180, 0.460, 1.100, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.460 std_dev=0.640
O5' B 0, -0.189, 0.491, 1.172, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.491 std_dev=0.681
N4 B 0, -0.201, 0.517, 1.235, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.517 std_dev=0.718
C5' B 0, -0.198, 0.530, 1.257, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.530 std_dev=0.728
OP2 B 0, -0.195, 0.593, 1.380, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.593 std_dev=0.788
P B 0, -0.205, 0.600, 1.405, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.600 std_dev=0.805
OP1 B 0, -0.223, 0.666, 1.556, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.666 std_dev=0.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.10 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.14 0.01 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.04
C4 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.13 0.00 0.04
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.09 0.03 0.06 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.20 0.07 0.10
C5' 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.14 0.02 0.03 0.11 0.14 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.20 0.08 0.10
C8 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.25 0.10 0.15
N1 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.14 0.03 0.05
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05 0.00
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.25 0.14 0.14
N7 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.28 0.14 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.14 0.01 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.04 0.13
O3' 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.07 0.06 0.10 0.07 0.04
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.05 0.09 0.03
O5' 0.02 0.08 0.07 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.06 0.03 0.11 0.06 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.10 0.14 0.09 0.13 0.07 0.20 0.07 0.20 0.25 0.14 0.08 0.25 0.28 0.14 0.17 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.03 0.05 0.14 0.14 0.01 0.04 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.09 0.04 0.04 0.01 0.10 0.01 0.10 0.15 0.05 0.00 0.14 0.17 0.05 0.13 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.24 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04
C2' 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.19 0.11 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06
C3' 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.19 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04
C4 0.04 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.01 0.25 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01
C4' 0.03 0.01 0.10 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.23 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.04 0.07 0.05 0.06 0.12 0.05 0.11 0.04 0.07 0.06 0.10 0.15 0.03 0.21 0.10 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02
C5' 0.02 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.21 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02
C6 0.02 0.04 0.02 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.06 0.04 0.09 0.14 0.02 0.20 0.10 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05
C8 0.10 0.14 0.08 0.04 0.16 0.00 0.14 0.00 0.12 0.12 0.16 0.18 0.11 0.23 0.12 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05 0.22 0.07 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06
N3 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.26 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
N6 0.01 0.06 0.02 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.07 0.05 0.11 0.19 0.03 0.16 0.14 0.03 0.07 0.10 0.05 0.07
N7 0.08 0.13 0.04 0.08 0.19 0.04 0.16 0.04 0.13 0.11 0.17 0.21 0.09 0.19 0.14 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
N9 0.06 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.26 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01
O2' 0.12 0.12 0.05 0.13 0.13 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.11 0.12 0.09 0.08 0.18 0.14 0.14 0.13 0.15 0.15
O3' 0.03 0.04 0.06 0.02 0.09 0.03 0.09 0.04 0.07 0.05 0.06 0.10 0.01 0.17 0.08 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06
O4' 0.08 0.05 0.14 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.29 0.03 0.09 0.05 0.07 0.03 0.04
O5' 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.01 0.06 0.04 0.05 0.08 0.02 0.14 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.05
OP1 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.11 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
OP2 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.03 0.08 0.06 0.02 0.01 0.08 0.07 0.10 0.10
P 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07 0.07 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.12 0.12
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
C5 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04
C5' 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
N4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
O2 0.02 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01
O2' 0.03 0.04 0.01 0.02 0.10 0.03 0.16 0.06 0.15 0.04 0.02 0.12 0.17 0.00 0.08 0.03 0.14 0.14 0.22 0.18
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.02 0.10 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.14 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.04 0.02 0.12 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.22 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.01 0.12 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00