ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52416

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O3' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
P A 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
OP1 A 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O5' A 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O4' A 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C4' B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C2' A 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C5' B 0, 0.000, 0.437, 0.873, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C4 B 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C1' B 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
N4 B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
N1 B 0, 0.000, 0.452, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.452 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
N3 B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
C2 B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
OP1 B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C5 B 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C6 B 0, 0.000, 0.494, 0.988, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.494 std_dev=0.494
O2 B 0, 0.000, 0.504, 1.009, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.504 std_dev=0.504
O5' B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C5' A 0, 0.000, 0.549, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C4' A 0, 0.000, 0.575, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.575 std_dev=0.575
OP2 A 0, 0.000, 0.585, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.585 std_dev=0.585
P B 0, 0.000, 0.619, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.619 std_dev=0.619
C3' A 0, 0.000, 0.716, 1.433, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.716 std_dev=0.716
OP2 B 0, 0.000, 0.748, 1.495, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.748 std_dev=0.748
O2' A 0, 0.000, 0.912, 1.824, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.912 std_dev=0.912
O3' A 0, 0.000, 1.322, 2.644, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.322 std_dev=1.322

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.25 0.00 0.21 0.07 0.28 0.16
C2 0.01 0.00 0.17 0.15 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.10 0.18 0.13 0.34 0.20
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.21 0.06 0.11 0.13 0.17 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.38 0.61 0.46
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.17 0.00 0.23 0.02 0.24 0.21 0.20 0.12 0.27 0.25 0.16 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.07 0.06
C4 0.00 0.01 0.08 0.17 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.05 0.17 0.12 0.32 0.19
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.26 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.02 0.02 0.14 0.15 0.31 0.19
C5' 0.09 0.11 0.21 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.06 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02
C6 0.00 0.01 0.06 0.24 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.01 0.04 0.13 0.15 0.31 0.19
C8 0.00 0.01 0.11 0.21 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.08 0.07 0.14 0.14 0.29 0.19
N1 0.01 0.00 0.13 0.20 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.07 0.07 0.16 0.14 0.33 0.20
N3 0.01 0.00 0.17 0.12 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.21 0.10 0.19 0.11 0.33 0.19
N6 0.00 0.01 0.04 0.27 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.08 0.02 0.11 0.16 0.28 0.18
N7 0.00 0.01 0.07 0.25 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.11 0.04 0.11 0.16 0.29 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.00 0.18 0.11 0.30 0.18
O2' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.16 0.26 0.25 0.06 0.25 0.25 0.19 0.06 0.29 0.30 0.15 0.00 0.03 0.18 0.33 0.19 0.64 0.35
O3' 0.25 0.17 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02 0.16 0.01 0.08 0.07 0.21 0.08 0.11 0.07 0.03 0.00 0.20 0.14 0.14 0.15 0.14
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.10 0.02 0.04 0.00 0.18 0.20 0.00 0.01 0.13 0.01 0.07
O5' 0.21 0.18 0.46 0.06 0.17 0.01 0.14 0.00 0.13 0.14 0.16 0.19 0.11 0.11 0.18 0.33 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.07 0.13 0.38 0.10 0.12 0.02 0.15 0.01 0.15 0.14 0.14 0.11 0.16 0.16 0.11 0.19 0.14 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.34 0.61 0.07 0.32 0.01 0.31 0.00 0.31 0.29 0.33 0.33 0.28 0.29 0.30 0.64 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.20 0.46 0.06 0.19 0.01 0.19 0.02 0.19 0.19 0.20 0.19 0.18 0.19 0.18 0.35 0.14 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.24 0.06 0.00 0.20 0.00 0.10 0.02 0.06 0.12 0.27 0.24 0.30 0.09 0.03 0.03 0.06 0.05 0.13 0.08
C2 0.02 0.17 0.04 0.08 0.15 0.07 0.04 0.08 0.01 0.04 0.22 0.20 0.22 0.05 0.11 0.04 0.13 0.10 0.19 0.14
C2' 0.15 0.06 0.15 0.26 0.00 0.26 0.14 0.30 0.19 0.10 0.10 0.05 0.15 0.09 0.29 0.21 0.37 0.37 0.46 0.40
C3' 0.11 0.37 0.13 0.07 0.41 0.00 0.28 0.02 0.20 0.23 0.45 0.47 0.39 0.08 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02
C4 0.00 0.20 0.02 0.07 0.18 0.06 0.06 0.07 0.01 0.06 0.25 0.22 0.26 0.03 0.10 0.03 0.11 0.08 0.17 0.12
C4' 0.01 0.21 0.04 0.03 0.25 0.04 0.16 0.02 0.09 0.11 0.27 0.30 0.22 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.05 0.17 0.08 0.10 0.16 0.10 0.04 0.10 0.02 0.03 0.23 0.22 0.22 0.10 0.12 0.07 0.14 0.10 0.19 0.15
C5' 0.11 0.06 0.09 0.09 0.11 0.15 0.04 0.11 0.02 0.02 0.12 0.15 0.06 0.14 0.09 0.15 0.08 0.01 0.06 0.06
C6 0.07 0.13 0.10 0.11 0.14 0.11 0.02 0.11 0.04 0.00 0.20 0.20 0.18 0.12 0.13 0.09 0.15 0.11 0.20 0.16
C8 0.02 0.20 0.04 0.08 0.19 0.08 0.07 0.09 0.01 0.07 0.25 0.23 0.25 0.05 0.11 0.05 0.12 0.09 0.17 0.13
N1 0.05 0.14 0.08 0.10 0.13 0.09 0.02 0.10 0.03 0.01 0.20 0.19 0.19 0.09 0.12 0.07 0.14 0.11 0.20 0.15
N3 0.01 0.20 0.01 0.05 0.18 0.05 0.06 0.06 0.01 0.07 0.25 0.22 0.26 0.01 0.09 0.01 0.11 0.08 0.17 0.12
N6 0.11 0.08 0.13 0.13 0.11 0.13 0.00 0.13 0.07 0.04 0.17 0.18 0.11 0.16 0.14 0.12 0.16 0.12 0.21 0.17
N7 0.07 0.17 0.10 0.12 0.17 0.12 0.05 0.12 0.02 0.02 0.23 0.22 0.21 0.13 0.14 0.09 0.15 0.11 0.19 0.15
N9 0.02 0.22 0.01 0.05 0.19 0.05 0.08 0.06 0.03 0.09 0.26 0.23 0.27 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.16 0.11
O2' 0.09 0.01 0.10 0.18 0.15 0.11 0.26 0.15 0.25 0.13 0.04 0.15 0.10 0.05 0.16 0.10 0.30 0.26 0.48 0.34
O3' 0.06 0.29 0.08 0.11 0.41 0.04 0.33 0.09 0.23 0.20 0.39 0.49 0.26 0.04 0.08 0.04 0.15 0.22 0.20 0.18
O4' 0.12 0.27 0.14 0.13 0.28 0.10 0.22 0.11 0.17 0.19 0.31 0.32 0.28 0.10 0.12 0.10 0.10 0.14 0.07 0.10
O5' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.20 0.02 0.14 0.02 0.08 0.09 0.21 0.24 0.16 0.05 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.04
OP1 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.08 0.03 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.07
OP2 0.04 0.13 0.02 0.04 0.16 0.10 0.13 0.17 0.10 0.09 0.16 0.18 0.11 0.05 0.00 0.09 0.16 0.25 0.11 0.17
P 0.01 0.11 0.01 0.00 0.12 0.02 0.07 0.06 0.03 0.06 0.13 0.14 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.09 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04
C4 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.08 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.08 0.07
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05
N3 0.00 0.01 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.02 0.02 0.02 0.08 0.07
N4 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.03 0.09 0.08
O2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.04
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.12 0.11 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00