ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52417

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.000, 0.168, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C5' B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
O3' B 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
OP1 A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
P A 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C3' B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C4' B 0, 0.000, 0.346, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O5' A 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
P B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
OP2 A 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
O4' B 0, 0.000, 0.519, 1.038, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.519 std_dev=0.519
C2' B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
O2' B 0, 0.000, 0.560, 1.121, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.560 std_dev=0.560
C1' B 0, 0.000, 0.718, 1.435, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.718 std_dev=0.718
C6 B 0, 0.000, 0.736, 1.473, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.736 std_dev=0.736
N1 B 0, 0.000, 0.949, 1.898, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.949 std_dev=0.949
OP1 B 0, 0.000, 0.988, 1.975, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.988 std_dev=0.988
C5 B 0, 0.000, 1.095, 2.190, 2.190 max_d=2.190 avg_d=1.095 std_dev=1.095
C2 B 0, 0.000, 1.548, 3.097, 3.097 max_d=3.097 avg_d=1.548 std_dev=1.548
C4 B 0, 0.000, 1.603, 3.207, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.603 std_dev=1.603
OP2 B 0, 0.000, 1.681, 3.362, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.681 std_dev=1.681
N3 B 0, 0.000, 1.826, 3.653, 3.653 max_d=3.653 avg_d=1.826 std_dev=1.826
O2 B 0, 0.000, 1.862, 3.724, 3.724 max_d=3.724 avg_d=1.862 std_dev=1.862
N4 B 0, 0.000, 1.964, 3.927, 3.927 max_d=3.927 avg_d=1.964 std_dev=1.964

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.05 0.07 0.01
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.02 0.13 0.11 0.01 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.13 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.16 0.11 0.00 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.20 0.14 0.06 0.10
C5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.10 0.13 0.08 0.04 0.12 0.14 0.08 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.00 0.19 0.15 0.08 0.11
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.24 0.13 0.02 0.09
N1 0.03 0.00 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01 0.16 0.13 0.05 0.09
N3 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.02 0.12 0.09 0.01 0.03
N6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.21 0.18 0.13 0.14
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.25 0.16 0.10 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.16 0.09 0.03 0.04
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.10 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.01 0.04 0.11 0.04
O3' 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.01 0.16 0.06 0.23 0.15
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.07 0.02
O5' 0.09 0.13 0.01 0.06 0.16 0.00 0.20 0.00 0.19 0.24 0.16 0.12 0.21 0.25 0.16 0.01 0.16 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.03 0.02 0.11 0.04 0.14 0.06 0.15 0.13 0.13 0.09 0.18 0.16 0.09 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.01 0.13 0.17 0.00 0.08 0.06 0.03 0.08 0.02 0.05 0.01 0.13 0.10 0.03 0.11 0.23 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06 0.03 0.10 0.00 0.11 0.09 0.09 0.03 0.14 0.14 0.04 0.04 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.93 0.36 0.20 0.52 0.23 0.13 0.14 0.14 0.53 0.88 0.46 1.16 0.33 0.11 0.34 0.07 0.28 0.65 0.02
C2 0.49 1.06 0.32 0.16 1.12 0.19 0.61 0.08 0.42 0.67 1.28 1.32 1.16 0.30 0.06 0.35 0.05 0.29 0.95 0.02
C2' 0.43 0.91 0.34 0.20 0.57 0.23 0.18 0.14 0.16 0.51 0.92 0.57 1.17 0.31 0.12 0.33 0.10 0.22 0.59 0.06
C3' 0.37 0.77 0.31 0.20 0.49 0.21 0.16 0.14 0.13 0.43 0.77 0.49 1.01 0.26 0.13 0.28 0.11 0.10 0.42 0.08
C4 0.49 1.03 0.32 0.18 0.98 0.21 0.54 0.11 0.40 0.67 1.17 1.01 1.11 0.29 0.07 0.36 0.08 0.27 0.81 0.02
C4' 0.29 0.58 0.26 0.14 0.26 0.16 0.00 0.09 0.01 0.29 0.53 0.24 0.84 0.24 0.09 0.22 0.05 0.08 0.41 0.01
C5 0.43 0.92 0.27 0.14 0.99 0.17 0.68 0.09 0.49 0.64 1.07 1.05 0.95 0.22 0.03 0.32 0.08 0.19 0.75 0.04
C5' 0.14 0.39 0.14 0.06 0.17 0.07 0.04 0.02 0.07 0.16 0.36 0.17 0.59 0.13 0.04 0.10 0.02 0.11 0.28 0.04
C6 0.41 0.91 0.25 0.12 1.07 0.14 0.75 0.05 0.51 0.63 1.10 1.22 0.93 0.21 0.02 0.29 0.05 0.17 0.83 0.02
C8 0.42 0.80 0.29 0.19 0.67 0.22 0.42 0.15 0.35 0.58 0.82 0.65 0.86 0.22 0.06 0.34 0.13 0.17 0.48 0.09
N1 0.45 0.99 0.28 0.14 1.13 0.16 0.71 0.06 0.48 0.65 1.20 1.35 1.04 0.25 0.04 0.32 0.04 0.23 0.92 0.01
N3 0.51 1.09 0.34 0.18 1.04 0.22 0.50 0.11 0.37 0.67 1.28 1.13 1.21 0.32 0.08 0.37 0.06 0.31 0.91 0.01
N6 0.35 0.81 0.20 0.08 1.01 0.09 0.76 0.01 0.51 0.57 0.99 1.17 0.80 0.16 0.02 0.24 0.04 0.04 0.71 0.02
N7 0.38 0.78 0.23 0.14 0.80 0.17 0.59 0.11 0.46 0.58 0.87 0.82 0.80 0.17 0.01 0.30 0.13 0.11 0.51 0.11
N9 0.48 0.97 0.34 0.20 0.74 0.23 0.36 0.14 0.31 0.63 1.00 0.71 1.08 0.29 0.09 0.36 0.10 0.25 0.66 0.04
O2' 0.41 0.86 0.31 0.17 0.46 0.21 0.08 0.13 0.08 0.44 0.85 0.44 1.18 0.30 0.10 0.31 0.08 0.29 0.64 0.04
O3' 0.32 0.69 0.27 0.19 0.42 0.20 0.11 0.15 0.08 0.36 0.69 0.43 0.94 0.22 0.15 0.25 0.13 0.09 0.37 0.10
O4' 0.38 0.66 0.33 0.18 0.25 0.22 0.02 0.13 0.01 0.36 0.55 0.20 0.92 0.32 0.11 0.29 0.06 0.22 0.51 0.01
O5' 0.05 0.35 0.05 0.01 0.19 0.03 0.03 0.08 0.09 0.12 0.36 0.21 0.50 0.03 0.00 0.00 0.10 0.30 0.32 0.11
OP1 0.01 0.23 0.01 0.00 0.20 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.26 0.23 0.29 0.07 0.00 0.02 0.01 0.43 0.18 0.02
OP2 0.05 0.36 0.05 0.01 0.36 0.07 0.20 0.12 0.10 0.19 0.42 0.40 0.40 0.00 0.00 0.03 0.06 0.48 0.04 0.06
P 0.02 0.28 0.02 0.00 0.22 0.04 0.07 0.06 0.00 0.12 0.31 0.25 0.35 0.02 0.00 0.02 0.03 0.36 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.49 0.24 0.03
C2 0.00 0.00 0.10 0.14 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.15 0.05 0.15 0.80 0.42 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.23 0.00
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.14 0.10 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.21 1.04 0.54 0.25
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.20 1.06 0.53 0.26
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.13 0.07 0.09 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.29 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.15 0.89 0.44 0.19
N1 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.11 0.74 0.38 0.12
N3 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.04 0.19 0.94 0.49 0.20
N4 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.23 1.10 0.57 0.28
O2 0.00 0.00 0.18 0.18 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.19 0.09 0.12 0.71 0.38 0.10
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.04 0.01 0.21 0.10 0.01
O3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.16 0.12 0.19 0.05 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.41 0.09 0.01
O5' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.21 0.01 0.20 0.01 0.15 0.11 0.19 0.23 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.49 0.80 0.26 0.07 1.04 0.11 1.06 0.06 0.89 0.74 0.94 1.10 0.71 0.21 0.13 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.42 0.23 0.10 0.54 0.09 0.53 0.29 0.44 0.38 0.49 0.57 0.38 0.10 0.06 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.00 0.00 0.25 0.01 0.26 0.01 0.19 0.12 0.20 0.28 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00