ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.000, 0.197, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.197 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C4' A 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
P A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O3' A 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C1' B 0, 0.000, 0.506, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.506 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.000, 0.661, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.661 std_dev=0.661
OP1 A 0, 0.000, 0.732, 1.464, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.732 std_dev=0.732
OP2 A 0, 0.000, 1.011, 2.022, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.011 std_dev=1.011
C2 B 0, 0.000, 1.067, 2.134, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.067 std_dev=1.067
C6 B 0, 0.000, 1.090, 2.180, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.090 std_dev=1.090
C3' B 0, 0.000, 1.114, 2.229, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.114 std_dev=1.114
O4' B 0, 0.000, 1.203, 2.407, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.203 std_dev=1.203
N3 B 0, 0.000, 1.519, 3.038, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.519 std_dev=1.519
O3' B 0, 0.000, 1.572, 3.144, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.572 std_dev=1.572
C4' B 0, 0.000, 1.694, 3.388, 3.388 max_d=3.388 avg_d=1.694 std_dev=1.694
O2 B 0, 0.000, 1.713, 3.426, 3.426 max_d=3.426 avg_d=1.713 std_dev=1.713
C5 B 0, 0.000, 1.726, 3.452, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.726 std_dev=1.726
C4 B 0, 0.000, 1.754, 3.507, 3.507 max_d=3.507 avg_d=1.754 std_dev=1.754
O5' B 0, 0.000, 2.099, 4.197, 4.197 max_d=4.197 avg_d=2.099 std_dev=2.099
C5' B 0, 0.000, 2.266, 4.532, 4.532 max_d=4.532 avg_d=2.266 std_dev=2.266
N4 B 0, 0.000, 2.494, 4.987, 4.987 max_d=4.987 avg_d=2.494 std_dev=2.494
P B 0, 0.000, 3.066, 6.131, 6.131 max_d=6.131 avg_d=3.066 std_dev=3.066
OP2 B 0, 0.000, 3.276, 6.552, 6.552 max_d=6.552 avg_d=3.276 std_dev=3.276
OP1 B 0, 0.000, 3.927, 7.854, 7.854 max_d=7.854 avg_d=3.927 std_dev=3.927

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.32 0.11 0.01
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.13 0.02 0.13 0.42 0.37 0.02
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.03
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.11 0.42 0.34 0.01
C4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.00
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.11 0.45 0.46 0.01
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.12 0.46 0.50 0.01
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.46 0.36 0.02
N1 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.12 0.44 0.46 0.00
N3 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.12 0.40 0.30 0.02
N6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.11 0.47 0.58 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.48 0.48 0.03
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.41 0.26 0.00
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.05 0.04
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.11 0.12 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.02 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.31 0.05 0.04
O5' 0.07 0.13 0.00 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.02 0.12 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.32 0.42 0.16 0.00 0.42 0.07 0.45 0.07 0.46 0.46 0.44 0.40 0.47 0.48 0.41 0.11 0.15 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.37 0.13 0.08 0.34 0.13 0.46 0.27 0.50 0.36 0.46 0.30 0.58 0.48 0.26 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.70 0.10 0.67 0.62 1.16 0.20 1.36 0.02 0.17 0.87 0.78 0.99 0.42 0.64 0.83 0.97 1.44 0.59 1.00
C2 0.21 0.64 0.06 0.57 1.04 0.93 0.66 0.94 0.30 0.24 1.07 1.37 0.60 0.29 0.77 0.73 0.51 0.73 0.17 0.34
C2' 0.21 0.67 0.16 0.78 0.69 1.23 0.25 1.44 0.01 0.15 0.90 0.88 0.91 0.36 0.79 0.87 1.03 1.56 0.66 1.08
C3' 0.29 0.54 0.26 0.90 0.55 1.32 0.14 1.53 0.11 0.05 0.75 0.73 0.76 0.29 0.91 0.93 1.13 1.69 0.85 1.22
C4 0.22 0.67 0.07 0.61 0.91 1.00 0.52 1.03 0.21 0.22 1.02 1.15 0.73 0.33 0.77 0.79 0.61 0.86 0.03 0.49
C4' 0.24 0.51 0.23 0.83 0.37 1.31 0.04 1.61 0.22 0.02 0.63 0.49 0.82 0.36 0.69 0.89 1.24 1.86 1.05 1.39
C5 0.26 0.59 0.07 0.57 1.00 0.89 0.68 0.82 0.33 0.23 1.01 1.27 0.48 0.26 0.80 0.74 0.40 0.53 0.24 0.21
C5' 0.31 0.35 0.32 0.92 0.21 1.34 0.16 1.62 0.32 0.08 0.44 0.31 0.63 0.28 0.75 0.91 1.30 1.90 1.20 1.47
C6 0.26 0.52 0.05 0.52 1.13 0.80 0.82 0.69 0.43 0.23 1.03 1.48 0.27 0.20 0.80 0.67 0.25 0.32 0.48 0.01
C8 0.24 0.61 0.09 0.64 0.72 1.03 0.41 1.00 0.15 0.19 0.84 0.88 0.70 0.37 0.79 0.83 0.61 0.83 0.13 0.51
N1 0.24 0.56 0.05 0.54 1.12 0.84 0.78 0.78 0.39 0.23 1.05 1.50 0.38 0.22 0.79 0.69 0.34 0.45 0.40 0.11
N3 0.20 0.69 0.07 0.61 0.93 1.01 0.52 1.08 0.21 0.23 1.05 1.21 0.76 0.34 0.74 0.78 0.65 0.95 0.06 0.54
N6 0.27 0.38 0.04 0.45 1.21 0.66 0.97 0.48 0.54 0.22 0.95 1.61 0.04 0.11 0.79 0.58 0.04 0.00 0.76 0.26
N7 0.29 0.54 0.07 0.57 0.89 0.87 0.62 0.77 0.31 0.21 0.90 1.09 0.42 0.27 0.81 0.75 0.37 0.47 0.21 0.19
N9 0.20 0.68 0.08 0.65 0.75 1.08 0.37 1.15 0.11 0.20 0.92 0.93 0.86 0.39 0.73 0.83 0.74 1.06 0.27 0.69
O2' 0.16 0.71 0.15 0.75 0.65 1.22 0.17 1.52 0.06 0.16 0.92 0.84 1.01 0.38 0.68 0.83 1.13 1.77 0.82 1.24
O3' 0.30 0.53 0.29 0.93 0.53 1.34 0.10 1.60 0.14 0.03 0.74 0.72 0.75 0.25 0.91 0.93 1.22 1.87 1.00 1.36
O4' 0.16 0.60 0.13 0.70 0.41 1.22 0.01 1.49 0.17 0.09 0.69 0.52 0.94 0.45 0.54 0.85 1.12 1.64 0.85 1.21
O5' 0.23 0.44 0.21 0.85 0.44 1.15 0.14 1.28 0.05 0.07 0.58 0.56 0.59 0.33 0.92 0.76 0.94 1.40 0.78 1.04
OP1 0.33 0.72 0.24 0.29 0.61 0.43 0.39 0.66 0.29 0.46 0.75 0.65 0.86 0.71 0.15 0.06 0.52 1.03 0.66 0.73
OP2 0.57 0.23 0.51 0.83 0.13 0.95 0.25 0.93 0.37 0.38 0.11 0.04 0.21 0.23 0.97 0.81 0.74 0.95 0.75 0.82
P 0.34 0.16 0.33 0.88 0.19 1.04 0.01 1.10 0.17 0.10 0.27 0.28 0.24 0.15 0.99 0.74 0.85 1.17 0.78 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.10
C2 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.08 0.29 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.09 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.06 0.08 0.37 0.12
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.05 0.07 0.08 0.40 0.11
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05 0.07 0.35 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.28 0.13
N3 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.08 0.33 0.14
N4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.02 0.02 0.08 0.07 0.37 0.10
O2 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.09 0.04 0.08 0.26 0.16
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.04 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.11 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.12
O5' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.02 0.08 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.29 0.02 0.09 0.37 0.02 0.40 0.01 0.35 0.28 0.33 0.37 0.26 0.01 0.11 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.15 0.02 0.03 0.12 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.14 0.10 0.16 0.01 0.05 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00