ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52420

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N9 A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C8 A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N6 A 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C4' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
P B 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O3' A 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
O5' B 0, 0.000, 0.298, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C5' A 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
OP2 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C3' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.000, 0.369, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.369 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.000, 0.418, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.418 std_dev=0.418
OP1 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C4' B 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C1' B 0, 0.000, 0.594, 1.188, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.594 std_dev=0.594
O4' B 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
O2 B 0, 0.000, 0.674, 1.348, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.674 std_dev=0.674
O3' B 0, 0.000, 0.726, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.726 std_dev=0.726
N1 B 0, 0.000, 0.746, 1.491, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.746 std_dev=0.746
C2 B 0, 0.000, 0.764, 1.528, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.764 std_dev=0.764
C5' B 0, 0.000, 0.843, 1.686, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.843 std_dev=0.843
O5' A 0, 0.000, 0.881, 1.762, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.881 std_dev=0.881
C6 B 0, 0.000, 0.961, 1.922, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.961 std_dev=0.961
N3 B 0, 0.000, 0.974, 1.948, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.974 std_dev=0.974
C4 B 0, 0.000, 1.200, 2.400, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.200 std_dev=1.200
C5 B 0, 0.000, 1.202, 2.404, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.202 std_dev=1.202
N4 B 0, 0.000, 1.457, 2.913, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.457 std_dev=1.457
P A 0, 0.000, 1.583, 3.165, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.583 std_dev=1.583
OP2 A 0, 0.000, 1.652, 3.304, 3.304 max_d=3.304 avg_d=1.652 std_dev=1.652
OP1 A 0, 0.000, 1.962, 3.924, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.962 std_dev=1.962

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.26 0.22 0.34 0.28
C2 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.03 0.39 0.40 0.68 0.55
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.15 0.02 0.27 0.13
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.19 0.07
C4 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.42 0.47 0.67 0.58
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.48 0.63 0.82 0.72
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.06 0.01 0.14 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.12 0.00
C6 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.02 0.48 0.63 0.85 0.74
C8 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.52 0.68 0.77 0.74
N1 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.44 0.52 0.79 0.66
N3 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.36 0.35 0.60 0.49
N6 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.07 0.05 0.49 0.71 0.92 0.80
N7 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.54 0.76 0.89 0.83
N9 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.42 0.47 0.60 0.55
O2' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.12 0.09 0.10 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.02 0.29 0.05 0.11
O3' 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.00 0.07 0.08 0.01 0.08 0.00 0.04 0.12 0.36 0.04 0.17
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.24 0.29 0.21 0.24
O5' 0.26 0.39 0.15 0.09 0.42 0.01 0.48 0.00 0.48 0.52 0.44 0.36 0.49 0.54 0.42 0.02 0.12 0.24 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.22 0.40 0.02 0.03 0.47 0.02 0.63 0.29 0.63 0.68 0.52 0.35 0.71 0.76 0.47 0.29 0.36 0.29 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.68 0.27 0.19 0.67 0.02 0.82 0.12 0.85 0.77 0.79 0.60 0.92 0.89 0.60 0.05 0.04 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.28 0.55 0.13 0.07 0.58 0.04 0.72 0.00 0.74 0.74 0.66 0.49 0.80 0.83 0.55 0.11 0.17 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.30 0.13 0.04 0.19 0.29 0.13 0.26 0.15 0.25 0.26 0.18 0.38 0.23 0.17 0.39 0.17 0.01 0.14 0.10
C2 0.24 0.31 0.18 0.08 0.22 0.15 0.15 0.11 0.14 0.23 0.29 0.23 0.40 0.21 0.04 0.24 0.10 0.07 0.14 0.04
C2' 0.20 0.18 0.03 0.00 0.04 0.28 0.02 0.30 0.02 0.13 0.12 0.01 0.28 0.12 0.17 0.34 0.12 0.00 0.08 0.07
C3' 0.13 0.12 0.03 0.03 0.05 0.29 0.13 0.33 0.08 0.05 0.05 0.08 0.23 0.07 0.16 0.30 0.06 0.02 0.02 0.03
C4 0.22 0.28 0.15 0.07 0.18 0.18 0.10 0.15 0.11 0.20 0.25 0.17 0.37 0.20 0.07 0.25 0.09 0.06 0.13 0.04
C4' 0.28 0.27 0.09 0.04 0.13 0.37 0.06 0.39 0.10 0.21 0.21 0.11 0.35 0.20 0.16 0.43 0.17 0.02 0.11 0.11
C5 0.19 0.27 0.17 0.11 0.18 0.16 0.10 0.14 0.09 0.18 0.25 0.18 0.37 0.18 0.03 0.21 0.08 0.03 0.16 0.05
C5' 0.26 0.26 0.09 0.06 0.11 0.40 0.02 0.43 0.06 0.19 0.20 0.09 0.35 0.19 0.11 0.41 0.11 0.01 0.07 0.06
C6 0.19 0.29 0.20 0.14 0.21 0.15 0.13 0.13 0.11 0.20 0.28 0.22 0.39 0.18 0.07 0.18 0.08 0.03 0.19 0.06
C8 0.18 0.23 0.11 0.07 0.12 0.20 0.04 0.19 0.05 0.15 0.19 0.11 0.33 0.16 0.05 0.24 0.07 0.04 0.13 0.04
N1 0.21 0.31 0.20 0.12 0.23 0.14 0.15 0.11 0.14 0.22 0.30 0.24 0.40 0.20 0.03 0.20 0.09 0.05 0.17 0.05
N3 0.24 0.29 0.15 0.05 0.20 0.16 0.12 0.12 0.13 0.22 0.27 0.20 0.38 0.21 0.10 0.26 0.10 0.08 0.11 0.03
N6 0.18 0.30 0.24 0.21 0.23 0.16 0.15 0.15 0.13 0.20 0.30 0.25 0.40 0.18 0.18 0.16 0.10 0.02 0.24 0.10
N7 0.16 0.24 0.15 0.12 0.14 0.17 0.06 0.16 0.05 0.15 0.21 0.14 0.34 0.15 0.06 0.18 0.06 0.03 0.16 0.05
N9 0.22 0.26 0.12 0.04 0.15 0.21 0.08 0.18 0.09 0.19 0.22 0.14 0.35 0.19 0.12 0.29 0.09 0.05 0.12 0.04
O2' 0.28 0.25 0.08 0.02 0.12 0.34 0.07 0.35 0.11 0.21 0.20 0.10 0.33 0.18 0.18 0.43 0.22 0.07 0.14 0.15
O3' 0.07 0.01 0.12 0.08 0.18 0.29 0.25 0.37 0.18 0.04 0.07 0.23 0.13 0.01 0.18 0.28 0.04 0.02 0.02 0.03
O4' 0.33 0.33 0.15 0.05 0.23 0.33 0.17 0.29 0.19 0.29 0.29 0.22 0.40 0.26 0.20 0.44 0.19 0.01 0.15 0.11
O5' 0.42 0.43 0.63 0.53 0.52 0.10 0.56 0.14 0.54 0.47 0.48 0.53 0.37 0.58 0.67 0.16 0.21 0.04 0.10 0.08
OP1 1.25 1.31 1.42 1.43 1.44 0.97 1.49 0.75 1.47 1.35 1.37 1.45 1.20 1.19 1.41 1.00 1.16 0.67 1.04 0.95
OP2 0.87 0.95 1.15 0.83 0.99 0.27 0.97 0.24 0.95 0.94 0.99 0.98 0.92 1.09 0.80 0.44 0.21 0.51 0.07 0.15
P 0.95 0.98 1.21 1.10 1.03 0.55 1.04 0.15 1.03 1.00 1.01 1.02 0.93 1.09 1.21 0.61 0.52 0.07 0.31 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.16 0.06
C2 0.01 0.00 0.15 0.18 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.22 0.07 0.02 0.07 0.20 0.07
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.03 0.26 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.04 0.09
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.05 0.16 0.10 0.26 0.02 0.01 0.01 0.24 0.19 0.02 0.16
C4 0.00 0.02 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.00 0.08 0.19 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00
C5 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.01 0.07 0.16 0.10
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.00
C6 0.00 0.01 0.12 0.09 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.07 0.01 0.06 0.17 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.06 0.18 0.08
N3 0.02 0.00 0.11 0.16 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.21 0.06 0.00 0.07 0.19 0.08
N4 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.10 0.19 0.11
O2 0.02 0.00 0.26 0.26 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.16 0.32 0.12 0.02 0.06 0.20 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.03 0.05 0.10 0.01
O3' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.06 0.21 0.13 0.32 0.00 0.00 0.01 0.28 0.27 0.02 0.21
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.06 0.01 0.00 0.17 0.12 0.21 0.13
O5' 0.04 0.02 0.14 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.28 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.07 0.12 0.19 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06 0.05 0.27 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.20 0.04 0.02 0.19 0.13 0.16 0.14 0.17 0.18 0.19 0.19 0.20 0.10 0.02 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.09 0.16 0.10 0.00 0.10 0.00 0.09 0.08 0.08 0.11 0.06 0.01 0.21 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00