Doublet Group distance statistics: 52427

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 8, 6, 4, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6	A	0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C8	A	0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.029 std_dev=0.022
O2'	B	0, 0.250, 0.425, 0.601, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.425 std_dev=0.175
C2'	B	0, 0.227, 0.424, 0.620, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.424 std_dev=0.196
C3'	B	0, 0.182, 0.407, 0.631, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.407 std_dev=0.225
C4'	B	0, 0.160, 0.395, 0.630, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.395 std_dev=0.235
O3'	B	0, 0.138, 0.392, 0.645, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.392 std_dev=0.254
C1'	B	0, 0.194, 0.450, 0.706, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.450 std_dev=0.256
O4'	A	0, -0.080, 0.190, 0.460, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.190 std_dev=0.270
O4'	B	0, 0.140, 0.413, 0.687, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.413 std_dev=0.273
O5'	B	0, 0.129, 0.426, 0.722, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.426 std_dev=0.296
C2'	A	0, -0.109, 0.203, 0.515, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.203 std_dev=0.312
C5'	B	0, 0.088, 0.421, 0.754, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.421 std_dev=0.333
N9	B	0, 0.158, 0.526, 0.893, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.526 std_dev=0.367
C3'	A	0, -0.176, 0.218, 0.611, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.218 std_dev=0.394
OP2	B	0, 0.091, 0.502, 0.913, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.502 std_dev=0.411
P	B	0, 0.062, 0.475, 0.889, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.475 std_dev=0.414
C4'	A	0, -0.161, 0.256, 0.673, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.256 std_dev=0.417
O3'	A	0, -0.223, 0.202, 0.628, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.202 std_dev=0.426
C8	B	0, 0.111, 0.548, 0.985, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.548 std_dev=0.437
O2'	A	0, -0.119, 0.343, 0.804, 2.600 max_d=2.600 avg_d=0.343 std_dev=0.462
C4	B	0, 0.140, 0.627, 1.114, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.627 std_dev=0.487
N3	B	0, 0.147, 0.677, 1.207, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.677 std_dev=0.530
N7	B	0, 0.088, 0.658, 1.229, 3.068 max_d=3.068 avg_d=0.658 std_dev=0.571
C5	B	0, 0.102, 0.703, 1.303, 3.397 max_d=3.397 avg_d=0.703 std_dev=0.601
O5'	A	0, -0.114, 0.513, 1.141, 3.755 max_d=3.755 avg_d=0.513 std_dev=0.628
C5'	A	0, -0.248, 0.401, 1.050, 3.893 max_d=3.893 avg_d=0.401 std_dev=0.649
OP1	B	0, -0.018, 0.653, 1.324, 3.961 max_d=3.961 avg_d=0.653 std_dev=0.671
C2	B	0, 0.118, 0.797, 1.476, 4.100 max_d=4.100 avg_d=0.797 std_dev=0.679
P	A	0, -0.246, 0.445, 1.136, 4.263 max_d=4.263 avg_d=0.445 std_dev=0.691
C6	B	0, 0.078, 0.829, 1.579, 4.421 max_d=4.421 avg_d=0.829 std_dev=0.750
N1	B	0, 0.090, 0.872, 1.654, 4.715 max_d=4.715 avg_d=0.872 std_dev=0.782
N6	B	0, 0.039, 0.922, 1.805, 5.216 max_d=5.216 avg_d=0.922 std_dev=0.883
OP2	A	0, -0.320, 0.651, 1.623, 6.063 max_d=6.063 avg_d=0.651 std_dev=0.972
OP1	A	0, -0.343, 0.647, 1.637, 6.152 max_d=6.152 avg_d=0.647 std_dev=0.990

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.13	0.01	0.13	0.36	0.19	0.11
C2	0.03	0.00	0.21	0.22	0.01	0.07	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.19	0.10	0.09	0.27	0.28	0.53	0.19
C2'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.10	0.01	0.04	0.11	0.08	0.13	0.16	0.22	0.05	0.09	0.02	0.00	0.03	0.01	0.21	0.28	0.23	0.16
C3'	0.01	0.22	0.00	0.00	0.16	0.00	0.14	0.02	0.18	0.06	0.21	0.20	0.17	0.09	0.08	0.01	0.01	0.01	0.08	0.21	0.19	0.06
C4	0.01	0.01	0.10	0.16	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.04	0.05	0.25	0.29	0.44	0.14
C4'	0.02	0.07	0.01	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.07	0.06	0.07	0.07	0.07	0.07	0.04	0.10	0.02	0.01	0.01	0.25	0.13	0.08
C5	0.01	0.01	0.04	0.14	0.00	0.06	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.05	0.03	0.29	0.26	0.51	0.16
C5'	0.05	0.12	0.11	0.02	0.12	0.01	0.15	0.00	0.16	0.16	0.14	0.10	0.18	0.17	0.11	0.05	0.09	0.02	0.01	0.13	0.17	0.01
C6	0.02	0.00	0.08	0.18	0.01	0.07	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.07	0.05	0.31	0.24	0.58	0.19
C8	0.01	0.01	0.13	0.06	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.18	0.08	0.05	0.26	0.30	0.32	0.08
N1	0.02	0.00	0.16	0.21	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.09	0.08	0.30	0.25	0.58	0.20
N3	0.02	0.01	0.22	0.20	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.19	0.07	0.09	0.24	0.30	0.45	0.16
N6	0.02	0.01	0.05	0.17	0.01	0.07	0.01	0.18	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.08	0.04	0.32	0.22	0.62	0.21
N7	0.01	0.01	0.09	0.09	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.17	0.06	0.03	0.29	0.26	0.45	0.14
N9	0.00	0.01	0.02	0.08	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.06	0.01	0.21	0.33	0.31	0.10
O2'	0.02	0.19	0.00	0.01	0.09	0.10	0.11	0.05	0.12	0.18	0.14	0.19	0.13	0.17	0.08	0.00	0.06	0.08	0.19	0.26	0.27	0.17
O3'	0.13	0.10	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.09	0.07	0.08	0.09	0.07	0.08	0.06	0.06	0.06	0.00	0.10	0.11	0.25	0.20	0.11
O4'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.05	0.05	0.08	0.09	0.04	0.03	0.01	0.08	0.10	0.00	0.11	0.41	0.19	0.20
O5'	0.13	0.27	0.21	0.08	0.25	0.01	0.29	0.01	0.31	0.26	0.30	0.24	0.32	0.29	0.21	0.19	0.11	0.11	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.36	0.28	0.28	0.21	0.29	0.25	0.26	0.13	0.24	0.30	0.25	0.30	0.22	0.26	0.33	0.26	0.25	0.41	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.19	0.53	0.23	0.19	0.44	0.13	0.51	0.17	0.58	0.32	0.58	0.45	0.62	0.45	0.31	0.27	0.20	0.19	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.19	0.16	0.06	0.14	0.08	0.16	0.01	0.19	0.08	0.20	0.16	0.21	0.14	0.10	0.17	0.11	0.20	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.19	0.14	0.14	0.19	0.15	0.26	0.19	0.27	0.25	0.23	0.16	0.33	0.29	0.18	0.14	0.11	0.13	0.11	0.10	0.29	0.10
C2	0.12	0.20	0.15	0.15	0.22	0.14	0.31	0.15	0.33	0.30	0.27	0.17	0.41	0.37	0.20	0.14	0.13	0.14	0.12	0.22	0.32	0.17
C2'	0.29	0.26	0.25	0.20	0.21	0.31	0.15	0.27	0.14	0.13	0.19	0.28	0.12	0.12	0.20	0.37	0.21	0.33	0.18	0.11	0.22	0.12
C3'	0.10	0.17	0.09	0.05	0.09	0.08	0.06	0.10	0.07	0.09	0.12	0.16	0.08	0.10	0.06	0.18	0.06	0.10	0.08	0.10	0.37	0.11
C4	0.12	0.20	0.15	0.14	0.21	0.14	0.29	0.17	0.31	0.28	0.26	0.17	0.37	0.34	0.20	0.14	0.12	0.14	0.11	0.15	0.31	0.13
C4'	0.14	0.15	0.15	0.15	0.16	0.13	0.18	0.15	0.18	0.20	0.17	0.15	0.20	0.21	0.16	0.15	0.14	0.12	0.11	0.06	0.32	0.08
C5	0.13	0.21	0.16	0.15	0.23	0.14	0.31	0.16	0.33	0.30	0.28	0.18	0.39	0.36	0.21	0.15	0.15	0.14	0.11	0.17	0.31	0.14
C5'	0.14	0.11	0.13	0.12	0.11	0.16	0.10	0.15	0.09	0.15	0.10	0.11	0.10	0.13	0.13	0.18	0.14	0.16	0.14	0.09	0.33	0.12
C6	0.14	0.22	0.16	0.16	0.24	0.14	0.33	0.15	0.35	0.32	0.29	0.19	0.42	0.38	0.22	0.15	0.16	0.15	0.13	0.24	0.31	0.18
C8	0.13	0.21	0.15	0.13	0.22	0.16	0.28	0.20	0.30	0.27	0.26	0.18	0.34	0.32	0.20	0.15	0.12	0.15	0.10	0.09	0.27	0.09
N1	0.13	0.22	0.16	0.16	0.23	0.14	0.33	0.15	0.35	0.31	0.29	0.18	0.42	0.38	0.21	0.14	0.15	0.15	0.13	0.25	0.32	0.19
N3	0.12	0.19	0.15	0.15	0.21	0.14	0.29	0.16	0.31	0.28	0.26	0.17	0.38	0.35	0.19	0.14	0.12	0.14	0.11	0.17	0.32	0.14
N6	0.15	0.24	0.17	0.17	0.25	0.15	0.35	0.16	0.37	0.33	0.31	0.21	0.44	0.40	0.23	0.15	0.18	0.16	0.15	0.29	0.29	0.22
N7	0.13	0.22	0.16	0.15	0.23	0.15	0.31	0.18	0.32	0.30	0.28	0.19	0.37	0.35	0.21	0.16	0.16	0.15	0.10	0.12	0.29	0.11
N9	0.12	0.20	0.15	0.14	0.21	0.15	0.28	0.19	0.29	0.27	0.25	0.17	0.35	0.32	0.19	0.15	0.11	0.14	0.11	0.11	0.29	0.10
O2'	0.38	0.32	0.31	0.25	0.29	0.41	0.23	0.37	0.22	0.22	0.26	0.35	0.20	0.21	0.29	0.44	0.24	0.44	0.26	0.18	0.19	0.19
O3'	0.07	0.13	0.07	0.06	0.07	0.06	0.07	0.10	0.08	0.11	0.10	0.13	0.09	0.12	0.06	0.13	0.07	0.07	0.09	0.11	0.35	0.11
O4'	0.29	0.36	0.31	0.29	0.35	0.24	0.39	0.25	0.40	0.37	0.38	0.34	0.42	0.39	0.34	0.27	0.26	0.25	0.20	0.15	0.31	0.15
O5'	0.08	0.20	0.12	0.02	0.12	0.08	0.08	0.16	0.12	0.05	0.17	0.18	0.10	0.04	0.07	0.19	0.02	0.04	0.17	0.17	0.40	0.21
OP1	0.19	0.19	0.13	0.09	0.17	0.25	0.21	0.22	0.22	0.19	0.20	0.18	0.26	0.23	0.15	0.27	0.02	0.26	0.20	0.27	0.15	0.26
OP2	0.15	0.35	0.25	0.09	0.25	0.29	0.23	0.48	0.28	0.17	0.33	0.31	0.27	0.18	0.18	0.30	0.03	0.20	0.34	0.36	0.68	0.40
P	0.05	0.14	0.08	0.01	0.08	0.18	0.09	0.21	0.12	0.06	0.14	0.11	0.12	0.07	0.04	0.12	0.01	0.13	0.12	0.07	0.32	0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.08	0.05	0.05
C2	0.02	0.00	0.08	0.06	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.09	0.04	0.09	0.14	0.10	0.11
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.05	0.02	0.03	0.02	0.05	0.04	0.07	0.08	0.04	0.03	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.10	0.12	0.04
C3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.06	0.05	0.06	0.05	0.06	0.03	0.03	0.01	0.01	0.08	0.10	0.16	0.07
C4	0.01	0.01	0.05	0.04	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.05	0.02	0.08	0.14	0.10	0.10
C4'	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.03	0.06	0.02	0.02	0.04	0.06	0.03	0.06	0.02	0.00	0.01	0.04	0.07	0.01
C5	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.04	0.02	0.11	0.18	0.13	0.13
C5'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.07	0.08	0.06	0.04	0.09	0.09	0.05	0.06	0.04	0.01	0.01	0.09	0.07	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.04	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.05	0.03	0.11	0.19	0.14	0.14
C8	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.03	0.10	0.18	0.12	0.11
N1	0.02	0.00	0.07	0.05	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.08	0.03	0.10	0.17	0.12	0.13
N3	0.02	0.00	0.08	0.06	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.09	0.04	0.08	0.12	0.08	0.09
N6	0.01	0.01	0.04	0.05	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.06	0.03	0.12	0.22	0.17	0.15
N7	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.03	0.12	0.21	0.15	0.14
N9	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.03	0.01	0.07	0.13	0.08	0.08
O2'	0.01	0.12	0.00	0.03	0.06	0.06	0.05	0.06	0.07	0.03	0.10	0.11	0.06	0.02	0.02	0.00	0.06	0.03	0.06	0.08	0.14	0.07
O3'	0.02	0.09	0.03	0.01	0.05	0.02	0.04	0.04	0.05	0.07	0.08	0.09	0.06	0.06	0.03	0.06	0.00	0.02	0.11	0.13	0.21	0.12
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.01	0.03	0.02	0.00	0.07	0.10	0.06	0.07
O5'	0.04	0.09	0.04	0.08	0.08	0.01	0.11	0.01	0.11	0.10	0.10	0.08	0.12	0.12	0.07	0.06	0.11	0.07	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.08	0.14	0.10	0.10	0.14	0.04	0.18	0.09	0.19	0.18	0.17	0.12	0.22	0.21	0.13	0.08	0.13	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.05	0.10	0.12	0.16	0.10	0.07	0.13	0.07	0.14	0.12	0.12	0.08	0.17	0.15	0.08	0.14	0.21	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.11	0.04	0.07	0.10	0.01	0.13	0.01	0.14	0.11	0.13	0.09	0.15	0.14	0.08	0.07	0.12	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00