ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52428

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 6, 3, 2, 7, 3, 0, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.017, 0.038, 0.059, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.034, 0.057, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.034 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.040, 0.174, 0.308, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.174 std_dev=0.134
P A 0, 0.331, 0.532, 0.733, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.532 std_dev=0.201
O4' A 0, 0.008, 0.216, 0.425, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.216 std_dev=0.209
C2' A 0, -0.012, 0.204, 0.419, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.204 std_dev=0.215
C3' A 0, 0.009, 0.232, 0.455, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.232 std_dev=0.223
O5' A 0, 0.154, 0.384, 0.615, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.384 std_dev=0.230
OP1 A 0, 0.384, 0.618, 0.852, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.618 std_dev=0.234
O3' B 0, 0.353, 0.594, 0.836, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.594 std_dev=0.241
C1' B 0, 0.367, 0.622, 0.876, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.622 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.388, 0.644, 0.899, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.644 std_dev=0.255
N9 B 0, 0.381, 0.638, 0.896, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.638 std_dev=0.258
C4 B 0, 0.324, 0.601, 0.877, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.601 std_dev=0.277
C8 B 0, 0.432, 0.724, 1.017, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.724 std_dev=0.292
OP2 A 0, 0.380, 0.673, 0.965, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.673 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.362, 0.660, 0.958, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.660 std_dev=0.298
C4' A 0, -0.018, 0.296, 0.609, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.296 std_dev=0.313
N7 B 0, 0.422, 0.736, 1.050, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.736 std_dev=0.314
C2' B 0, 0.376, 0.698, 1.021, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.698 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.222, 0.557, 0.891, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.557 std_dev=0.334
O2' A 0, -0.010, 0.333, 0.675, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.333 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.325, 0.671, 1.017, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.671 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.368, 0.742, 1.116, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.742 std_dev=0.374
O4' B 0, 0.371, 0.752, 1.133, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.752 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.263, 0.649, 1.034, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.649 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.203, 0.591, 0.979, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.591 std_dev=0.388
N6 B 0, 0.347, 0.740, 1.133, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.740 std_dev=0.393
C5' A 0, -0.006, 0.499, 1.005, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.499 std_dev=0.506
C4' B 0, 0.343, 0.863, 1.384, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.863 std_dev=0.521
C5' B 0, 0.336, 1.146, 1.957, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.146 std_dev=0.810
OP1 B 0, 0.405, 1.282, 2.159, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.282 std_dev=0.877
O5' B 0, 0.329, 1.233, 2.137, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.233 std_dev=0.904
P B 0, 0.239, 1.525, 2.810, 4.641 max_d=4.641 avg_d=1.525 std_dev=1.285
OP2 B 0, 0.050, 1.768, 3.487, 5.422 max_d=5.422 avg_d=1.768 std_dev=1.718

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.19 0.18 0.14 0.10
C2 0.03 0.00 0.12 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.09 0.16 0.20 0.21 0.11 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.05 0.06 0.08 0.10 0.12 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.46 0.36 0.37 0.33
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.28 0.30 0.22
C4 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.08 0.20 0.19 0.10 0.10
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.09 0.08 0.10 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.18 0.18 0.10 0.11
C5' 0.03 0.12 0.05 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.22 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.07 0.17 0.18 0.11 0.11
C8 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.04 0.11 0.19 0.17 0.10 0.10
N1 0.02 0.00 0.10 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.12 0.18 0.19 0.10 0.11
N3 0.03 0.00 0.12 0.03 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.09 0.16 0.20 0.20 0.12 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.16 0.17 0.14 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.06 0.17 0.17 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.21 0.19 0.11 0.10
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.10 0.02 0.07 0.03 0.10 0.15 0.18 0.22 0.08 0.11 0.05 0.00 0.06 0.02 0.48 0.39 0.44 0.39
O3' 0.06 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.04 0.06 0.06 0.00 0.05 0.19 0.21 0.24 0.15
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.12 0.16 0.05 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.11 0.12 0.11 0.14
O5' 0.19 0.20 0.46 0.30 0.20 0.01 0.18 0.01 0.17 0.19 0.18 0.20 0.16 0.17 0.21 0.48 0.19 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.21 0.36 0.28 0.19 0.14 0.18 0.22 0.18 0.17 0.19 0.20 0.17 0.17 0.19 0.39 0.21 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.11 0.37 0.30 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.12 0.14 0.12 0.11 0.44 0.24 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.33 0.22 0.10 0.02 0.11 0.02 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.39 0.15 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.23 0.10 0.16 0.11 0.30 0.12 0.31 0.12 0.19 0.19 0.18 0.12 0.17 0.13 0.18 0.18 0.23 0.18 0.21 0.50 0.09
C2 0.24 0.15 0.18 0.31 0.18 0.53 0.18 0.66 0.16 0.23 0.15 0.16 0.16 0.21 0.21 0.12 0.23 0.42 0.54 0.48 0.18 0.49
C2' 0.11 0.20 0.23 0.16 0.14 0.12 0.13 0.10 0.13 0.14 0.15 0.20 0.12 0.15 0.12 0.39 0.14 0.11 0.14 0.18 0.70 0.28
C3' 0.16 0.14 0.12 0.09 0.15 0.16 0.21 0.11 0.16 0.30 0.11 0.12 0.20 0.30 0.20 0.23 0.09 0.19 0.11 0.18 0.79 0.31
C4 0.21 0.11 0.16 0.28 0.13 0.48 0.13 0.56 0.11 0.20 0.11 0.10 0.11 0.17 0.18 0.12 0.22 0.36 0.44 0.40 0.19 0.36
C4' 0.33 0.09 0.22 0.22 0.24 0.33 0.31 0.30 0.23 0.47 0.11 0.09 0.27 0.44 0.35 0.17 0.26 0.34 0.18 0.23 0.65 0.11
C5 0.24 0.10 0.22 0.34 0.16 0.55 0.15 0.68 0.12 0.22 0.10 0.13 0.12 0.19 0.21 0.11 0.24 0.40 0.57 0.51 0.21 0.52
C5' 0.52 0.23 0.43 0.34 0.45 0.42 0.53 0.37 0.44 0.69 0.30 0.27 0.49 0.66 0.56 0.40 0.34 0.48 0.30 0.29 0.59 0.10
C6 0.27 0.15 0.25 0.38 0.20 0.60 0.19 0.77 0.16 0.23 0.15 0.18 0.15 0.21 0.23 0.12 0.25 0.45 0.68 0.60 0.33 0.67
C8 0.19 0.13 0.17 0.28 0.11 0.42 0.11 0.48 0.09 0.18 0.11 0.11 0.09 0.16 0.16 0.11 0.22 0.29 0.38 0.36 0.24 0.29
N1 0.27 0.17 0.23 0.35 0.21 0.58 0.20 0.75 0.18 0.24 0.17 0.19 0.17 0.22 0.24 0.11 0.24 0.45 0.64 0.57 0.29 0.63
N3 0.21 0.14 0.15 0.26 0.15 0.48 0.15 0.57 0.13 0.21 0.14 0.12 0.14 0.19 0.19 0.14 0.22 0.37 0.43 0.40 0.19 0.35
N6 0.29 0.19 0.29 0.42 0.22 0.63 0.21 0.86 0.18 0.25 0.18 0.22 0.17 0.22 0.25 0.14 0.25 0.47 0.79 0.70 0.50 0.82
N7 0.23 0.10 0.23 0.35 0.14 0.53 0.14 0.65 0.11 0.21 0.10 0.11 0.11 0.18 0.19 0.12 0.24 0.37 0.55 0.49 0.20 0.50
N9 0.18 0.15 0.13 0.23 0.10 0.40 0.11 0.44 0.10 0.19 0.13 0.12 0.10 0.16 0.15 0.14 0.21 0.29 0.32 0.31 0.30 0.22
O2' 0.31 0.50 0.43 0.30 0.40 0.16 0.35 0.18 0.36 0.28 0.42 0.50 0.32 0.29 0.33 0.57 0.25 0.20 0.32 0.31 0.80 0.44
O3' 0.12 0.30 0.15 0.09 0.15 0.14 0.16 0.10 0.16 0.25 0.24 0.25 0.16 0.24 0.15 0.24 0.09 0.15 0.15 0.20 0.85 0.36
O4' 0.31 0.13 0.24 0.31 0.18 0.43 0.22 0.43 0.14 0.38 0.10 0.10 0.16 0.34 0.29 0.16 0.35 0.37 0.30 0.33 0.48 0.12
O5' 0.17 0.46 0.16 0.07 0.29 0.05 0.23 0.04 0.29 0.11 0.40 0.43 0.25 0.13 0.18 0.20 0.01 0.14 0.13 0.20 0.87 0.31
OP1 0.05 0.24 0.03 0.06 0.12 0.06 0.08 0.15 0.12 0.07 0.20 0.21 0.10 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.13 0.29 0.71 0.17
OP2 0.06 0.22 0.07 0.04 0.11 0.04 0.09 0.06 0.11 0.18 0.18 0.19 0.10 0.15 0.08 0.10 0.02 0.04 0.14 0.21 1.00 0.38
P 0.06 0.25 0.04 0.02 0.13 0.02 0.09 0.03 0.13 0.08 0.20 0.23 0.10 0.06 0.06 0.06 0.01 0.06 0.07 0.22 0.82 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.13 0.22 0.09
C2 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01 0.19 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.09 0.20 0.19 0.20 0.21 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.50 0.22
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.18 0.56 0.20
C4 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.06 0.10 0.08 0.12 0.14 0.10
C4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.13 0.18 0.03 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.14 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.09 0.17 0.10
C5' 0.02 0.23 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.05 0.26 0.15 0.21 0.06 0.22 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.15 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.08 0.08 0.11 0.22 0.11
C8 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.04 0.12 0.27 0.12 0.12 0.23
N1 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.13 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.15 0.13 0.16 0.24 0.17
N3 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.18 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.09 0.21 0.18 0.19 0.16 0.18
N6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.04 0.05 0.10 0.09 0.25 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.03 0.07 0.23 0.10 0.13 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.12 0.10
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.04 0.12 0.18 0.22 0.26 0.08 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.21 0.67 0.28
O3' 0.04 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.05 0.19 0.63 0.20
O4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.02 0.08 0.12 0.15 0.21 0.05 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.10 0.09 0.09
O5' 0.05 0.19 0.09 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.08 0.27 0.13 0.18 0.10 0.23 0.09 0.11 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.20 0.18 0.18 0.12 0.14 0.09 0.15 0.11 0.12 0.16 0.19 0.09 0.10 0.09 0.21 0.19 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.21 0.50 0.56 0.14 0.24 0.17 0.08 0.22 0.12 0.24 0.16 0.25 0.13 0.12 0.67 0.63 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.22 0.20 0.10 0.06 0.10 0.02 0.11 0.23 0.17 0.18 0.11 0.19 0.10 0.28 0.20 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00