ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52430

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 4, 6, 5, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C3' A 0, 0.029, 0.076, 0.123, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.076 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.027, 0.074, 0.122, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.074 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.043, 0.101, 0.160, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.101 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.030, 0.090, 0.150, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.090 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.054, 0.127, 0.200, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.127 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.057, 0.142, 0.227, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.142 std_dev=0.085
C5' A 0, 0.090, 0.200, 0.311, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.200 std_dev=0.110
O5' A 0, 0.097, 0.209, 0.321, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.209 std_dev=0.112
O3' B 0, 0.136, 0.292, 0.449, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.292 std_dev=0.157
P A 0, 0.121, 0.284, 0.446, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.284 std_dev=0.162
O2' B 0, 0.160, 0.327, 0.495, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.327 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.193, 0.368, 0.544, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.368 std_dev=0.176
OP1 A 0, 0.115, 0.296, 0.478, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.296 std_dev=0.181
C8 B 0, 0.176, 0.359, 0.541, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.359 std_dev=0.183
C3' B 0, 0.189, 0.376, 0.562, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.376 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.211, 0.412, 0.612, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.412 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.222, 0.423, 0.624, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.423 std_dev=0.201
N7 B 0, 0.175, 0.389, 0.602, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.389 std_dev=0.214
C4' B 0, 0.207, 0.437, 0.667, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.437 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.232, 0.469, 0.706, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.469 std_dev=0.237
OP2 A 0, 0.161, 0.400, 0.639, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.400 std_dev=0.239
O4' B 0, 0.253, 0.497, 0.741, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.497 std_dev=0.244
C5 B 0, 0.213, 0.459, 0.706, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.459 std_dev=0.246
C5' B 0, 0.188, 0.456, 0.724, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.456 std_dev=0.268
N3 B 0, 0.268, 0.539, 0.811, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.539 std_dev=0.272
C6 B 0, 0.235, 0.531, 0.828, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.531 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.286, 0.597, 0.909, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.597 std_dev=0.312
N6 B 0, 0.218, 0.543, 0.869, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.543 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.273, 0.598, 0.924, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.598 std_dev=0.326
O5' B 0, 0.283, 0.625, 0.966, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.625 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.333, 0.682, 1.030, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.682 std_dev=0.348
P B 0, 0.330, 0.695, 1.060, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.695 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.385, 0.841, 1.298, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.841 std_dev=0.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.15 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.11 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.14 0.05 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.15 0.05 0.05
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.16 0.05 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.13 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.16 0.05 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.14 0.05 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.17 0.06 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.15 0.05 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.12 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.13 0.06
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.12 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.15 0.06 0.04 0.14 0.04 0.15 0.04 0.16 0.13 0.16 0.14 0.17 0.15 0.12 0.06 0.04 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.10 0.11 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.13 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.04 0.06 0.07 0.22 0.07 0.10
C2 0.08 0.10 0.09 0.05 0.09 0.07 0.11 0.06 0.11 0.10 0.10 0.09 0.14 0.12 0.09 0.07 0.04 0.07 0.06 0.18 0.06 0.07
C2' 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.16 0.07 0.08 0.08 0.23 0.10 0.12
C3' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.20 0.06 0.09 0.10 0.26 0.11 0.14
C4 0.08 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07 0.04 0.07 0.06 0.18 0.06 0.07
C4' 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.15 0.03 0.06 0.09 0.24 0.08 0.11
C5 0.08 0.09 0.10 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.04 0.08 0.07 0.15 0.07 0.07
C5' 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.12 0.01 0.06 0.10 0.22 0.08 0.11
C6 0.09 0.11 0.11 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.09 0.10 0.05 0.10 0.08 0.14 0.08 0.07
C8 0.08 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.04 0.07 0.06 0.16 0.06 0.07
N1 0.09 0.10 0.10 0.05 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.09 0.08 0.04 0.09 0.07 0.16 0.07 0.07
N3 0.08 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.07 0.04 0.07 0.06 0.19 0.06 0.08
N6 0.11 0.13 0.12 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11 0.13 0.06 0.11 0.10 0.14 0.11 0.09
N7 0.09 0.10 0.11 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.05 0.09 0.08 0.14 0.08 0.07
N9 0.07 0.08 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.07 0.04 0.06 0.06 0.19 0.06 0.08
O2' 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.19 0.09 0.12 0.10 0.25 0.13 0.14
O3' 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.21 0.07 0.11 0.12 0.29 0.14 0.16
O4' 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.02 0.05 0.07 0.21 0.06 0.09
O5' 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.09 0.01 0.05 0.09 0.20 0.07 0.09
OP1 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.11 0.13 0.12 0.10
OP2 0.05 0.06 0.08 0.04 0.08 0.04 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.05 0.11 0.12 0.08 0.09 0.01 0.04 0.08 0.15 0.07 0.07
P 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.14 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.15 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.10 0.09 0.12 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.20 0.07 0.09
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.03 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.11 0.11 0.05
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.12 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.11 0.13 0.06
C5' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.11 0.09 0.14 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.02 0.09 0.16 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.10 0.07 0.14 0.05
N3 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.09 0.10 0.11 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.11 0.09 0.15 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.02 0.10 0.14 0.12 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.14 0.10 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.11 0.03 0.05 0.06 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.18 0.05 0.06
O3' 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.14 0.05 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.13 0.08 0.06
O5' 0.04 0.10 0.04 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.15 0.09 0.20 0.16 0.11 0.12 0.11 0.05 0.09 0.16 0.07 0.10 0.09 0.14 0.14 0.18 0.14 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.07 0.03 0.11 0.05 0.13 0.03 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.12 0.10 0.05 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.09 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00