ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52431

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 4, 1, 2, 6, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.037, 0.049, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.049 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.037, 0.051, 0.065, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.051 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.039, 0.056, 0.073, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.056 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.028, 0.045, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.045 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.056, 0.075, 0.093, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.075 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.046, 0.065, 0.084, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.065 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.044, 0.065, 0.085, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.065 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.052, 0.076, 0.100, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.076 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.064, 0.089, 0.113, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.089 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.066, 0.091, 0.115, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.091 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.158, 0.293, 0.428, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.293 std_dev=0.135
O4' A 0, 0.223, 0.376, 0.529, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.376 std_dev=0.153
C2' B 0, 0.366, 0.558, 0.749, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.558 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.325, 0.612, 0.899, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.612 std_dev=0.287
O2' A 0, 0.215, 0.503, 0.791, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.503 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.171, 0.505, 0.839, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.505 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.536, 0.881, 1.225, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.881 std_dev=0.344
O5' A 0, 0.708, 1.094, 1.480, 1.626 max_d=1.626 avg_d=1.094 std_dev=0.386
C1' B 0, 1.217, 1.612, 2.007, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.612 std_dev=0.395
C5' A 0, 0.703, 1.109, 1.514, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.109 std_dev=0.405
OP2 A 0, 1.214, 1.717, 2.221, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.717 std_dev=0.504
O3' B 0, 0.584, 1.093, 1.602, 1.664 max_d=1.664 avg_d=1.093 std_dev=0.509
P A 0, 0.969, 1.478, 1.988, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.478 std_dev=0.510
O3' A 0, 0.106, 0.666, 1.226, 3.030 max_d=3.030 avg_d=0.666 std_dev=0.560
C3' B 0, 0.933, 1.553, 2.173, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.553 std_dev=0.620
OP1 A 0, 1.558, 2.202, 2.846, 2.787 max_d=2.787 avg_d=2.202 std_dev=0.644
O5' B 0, 2.246, 2.982, 3.718, 3.746 max_d=3.746 avg_d=2.982 std_dev=0.736
C4' B 0, 1.771, 2.582, 3.393, 3.477 max_d=3.477 avg_d=2.582 std_dev=0.811
N9 B 0, 1.685, 2.500, 3.315, 4.056 max_d=4.056 avg_d=2.500 std_dev=0.815
C5' B 0, 2.837, 3.753, 4.670, 4.695 max_d=4.695 avg_d=3.753 std_dev=0.917
O4' B 0, 1.197, 2.128, 3.058, 3.192 max_d=3.192 avg_d=2.128 std_dev=0.930
C8 B 0, 1.245, 2.456, 3.666, 4.881 max_d=4.881 avg_d=2.456 std_dev=1.210
P B 0, 3.615, 4.848, 6.082, 6.434 max_d=6.434 avg_d=4.848 std_dev=1.234
OP2 B 0, 4.247, 5.559, 6.872, 7.012 max_d=7.012 avg_d=5.559 std_dev=1.312
C4 B 0, 2.844, 4.191, 5.538, 6.353 max_d=6.353 avg_d=4.191 std_dev=1.347
N3 B 0, 3.487, 5.125, 6.763, 7.617 max_d=7.617 avg_d=5.125 std_dev=1.638
N7 B 0, 2.258, 3.958, 5.658, 7.161 max_d=7.161 avg_d=3.958 std_dev=1.700
OP1 B 0, 4.154, 5.867, 7.580, 8.264 max_d=8.264 avg_d=5.867 std_dev=1.713
C5 B 0, 3.320, 5.033, 6.747, 7.945 max_d=7.945 avg_d=5.033 std_dev=1.713
C2 B 0, 4.693, 6.856, 9.019, 10.029 max_d=10.029 avg_d=6.856 std_dev=2.163
C6 B 0, 4.726, 6.953, 9.181, 10.408 max_d=10.408 avg_d=6.953 std_dev=2.228
N1 B 0, 5.375, 7.788, 10.201, 11.192 max_d=11.192 avg_d=7.788 std_dev=2.413
N6 B 0, 5.492, 8.137, 10.782, 12.320 max_d=12.320 avg_d=8.137 std_dev=2.645

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.10 0.08 0.14 0.07
C2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.15 0.03 0.18 0.17 0.18 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.09 0.08 0.04 0.12 0.14 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.17 0.25 0.19
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.18 0.15 0.18 0.14 0.19 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.09 0.06
C4 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.02 0.15 0.14 0.16 0.12
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.04 0.14 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.06 0.03 0.17 0.17 0.19 0.15
C5' 0.04 0.12 0.09 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.10 0.13 0.10 0.14 0.13 0.07 0.05 0.10 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.08 0.03 0.19 0.19 0.21 0.18
C8 0.02 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04 0.13 0.13 0.18 0.11
N1 0.03 0.00 0.12 0.18 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.11 0.03 0.20 0.19 0.20 0.18
N3 0.03 0.01 0.14 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.03 0.16 0.14 0.16 0.13
N6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.09 0.03 0.20 0.20 0.23 0.19
N7 0.03 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.14 0.09 0.04 0.17 0.17 0.21 0.15
N9 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.11 0.10 0.14 0.08
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.13 0.14 0.14 0.05 0.15 0.11 0.15 0.12 0.16 0.14 0.09 0.00 0.03 0.09 0.13 0.09 0.27 0.15
O3' 0.14 0.15 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.10 0.08 0.08 0.11 0.15 0.09 0.09 0.05 0.03 0.00 0.10 0.17 0.16 0.20 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.08 0.09 0.03
O5' 0.10 0.18 0.19 0.05 0.15 0.01 0.17 0.01 0.19 0.13 0.20 0.16 0.20 0.17 0.11 0.13 0.17 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.17 0.17 0.03 0.14 0.05 0.17 0.05 0.19 0.13 0.19 0.14 0.20 0.17 0.10 0.09 0.16 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.18 0.25 0.09 0.16 0.03 0.19 0.03 0.21 0.18 0.20 0.16 0.23 0.21 0.14 0.27 0.20 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.15 0.19 0.06 0.12 0.02 0.15 0.01 0.18 0.11 0.18 0.13 0.19 0.15 0.08 0.15 0.17 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 1.97 0.14 0.06 1.30 0.14 1.14 0.47 1.43 0.52 1.80 1.78 1.32 0.71 0.87 0.16 0.07 0.52 0.38 0.81 0.41 0.53
C2 0.89 2.80 0.12 0.10 1.87 0.14 1.94 0.32 2.42 1.12 2.82 2.31 2.46 1.49 1.28 0.23 0.13 0.63 0.16 0.52 0.19 0.22
C2' 0.71 1.82 0.20 0.13 1.14 0.10 0.96 0.52 1.24 0.38 1.64 1.63 1.12 0.53 0.74 0.19 0.13 0.43 0.50 0.90 0.59 0.64
C3' 0.67 1.48 0.18 0.09 0.91 0.13 0.67 0.54 0.89 0.18 1.26 1.36 0.74 0.26 0.58 0.23 0.10 0.39 0.55 0.92 0.69 0.70
C4 0.86 2.46 0.13 0.08 1.68 0.13 1.65 0.35 2.02 0.93 2.39 2.12 2.00 1.23 1.16 0.20 0.10 0.58 0.18 0.53 0.16 0.26
C4' 0.58 1.29 0.13 0.06 0.76 0.12 0.51 0.59 0.70 0.08 1.06 1.21 0.54 0.13 0.45 0.13 0.10 0.33 0.62 1.02 0.78 0.79
C5 0.83 2.50 0.12 0.12 1.74 0.13 1.78 0.29 2.16 1.07 2.48 2.12 2.18 1.40 1.21 0.21 0.16 0.55 0.13 0.36 0.25 0.15
C5' 0.40 0.79 0.11 0.05 0.38 0.13 0.13 0.62 0.24 0.29 0.54 0.77 0.16 0.30 0.17 0.16 0.10 0.19 0.70 0.97 0.89 0.83
C6 0.83 2.73 0.13 0.14 1.86 0.13 2.01 0.25 2.47 1.23 2.81 2.21 2.55 1.63 1.30 0.23 0.18 0.57 0.15 0.30 0.36 0.15
C8 0.78 1.92 0.12 0.09 1.37 0.14 1.30 0.36 1.54 0.74 1.82 1.74 1.49 0.95 0.97 0.17 0.11 0.47 0.19 0.45 0.16 0.25
N1 0.86 2.85 0.13 0.12 1.92 0.13 2.07 0.27 2.57 1.24 2.94 2.30 2.66 1.65 1.33 0.23 0.17 0.61 0.14 0.38 0.31 0.16
N3 0.88 2.63 0.13 0.08 1.76 0.15 1.74 0.36 2.17 0.97 2.57 2.23 2.16 1.29 1.20 0.21 0.09 0.62 0.21 0.61 0.18 0.30
N6 0.77 2.70 0.14 0.17 1.87 0.13 2.12 0.20 2.62 1.35 2.90 2.11 2.76 1.79 1.31 0.23 0.22 0.53 0.22 0.22 0.53 0.24
N7 0.78 2.15 0.12 0.14 1.56 0.14 1.58 0.29 1.87 0.97 2.12 1.90 1.86 1.24 1.11 0.20 0.18 0.47 0.13 0.31 0.25 0.14
N9 0.83 2.13 0.13 0.07 1.46 0.13 1.36 0.39 1.66 0.73 2.01 1.90 1.60 0.96 1.01 0.18 0.07 0.54 0.24 0.60 0.21 0.34
O2' 0.71 1.89 0.19 0.09 1.16 0.14 0.96 0.56 1.26 0.34 1.70 1.67 1.13 0.49 0.73 0.20 0.10 0.45 0.55 1.07 0.69 0.75
O3' 0.62 1.36 0.20 0.13 0.79 0.14 0.53 0.58 0.74 0.13 1.12 1.25 0.58 0.17 0.48 0.30 0.15 0.35 0.64 1.04 0.86 0.82
O4' 0.72 1.62 0.15 0.09 1.06 0.15 0.86 0.51 1.08 0.33 1.42 1.50 0.94 0.45 0.70 0.14 0.11 0.47 0.45 0.87 0.52 0.60
O5' 0.37 0.63 0.09 0.03 0.31 0.13 0.11 0.53 0.20 0.24 0.43 0.63 0.15 0.26 0.15 0.26 0.02 0.15 0.56 0.68 0.68 0.62
OP1 0.10 0.32 0.07 0.08 0.48 0.25 0.78 0.63 0.78 0.90 0.55 0.24 0.97 1.02 0.50 0.27 0.02 0.26 0.81 0.70 1.00 0.82
OP2 0.29 0.19 0.25 0.07 0.15 0.04 0.30 0.26 0.32 0.33 0.23 0.19 0.43 0.42 0.13 0.77 0.02 0.11 0.28 0.28 0.39 0.28
P 0.22 0.19 0.12 0.02 0.11 0.11 0.31 0.42 0.29 0.43 0.16 0.22 0.43 0.51 0.12 0.39 0.01 0.05 0.47 0.44 0.58 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.08 0.09 0.13 0.12
C2 0.03 0.00 0.26 0.22 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.28 0.14 0.21 0.36 0.45 0.40
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.17 0.10 0.15 0.19 0.27 0.07 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.39 0.45 0.47 0.37
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.26 0.01 0.35 0.02 0.35 0.35 0.30 0.18 0.40 0.39 0.24 0.02 0.01 0.03 0.08 0.20 0.12 0.08
C4 0.02 0.01 0.13 0.26 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.15 0.07 0.23 0.36 0.40 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.15 0.26 0.07 0.06 0.21 0.26 0.11 0.31 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.35 0.01 0.17 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.10 0.03 0.38 0.55 0.58 0.56
C5' 0.03 0.06 0.17 0.02 0.11 0.00 0.24 0.00 0.23 0.32 0.14 0.05 0.32 0.35 0.13 0.13 0.20 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.15 0.01 0.23 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.41 0.12 0.04 0.40 0.60 0.66 0.61
C8 0.02 0.02 0.15 0.35 0.01 0.26 0.02 0.32 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.41 0.18 0.15 0.39 0.50 0.44 0.52
N1 0.02 0.00 0.19 0.30 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.18 0.09 0.32 0.50 0.58 0.52
N3 0.03 0.00 0.27 0.18 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.31 0.15 0.15 0.27 0.34 0.31
N6 0.04 0.01 0.07 0.40 0.02 0.21 0.02 0.32 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.50 0.16 0.07 0.50 0.74 0.79 0.73
N7 0.02 0.02 0.10 0.39 0.00 0.26 0.01 0.35 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.49 0.20 0.11 0.48 0.65 0.64 0.65
N9 0.01 0.02 0.01 0.24 0.01 0.11 0.02 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.24 0.08 0.01 0.20 0.29 0.28 0.32
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.24 0.31 0.41 0.13 0.41 0.41 0.30 0.09 0.50 0.49 0.24 0.00 0.04 0.22 0.25 0.33 0.50 0.27
O3' 0.30 0.28 0.02 0.01 0.15 0.02 0.10 0.20 0.12 0.18 0.18 0.31 0.16 0.20 0.08 0.04 0.00 0.17 0.21 0.21 0.25 0.21
O4' 0.00 0.14 0.03 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.15 0.09 0.15 0.07 0.11 0.01 0.22 0.17 0.00 0.08 0.19 0.16 0.20
O5' 0.08 0.21 0.39 0.08 0.23 0.01 0.38 0.01 0.40 0.39 0.32 0.15 0.50 0.48 0.20 0.25 0.21 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.36 0.45 0.20 0.36 0.06 0.55 0.07 0.60 0.50 0.50 0.27 0.74 0.65 0.29 0.33 0.21 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.45 0.47 0.12 0.40 0.07 0.58 0.04 0.66 0.44 0.58 0.34 0.79 0.64 0.28 0.50 0.25 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.40 0.37 0.08 0.39 0.06 0.56 0.01 0.61 0.52 0.52 0.31 0.73 0.65 0.32 0.27 0.21 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00