ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52432

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 7, 1, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.004, 0.014, 0.032, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.014 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.020 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.016, 0.040, 0.065, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.017, 0.048, 0.080, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.048 std_dev=0.031
O2' B 0, 0.108, 0.298, 0.488, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.298 std_dev=0.190
C2' B 0, -0.014, 0.286, 0.587, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.286 std_dev=0.301
OP1 B 0, 0.042, 0.386, 0.730, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.386 std_dev=0.344
C5' B 0, -0.003, 0.371, 0.744, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.371 std_dev=0.373
C3' B 0, -0.083, 0.323, 0.729, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.323 std_dev=0.406
C4' B 0, -0.123, 0.389, 0.902, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.389 std_dev=0.513
O5' B 0, -0.130, 0.401, 0.932, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.401 std_dev=0.531
C2' A 0, -0.299, 0.264, 0.828, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.264 std_dev=0.564
O4' A 0, -0.326, 0.280, 0.885, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.280 std_dev=0.605
C1' B 0, -0.266, 0.470, 1.205, 2.846 max_d=2.846 avg_d=0.470 std_dev=0.735
O3' A 0, -0.329, 0.424, 1.178, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.424 std_dev=0.753
C3' A 0, -0.396, 0.372, 1.139, 2.673 max_d=2.673 avg_d=0.372 std_dev=0.767
O2' A 0, -0.451, 0.382, 1.214, 2.935 max_d=2.935 avg_d=0.382 std_dev=0.833
P B 0, -0.363, 0.518, 1.399, 3.222 max_d=3.222 avg_d=0.518 std_dev=0.881
O4' B 0, -0.329, 0.554, 1.437, 3.334 max_d=3.334 avg_d=0.554 std_dev=0.883
C4' A 0, -0.501, 0.407, 1.315, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.407 std_dev=0.908
O3' B 0, -0.505, 0.601, 1.707, 4.129 max_d=4.129 avg_d=0.601 std_dev=1.106
N9 B 0, -0.545, 0.637, 1.818, 4.460 max_d=4.460 avg_d=0.637 std_dev=1.182
C5' A 0, -0.772, 0.636, 2.043, 4.870 max_d=4.870 avg_d=0.636 std_dev=1.407
O5' A 0, -0.786, 0.622, 2.031, 4.909 max_d=4.909 avg_d=0.622 std_dev=1.408
C4 B 0, -0.713, 0.803, 2.318, 5.673 max_d=5.673 avg_d=0.803 std_dev=1.516
OP2 B 0, -0.820, 0.741, 2.301, 5.421 max_d=5.421 avg_d=0.741 std_dev=1.560
C8 B 0, -0.820, 0.792, 2.404, 5.898 max_d=5.898 avg_d=0.792 std_dev=1.612
N3 B 0, -0.749, 0.920, 2.588, 6.217 max_d=6.217 avg_d=0.920 std_dev=1.669
C5 B 0, -0.984, 0.960, 2.904, 7.146 max_d=7.146 avg_d=0.960 std_dev=1.944
P A 0, -1.157, 0.870, 2.898, 7.063 max_d=7.063 avg_d=0.870 std_dev=2.028
C2 B 0, -0.944, 1.107, 3.158, 7.613 max_d=7.613 avg_d=1.107 std_dev=2.051
N7 B 0, -1.090, 0.991, 3.073, 7.548 max_d=7.548 avg_d=0.991 std_dev=2.082
OP2 A 0, -1.191, 0.941, 3.073, 7.469 max_d=7.469 avg_d=0.941 std_dev=2.132
N1 B 0, -1.107, 1.189, 3.485, 8.494 max_d=8.494 avg_d=1.189 std_dev=2.296
C6 B 0, -1.175, 1.138, 3.450, 8.478 max_d=8.478 avg_d=1.138 std_dev=2.313
OP1 A 0, -1.428, 1.103, 3.634, 8.818 max_d=8.818 avg_d=1.103 std_dev=2.531
N6 B 0, -1.461, 1.337, 4.135, 10.166 max_d=10.166 avg_d=1.337 std_dev=2.798

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.24 0.00 0.03 0.05 0.08 0.04
C2 0.04 0.00 0.33 0.31 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.25 0.30 0.38 0.76 0.41
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.12 0.15 0.18 0.26 0.33 0.10 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.21 0.14 0.21 0.20
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.26 0.00 0.29 0.03 0.33 0.17 0.34 0.27 0.34 0.24 0.17 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.18 0.14
C4 0.02 0.00 0.17 0.26 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.12 0.27 0.31 0.55 0.33
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.11 0.22 0.05 0.06 0.15 0.22 0.10 0.20 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.06 0.04 0.38 0.43 0.69 0.46
C5' 0.02 0.08 0.12 0.03 0.13 0.00 0.24 0.00 0.23 0.29 0.15 0.05 0.29 0.33 0.14 0.05 0.16 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.33 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.09 0.42 0.51 0.86 0.54
C8 0.02 0.01 0.18 0.17 0.01 0.22 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.36 0.07 0.17 0.29 0.28 0.28 0.27
N1 0.03 0.00 0.26 0.34 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.18 0.38 0.48 0.88 0.51
N3 0.05 0.00 0.33 0.27 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.25 0.23 0.29 0.60 0.31
N6 0.01 0.02 0.10 0.34 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.11 0.05 0.47 0.60 0.94 0.63
N7 0.02 0.01 0.10 0.24 0.00 0.22 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.34 0.08 0.11 0.40 0.43 0.55 0.44
N9 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.08 0.01 0.19 0.20 0.29 0.19
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.07 0.20 0.20 0.05 0.15 0.36 0.05 0.14 0.22 0.34 0.16 0.00 0.03 0.18 0.15 0.09 0.30 0.18
O3' 0.24 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.16 0.08 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.03 0.00 0.15 0.21 0.47 0.37 0.34
O4' 0.00 0.25 0.01 0.01 0.12 0.00 0.04 0.01 0.09 0.17 0.18 0.25 0.05 0.11 0.01 0.18 0.15 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06
O5' 0.03 0.30 0.21 0.09 0.27 0.02 0.38 0.01 0.42 0.29 0.38 0.23 0.47 0.40 0.19 0.15 0.21 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.38 0.14 0.18 0.31 0.06 0.43 0.03 0.51 0.28 0.48 0.29 0.60 0.43 0.20 0.09 0.47 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.76 0.21 0.18 0.55 0.07 0.69 0.02 0.86 0.28 0.88 0.60 0.94 0.55 0.29 0.30 0.37 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.41 0.20 0.14 0.33 0.03 0.46 0.01 0.54 0.27 0.51 0.31 0.63 0.44 0.19 0.18 0.34 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.89 0.06 0.16 0.53 0.50 0.29 0.34 0.41 0.11 0.69 0.87 0.27 0.11 0.32 0.12 0.20 0.69 0.22 0.08 0.92 0.38
C2 0.41 0.58 0.11 0.17 0.38 0.50 0.23 0.35 0.29 0.09 0.46 0.58 0.20 0.09 0.28 0.14 0.07 0.67 0.32 0.18 1.37 0.57
C2' 1.03 1.62 0.54 0.23 1.22 0.81 1.00 0.60 1.15 0.58 1.44 1.58 1.01 0.64 0.95 0.61 0.06 1.14 0.19 0.20 0.57 0.06
C3' 0.48 1.26 0.08 0.36 0.77 0.17 0.59 0.04 0.77 0.15 1.08 1.16 0.66 0.24 0.47 0.18 0.61 0.52 0.36 0.31 1.00 0.52
C4 0.42 0.60 0.09 0.14 0.38 0.53 0.22 0.37 0.28 0.08 0.46 0.60 0.18 0.09 0.26 0.15 0.07 0.68 0.28 0.12 1.20 0.50
C4' 0.06 0.59 0.32 0.60 0.15 0.11 0.10 0.21 0.10 0.48 0.39 0.52 0.10 0.43 0.13 0.25 0.77 0.10 0.58 0.41 1.13 0.69
C5 0.31 0.36 0.15 0.13 0.23 0.50 0.11 0.35 0.14 0.09 0.25 0.37 0.10 0.11 0.16 0.12 0.14 0.58 0.33 0.15 1.30 0.57
C5' 0.37 0.28 0.51 0.84 0.17 0.46 0.34 0.54 0.19 0.70 0.14 0.21 0.29 0.63 0.41 0.40 1.03 0.31 0.81 0.63 1.25 0.89
C6 0.26 0.25 0.18 0.15 0.17 0.44 0.09 0.31 0.10 0.08 0.17 0.27 0.10 0.11 0.13 0.11 0.17 0.52 0.37 0.21 1.47 0.65
C8 0.35 0.47 0.09 0.10 0.28 0.54 0.13 0.35 0.18 0.14 0.34 0.49 0.11 0.15 0.17 0.14 0.12 0.60 0.25 0.07 0.96 0.42
N1 0.32 0.38 0.16 0.16 0.25 0.45 0.14 0.32 0.17 0.08 0.29 0.39 0.12 0.09 0.20 0.12 0.11 0.59 0.35 0.22 1.46 0.63
N3 0.46 0.71 0.08 0.16 0.46 0.53 0.28 0.37 0.36 0.09 0.56 0.70 0.25 0.09 0.32 0.15 0.09 0.72 0.28 0.14 1.25 0.51
N6 0.15 0.07 0.24 0.14 0.07 0.36 0.11 0.25 0.12 0.10 0.09 0.08 0.17 0.14 0.06 0.10 0.25 0.39 0.42 0.27 1.58 0.72
N7 0.25 0.25 0.16 0.10 0.15 0.52 0.08 0.35 0.09 0.13 0.16 0.28 0.10 0.16 0.10 0.12 0.22 0.52 0.32 0.10 1.15 0.52
N9 0.44 0.69 0.06 0.13 0.42 0.54 0.23 0.37 0.31 0.10 0.52 0.69 0.20 0.11 0.27 0.15 0.09 0.69 0.24 0.08 1.02 0.43
O2' 1.37 1.99 0.76 0.50 1.58 1.15 1.36 1.01 1.51 0.92 1.81 1.94 1.36 0.98 1.30 0.68 0.21 1.55 0.59 0.60 0.14 0.40
O3' 0.47 1.27 0.07 0.39 0.78 0.18 0.62 0.07 0.81 0.20 1.11 1.15 0.71 0.29 0.48 0.13 0.73 0.56 0.28 0.23 0.89 0.41
O4' 0.08 0.39 0.39 0.51 0.07 0.12 0.27 0.11 0.16 0.61 0.18 0.37 0.31 0.60 0.24 0.32 0.53 0.19 0.53 0.30 1.11 0.64
O5' 0.17 0.47 0.29 0.73 0.13 0.39 0.11 0.54 0.15 0.39 0.35 0.39 0.12 0.31 0.17 0.14 0.87 0.20 0.78 0.63 1.25 0.88
OP1 0.51 0.19 0.37 0.95 0.17 0.90 0.19 0.98 0.07 0.49 0.15 0.08 0.08 0.38 0.38 0.13 1.24 0.71 0.99 0.89 1.31 1.05
OP2 0.14 0.81 0.23 0.49 0.54 0.53 0.53 0.80 0.67 0.21 0.79 0.70 0.66 0.35 0.31 0.60 0.58 0.21 0.80 0.82 1.26 0.95
P 0.37 0.27 0.29 0.88 0.05 0.77 0.09 0.89 0.06 0.38 0.21 0.17 0.05 0.27 0.26 0.11 1.08 0.55 0.95 0.83 1.32 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.07 0.13 0.11 0.06
C2 0.04 0.00 0.22 0.06 0.01 0.29 0.00 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.21 0.37 0.22 0.58 0.19 0.24
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.10 0.12 0.10 0.18 0.21 0.10 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.24 0.15 0.31 0.26
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.12 0.01 0.22 0.03 0.20 0.28 0.13 0.04 0.25 0.30 0.15 0.02 0.00 0.01 0.04 0.15 0.17 0.05
C4 0.02 0.01 0.12 0.12 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.19 0.07 0.26 0.34 0.04
C4' 0.00 0.29 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.29 0.19 0.29 0.04 0.22 0.07 0.21 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.19 0.09 0.64 0.20
C5' 0.02 0.38 0.10 0.03 0.13 0.01 0.06 0.00 0.07 0.37 0.25 0.37 0.07 0.31 0.07 0.11 0.17 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.15 0.13 0.19 0.63 0.14
C8 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.29 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.10 0.22 0.42 0.31 0.75 0.45
N1 0.03 0.00 0.18 0.13 0.01 0.19 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.27 0.11 0.43 0.41 0.09
N3 0.04 0.00 0.21 0.04 0.00 0.29 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.24 0.37 0.24 0.54 0.11 0.25
N6 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.09 0.23 0.09 0.83 0.27
N7 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.22 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.11 0.13 0.42 0.28 0.91 0.47
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.01 0.12 0.07 0.36 0.11
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.05 0.21 0.15 0.11 0.09 0.40 0.12 0.25 0.16 0.35 0.15 0.00 0.04 0.13 0.15 0.05 0.37 0.20
O3' 0.22 0.21 0.02 0.00 0.12 0.01 0.02 0.17 0.03 0.10 0.12 0.24 0.05 0.11 0.08 0.04 0.00 0.13 0.21 0.49 0.15 0.27
O4' 0.00 0.37 0.03 0.01 0.19 0.00 0.07 0.01 0.15 0.22 0.27 0.37 0.09 0.13 0.01 0.13 0.13 0.00 0.06 0.16 0.12 0.05
O5' 0.07 0.22 0.24 0.04 0.07 0.02 0.19 0.01 0.13 0.42 0.11 0.24 0.23 0.42 0.12 0.15 0.21 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.58 0.15 0.15 0.26 0.04 0.09 0.07 0.19 0.31 0.43 0.54 0.09 0.28 0.07 0.05 0.49 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.19 0.31 0.17 0.34 0.11 0.64 0.12 0.63 0.75 0.41 0.11 0.83 0.91 0.36 0.37 0.15 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.24 0.26 0.05 0.04 0.02 0.20 0.01 0.14 0.45 0.09 0.25 0.27 0.47 0.11 0.20 0.27 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00