Doublet Group distance statistics: 52434

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 4, 5, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.016, 0.022, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.022 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.029, 0.042, 0.055, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.042 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.035, 0.052, 0.068, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.052 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.044, 0.063, 0.082, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.063 std_dev=0.019
C4	A	0, 0.042, 0.062, 0.081, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.062 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.056, 0.081, 0.107, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.081 std_dev=0.026
C8	A	0, 0.053, 0.079, 0.105, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.079 std_dev=0.026
C2	A	0, 0.057, 0.087, 0.117, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.087 std_dev=0.030
N6	A	0, 0.065, 0.099, 0.132, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.099 std_dev=0.033
N3	A	0, 0.065, 0.099, 0.133, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.099 std_dev=0.034
C1'	A	0, 0.065, 0.100, 0.134, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.100 std_dev=0.035
O4'	A	0, 0.125, 0.173, 0.221, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.173 std_dev=0.048
C2'	A	0, 0.179, 0.253, 0.327, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.253 std_dev=0.074
C4'	A	0, 0.208, 0.300, 0.392, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.300 std_dev=0.092
O2'	A	0, 0.264, 0.365, 0.466, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.365 std_dev=0.101
C3'	A	0, 0.204, 0.307, 0.410, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.307 std_dev=0.103
C5'	A	0, 0.265, 0.383, 0.502, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.383 std_dev=0.118
O3'	A	0, 0.377, 0.549, 0.722, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.549 std_dev=0.173
O2'	B	0, 0.336, 0.515, 0.693, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.515 std_dev=0.178
C1'	B	0, 0.613, 0.921, 1.228, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.921 std_dev=0.307
C8	B	0, 0.595, 0.907, 1.220, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.907 std_dev=0.312
N9	B	0, 0.595, 0.912, 1.228, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.912 std_dev=0.316
C2'	B	0, 0.671, 0.993, 1.316, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.993 std_dev=0.323
N7	B	0, 0.650, 1.007, 1.365, 1.333 max_d=1.333 avg_d=1.007 std_dev=0.357
C4	B	0, 0.638, 1.000, 1.361, 1.293 max_d=1.293 avg_d=1.000 std_dev=0.362
O4'	B	0, 0.724, 1.096, 1.467, 1.464 max_d=1.464 avg_d=1.096 std_dev=0.371
C5	B	0, 0.669, 1.053, 1.437, 1.392 max_d=1.392 avg_d=1.053 std_dev=0.384
O5'	B	0, 0.793, 1.180, 1.567, 1.474 max_d=1.474 avg_d=1.180 std_dev=0.387
N3	B	0, 0.669, 1.060, 1.452, 1.355 max_d=1.355 avg_d=1.060 std_dev=0.391
P	B	0, 0.840, 1.231, 1.623, 1.516 max_d=1.516 avg_d=1.231 std_dev=0.391
C5'	B	0, 0.747, 1.141, 1.535, 1.590 max_d=1.590 avg_d=1.141 std_dev=0.394
C2	B	0, 0.737, 1.162, 1.588, 1.519 max_d=1.519 avg_d=1.162 std_dev=0.426
C6	B	0, 0.740, 1.175, 1.609, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.175 std_dev=0.435
N1	B	0, 0.775, 1.221, 1.667, 1.627 max_d=1.627 avg_d=1.221 std_dev=0.446
N6	B	0, 0.804, 1.274, 1.745, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.274 std_dev=0.471
C4'	B	0, 1.043, 1.567, 2.091, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.567 std_dev=0.524
O5'	A	0, 1.183, 1.808, 2.432, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.808 std_dev=0.625
C3'	B	0, 1.462, 2.207, 2.953, 2.713 max_d=2.713 avg_d=2.207 std_dev=0.746
OP2	B	0, 1.603, 2.385, 3.166, 2.951 max_d=2.951 avg_d=2.385 std_dev=0.781
OP1	B	0, 1.723, 2.607, 3.491, 3.107 max_d=3.107 avg_d=2.607 std_dev=0.884
O3'	B	0, 2.339, 3.582, 4.825, 4.286 max_d=4.286 avg_d=3.582 std_dev=1.243
P	A	0, 2.535, 3.906, 5.277, 4.652 max_d=4.652 avg_d=3.906 std_dev=1.371
OP2	A	0, 3.375, 5.176, 6.978, 6.052 max_d=6.052 avg_d=5.176 std_dev=1.801
OP1	A	0, 3.623, 5.625, 7.627, 6.679 max_d=6.679 avg_d=5.625 std_dev=2.002

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.34	0.23	0.22
C2	0.05	0.00	0.11	0.11	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.14	0.02	0.31	0.64	0.76	0.55
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.10	0.11	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.16	0.54	0.16	0.26
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.07	0.00	0.06	0.01	0.08	0.04	0.10	0.11	0.06	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.19	0.65	0.11	0.29
C4	0.03	0.00	0.06	0.07	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.08	0.01	0.31	0.60	0.72	0.52
C4'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.05	0.04	0.06	0.04	0.05	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.23	0.26	0.06
C5	0.01	0.00	0.05	0.06	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.08	0.03	0.34	0.66	0.93	0.62
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.07	0.08	0.06	0.04	0.10	0.10	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.22	0.24	0.01
C6	0.02	0.00	0.07	0.08	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.02	0.35	0.70	1.00	0.66
C8	0.02	0.00	0.02	0.04	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.04	0.33	0.57	0.79	0.55
N1	0.04	0.00	0.10	0.10	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.13	0.01	0.34	0.69	0.91	0.62
N3	0.05	0.00	0.11	0.11	0.00	0.06	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.13	0.03	0.29	0.59	0.64	0.48
N6	0.01	0.00	0.06	0.06	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.07	0.09	0.04	0.35	0.72	1.11	0.70
N7	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.05	0.04	0.35	0.64	0.99	0.64
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.28	0.53	0.58	0.45
O2'	0.00	0.13	0.00	0.01	0.06	0.02	0.05	0.02	0.08	0.02	0.12	0.12	0.07	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.04	0.32	0.24	0.09
O3'	0.00	0.14	0.01	0.00	0.08	0.01	0.08	0.01	0.10	0.04	0.13	0.13	0.09	0.05	0.03	0.03	0.00	0.01	0.11	0.66	0.28	0.19
O4'	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.04	0.01	0.03	0.04	0.04	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.16	0.13	0.09
O5'	0.14	0.31	0.16	0.19	0.31	0.01	0.34	0.01	0.35	0.33	0.34	0.29	0.35	0.35	0.28	0.04	0.11	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.34	0.64	0.54	0.65	0.60	0.23	0.66	0.22	0.70	0.57	0.69	0.59	0.72	0.64	0.53	0.32	0.66	0.16	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.23	0.76	0.16	0.11	0.72	0.26	0.93	0.24	1.00	0.79	0.91	0.64	1.11	0.99	0.58	0.24	0.28	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.22	0.55	0.26	0.29	0.52	0.06	0.62	0.01	0.66	0.55	0.62	0.48	0.70	0.64	0.45	0.09	0.19	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.10	0.15	0.15	0.12	0.12	0.20	0.12	0.23	0.17	0.18	0.07	0.28	0.22	0.12	0.13	0.11	0.10	0.21	0.53	0.12	0.33
C2	0.14	0.25	0.20	0.34	0.13	0.18	0.07	0.08	0.09	0.08	0.19	0.22	0.15	0.11	0.10	0.07	0.29	0.10	0.09	0.61	0.29	0.24
C2'	0.10	0.09	0.15	0.15	0.10	0.13	0.16	0.11	0.19	0.15	0.16	0.07	0.24	0.18	0.10	0.14	0.11	0.10	0.20	0.49	0.10	0.32
C3'	0.10	0.13	0.14	0.13	0.12	0.13	0.17	0.12	0.20	0.16	0.18	0.10	0.23	0.19	0.12	0.16	0.12	0.10	0.24	0.44	0.11	0.35
C4	0.15	0.19	0.21	0.32	0.10	0.19	0.08	0.09	0.10	0.10	0.10	0.20	0.20	0.15	0.09	0.07	0.26	0.12	0.11	0.54	0.20	0.27
C4'	0.15	0.21	0.11	0.14	0.22	0.12	0.27	0.19	0.28	0.24	0.26	0.19	0.30	0.28	0.21	0.21	0.24	0.14	0.34	0.52	0.21	0.43
C5	0.18	0.24	0.24	0.40	0.16	0.24	0.08	0.11	0.08	0.09	0.16	0.24	0.12	0.10	0.13	0.06	0.38	0.16	0.09	0.51	0.22	0.25
C5'	0.17	0.22	0.14	0.20	0.24	0.14	0.28	0.22	0.28	0.27	0.25	0.20	0.30	0.29	0.23	0.23	0.27	0.16	0.40	0.49	0.32	0.48
C6	0.18	0.28	0.23	0.43	0.20	0.24	0.14	0.11	0.16	0.09	0.24	0.27	0.12	0.08	0.16	0.07	0.44	0.15	0.08	0.53	0.29	0.23
C8	0.17	0.13	0.24	0.31	0.07	0.23	0.10	0.10	0.11	0.12	0.08	0.16	0.18	0.15	0.10	0.06	0.28	0.16	0.15	0.44	0.11	0.29
N1	0.16	0.28	0.21	0.39	0.18	0.21	0.11	0.09	0.15	0.07	0.25	0.26	0.11	0.07	0.13	0.07	0.38	0.12	0.08	0.58	0.32	0.23
N3	0.13	0.20	0.20	0.30	0.09	0.17	0.09	0.08	0.11	0.10	0.11	0.19	0.24	0.16	0.09	0.08	0.23	0.10	0.11	0.59	0.24	0.26
N6	0.20	0.29	0.22	0.47	0.24	0.27	0.20	0.13	0.23	0.13	0.27	0.28	0.18	0.13	0.19	0.08	0.53	0.18	0.09	0.49	0.32	0.21
N7	0.21	0.20	0.27	0.42	0.15	0.28	0.07	0.12	0.08	0.11	0.12	0.22	0.11	0.11	0.15	0.06	0.43	0.19	0.10	0.44	0.15	0.27
N9	0.14	0.12	0.21	0.26	0.06	0.18	0.13	0.09	0.15	0.13	0.09	0.14	0.23	0.18	0.09	0.08	0.19	0.12	0.15	0.50	0.14	0.29
O2'	0.11	0.15	0.12	0.11	0.15	0.10	0.20	0.13	0.23	0.17	0.21	0.11	0.27	0.21	0.14	0.17	0.16	0.11	0.23	0.53	0.11	0.33
O3'	0.11	0.16	0.13	0.12	0.15	0.12	0.18	0.13	0.21	0.16	0.20	0.13	0.24	0.19	0.13	0.18	0.14	0.11	0.26	0.42	0.12	0.36
O4'	0.13	0.20	0.12	0.12	0.22	0.12	0.28	0.17	0.30	0.25	0.26	0.16	0.32	0.29	0.20	0.18	0.21	0.13	0.30	0.56	0.17	0.40
O5'	0.14	0.20	0.14	0.12	0.13	0.12	0.11	0.13	0.12	0.10	0.16	0.20	0.11	0.10	0.12	0.15	0.20	0.14	0.20	0.24	0.10	0.24
OP1	0.35	0.42	0.17	0.27	0.30	0.32	0.20	0.30	0.21	0.18	0.31	0.44	0.16	0.15	0.27	0.23	0.43	0.39	0.30	0.25	0.15	0.28
OP2	0.52	0.24	0.72	0.69	0.42	0.66	0.49	0.67	0.39	0.67	0.26	0.28	0.43	0.64	0.55	0.47	0.57	0.56	0.61	0.64	0.77	0.60
P	0.17	0.24	0.28	0.20	0.15	0.20	0.14	0.19	0.13	0.22	0.17	0.23	0.14	0.20	0.16	0.20	0.17	0.18	0.15	0.12	0.20	0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.17	0.00	0.11	0.34	0.03	0.16
C2	0.01	0.00	0.06	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.24	0.04	0.06	0.48	0.27	0.12
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.13	0.04	0.03	0.05	0.05	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.27	0.33	0.18	0.31
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.09	0.00	0.16	0.01	0.15	0.21	0.09	0.03	0.18	0.22	0.12	0.01	0.00	0.01	0.02	0.08	0.04	0.03
C4	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.12	0.02	0.05	0.47	0.25	0.12
C4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.03	0.08	0.01	0.02	0.05	0.08	0.04	0.15	0.01	0.00	0.01	0.04	0.09	0.02
C5	0.00	0.00	0.03	0.16	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.02	0.02	0.05	0.52	0.37	0.10
C5'	0.06	0.04	0.13	0.01	0.03	0.01	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.05	0.03	0.04	0.03	0.02	0.11	0.01	0.01	0.06	0.18	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.15	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.18	0.05	0.03	0.05	0.54	0.41	0.10
C8	0.00	0.00	0.03	0.21	0.00	0.08	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.13	0.12	0.02	0.05	0.50	0.30	0.12
N1	0.01	0.00	0.05	0.09	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.17	0.15	0.04	0.04	0.52	0.35	0.11
N3	0.01	0.00	0.05	0.03	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.26	0.04	0.07	0.45	0.20	0.13
N6	0.00	0.01	0.03	0.18	0.00	0.05	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.19	0.04	0.02	0.08	0.56	0.48	0.09
N7	0.00	0.00	0.02	0.22	0.00	0.08	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.12	0.01	0.08	0.54	0.42	0.10
N9	0.00	0.00	0.01	0.12	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.05	0.00	0.05	0.44	0.18	0.14
O2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.14	0.15	0.17	0.02	0.18	0.13	0.17	0.12	0.19	0.17	0.11	0.00	0.02	0.10	0.23	0.25	0.20	0.28
O3'	0.17	0.24	0.01	0.00	0.12	0.01	0.02	0.11	0.05	0.12	0.15	0.26	0.04	0.12	0.05	0.02	0.00	0.12	0.11	0.31	0.15	0.16
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.04	0.02	0.01	0.00	0.10	0.12	0.00	0.02	0.25	0.04	0.07
O5'	0.11	0.06	0.27	0.02	0.05	0.01	0.05	0.01	0.05	0.05	0.04	0.07	0.08	0.08	0.05	0.23	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.34	0.48	0.33	0.08	0.47	0.04	0.52	0.06	0.54	0.50	0.52	0.45	0.56	0.54	0.44	0.25	0.31	0.25	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.03	0.27	0.18	0.04	0.25	0.09	0.37	0.18	0.41	0.30	0.35	0.20	0.48	0.42	0.18	0.20	0.15	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.16	0.12	0.31	0.03	0.12	0.02	0.10	0.01	0.10	0.12	0.11	0.13	0.09	0.10	0.14	0.28	0.16	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00