ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52435

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 6, 2, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.003, 0.026, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.040 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.033, 0.142, 0.250, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.142 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.086, 0.206, 0.326, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.206 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.121, 0.294, 0.467, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.294 std_dev=0.173
O2' A 0, 0.123, 0.300, 0.476, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.300 std_dev=0.176
C3' A 0, 0.135, 0.357, 0.579, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.357 std_dev=0.222
O2' B 0, 0.531, 0.758, 0.985, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.758 std_dev=0.227
C3' B 0, 0.468, 0.719, 0.969, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.719 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.176, 0.455, 0.734, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.455 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.333, 0.617, 0.901, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.617 std_dev=0.284
O3' B 0, 0.444, 0.746, 1.047, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.746 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.368, 0.677, 0.987, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.677 std_dev=0.309
O3' A 0, 0.236, 0.547, 0.858, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.547 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.570, 0.906, 1.242, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.906 std_dev=0.336
N9 B 0, 0.588, 0.940, 1.292, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.940 std_dev=0.352
O4' B 0, 0.563, 0.946, 1.330, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.946 std_dev=0.384
P A 0, 0.285, 0.669, 1.053, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.669 std_dev=0.384
C5' B 0, 0.867, 1.282, 1.696, 1.759 max_d=1.759 avg_d=1.282 std_dev=0.415
N3 B 0, 0.719, 1.153, 1.586, 1.733 max_d=1.733 avg_d=1.153 std_dev=0.434
OP2 A 0, 0.325, 0.760, 1.194, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.760 std_dev=0.435
C4 B 0, 0.621, 1.057, 1.494, 1.743 max_d=1.743 avg_d=1.057 std_dev=0.436
C8 B 0, 0.946, 1.389, 1.833, 1.854 max_d=1.854 avg_d=1.389 std_dev=0.443
O5' A 0, 0.120, 0.608, 1.096, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.608 std_dev=0.488
C5 B 0, 0.956, 1.466, 1.975, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.466 std_dev=0.509
O5' B 0, 0.895, 1.412, 1.929, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.412 std_dev=0.517
P B 0, 1.229, 1.750, 2.271, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.750 std_dev=0.521
N7 B 0, 1.183, 1.707, 2.232, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.707 std_dev=0.525
OP1 A 0, 0.411, 0.948, 1.485, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.948 std_dev=0.537
C2 B 0, 0.873, 1.452, 2.032, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.452 std_dev=0.579
OP2 B 0, 0.561, 1.157, 1.753, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.157 std_dev=0.596
C6 B 0, 1.052, 1.713, 2.374, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.713 std_dev=0.661
N1 B 0, 0.904, 1.630, 2.356, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.630 std_dev=0.726
N6 B 0, 1.434, 2.188, 2.942, 3.048 max_d=3.048 avg_d=2.188 std_dev=0.754
OP1 B 0, 1.913, 3.307, 4.702, 4.484 max_d=4.484 avg_d=3.307 std_dev=1.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.19 0.10 0.28 0.15
C2 0.05 0.00 0.16 0.17 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.22 0.04 0.40 0.15 0.24 0.17
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.04 0.07 0.04 0.11 0.08 0.14 0.15 0.11 0.06 0.04 0.01 0.06 0.02 0.23 0.15 0.20 0.07
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.18 0.19 0.18 0.16 0.21 0.18 0.11 0.02 0.01 0.01 0.26 0.28 0.18 0.11
C4 0.03 0.01 0.09 0.13 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.42 0.15 0.23 0.16
C4' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.11 0.07 0.07 0.03 0.02 0.02 0.14 0.29 0.11
C5 0.02 0.02 0.07 0.15 0.00 0.10 0.00 0.14 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.18 0.03 0.54 0.24 0.29 0.26
C5' 0.03 0.11 0.04 0.03 0.10 0.00 0.14 0.00 0.16 0.16 0.14 0.09 0.20 0.17 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.28 0.30 0.01
C6 0.04 0.01 0.11 0.18 0.02 0.12 0.03 0.16 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.22 0.05 0.56 0.27 0.33 0.30
C8 0.02 0.02 0.08 0.19 0.01 0.12 0.01 0.16 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.20 0.04 0.55 0.21 0.23 0.23
N1 0.05 0.01 0.14 0.18 0.02 0.11 0.02 0.14 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.22 0.04 0.49 0.22 0.29 0.24
N3 0.05 0.01 0.15 0.16 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.20 0.04 0.33 0.11 0.22 0.13
N6 0.05 0.02 0.11 0.21 0.03 0.14 0.04 0.20 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.07 0.05 0.08 0.25 0.06 0.63 0.34 0.41 0.38
N7 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.11 0.01 0.17 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.21 0.04 0.61 0.28 0.32 0.32
N9 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.39 0.12 0.23 0.13
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.04 0.14 0.16 0.08 0.03 0.01 0.00 0.09 0.04 0.10 0.12 0.22 0.10
O3' 0.05 0.22 0.06 0.01 0.15 0.03 0.18 0.04 0.22 0.20 0.22 0.20 0.25 0.21 0.13 0.09 0.00 0.04 0.20 0.34 0.20 0.13
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.08 0.15 0.36 0.22
O5' 0.19 0.40 0.23 0.26 0.42 0.02 0.54 0.01 0.56 0.55 0.49 0.33 0.63 0.61 0.39 0.10 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.15 0.15 0.28 0.15 0.14 0.24 0.28 0.27 0.21 0.22 0.11 0.34 0.28 0.12 0.12 0.34 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.24 0.20 0.18 0.23 0.29 0.29 0.30 0.33 0.23 0.29 0.22 0.41 0.32 0.23 0.22 0.20 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.07 0.11 0.16 0.11 0.26 0.01 0.30 0.23 0.24 0.13 0.38 0.32 0.13 0.10 0.13 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.63 0.17 0.24 0.35 0.22 0.31 0.24 0.42 0.18 0.56 0.53 0.38 0.21 0.20 0.15 0.35 0.16 0.38 0.48 0.43 0.34
C2 0.24 0.47 0.16 0.15 0.36 0.18 0.49 0.26 0.56 0.47 0.56 0.34 0.63 0.55 0.34 0.19 0.18 0.24 0.75 1.08 0.43 0.76
C2' 0.14 0.66 0.13 0.17 0.35 0.16 0.31 0.20 0.43 0.19 0.59 0.54 0.39 0.22 0.19 0.13 0.27 0.13 0.41 0.42 0.39 0.34
C3' 0.18 0.62 0.15 0.12 0.36 0.12 0.31 0.19 0.41 0.24 0.56 0.53 0.37 0.24 0.23 0.18 0.17 0.13 0.42 0.33 0.41 0.34
C4 0.15 0.48 0.13 0.13 0.26 0.12 0.30 0.19 0.37 0.33 0.46 0.36 0.36 0.34 0.22 0.16 0.18 0.14 0.64 0.81 0.39 0.61
C4' 0.18 0.59 0.18 0.14 0.34 0.15 0.27 0.22 0.37 0.17 0.52 0.52 0.32 0.17 0.20 0.24 0.24 0.12 0.31 0.34 0.43 0.23
C5 0.18 0.37 0.15 0.13 0.13 0.16 0.15 0.25 0.20 0.36 0.35 0.25 0.19 0.32 0.20 0.19 0.12 0.17 0.77 0.94 0.43 0.74
C5' 0.23 0.51 0.27 0.12 0.30 0.11 0.22 0.17 0.29 0.20 0.42 0.47 0.24 0.18 0.21 0.40 0.12 0.14 0.31 0.37 0.45 0.20
C6 0.24 0.35 0.17 0.17 0.15 0.23 0.23 0.34 0.15 0.46 0.32 0.21 0.19 0.46 0.28 0.20 0.12 0.26 0.89 1.18 0.49 0.90
C8 0.11 0.43 0.13 0.09 0.22 0.09 0.18 0.16 0.27 0.19 0.39 0.36 0.23 0.14 0.12 0.16 0.13 0.09 0.56 0.55 0.40 0.46
N1 0.25 0.32 0.17 0.16 0.26 0.22 0.40 0.32 0.38 0.50 0.34 0.22 0.49 0.56 0.32 0.20 0.13 0.27 0.86 1.21 0.49 0.89
N3 0.21 0.59 0.16 0.15 0.38 0.15 0.45 0.21 0.54 0.40 0.62 0.44 0.57 0.46 0.31 0.18 0.23 0.19 0.63 0.89 0.40 0.63
N6 0.28 0.44 0.21 0.23 0.21 0.31 0.23 0.44 0.27 0.50 0.47 0.29 0.24 0.48 0.31 0.23 0.18 0.32 1.01 1.33 0.58 1.04
N7 0.19 0.41 0.19 0.14 0.21 0.15 0.18 0.22 0.28 0.30 0.40 0.32 0.25 0.21 0.18 0.20 0.13 0.16 0.74 0.78 0.41 0.67
N9 0.09 0.51 0.11 0.15 0.27 0.13 0.24 0.18 0.34 0.20 0.46 0.43 0.30 0.20 0.14 0.13 0.23 0.09 0.50 0.59 0.39 0.44
O2' 0.21 0.68 0.22 0.24 0.37 0.24 0.33 0.26 0.45 0.19 0.62 0.56 0.42 0.22 0.22 0.22 0.35 0.21 0.34 0.43 0.42 0.30
O3' 0.19 0.65 0.16 0.13 0.37 0.13 0.32 0.20 0.43 0.25 0.59 0.55 0.39 0.25 0.24 0.19 0.15 0.14 0.41 0.34 0.44 0.33
O4' 0.17 0.57 0.17 0.24 0.33 0.23 0.27 0.28 0.36 0.14 0.50 0.52 0.32 0.16 0.19 0.17 0.38 0.16 0.33 0.42 0.45 0.28
O5' 0.30 0.54 0.32 0.19 0.43 0.11 0.42 0.19 0.45 0.41 0.51 0.51 0.44 0.41 0.37 0.27 0.04 0.18 0.36 0.28 0.49 0.31
OP1 0.18 0.30 0.07 0.13 0.17 0.36 0.16 0.49 0.19 0.22 0.25 0.27 0.18 0.21 0.16 0.08 0.01 0.33 0.51 0.78 0.52 0.37
OP2 0.07 0.35 0.08 0.07 0.21 0.13 0.22 0.24 0.28 0.19 0.34 0.30 0.28 0.21 0.12 0.05 0.02 0.11 0.44 0.30 0.56 0.38
P 0.04 0.32 0.08 0.02 0.15 0.13 0.12 0.22 0.18 0.16 0.27 0.28 0.16 0.14 0.07 0.08 0.01 0.09 0.32 0.39 0.46 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.13 0.69 0.56 0.21
C2 0.06 0.00 0.22 0.22 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.21 0.28 0.08 0.31 1.01 0.73 0.38
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.09 0.17 0.22 0.09 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.22 0.56 0.40 0.18
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.11 0.01 0.08 0.02 0.12 0.13 0.18 0.21 0.10 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.43 0.29 0.18
C4 0.03 0.02 0.11 0.11 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.32 0.96 0.74 0.37
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.41 0.29 0.10
C5 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.42 1.06 0.84 0.49
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.07 0.02 0.10 0.00 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.14 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.26 0.27 0.03
C6 0.04 0.01 0.11 0.12 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.15 0.06 0.44 1.10 0.87 0.52
C8 0.02 0.02 0.09 0.13 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.13 0.06 0.42 0.95 0.82 0.44
N1 0.05 0.01 0.17 0.18 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.24 0.07 0.39 1.08 0.81 0.46
N3 0.05 0.01 0.22 0.21 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.25 0.07 0.26 0.94 0.68 0.32
N6 0.04 0.02 0.09 0.10 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.13 0.07 0.49 1.16 0.94 0.60
N7 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.10 0.05 0.48 1.07 0.90 0.54
N9 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.29 0.86 0.70 0.32
O2' 0.06 0.21 0.00 0.02 0.10 0.06 0.08 0.06 0.11 0.08 0.17 0.19 0.10 0.07 0.05 0.00 0.03 0.09 0.11 0.55 0.37 0.15
O3' 0.01 0.28 0.01 0.01 0.13 0.03 0.10 0.05 0.15 0.13 0.24 0.25 0.13 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.29 0.39 0.34 0.16
O4' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.15 0.62 0.53 0.23
O5' 0.13 0.31 0.22 0.30 0.32 0.02 0.42 0.01 0.44 0.42 0.39 0.26 0.49 0.48 0.29 0.11 0.29 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.69 1.01 0.56 0.43 0.96 0.41 1.06 0.26 1.10 0.95 1.08 0.94 1.16 1.07 0.86 0.55 0.39 0.62 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.56 0.73 0.40 0.29 0.74 0.29 0.84 0.27 0.87 0.82 0.81 0.68 0.94 0.90 0.70 0.37 0.34 0.53 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.38 0.18 0.18 0.37 0.10 0.49 0.03 0.52 0.44 0.46 0.32 0.60 0.54 0.32 0.15 0.16 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00