ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52436

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.018, 0.031, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.097, 0.248, 0.399, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.248 std_dev=0.151
O4' A 0, 0.109, 0.265, 0.421, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.265 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.123, 0.388, 0.653, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.388 std_dev=0.265
O5' A 0, 0.337, 0.667, 0.997, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.667 std_dev=0.330
C3' A 0, 0.007, 0.347, 0.687, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.347 std_dev=0.340
C5' A 0, 0.234, 0.583, 0.932, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.583 std_dev=0.349
O2' A 0, 0.082, 0.463, 0.843, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.463 std_dev=0.381
C2' B 0, 0.378, 0.795, 1.212, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.795 std_dev=0.417
O2' B 0, 0.382, 0.821, 1.261, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.821 std_dev=0.440
P A 0, 0.500, 1.046, 1.593, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.046 std_dev=0.546
O3' A 0, -0.251, 0.385, 1.022, 2.780 max_d=2.780 avg_d=0.385 std_dev=0.636
OP1 A 0, 0.592, 1.269, 1.946, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.269 std_dev=0.677
OP2 A 0, 0.897, 1.675, 2.452, 2.599 max_d=2.599 avg_d=1.675 std_dev=0.778
C1' B 0, 0.604, 1.431, 2.259, 2.891 max_d=2.891 avg_d=1.431 std_dev=0.828
N9 B 0, 0.492, 1.647, 2.802, 3.995 max_d=3.995 avg_d=1.647 std_dev=1.155
O3' B 0, 0.711, 2.019, 3.326, 3.440 max_d=3.440 avg_d=2.019 std_dev=1.308
C3' B 0, 0.738, 2.052, 3.365, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.052 std_dev=1.313
C8 B 0, 1.071, 2.635, 4.200, 4.338 max_d=4.338 avg_d=2.635 std_dev=1.564
C4 B 0, 0.201, 1.792, 3.384, 5.517 max_d=5.517 avg_d=1.792 std_dev=1.591
O4' B 0, 1.057, 2.686, 4.314, 4.311 max_d=4.311 avg_d=2.686 std_dev=1.629
N3 B 0, 0.621, 2.372, 4.123, 6.167 max_d=6.167 avg_d=2.372 std_dev=1.751
N7 B 0, 1.133, 3.000, 4.867, 5.406 max_d=5.406 avg_d=3.000 std_dev=1.867
C5 B 0, 0.678, 2.559, 4.440, 6.359 max_d=6.359 avg_d=2.559 std_dev=1.881
C4' B 0, 1.016, 2.911, 4.805, 4.878 max_d=4.878 avg_d=2.911 std_dev=1.895
C2 B 0, 1.047, 3.398, 5.749, 7.761 max_d=7.761 avg_d=3.398 std_dev=2.351
C6 B 0, 0.954, 3.347, 5.740, 8.053 max_d=8.053 avg_d=3.347 std_dev=2.393
N1 B 0, 1.147, 3.781, 6.416, 8.733 max_d=8.733 avg_d=3.781 std_dev=2.634
N6 B 0, 1.290, 4.093, 6.895, 9.054 max_d=9.054 avg_d=4.093 std_dev=2.802
O5' B 0, 1.355, 4.344, 7.333, 7.548 max_d=7.548 avg_d=4.344 std_dev=2.989
C5' B 0, 1.306, 4.339, 7.372, 7.554 max_d=7.554 avg_d=4.339 std_dev=3.033
P B 0, 0.739, 4.539, 8.339, 8.807 max_d=8.807 avg_d=4.539 std_dev=3.800
OP1 B 0, 1.184, 5.030, 8.876, 9.351 max_d=9.351 avg_d=5.030 std_dev=3.846
OP2 B 0, 0.693, 4.807, 8.921, 9.490 max_d=9.490 avg_d=4.807 std_dev=4.114

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.00 0.19 0.46 0.31 0.21
C2 0.04 0.00 0.12 0.06 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.32 0.16 0.26 0.77 0.48 0.32
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.11 0.07 0.08 0.10 0.12 0.07 0.06 0.04 0.00 0.04 0.02 0.38 0.43 0.49 0.35
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.16 0.02 0.14 0.24 0.09 0.06 0.18 0.24 0.12 0.02 0.01 0.01 0.21 0.32 0.25 0.18
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.08 0.26 0.74 0.49 0.32
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.16 0.08 0.12 0.08 0.14 0.06 0.15 0.02 0.00 0.02 0.22 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.04 0.31 0.85 0.60 0.38
C5' 0.05 0.13 0.11 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.18 0.11 0.12 0.16 0.19 0.08 0.05 0.10 0.01 0.01 0.25 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.17 0.07 0.32 0.90 0.61 0.40
C8 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.10 0.32 0.73 0.60 0.34
N1 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.24 0.13 0.29 0.86 0.56 0.37
N3 0.04 0.00 0.12 0.06 0.00 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.32 0.16 0.24 0.70 0.43 0.30
N6 0.02 0.02 0.07 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.15 0.06 0.35 0.97 0.67 0.44
N7 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.17 0.06 0.35 0.85 0.66 0.40
N9 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.14 0.02 0.25 0.65 0.47 0.28
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.15 0.15 0.17 0.05 0.18 0.22 0.20 0.21 0.19 0.22 0.12 0.00 0.05 0.10 0.37 0.42 0.61 0.37
O3' 0.20 0.32 0.04 0.01 0.20 0.02 0.14 0.10 0.17 0.17 0.24 0.32 0.15 0.17 0.14 0.05 0.00 0.13 0.15 0.25 0.40 0.20
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.13 0.16 0.06 0.06 0.02 0.10 0.13 0.00 0.11 0.48 0.16 0.19
O5' 0.19 0.26 0.38 0.21 0.26 0.02 0.31 0.01 0.32 0.32 0.29 0.24 0.35 0.35 0.25 0.37 0.15 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.77 0.43 0.32 0.74 0.22 0.85 0.25 0.90 0.73 0.86 0.70 0.97 0.85 0.65 0.42 0.25 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.48 0.49 0.25 0.49 0.18 0.60 0.29 0.61 0.60 0.56 0.43 0.67 0.66 0.47 0.61 0.40 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.32 0.35 0.18 0.32 0.06 0.38 0.03 0.40 0.34 0.37 0.30 0.44 0.40 0.28 0.37 0.20 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 1.07 0.23 0.26 0.48 0.76 0.56 0.73 0.86 0.37 1.10 0.75 0.93 0.41 0.29 0.39 0.49 0.96 0.74 0.81 0.57 0.58
C2 0.71 1.51 0.13 0.53 0.63 1.56 0.73 2.02 1.10 0.84 1.51 1.03 1.16 0.71 0.56 0.31 0.37 1.52 1.88 1.97 1.76 1.87
C2' 0.62 1.21 0.31 0.41 0.64 0.69 0.70 0.59 0.99 0.46 1.22 0.92 1.04 0.55 0.42 0.50 0.52 0.95 0.64 0.76 0.61 0.55
C3' 0.29 1.32 0.43 0.74 0.78 0.17 0.91 0.27 1.21 0.46 1.38 1.03 1.30 0.73 0.39 0.49 0.93 0.45 0.24 0.81 0.49 0.35
C4 0.64 1.29 0.12 0.41 0.54 1.37 0.61 1.66 0.92 0.69 1.26 0.90 0.96 0.57 0.47 0.30 0.31 1.34 1.53 1.49 1.32 1.40
C4' 0.22 1.10 0.50 0.87 0.71 0.21 0.86 0.43 1.09 0.55 1.19 0.85 1.19 0.76 0.43 0.38 1.08 0.30 0.41 1.04 0.69 0.60
C5 0.67 1.45 0.17 0.66 0.72 1.56 0.76 2.01 1.03 0.85 1.37 1.10 1.03 0.75 0.62 0.29 0.52 1.38 1.81 1.80 1.60 1.69
C5' 0.43 0.98 0.68 1.20 0.80 0.66 0.97 0.99 1.09 0.85 1.08 0.82 1.19 0.99 0.67 0.37 1.34 0.44 0.93 1.51 1.24 1.17
C6 0.72 1.70 0.21 0.80 0.87 1.72 0.91 2.34 1.22 1.00 1.62 1.29 1.23 0.91 0.72 0.31 0.65 1.49 2.13 2.26 1.99 2.11
C8 0.53 1.01 0.14 0.38 0.49 1.13 0.52 1.27 0.71 0.59 0.95 0.77 0.72 0.50 0.43 0.26 0.33 1.03 1.17 1.04 0.92 0.93
N1 0.73 1.68 0.17 0.71 0.78 1.70 0.86 2.30 1.21 0.98 1.64 1.21 1.24 0.86 0.67 0.30 0.54 1.55 2.12 2.28 2.03 2.15
N3 0.67 1.35 0.12 0.37 0.53 1.38 0.63 1.69 1.00 0.69 1.36 0.90 1.06 0.58 0.47 0.32 0.27 1.41 1.58 1.59 1.41 1.51
N6 0.75 1.96 0.28 0.97 1.07 1.81 1.10 2.60 1.42 1.14 1.85 1.54 1.41 1.09 0.85 0.33 0.85 1.48 2.37 2.62 2.28 2.40
N7 0.63 1.32 0.20 0.69 0.74 1.47 0.75 1.84 0.94 0.82 1.23 1.07 0.93 0.74 0.63 0.27 0.59 1.21 1.64 1.52 1.37 1.42
N9 0.57 1.08 0.15 0.24 0.43 1.09 0.50 1.20 0.78 0.52 1.06 0.75 0.82 0.43 0.36 0.32 0.28 1.13 1.14 1.06 0.91 0.95
O2' 1.11 1.44 0.55 0.55 0.90 1.17 0.91 1.12 1.17 0.87 1.44 1.14 1.21 0.84 0.86 0.67 0.41 1.51 1.18 1.09 1.13 1.10
O3' 0.48 1.51 0.48 0.68 0.89 0.35 1.01 0.24 1.38 0.45 1.60 1.17 1.50 0.77 0.47 0.57 0.88 0.68 0.31 0.73 0.43 0.24
O4' 0.29 1.00 0.38 0.57 0.55 0.32 0.66 0.24 0.90 0.34 1.06 0.74 0.97 0.50 0.28 0.31 0.82 0.53 0.30 0.82 0.30 0.28
O5' 0.26 0.64 0.49 1.08 0.52 0.59 0.69 0.92 0.76 0.68 0.73 0.51 0.85 0.76 0.47 0.42 1.25 0.31 0.84 1.43 1.09 1.08
OP1 0.67 0.28 0.62 1.50 0.35 1.48 0.50 1.93 0.35 0.89 0.24 0.17 0.45 0.80 0.64 0.13 1.83 1.08 1.83 2.74 2.08 2.25
OP2 0.19 0.92 0.34 0.76 0.58 0.79 0.64 1.41 0.75 0.58 0.86 0.80 0.79 0.67 0.39 1.03 0.72 0.42 1.19 1.76 1.41 1.45
P 0.57 0.38 0.57 1.38 0.50 1.21 0.67 1.61 0.61 0.90 0.47 0.30 0.70 0.88 0.65 0.25 1.57 0.88 1.47 2.09 1.65 1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.20 0.01 0.19 0.36 0.31 0.15
C2 0.04 0.00 0.35 0.32 0.02 0.13 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.28 0.22 0.39 0.38 0.96 0.42
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.17 0.01 0.05 0.14 0.13 0.22 0.25 0.36 0.07 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.30 0.44 0.40 0.11
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.21 0.00 0.21 0.02 0.24 0.22 0.29 0.29 0.24 0.23 0.14 0.02 0.01 0.02 0.43 0.54 0.42 0.24
C4 0.02 0.02 0.17 0.21 0.00 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.11 0.12 0.43 0.26 0.97 0.45
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.16 0.10 0.12 0.08 0.14 0.06 0.20 0.02 0.00 0.01 0.54 0.16 0.28
C5 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.07 0.07 0.58 0.48 1.33 0.73
C5' 0.06 0.19 0.14 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.19 0.22 0.19 0.18 0.22 0.23 0.12 0.07 0.14 0.01 0.01 0.30 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.24 0.02 0.07 0.01 0.19 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.17 0.11 0.12 0.57 0.53 1.42 0.77
C8 0.02 0.02 0.22 0.22 0.01 0.16 0.01 0.22 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.35 0.21 0.11 0.69 0.56 1.23 0.78
N1 0.04 0.01 0.25 0.29 0.03 0.10 0.01 0.19 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.18 0.21 0.19 0.48 0.44 1.24 0.61
N3 0.03 0.01 0.36 0.29 0.01 0.12 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.26 0.27 0.21 0.33 0.33 0.78 0.30
N6 0.04 0.02 0.07 0.24 0.02 0.08 0.02 0.22 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.23 0.11 0.10 0.65 0.72 1.66 0.95
N7 0.02 0.01 0.14 0.23 0.02 0.14 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.33 0.18 0.06 0.73 0.70 1.53 0.95
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.12 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.43 0.22 0.82 0.40
O2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.11 0.20 0.20 0.07 0.17 0.35 0.18 0.26 0.23 0.33 0.15 0.00 0.04 0.14 0.25 0.85 0.15 0.42
O3' 0.20 0.28 0.02 0.01 0.11 0.02 0.07 0.14 0.11 0.21 0.21 0.27 0.11 0.18 0.08 0.04 0.00 0.14 0.39 0.81 0.28 0.35
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.11 0.19 0.21 0.10 0.06 0.02 0.14 0.14 0.00 0.06 0.39 0.10 0.24
O5' 0.19 0.39 0.30 0.43 0.43 0.01 0.58 0.01 0.57 0.69 0.48 0.33 0.65 0.73 0.43 0.25 0.39 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.38 0.44 0.54 0.26 0.54 0.48 0.30 0.53 0.56 0.44 0.33 0.72 0.70 0.22 0.85 0.81 0.39 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.96 0.40 0.42 0.97 0.16 1.33 0.28 1.42 1.23 1.24 0.78 1.66 1.53 0.82 0.15 0.28 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.42 0.11 0.24 0.45 0.28 0.73 0.02 0.77 0.78 0.61 0.30 0.95 0.95 0.40 0.42 0.35 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00