ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52437

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.031, 0.050, 0.069, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.050 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.037, 0.059, 0.080, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.059 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.037, 0.061, 0.086, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.061 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.045 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.359, 0.722, 1.084, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.722 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.348, 0.711, 1.074, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.711 std_dev=0.363
O4' A 0, 0.292, 0.682, 1.072, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.682 std_dev=0.390
C3' A 0, 0.606, 1.113, 1.621, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.113 std_dev=0.508
O2' A 0, 0.521, 1.037, 1.554, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.037 std_dev=0.517
P A 0, 1.124, 1.650, 2.177, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.650 std_dev=0.527
O3' A 0, 1.019, 1.547, 2.074, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.547 std_dev=0.527
O5' A 0, 1.284, 1.850, 2.417, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.850 std_dev=0.566
C4' A 0, 0.402, 0.981, 1.560, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.981 std_dev=0.579
C2' B 0, 0.774, 1.413, 2.052, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.413 std_dev=0.639
OP2 A 0, 1.409, 2.076, 2.743, 3.034 max_d=3.034 avg_d=2.076 std_dev=0.667
O3' B 0, 1.411, 2.176, 2.942, 2.778 max_d=2.778 avg_d=2.176 std_dev=0.765
C5' A 0, 0.806, 1.701, 2.596, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.701 std_dev=0.895
OP1 A 0, 0.422, 1.325, 2.228, 3.632 max_d=3.632 avg_d=1.325 std_dev=0.903
N9 B 0, 2.253, 3.272, 4.290, 4.012 max_d=4.012 avg_d=3.272 std_dev=1.018
C3' B 0, 1.449, 2.483, 3.517, 3.240 max_d=3.240 avg_d=2.483 std_dev=1.034
C1' B 0, 1.965, 3.028, 4.090, 3.787 max_d=3.787 avg_d=3.028 std_dev=1.062
C8 B 0, 1.430, 2.661, 3.892, 4.631 max_d=4.631 avg_d=2.661 std_dev=1.231
C5 B 0, 3.094, 4.471, 5.847, 5.542 max_d=5.542 avg_d=4.471 std_dev=1.376
C4 B 0, 3.047, 4.582, 6.117, 5.681 max_d=5.681 avg_d=4.582 std_dev=1.535
N7 B 0, 1.552, 3.133, 4.714, 5.600 max_d=5.600 avg_d=3.133 std_dev=1.581
O4' B 0, 2.819, 4.440, 6.061, 5.559 max_d=5.559 avg_d=4.440 std_dev=1.621
C4' B 0, 2.573, 4.249, 5.926, 5.388 max_d=5.388 avg_d=4.249 std_dev=1.677
C6 B 0, 4.021, 5.878, 7.734, 7.008 max_d=7.008 avg_d=5.878 std_dev=1.857
N6 B 0, 4.147, 6.068, 7.989, 7.748 max_d=7.748 avg_d=6.068 std_dev=1.921
O5' B 0, 2.861, 5.031, 7.200, 6.438 max_d=6.438 avg_d=5.031 std_dev=2.169
C5' B 0, 3.204, 5.443, 7.681, 6.907 max_d=6.907 avg_d=5.443 std_dev=2.238
N3 B 0, 3.439, 5.927, 8.414, 8.091 max_d=8.091 avg_d=5.927 std_dev=2.488
OP2 B 0, 3.692, 6.305, 8.919, 7.877 max_d=7.877 avg_d=6.305 std_dev=2.613
P B 0, 3.700, 6.334, 8.968, 7.970 max_d=7.970 avg_d=6.334 std_dev=2.634
N1 B 0, 4.517, 7.227, 9.936, 9.461 max_d=9.461 avg_d=7.227 std_dev=2.709
C2 B 0, 4.135, 7.162, 10.189, 9.786 max_d=9.786 avg_d=7.162 std_dev=3.027
OP1 B 0, 4.615, 7.783, 10.951, 9.894 max_d=9.894 avg_d=7.783 std_dev=3.168

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.22 0.14 0.34 0.14
C2 0.05 0.00 0.20 0.33 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.13 0.22 0.09 0.67 0.63 0.79 0.68
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.13 0.09 0.10 0.15 0.21 0.06 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.32 0.54 0.30
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.26 0.00 0.27 0.03 0.31 0.14 0.34 0.29 0.30 0.21 0.16 0.01 0.01 0.01 0.10 0.25 0.27 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.26 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.05 0.61 0.51 0.59 0.55
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.10 0.16 0.14 0.09 0.17 0.01 0.00 0.02 0.17 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.27 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.16 0.05 0.72 0.64 0.73 0.70
C5' 0.08 0.25 0.13 0.03 0.23 0.01 0.29 0.00 0.32 0.25 0.30 0.21 0.34 0.30 0.19 0.04 0.12 0.02 0.02 0.23 0.24 0.03
C6 0.03 0.01 0.09 0.31 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.21 0.06 0.77 0.75 0.89 0.81
C8 0.02 0.02 0.10 0.14 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.08 0.05 0.55 0.41 0.37 0.44
N1 0.05 0.00 0.15 0.34 0.02 0.14 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.17 0.23 0.08 0.75 0.74 0.90 0.79
N3 0.05 0.01 0.21 0.29 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.18 0.08 0.58 0.50 0.63 0.55
N6 0.03 0.02 0.06 0.30 0.01 0.16 0.01 0.34 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.22 0.06 0.81 0.83 0.97 0.88
N7 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.13 0.04 0.69 0.60 0.60 0.65
N9 0.00 0.03 0.03 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.48 0.35 0.39 0.37
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.13 0.17 0.17 0.04 0.18 0.15 0.17 0.11 0.20 0.17 0.11 0.00 0.03 0.15 0.09 0.30 0.58 0.28
O3' 0.16 0.22 0.02 0.01 0.14 0.01 0.16 0.12 0.21 0.08 0.23 0.18 0.22 0.13 0.06 0.03 0.00 0.12 0.08 0.35 0.18 0.14
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.04 0.02 0.15 0.12 0.00 0.17 0.17 0.25 0.12
O5' 0.22 0.67 0.15 0.10 0.61 0.02 0.72 0.02 0.77 0.55 0.75 0.58 0.81 0.69 0.48 0.09 0.08 0.17 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.14 0.63 0.32 0.25 0.51 0.17 0.64 0.23 0.75 0.41 0.74 0.50 0.83 0.60 0.35 0.30 0.35 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.79 0.54 0.27 0.59 0.25 0.73 0.24 0.89 0.37 0.90 0.63 0.97 0.60 0.39 0.58 0.18 0.25 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.68 0.30 0.16 0.55 0.05 0.70 0.03 0.81 0.44 0.79 0.55 0.88 0.65 0.37 0.28 0.14 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 1.68 0.17 0.37 0.88 0.29 0.82 0.52 1.11 0.79 1.51 1.42 1.08 0.81 0.50 0.28 0.29 0.27 0.63 0.58 1.39 0.83
C2 0.32 2.06 0.38 0.85 1.14 0.86 1.32 1.33 1.80 0.98 2.15 1.56 1.95 1.19 0.66 0.36 0.67 0.43 1.44 1.60 2.57 1.87
C2' 0.40 1.58 0.26 0.24 0.90 0.18 0.86 0.38 1.12 0.71 1.46 1.34 1.11 0.78 0.55 0.47 0.24 0.27 0.46 0.63 1.16 0.70
C3' 0.32 1.24 0.23 0.16 0.71 0.15 0.68 0.35 0.88 0.56 1.14 1.06 0.86 0.62 0.44 0.47 0.13 0.20 0.35 0.34 1.00 0.50
C4 0.32 1.88 0.35 0.75 1.05 0.71 1.18 1.10 1.56 0.93 1.89 1.49 1.64 1.08 0.62 0.36 0.59 0.35 1.21 1.23 2.16 1.52
C4' 0.28 1.19 0.16 0.15 0.62 0.16 0.51 0.25 0.70 0.52 1.02 1.05 0.64 0.51 0.34 0.34 0.18 0.26 0.25 0.27 0.86 0.38
C5 0.32 1.80 0.43 0.92 1.05 0.93 1.26 1.36 1.65 0.96 1.90 1.39 1.78 1.16 0.63 0.37 0.75 0.48 1.45 1.50 2.43 1.79
C5' 0.28 0.85 0.28 0.12 0.49 0.14 0.40 0.17 0.51 0.41 0.72 0.78 0.45 0.39 0.32 0.46 0.14 0.24 0.15 0.36 0.59 0.26
C6 0.33 1.87 0.46 1.01 1.09 1.09 1.37 1.58 1.83 0.99 2.06 1.39 2.04 1.26 0.65 0.36 0.83 0.59 1.67 1.87 2.80 2.13
C8 0.30 1.54 0.33 0.70 0.91 0.63 0.98 0.91 1.24 0.88 1.49 1.28 1.27 0.96 0.57 0.37 0.57 0.31 0.98 0.90 1.66 1.16
N1 0.32 2.00 0.44 0.97 1.13 1.03 1.39 1.54 1.89 1.00 2.17 1.48 2.10 1.26 0.66 0.36 0.79 0.54 1.63 1.87 2.81 2.11
N3 0.33 2.01 0.33 0.72 1.10 0.69 1.22 1.10 1.65 0.94 2.02 1.57 1.73 1.10 0.64 0.35 0.55 0.33 1.22 1.29 2.26 1.58
N6 0.34 1.75 0.50 1.10 1.05 1.25 1.42 1.79 1.89 1.00 2.02 1.26 2.17 1.32 0.63 0.35 0.92 0.72 1.86 2.18 3.06 2.40
N7 0.31 1.58 0.44 0.93 0.96 0.92 1.16 1.29 1.47 0.93 1.65 1.24 1.56 1.10 0.60 0.37 0.76 0.49 1.36 1.32 2.14 1.61
N9 0.32 1.73 0.28 0.59 0.96 0.51 1.00 0.82 1.32 0.88 1.65 1.42 1.33 0.95 0.58 0.35 0.46 0.26 0.92 0.87 1.72 1.15
O2' 0.32 1.56 0.17 0.23 0.79 0.18 0.72 0.33 1.00 0.67 1.40 1.31 0.96 0.70 0.44 0.30 0.24 0.27 0.42 0.64 1.11 0.67
O3' 0.27 1.13 0.23 0.16 0.62 0.17 0.58 0.34 0.78 0.47 1.04 0.95 0.76 0.52 0.37 0.45 0.10 0.18 0.30 0.21 0.94 0.39
O4' 0.34 1.50 0.15 0.33 0.77 0.31 0.64 0.41 0.88 0.70 1.28 1.31 0.81 0.67 0.42 0.24 0.33 0.35 0.45 0.31 1.10 0.57
O5' 0.26 0.68 0.35 0.18 0.44 0.12 0.43 0.25 0.51 0.42 0.62 0.61 0.49 0.43 0.33 0.57 0.02 0.15 0.27 0.14 0.71 0.27
OP1 0.29 0.20 0.09 0.09 0.25 0.29 0.34 0.28 0.30 0.47 0.22 0.18 0.38 0.45 0.32 0.21 0.01 0.34 0.20 0.49 0.26 0.40
OP2 0.28 0.39 0.43 0.06 0.39 0.46 0.47 0.57 0.49 0.46 0.45 0.34 0.55 0.50 0.38 0.76 0.02 0.33 0.22 0.25 0.54 0.23
P 0.12 0.21 0.20 0.02 0.16 0.25 0.19 0.27 0.21 0.17 0.22 0.18 0.24 0.19 0.14 0.41 0.01 0.18 0.09 0.27 0.37 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.11 0.19 0.17 0.13
C2 0.06 0.00 0.54 0.26 0.03 0.31 0.03 0.40 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.83 0.12 0.42 0.50 0.65 0.60 0.63
C2' 0.01 0.54 0.00 0.00 0.26 0.02 0.08 0.04 0.20 0.34 0.40 0.56 0.12 0.23 0.03 0.00 0.04 0.04 0.09 0.33 0.19 0.15
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.17 0.19 0.26 0.08 0.13 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.27 0.21 0.15
C4 0.04 0.03 0.26 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.39 0.13 0.22 0.12 0.31 0.18 0.14
C4' 0.03 0.31 0.02 0.00 0.13 0.00 0.05 0.01 0.12 0.21 0.24 0.31 0.07 0.14 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.11 0.20 0.07
C5 0.03 0.03 0.08 0.04 0.01 0.05 0.00 0.13 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.15 0.13 0.09 0.16 0.37 0.36 0.17
C5' 0.06 0.40 0.04 0.01 0.14 0.01 0.13 0.00 0.15 0.40 0.29 0.37 0.13 0.33 0.13 0.03 0.01 0.03 0.01 0.24 0.22 0.02
C6 0.04 0.01 0.20 0.09 0.02 0.12 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.31 0.13 0.17 0.13 0.41 0.27 0.16
C8 0.03 0.06 0.34 0.17 0.02 0.21 0.04 0.40 0.06 0.00 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.49 0.13 0.25 0.57 0.62 0.81 0.64
N1 0.05 0.01 0.40 0.19 0.03 0.24 0.03 0.29 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.62 0.12 0.32 0.33 0.56 0.39 0.44
N3 0.06 0.01 0.56 0.26 0.01 0.31 0.01 0.37 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.83 0.12 0.44 0.45 0.54 0.53 0.54
N6 0.06 0.02 0.12 0.08 0.03 0.07 0.04 0.13 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.09 0.06 0.20 0.14 0.10 0.16 0.43 0.40 0.17
N7 0.01 0.04 0.23 0.13 0.02 0.14 0.01 0.33 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.34 0.13 0.15 0.48 0.58 0.78 0.56
N9 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.13 0.02 0.20 0.30 0.32 0.22
O2' 0.02 0.83 0.00 0.02 0.39 0.02 0.15 0.03 0.31 0.49 0.62 0.83 0.20 0.34 0.06 0.00 0.06 0.02 0.08 0.43 0.24 0.17
O3' 0.13 0.12 0.04 0.01 0.13 0.03 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.06 0.00 0.07 0.08 0.33 0.21 0.16
O4' 0.01 0.42 0.04 0.01 0.22 0.01 0.09 0.03 0.17 0.25 0.32 0.44 0.10 0.15 0.02 0.02 0.07 0.00 0.12 0.18 0.15 0.11
O5' 0.11 0.50 0.09 0.07 0.12 0.03 0.16 0.01 0.13 0.57 0.33 0.45 0.16 0.48 0.20 0.08 0.08 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.65 0.33 0.27 0.31 0.11 0.37 0.24 0.41 0.62 0.56 0.54 0.43 0.58 0.30 0.43 0.33 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.60 0.19 0.21 0.18 0.20 0.36 0.22 0.27 0.81 0.39 0.53 0.40 0.78 0.32 0.24 0.21 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.63 0.15 0.15 0.14 0.07 0.17 0.02 0.16 0.64 0.44 0.54 0.17 0.56 0.22 0.17 0.16 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00