ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52438

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.019, 0.036, 0.052, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.027, 0.046, 0.065, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.046 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.051, 0.091, 0.130, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.091 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.066, 0.148, 0.230, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.148 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.061, 0.145, 0.230, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.145 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.078, 0.181, 0.283, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.181 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.171, 0.328, 0.485, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.328 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.174, 0.335, 0.496, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.335 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.248, 0.486, 0.724, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.486 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.238, 0.501, 0.763, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.501 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.333, 0.681, 1.029, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.681 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.337, 0.894, 1.452, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.894 std_dev=0.558
O5' A 0, 0.504, 1.301, 2.097, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.301 std_dev=0.796
OP1 A 0, 0.709, 1.625, 2.541, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.625 std_dev=0.916
P A 0, 0.531, 1.460, 2.390, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.460 std_dev=0.929
C3' B 0, 0.483, 1.430, 2.377, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.430 std_dev=0.947
OP2 A 0, 0.570, 1.557, 2.544, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.557 std_dev=0.987
C1' B 0, 0.663, 1.688, 2.713, 2.638 max_d=2.638 avg_d=1.688 std_dev=1.025
O3' B 0, 0.483, 1.530, 2.576, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.530 std_dev=1.047
N9 B 0, 0.743, 2.006, 3.268, 3.187 max_d=3.187 avg_d=2.006 std_dev=1.263
C4' B 0, 0.679, 1.953, 3.227, 3.193 max_d=3.193 avg_d=1.953 std_dev=1.274
C8 B 0, 0.747, 2.065, 3.383, 3.305 max_d=3.305 avg_d=2.065 std_dev=1.318
N3 B 0, 0.808, 2.145, 3.483, 3.517 max_d=3.517 avg_d=2.145 std_dev=1.337
C4 B 0, 0.763, 2.116, 3.469, 3.463 max_d=3.463 avg_d=2.116 std_dev=1.353
N7 B 0, 0.795, 2.223, 3.651, 3.643 max_d=3.643 avg_d=2.223 std_dev=1.428
C2 B 0, 0.826, 2.265, 3.704, 3.803 max_d=3.803 avg_d=2.265 std_dev=1.439
O4' B 0, 0.864, 2.326, 3.788, 3.597 max_d=3.597 avg_d=2.326 std_dev=1.462
C5 B 0, 0.765, 2.230, 3.695, 3.723 max_d=3.723 avg_d=2.230 std_dev=1.465
O5' B 0, 0.982, 2.457, 3.932, 4.112 max_d=4.112 avg_d=2.457 std_dev=1.475
OP1 B 0, 1.073, 2.599, 4.126, 3.985 max_d=3.985 avg_d=2.599 std_dev=1.527
N1 B 0, 0.827, 2.372, 3.917, 4.050 max_d=4.050 avg_d=2.372 std_dev=1.545
C6 B 0, 0.817, 2.368, 3.919, 4.029 max_d=4.029 avg_d=2.368 std_dev=1.551
N6 B 0, 0.902, 2.521, 4.141, 4.314 max_d=4.314 avg_d=2.521 std_dev=1.619
C5' B 0, 1.013, 2.664, 4.314, 4.183 max_d=4.183 avg_d=2.664 std_dev=1.651
P B 0, 1.083, 2.774, 4.465, 4.560 max_d=4.560 avg_d=2.774 std_dev=1.691
OP2 B 0, 1.362, 3.385, 5.408, 5.891 max_d=5.891 avg_d=3.385 std_dev=2.023

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.25 0.13 0.15
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.53 0.54 0.52 0.50
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.33 0.41 0.15 0.28
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.05 0.01 0.01 0.02 0.40 0.51 0.12 0.34
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.55 0.53 0.44 0.48
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.03 0.09 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.27 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.68 0.66 0.61 0.63
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.07 0.04 0.13 0.10 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.23 0.41 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.03 0.70 0.70 0.70 0.68
C8 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.66 0.59 0.43 0.56
N1 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.12 0.02 0.64 0.64 0.64 0.61
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.46 0.46 0.40 0.41
N6 0.04 0.02 0.06 0.12 0.02 0.09 0.03 0.13 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.03 0.15 0.06 0.76 0.77 0.81 0.76
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.75 0.70 0.63 0.70
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.50 0.46 0.30 0.40
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.08 0.19 0.09 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.12 0.10 0.12 0.09 0.15 0.11 0.05 0.05 0.00 0.01 0.30 0.51 0.14 0.31
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.11 0.31 0.10
O5' 0.22 0.53 0.33 0.40 0.55 0.01 0.68 0.01 0.70 0.66 0.64 0.46 0.76 0.75 0.50 0.08 0.30 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.54 0.41 0.51 0.53 0.17 0.66 0.23 0.70 0.59 0.64 0.46 0.77 0.70 0.46 0.19 0.51 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.52 0.15 0.12 0.44 0.27 0.61 0.41 0.70 0.43 0.64 0.40 0.81 0.63 0.30 0.09 0.14 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.50 0.28 0.34 0.48 0.02 0.63 0.01 0.68 0.56 0.61 0.41 0.76 0.70 0.40 0.07 0.31 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.34 0.28 0.27 0.61 0.19 0.77 0.27 0.69 0.80 0.49 0.35 0.75 0.86 0.63 0.28 0.15 0.42 0.47 0.53 1.08 0.68
C2 0.22 0.45 0.37 0.52 0.22 0.29 0.41 0.31 0.35 0.54 0.26 0.35 0.58 0.64 0.29 0.31 0.40 0.23 0.69 0.78 0.86 0.67
C2' 0.43 0.42 0.26 0.32 0.58 0.16 0.71 0.17 0.69 0.71 0.55 0.41 0.75 0.78 0.57 0.27 0.25 0.37 0.40 0.34 0.93 0.53
C3' 0.36 0.32 0.22 0.35 0.44 0.20 0.54 0.20 0.52 0.57 0.40 0.31 0.57 0.62 0.44 0.27 0.35 0.23 0.34 0.17 0.89 0.44
C4 0.21 0.48 0.38 0.52 0.19 0.30 0.40 0.28 0.30 0.55 0.23 0.39 0.47 0.64 0.28 0.33 0.42 0.21 0.63 0.65 0.86 0.62
C4' 0.45 0.37 0.18 0.18 0.52 0.11 0.60 0.10 0.55 0.64 0.44 0.39 0.59 0.66 0.53 0.19 0.13 0.35 0.29 0.26 1.06 0.55
C5 0.29 0.85 0.42 0.67 0.40 0.46 0.22 0.37 0.29 0.36 0.67 0.73 0.13 0.39 0.27 0.36 0.58 0.32 0.75 0.69 0.75 0.60
C5' 0.29 0.22 0.17 0.25 0.29 0.24 0.36 0.26 0.32 0.43 0.24 0.23 0.36 0.43 0.32 0.18 0.28 0.13 0.24 0.25 1.02 0.47
C6 0.34 0.96 0.42 0.69 0.51 0.49 0.36 0.40 0.50 0.34 0.87 0.79 0.29 0.35 0.35 0.36 0.61 0.37 0.83 0.79 0.76 0.65
C8 0.21 0.59 0.41 0.63 0.23 0.44 0.15 0.32 0.14 0.40 0.37 0.57 0.20 0.42 0.18 0.40 0.56 0.26 0.59 0.49 0.81 0.52
N1 0.26 0.77 0.40 0.62 0.33 0.40 0.28 0.35 0.29 0.40 0.64 0.60 0.29 0.46 0.27 0.33 0.52 0.27 0.78 0.82 0.80 0.67
N3 0.25 0.27 0.35 0.45 0.31 0.24 0.57 0.29 0.53 0.63 0.22 0.21 0.72 0.75 0.38 0.30 0.33 0.26 0.62 0.71 0.90 0.66
N6 0.45 1.13 0.42 0.77 0.73 0.60 0.64 0.50 0.87 0.38 1.13 0.95 0.73 0.39 0.51 0.38 0.69 0.52 0.94 0.85 0.79 0.69
N7 0.37 0.90 0.44 0.75 0.56 0.58 0.31 0.45 0.42 0.26 0.72 0.85 0.22 0.23 0.37 0.39 0.68 0.44 0.76 0.59 0.68 0.54
N9 0.24 0.31 0.36 0.47 0.25 0.27 0.48 0.24 0.38 0.62 0.17 0.27 0.50 0.69 0.35 0.33 0.37 0.21 0.54 0.55 0.92 0.60
O2' 0.62 0.76 0.23 0.19 0.82 0.26 0.92 0.30 0.93 0.87 0.85 0.72 0.97 0.94 0.77 0.24 0.10 0.61 0.44 0.44 1.07 0.66
O3' 0.39 0.43 0.19 0.31 0.49 0.19 0.58 0.24 0.57 0.57 0.50 0.41 0.62 0.62 0.47 0.24 0.33 0.27 0.33 0.20 0.91 0.45
O4' 0.50 0.32 0.23 0.18 0.58 0.18 0.68 0.25 0.59 0.78 0.42 0.35 0.64 0.79 0.63 0.25 0.09 0.43 0.43 0.47 1.17 0.70
O5' 0.44 0.14 0.09 0.11 0.16 0.06 0.12 0.12 0.09 0.25 0.12 0.17 0.11 0.18 0.25 0.35 0.02 0.35 0.25 0.22 0.76 0.35
OP1 0.34 0.13 0.06 0.04 0.08 0.03 0.07 0.30 0.11 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.14 0.22 0.01 0.24 0.34 0.56 0.80 0.40
OP2 0.36 0.25 0.40 0.08 0.12 0.05 0.23 0.27 0.32 0.19 0.33 0.15 0.38 0.25 0.10 1.01 0.02 0.14 0.34 0.45 0.79 0.43
P 0.37 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.24 0.15 0.16 0.16 0.12 0.19 0.14 0.14 0.47 0.01 0.23 0.30 0.40 0.77 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.25 0.23 0.73 0.27
C2 0.03 0.00 0.41 0.35 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.12 0.19 0.43 0.41 0.59 0.19
C2' 0.00 0.41 0.00 0.01 0.19 0.02 0.04 0.26 0.12 0.30 0.29 0.42 0.05 0.20 0.02 0.01 0.03 0.02 0.41 0.53 1.24 0.79
C3' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.26 0.00 0.25 0.03 0.30 0.14 0.34 0.31 0.28 0.20 0.16 0.02 0.01 0.01 0.20 0.17 0.81 0.42
C4 0.02 0.01 0.19 0.26 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.10 0.45 0.42 0.62 0.20
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03 0.06 0.08 0.04 0.26 0.01 0.00 0.02 0.22 0.49 0.14
C5 0.02 0.01 0.04 0.25 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.30 0.06 0.05 0.52 0.52 0.71 0.25
C5' 0.12 0.15 0.26 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.17 0.16 0.16 0.15 0.20 0.17 0.14 0.04 0.20 0.01 0.01 0.37 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.04 0.01 0.17 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.09 0.09 0.52 0.54 0.72 0.26
C8 0.04 0.02 0.30 0.14 0.01 0.08 0.02 0.16 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.50 0.10 0.13 0.55 0.51 0.75 0.27
N1 0.02 0.00 0.29 0.34 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.11 0.15 0.49 0.49 0.65 0.22
N3 0.04 0.00 0.42 0.31 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.12 0.19 0.39 0.37 0.59 0.18
N6 0.04 0.02 0.05 0.28 0.02 0.06 0.03 0.20 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00 0.07 0.05 0.35 0.11 0.09 0.53 0.59 0.81 0.29
N7 0.02 0.01 0.20 0.20 0.01 0.08 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.51 0.09 0.08 0.58 0.59 0.82 0.31
N9 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01 0.43 0.39 0.64 0.21
O2' 0.03 0.21 0.01 0.02 0.09 0.26 0.30 0.04 0.23 0.50 0.08 0.26 0.35 0.51 0.19 0.00 0.04 0.19 0.36 0.55 1.44 0.82
O3' 0.28 0.12 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.20 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.04 0.00 0.22 0.24 0.34 0.70 0.30
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.13 0.15 0.19 0.09 0.08 0.01 0.19 0.22 0.00 0.30 0.36 0.40 0.08
O5' 0.25 0.43 0.41 0.20 0.45 0.02 0.52 0.01 0.52 0.55 0.49 0.39 0.53 0.58 0.43 0.36 0.24 0.30 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.41 0.53 0.17 0.42 0.22 0.52 0.37 0.54 0.51 0.49 0.37 0.59 0.59 0.39 0.55 0.34 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.73 0.59 1.24 0.81 0.62 0.49 0.71 0.29 0.72 0.75 0.65 0.59 0.81 0.82 0.64 1.44 0.70 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.19 0.79 0.42 0.20 0.14 0.25 0.01 0.26 0.27 0.22 0.18 0.29 0.31 0.21 0.82 0.30 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00