Doublet Group distance statistics: 52439

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 5, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9	A	0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8	A	0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3	A	0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O2'	A	0, 0.151, 0.336, 0.522, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.336 std_dev=0.186
C2'	A	0, 0.109, 0.299, 0.489, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.299 std_dev=0.190
O4'	A	0, 0.107, 0.321, 0.536, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.321 std_dev=0.215
C2'	B	0, 0.131, 0.409, 0.686, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.409 std_dev=0.277
C1'	B	0, 0.440, 0.724, 1.007, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.724 std_dev=0.284
C4'	A	0, 0.172, 0.473, 0.773, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.473 std_dev=0.301
C3'	A	0, 0.175, 0.479, 0.784, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.479 std_dev=0.304
C3'	B	0, 0.410, 0.766, 1.122, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.766 std_dev=0.356
O3'	A	0, 0.271, 0.709, 1.148, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.709 std_dev=0.439
O5'	A	0, 0.208, 0.653, 1.099, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.653 std_dev=0.446
O2'	B	0, 0.655, 1.118, 1.582, 1.725 max_d=1.725 avg_d=1.118 std_dev=0.463
C5'	A	0, 0.378, 0.855, 1.332, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.855 std_dev=0.477
O3'	B	0, 0.474, 0.975, 1.477, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.975 std_dev=0.502
P	A	0, 0.471, 1.003, 1.535, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.003 std_dev=0.532
O4'	B	0, 0.863, 1.421, 1.978, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.421 std_dev=0.558
OP2	A	0, 0.852, 1.500, 2.147, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.500 std_dev=0.647
N9	B	0, 1.173, 1.830, 2.487, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.830 std_dev=0.657
C4'	B	0, 0.921, 1.625, 2.328, 2.445 max_d=2.445 avg_d=1.625 std_dev=0.703
OP1	A	0, 0.973, 1.805, 2.637, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.805 std_dev=0.832
C4	B	0, 1.744, 2.682, 3.620, 3.471 max_d=3.471 avg_d=2.682 std_dev=0.938
C8	B	0, 1.731, 2.717, 3.703, 3.570 max_d=3.570 avg_d=2.717 std_dev=0.986
N3	B	0, 2.003, 3.054, 4.106, 3.911 max_d=3.911 avg_d=3.054 std_dev=1.052
C5'	B	0, 1.589, 2.692, 3.795, 3.867 max_d=3.867 avg_d=2.692 std_dev=1.103
C5	B	0, 2.371, 3.649, 4.926, 4.644 max_d=4.644 avg_d=3.649 std_dev=1.278
N7	B	0, 2.372, 3.682, 4.991, 4.705 max_d=4.705 avg_d=3.682 std_dev=1.310
C2	B	0, 2.780, 4.230, 5.680, 5.301 max_d=5.301 avg_d=4.230 std_dev=1.450
O5'	B	0, 2.558, 4.180, 5.803, 5.616 max_d=5.616 avg_d=4.180 std_dev=1.623
C6	B	0, 3.082, 4.723, 6.363, 5.876 max_d=5.876 avg_d=4.723 std_dev=1.640
N1	B	0, 3.250, 4.957, 6.665, 6.170 max_d=6.170 avg_d=4.957 std_dev=1.708
OP2	B	0, 3.095, 4.942, 6.789, 7.157 max_d=7.157 avg_d=4.942 std_dev=1.847
P	B	0, 3.037, 4.889, 6.741, 6.890 max_d=6.890 avg_d=4.889 std_dev=1.852
N6	B	0, 3.740, 5.735, 7.730, 7.082 max_d=7.082 avg_d=5.735 std_dev=1.995
OP1	B	0, 3.586, 5.729, 7.873, 8.287 max_d=8.287 avg_d=5.729 std_dev=2.144

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.21	0.09	0.23	0.12
C2	0.04	0.00	0.13	0.20	0.01	0.09	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.11	0.24	0.03	0.45	0.25	0.31	0.24
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.07	0.01	0.03	0.01	0.06	0.05	0.10	0.14	0.05	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.27	0.17	0.22	0.12
C3'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.11	0.01	0.08	0.01	0.12	0.10	0.17	0.19	0.10	0.07	0.04	0.01	0.01	0.01	0.32	0.32	0.19	0.17
C4	0.02	0.01	0.07	0.11	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.06	0.12	0.01	0.47	0.23	0.28	0.23
C4'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.08	0.08	0.09	0.07	0.08	0.03	0.03	0.02	0.00	0.01	0.12	0.30	0.12
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.02	0.59	0.34	0.39	0.35
C5'	0.02	0.14	0.01	0.01	0.11	0.00	0.14	0.00	0.16	0.15	0.15	0.12	0.17	0.17	0.09	0.03	0.03	0.01	0.01	0.28	0.34	0.01
C6	0.02	0.01	0.06	0.12	0.01	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.14	0.02	0.60	0.38	0.44	0.38
C8	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.08	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.10	0.03	0.58	0.29	0.30	0.31
N1	0.03	0.00	0.10	0.17	0.01	0.08	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.21	0.02	0.54	0.33	0.39	0.32
N3	0.04	0.00	0.14	0.19	0.01	0.09	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.22	0.03	0.39	0.19	0.26	0.18
N6	0.02	0.01	0.05	0.10	0.01	0.07	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.13	0.02	0.66	0.44	0.52	0.45
N7	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.08	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.08	0.03	0.65	0.39	0.44	0.41
N9	0.01	0.02	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.43	0.18	0.23	0.18
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.06	0.03	0.05	0.03	0.07	0.03	0.09	0.11	0.06	0.03	0.02	0.00	0.02	0.04	0.07	0.10	0.24	0.13
O3'	0.01	0.24	0.01	0.01	0.12	0.02	0.10	0.03	0.14	0.10	0.21	0.22	0.13	0.08	0.04	0.02	0.00	0.01	0.24	0.37	0.18	0.16
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.15	0.34	0.21
O5'	0.21	0.45	0.27	0.32	0.47	0.01	0.59	0.01	0.60	0.58	0.54	0.39	0.66	0.65	0.43	0.07	0.24	0.08	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.09	0.25	0.17	0.32	0.23	0.12	0.34	0.28	0.38	0.29	0.33	0.19	0.44	0.39	0.18	0.10	0.37	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.23	0.31	0.22	0.19	0.28	0.30	0.39	0.34	0.44	0.30	0.39	0.26	0.52	0.44	0.23	0.24	0.18	0.34	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.24	0.12	0.17	0.23	0.12	0.35	0.01	0.38	0.31	0.32	0.18	0.45	0.41	0.18	0.13	0.16	0.21	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.45	0.20	0.22	0.34	0.20	0.37	0.21	0.41	0.36	0.45	0.36	0.42	0.37	0.32	0.24	0.36	0.20	0.57	0.14	0.93	0.53
C2	0.16	0.39	0.10	0.09	0.35	0.07	0.53	0.17	0.63	0.44	0.57	0.26	0.75	0.56	0.31	0.25	0.22	0.14	0.80	0.58	1.11	0.84
C2'	0.23	0.42	0.17	0.14	0.33	0.14	0.38	0.17	0.42	0.35	0.45	0.34	0.45	0.38	0.31	0.22	0.29	0.15	0.59	0.20	0.87	0.50
C3'	0.20	0.39	0.16	0.08	0.30	0.09	0.33	0.18	0.35	0.33	0.38	0.33	0.36	0.34	0.28	0.15	0.20	0.09	0.56	0.33	0.75	0.42
C4	0.17	0.38	0.10	0.08	0.32	0.06	0.44	0.12	0.47	0.40	0.45	0.26	0.52	0.47	0.29	0.21	0.22	0.13	0.76	0.45	1.05	0.76
C4'	0.21	0.44	0.19	0.09	0.29	0.09	0.29	0.20	0.32	0.29	0.39	0.39	0.30	0.29	0.26	0.22	0.23	0.08	0.40	0.34	0.70	0.28
C5	0.14	0.33	0.10	0.12	0.23	0.12	0.36	0.23	0.36	0.39	0.34	0.22	0.41	0.46	0.25	0.18	0.18	0.14	0.87	0.61	1.10	0.86
C5'	0.28	0.40	0.32	0.11	0.28	0.12	0.24	0.15	0.24	0.28	0.31	0.39	0.22	0.27	0.26	0.44	0.15	0.16	0.32	0.54	0.57	0.18
C6	0.14	0.34	0.11	0.15	0.23	0.17	0.39	0.30	0.41	0.42	0.37	0.21	0.52	0.51	0.25	0.20	0.18	0.18	0.92	0.74	1.16	0.95
C8	0.17	0.28	0.11	0.09	0.21	0.08	0.26	0.13	0.23	0.35	0.25	0.23	0.24	0.34	0.26	0.14	0.19	0.13	0.77	0.38	0.99	0.71
N1	0.15	0.32	0.11	0.12	0.29	0.13	0.48	0.26	0.55	0.45	0.45	0.20	0.70	0.56	0.28	0.23	0.19	0.17	0.88	0.71	1.16	0.92
N3	0.18	0.45	0.11	0.10	0.37	0.07	0.51	0.11	0.60	0.42	0.59	0.31	0.68	0.52	0.32	0.25	0.26	0.13	0.74	0.45	1.06	0.75
N6	0.14	0.40	0.13	0.21	0.18	0.25	0.30	0.41	0.32	0.40	0.42	0.25	0.41	0.47	0.21	0.18	0.21	0.23	0.99	0.88	1.22	1.04
N7	0.13	0.33	0.12	0.16	0.17	0.16	0.24	0.25	0.23	0.35	0.29	0.26	0.24	0.36	0.21	0.16	0.22	0.14	0.89	0.59	1.07	0.85
N9	0.20	0.36	0.13	0.11	0.30	0.10	0.36	0.11	0.37	0.37	0.38	0.28	0.39	0.39	0.30	0.19	0.25	0.14	0.69	0.31	0.99	0.66
O2'	0.30	0.49	0.25	0.25	0.36	0.27	0.40	0.26	0.47	0.37	0.52	0.38	0.49	0.38	0.34	0.34	0.39	0.25	0.54	0.15	0.90	0.48
O3'	0.20	0.40	0.16	0.08	0.30	0.09	0.33	0.20	0.36	0.32	0.40	0.34	0.38	0.34	0.27	0.17	0.18	0.08	0.54	0.43	0.73	0.40
O4'	0.21	0.45	0.16	0.21	0.30	0.18	0.30	0.25	0.33	0.30	0.41	0.40	0.32	0.29	0.27	0.15	0.38	0.13	0.46	0.15	0.83	0.40
O5'	0.32	0.57	0.37	0.17	0.47	0.05	0.51	0.13	0.55	0.47	0.58	0.51	0.57	0.51	0.42	0.30	0.02	0.16	0.42	0.42	0.54	0.25
OP1	0.18	0.31	0.05	0.15	0.20	0.39	0.21	0.56	0.24	0.26	0.29	0.27	0.25	0.26	0.18	0.08	0.00	0.35	0.55	0.77	0.72	0.49
OP2	0.07	0.44	0.07	0.05	0.26	0.17	0.27	0.26	0.34	0.22	0.42	0.38	0.34	0.25	0.14	0.04	0.01	0.14	0.59	0.24	0.65	0.42
P	0.03	0.35	0.09	0.01	0.20	0.15	0.21	0.24	0.27	0.21	0.33	0.30	0.27	0.23	0.12	0.09	0.01	0.09	0.39	0.47	0.55	0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.05	0.07	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.23	0.29	0.78	0.41
C2	0.06	0.00	0.22	0.26	0.01	0.15	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.20	0.33	0.05	0.60	0.60	1.18	0.79
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.12	0.01	0.07	0.02	0.12	0.06	0.18	0.22	0.09	0.03	0.02	0.00	0.01	0.01	0.27	0.20	0.67	0.27
C3'	0.01	0.26	0.00	0.00	0.14	0.01	0.10	0.02	0.14	0.14	0.21	0.25	0.12	0.11	0.05	0.01	0.01	0.01	0.31	0.25	0.52	0.20
C4	0.03	0.01	0.12	0.14	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.16	0.02	0.57	0.63	1.16	0.79
C4'	0.01	0.15	0.01	0.01	0.08	0.00	0.05	0.01	0.07	0.10	0.12	0.15	0.06	0.08	0.03	0.03	0.02	0.00	0.02	0.24	0.40	0.08
C5	0.02	0.01	0.07	0.10	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.12	0.01	0.67	0.85	1.35	0.98
C5'	0.02	0.16	0.02	0.02	0.11	0.01	0.12	0.00	0.12	0.17	0.14	0.15	0.12	0.16	0.08	0.03	0.04	0.01	0.01	0.19	0.31	0.01
C6	0.03	0.01	0.12	0.14	0.01	0.07	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.18	0.01	0.70	0.88	1.39	1.01
C8	0.02	0.01	0.06	0.14	0.01	0.10	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.15	0.04	0.61	0.86	1.28	0.94
N1	0.05	0.00	0.18	0.21	0.01	0.12	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.17	0.28	0.03	0.68	0.75	1.31	0.93
N3	0.07	0.00	0.22	0.25	0.00	0.15	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.19	0.30	0.06	0.53	0.51	1.07	0.70
N6	0.02	0.01	0.09	0.12	0.01	0.06	0.01	0.12	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.10	0.16	0.03	0.74	1.01	1.48	1.10
N7	0.01	0.01	0.03	0.11	0.01	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.13	0.04	0.69	1.00	1.43	1.07
N9	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.05	0.01	0.49	0.59	1.07	0.72
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.10	0.03	0.07	0.03	0.11	0.03	0.17	0.19	0.10	0.02	0.03	0.00	0.03	0.04	0.09	0.36	0.52	0.11
O3'	0.01	0.33	0.01	0.01	0.16	0.02	0.12	0.04	0.18	0.15	0.28	0.30	0.16	0.13	0.05	0.03	0.00	0.02	0.22	0.59	0.36	0.15
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.03	0.06	0.03	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.09	0.25	0.64	0.32
O5'	0.23	0.60	0.27	0.31	0.57	0.02	0.67	0.01	0.70	0.61	0.68	0.53	0.74	0.69	0.49	0.09	0.22	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.29	0.60	0.20	0.25	0.63	0.24	0.85	0.19	0.88	0.86	0.75	0.51	1.01	1.00	0.59	0.36	0.59	0.25	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.78	1.18	0.67	0.52	1.16	0.40	1.35	0.31	1.39	1.28	1.31	1.07	1.48	1.43	1.07	0.52	0.36	0.64	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.41	0.79	0.27	0.20	0.79	0.08	0.98	0.01	1.01	0.94	0.93	0.70	1.10	1.07	0.72	0.11	0.15	0.32	0.01	0.01	0.01	0.00