Doublet Group distance statistics: 52440

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 4, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1'	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N6	A	0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.022
O4'	A	0, 0.091, 0.278, 0.465, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.278 std_dev=0.187
C2'	A	0, 0.067, 0.278, 0.489, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.278 std_dev=0.211
O2'	A	0, 0.031, 0.283, 0.534, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.283 std_dev=0.252
C2'	B	0, 0.250, 0.520, 0.791, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.520 std_dev=0.270
C4'	A	0, 0.152, 0.429, 0.706, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.429 std_dev=0.277
C3'	B	0, 0.301, 0.598, 0.896, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.598 std_dev=0.298
O2'	B	0, 0.380, 0.685, 0.991, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.685 std_dev=0.305
C1'	B	0, 0.358, 0.674, 0.990, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.674 std_dev=0.316
C3'	A	0, 0.143, 0.460, 0.776, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.460 std_dev=0.317
O3'	B	0, 0.428, 0.837, 1.247, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.837 std_dev=0.409
O3'	A	0, 0.201, 0.615, 1.029, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.615 std_dev=0.414
O4'	B	0, 0.327, 0.752, 1.177, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.752 std_dev=0.425
O5'	A	0, 0.392, 0.831, 1.270, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.831 std_dev=0.439
C5'	A	0, 0.268, 0.785, 1.302, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.785 std_dev=0.517
P	A	0, 0.504, 1.120, 1.735, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.120 std_dev=0.615
N9	B	0, 0.397, 1.102, 1.807, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.102 std_dev=0.705
C8	B	0, 0.508, 1.271, 2.034, 2.907 max_d=2.907 avg_d=1.271 std_dev=0.763
C4'	B	0, -0.055, 0.761, 1.576, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.761 std_dev=0.816
OP1	A	0, 0.606, 1.437, 2.268, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.437 std_dev=0.831
OP2	A	0, 0.876, 1.787, 2.698, 2.619 max_d=2.619 avg_d=1.787 std_dev=0.911
N7	B	0, 0.447, 1.784, 3.121, 4.728 max_d=4.728 avg_d=1.784 std_dev=1.337
C5'	B	0, 0.019, 1.360, 2.700, 4.149 max_d=4.149 avg_d=1.360 std_dev=1.340
C4	B	0, 0.186, 1.735, 3.283, 5.133 max_d=5.133 avg_d=1.735 std_dev=1.548
C5	B	0, 0.265, 2.064, 3.863, 6.024 max_d=6.024 avg_d=2.064 std_dev=1.799
O5'	B	0, -0.342, 1.519, 3.379, 5.425 max_d=5.425 avg_d=1.519 std_dev=1.860
N3	B	0, -0.036, 2.117, 4.270, 6.745 max_d=6.745 avg_d=2.117 std_dev=2.153
C6	B	0, 0.122, 2.752, 5.382, 8.466 max_d=8.466 avg_d=2.752 std_dev=2.630
OP1	B	0, -0.241, 2.401, 5.044, 7.947 max_d=7.947 avg_d=2.401 std_dev=2.643
P	B	0, -0.636, 2.096, 4.829, 7.856 max_d=7.856 avg_d=2.096 std_dev=2.733
C2	B	0, -0.121, 2.792, 5.705, 9.023 max_d=9.023 avg_d=2.792 std_dev=2.913
N6	B	0, 0.159, 3.158, 6.157, 9.667 max_d=9.667 avg_d=3.158 std_dev=2.999
OP2	B	0, -0.461, 2.649, 5.758, 9.127 max_d=9.127 avg_d=2.649 std_dev=3.109
N1	B	0, -0.054, 3.097, 6.248, 9.874 max_d=9.874 avg_d=3.097 std_dev=3.151

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.16	0.12	0.33	0.12
C2	0.01	0.00	0.11	0.19	0.00	0.11	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.21	0.02	0.40	0.20	0.80	0.39
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.05	0.01	0.02	0.01	0.03	0.06	0.07	0.11	0.03	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.26	0.24	0.33	0.19
C3'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.10	0.00	0.06	0.02	0.09	0.10	0.14	0.18	0.08	0.08	0.03	0.01	0.01	0.01	0.38	0.45	0.29	0.28
C4	0.01	0.00	0.05	0.10	0.00	0.07	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.09	0.02	0.40	0.17	0.74	0.36
C4'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.07	0.00	0.05	0.01	0.07	0.06	0.09	0.10	0.07	0.05	0.03	0.03	0.03	0.00	0.02	0.14	0.18	0.04
C5	0.01	0.01	0.02	0.06	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.02	0.51	0.25	0.93	0.47
C5'	0.02	0.18	0.01	0.02	0.12	0.01	0.11	0.00	0.14	0.07	0.17	0.16	0.14	0.08	0.06	0.04	0.03	0.01	0.01	0.28	0.31	0.02
C6	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.10	0.03	0.53	0.30	1.02	0.51
C8	0.01	0.01	0.06	0.10	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.11	0.03	0.47	0.18	0.77	0.39
N1	0.01	0.00	0.07	0.14	0.00	0.09	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.16	0.02	0.48	0.27	0.95	0.47
N3	0.01	0.00	0.11	0.18	0.00	0.10	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.19	0.02	0.34	0.15	0.68	0.32
N6	0.01	0.00	0.03	0.08	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.03	0.59	0.36	1.14	0.58
N7	0.01	0.01	0.05	0.08	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.09	0.03	0.55	0.26	0.97	0.49
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.36	0.12	0.61	0.28
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.03	0.06	0.07	0.04	0.03	0.01	0.00	0.04	0.03	0.08	0.19	0.13	0.06
O3'	0.02	0.21	0.02	0.01	0.09	0.03	0.06	0.03	0.10	0.11	0.16	0.19	0.09	0.09	0.02	0.04	0.00	0.02	0.32	0.58	0.16	0.28
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.02	0.00	0.09	0.20	0.20	0.13
O5'	0.16	0.40	0.26	0.38	0.40	0.02	0.51	0.01	0.53	0.47	0.48	0.34	0.59	0.55	0.36	0.08	0.32	0.09	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.12	0.20	0.24	0.45	0.17	0.14	0.25	0.28	0.30	0.18	0.27	0.15	0.36	0.26	0.12	0.19	0.58	0.20	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.33	0.80	0.33	0.29	0.74	0.18	0.93	0.31	1.02	0.77	0.95	0.68	1.14	0.97	0.61	0.13	0.16	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.39	0.19	0.28	0.36	0.04	0.47	0.02	0.51	0.39	0.47	0.32	0.58	0.49	0.28	0.06	0.28	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.13	1.08	0.16	0.35	0.46	0.83	0.32	1.25	0.56	0.35	0.92	0.91	0.46	0.24	0.15	0.23	0.21	0.56	1.40	1.71	1.91	1.92
C2	0.17	1.66	0.18	0.35	0.80	0.90	0.80	1.18	1.22	0.25	1.63	1.26	1.23	0.40	0.29	0.20	0.32	0.73	1.30	1.50	1.81	1.75
C2'	0.18	0.98	0.15	0.21	0.44	0.65	0.31	1.06	0.51	0.32	0.83	0.83	0.42	0.24	0.19	0.29	0.11	0.44	1.19	1.53	1.73	1.74
C3'	0.29	0.75	0.21	0.09	0.37	0.41	0.26	0.74	0.37	0.32	0.62	0.65	0.29	0.26	0.24	0.37	0.09	0.28	0.79	1.07	1.20	1.26
C4	0.16	1.44	0.17	0.34	0.70	0.88	0.66	1.15	1.00	0.24	1.36	1.13	0.97	0.31	0.25	0.20	0.30	0.70	1.25	1.41	1.66	1.65
C4'	0.26	0.67	0.17	0.17	0.27	0.44	0.15	0.85	0.25	0.37	0.51	0.60	0.18	0.31	0.18	0.31	0.11	0.24	0.91	1.26	1.31	1.39
C5	0.18	1.50	0.17	0.33	0.76	0.87	0.78	1.04	1.14	0.23	1.47	1.15	1.15	0.42	0.29	0.19	0.33	0.73	1.06	1.13	1.34	1.36
C5'	0.37	0.53	0.23	0.13	0.22	0.20	0.18	0.43	0.24	0.36	0.42	0.45	0.25	0.31	0.23	0.36	0.17	0.25	0.40	0.68	0.67	0.78
C6	0.20	1.65	0.18	0.32	0.85	0.86	0.92	1.01	1.34	0.26	1.68	1.23	1.39	0.53	0.33	0.20	0.35	0.76	1.03	1.09	1.32	1.32
C8	0.16	1.14	0.16	0.34	0.57	0.86	0.52	1.05	0.78	0.22	1.06	0.93	0.74	0.25	0.21	0.20	0.29	0.68	1.04	1.12	1.25	1.32
N1	0.19	1.72	0.18	0.33	0.86	0.88	0.92	1.09	1.36	0.25	1.74	1.28	1.41	0.51	0.33	0.20	0.34	0.75	1.16	1.28	1.57	1.53
N3	0.15	1.52	0.17	0.35	0.72	0.89	0.67	1.21	1.05	0.26	1.44	1.18	1.02	0.31	0.26	0.21	0.29	0.69	1.35	1.59	1.89	1.84
N6	0.22	1.69	0.19	0.31	0.90	0.82	1.03	0.89	1.48	0.32	1.79	1.22	1.58	0.66	0.37	0.21	0.37	0.76	0.85	0.85	1.04	1.07
N7	0.19	1.32	0.17	0.32	0.70	0.84	0.71	0.95	1.02	0.22	1.30	1.03	1.03	0.40	0.27	0.19	0.33	0.73	0.90	0.92	1.05	1.12
N9	0.15	1.23	0.16	0.35	0.58	0.87	0.49	1.17	0.77	0.27	1.11	1.00	0.72	0.23	0.20	0.21	0.26	0.65	1.26	1.43	1.64	1.66
O2'	0.13	0.98	0.14	0.28	0.37	0.70	0.19	1.22	0.41	0.41	0.79	0.82	0.28	0.31	0.12	0.25	0.14	0.45	1.44	1.91	2.15	2.10
O3'	0.31	0.66	0.23	0.10	0.30	0.29	0.19	0.62	0.29	0.33	0.52	0.57	0.21	0.27	0.23	0.39	0.14	0.22	0.67	0.99	1.12	1.18
O4'	0.17	0.87	0.16	0.34	0.36	0.72	0.20	1.17	0.37	0.38	0.68	0.76	0.26	0.29	0.16	0.25	0.20	0.42	1.26	1.58	1.66	1.73
O5'	0.21	0.61	0.15	0.10	0.24	0.35	0.26	0.76	0.36	0.35	0.51	0.52	0.40	0.38	0.10	0.43	0.02	0.16	0.61	0.96	0.76	0.98
OP1	0.23	1.29	0.17	0.17	0.93	0.33	1.08	0.66	1.26	0.84	1.34	1.08	1.34	1.05	0.66	0.18	0.01	0.30	0.49	0.67	0.52	0.70
OP2	0.42	0.69	0.45	0.23	0.27	0.11	0.26	0.13	0.40	0.35	0.59	0.56	0.41	0.31	0.23	0.78	0.02	0.25	0.37	0.20	0.56	0.25
P	0.13	0.76	0.15	0.01	0.40	0.16	0.46	0.41	0.60	0.36	0.72	0.63	0.64	0.46	0.17	0.39	0.00	0.05	0.17	0.38	0.21	0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.17	0.00	0.25	0.17	0.45	0.29
C2	0.01	0.00	0.34	0.59	0.00	0.31	0.00	0.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.21	0.50	0.12	0.23	0.40	0.72	0.34
C2'	0.00	0.34	0.00	0.00	0.16	0.02	0.05	0.11	0.12	0.20	0.24	0.35	0.07	0.13	0.03	0.00	0.02	0.01	0.53	0.44	0.78	0.53
C3'	0.02	0.59	0.00	0.00	0.41	0.00	0.39	0.01	0.47	0.27	0.55	0.55	0.46	0.32	0.24	0.01	0.01	0.02	0.31	0.22	0.41	0.23
C4	0.01	0.00	0.16	0.41	0.00	0.21	0.00	0.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.24	0.06	0.19	0.20	0.71	0.33
C4'	0.00	0.31	0.02	0.00	0.21	0.00	0.23	0.00	0.26	0.29	0.28	0.28	0.27	0.28	0.16	0.23	0.02	0.00	0.02	0.04	0.03	0.04
C5	0.01	0.00	0.05	0.39	0.00	0.23	0.00	0.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31	0.26	0.02	0.22	0.27	0.86	0.39
C5'	0.04	0.43	0.11	0.01	0.30	0.00	0.38	0.00	0.41	0.46	0.43	0.37	0.46	0.48	0.23	0.10	0.14	0.02	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.12	0.47	0.00	0.26	0.00	0.41	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.32	0.35	0.05	0.17	0.32	0.87	0.35
C8	0.01	0.00	0.20	0.27	0.00	0.29	0.00	0.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.28	0.23	0.11	0.42	0.40	0.88	0.57
N1	0.01	0.00	0.24	0.55	0.00	0.28	0.00	0.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.28	0.45	0.09	0.17	0.37	0.80	0.33
N3	0.01	0.00	0.35	0.55	0.00	0.28	0.00	0.37	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.18	0.43	0.12	0.23	0.33	0.65	0.33
N6	0.01	0.00	0.07	0.46	0.01	0.27	0.00	0.46	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.36	0.37	0.03	0.20	0.38	0.95	0.39
N7	0.00	0.00	0.13	0.32	0.00	0.28	0.00	0.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.34	0.26	0.07	0.37	0.42	0.97	0.55
N9	0.00	0.00	0.03	0.24	0.00	0.16	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.20	0.09	0.01	0.26	0.17	0.67	0.37
O2'	0.01	0.21	0.00	0.01	0.23	0.23	0.31	0.10	0.32	0.28	0.28	0.18	0.36	0.34	0.20	0.00	0.06	0.21	0.25	0.25	0.49	0.25
O3'	0.17	0.50	0.02	0.01	0.24	0.02	0.26	0.14	0.35	0.23	0.45	0.43	0.37	0.26	0.09	0.06	0.00	0.11	0.10	0.07	0.14	0.09
O4'	0.00	0.12	0.01	0.02	0.06	0.00	0.02	0.02	0.05	0.11	0.09	0.12	0.03	0.07	0.01	0.21	0.11	0.00	0.06	0.11	0.12	0.09
O5'	0.25	0.23	0.53	0.31	0.19	0.02	0.22	0.01	0.17	0.42	0.17	0.23	0.20	0.37	0.26	0.25	0.10	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.17	0.40	0.44	0.22	0.20	0.04	0.27	0.04	0.32	0.40	0.37	0.33	0.38	0.42	0.17	0.25	0.07	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.45	0.72	0.78	0.41	0.71	0.03	0.86	0.02	0.87	0.88	0.80	0.65	0.95	0.97	0.67	0.49	0.14	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.29	0.34	0.53	0.23	0.33	0.04	0.39	0.01	0.35	0.57	0.33	0.33	0.39	0.55	0.37	0.25	0.09	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00