ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52442

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.022, 0.046, 0.071, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.046 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.007, 0.039, 0.071, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.039 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.066, 0.293, 0.520, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.293 std_dev=0.227
C2' A 0, 0.073, 0.326, 0.579, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.326 std_dev=0.253
O2' B 0, 0.355, 0.609, 0.863, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.609 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.275, 0.631, 0.988, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.631 std_dev=0.356
C4' A 0, 0.103, 0.514, 0.926, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.514 std_dev=0.412
O3' B 0, 0.171, 0.646, 1.121, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.646 std_dev=0.475
C5' A 0, 0.063, 0.562, 1.060, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.562 std_dev=0.498
C3' B 0, 0.404, 0.904, 1.404, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.904 std_dev=0.500
C3' A 0, 0.172, 0.689, 1.207, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.689 std_dev=0.518
O5' A 0, 0.066, 0.615, 1.163, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.615 std_dev=0.548
C8 B 0, 0.634, 1.225, 1.816, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.225 std_dev=0.591
P A 0, 0.137, 0.773, 1.409, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.773 std_dev=0.636
O2' A 0, 0.066, 0.719, 1.372, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.719 std_dev=0.653
C1' B 0, 0.426, 1.098, 1.771, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.098 std_dev=0.672
N9 B 0, 0.541, 1.220, 1.899, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.220 std_dev=0.679
OP2 A 0, 0.270, 1.076, 1.881, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.076 std_dev=0.805
OP1 A 0, 0.136, 0.971, 1.806, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.971 std_dev=0.835
O4' B 0, 0.533, 1.417, 2.300, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.417 std_dev=0.883
O3' A 0, 0.346, 1.271, 2.196, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.271 std_dev=0.925
C4' B 0, 0.568, 1.575, 2.582, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.575 std_dev=1.007
N7 B 0, 0.769, 1.898, 3.027, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.898 std_dev=1.129
O5' B 0, 0.751, 2.166, 3.581, 4.695 max_d=4.695 avg_d=2.166 std_dev=1.415
C5' B 0, 0.714, 2.277, 3.840, 4.778 max_d=4.778 avg_d=2.277 std_dev=1.563
C4 B 0, 0.555, 2.171, 3.786, 4.556 max_d=4.556 avg_d=2.171 std_dev=1.615
C5 B 0, 0.695, 2.401, 4.106, 5.068 max_d=5.068 avg_d=2.401 std_dev=1.705
P B 0, 1.077, 3.223, 5.369, 6.347 max_d=6.347 avg_d=3.223 std_dev=2.146
OP2 B 0, 1.203, 3.458, 5.712, 6.827 max_d=6.827 avg_d=3.458 std_dev=2.254
OP1 B 0, 1.725, 4.177, 6.628, 7.049 max_d=7.049 avg_d=4.177 std_dev=2.452
N3 B 0, 0.493, 2.976, 5.459, 6.588 max_d=6.588 avg_d=2.976 std_dev=2.483
C6 B 0, 0.761, 3.389, 6.017, 7.320 max_d=7.320 avg_d=3.389 std_dev=2.628
N6 B 0, 0.959, 3.864, 6.770, 8.284 max_d=8.284 avg_d=3.864 std_dev=2.906
C2 B 0, 0.566, 3.841, 7.115, 8.568 max_d=8.568 avg_d=3.841 std_dev=3.274
N1 B 0, 0.697, 4.061, 7.425, 8.944 max_d=8.944 avg_d=4.061 std_dev=3.364

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.31 0.00 0.25 0.25 0.20 0.18
C2 0.04 0.00 0.24 0.30 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.21 0.08 0.37 0.38 0.35 0.32
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.01 0.06 0.21 0.10 0.12 0.18 0.24 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.54 0.60 0.56 0.55
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.02 0.37 0.31 0.35 0.26 0.39 0.37 0.23 0.02 0.01 0.02 0.25 0.49 0.12 0.26
C4 0.02 0.01 0.12 0.29 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.10 0.05 0.38 0.35 0.30 0.30
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.07 0.11 0.13 0.08 0.30 0.03 0.01 0.02 0.19 0.24 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.35 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.12 0.04 0.45 0.43 0.41 0.39
C5' 0.08 0.09 0.21 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.05 0.10 0.22 0.01 0.01 0.15 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.37 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.39 0.15 0.05 0.46 0.46 0.47 0.42
C8 0.02 0.02 0.12 0.31 0.01 0.12 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.27 0.15 0.06 0.45 0.37 0.31 0.33
N1 0.03 0.00 0.18 0.35 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.37 0.16 0.07 0.42 0.43 0.42 0.38
N3 0.04 0.00 0.24 0.26 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.08 0.34 0.34 0.29 0.28
N6 0.03 0.01 0.07 0.39 0.02 0.11 0.02 0.10 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.42 0.19 0.06 0.49 0.51 0.54 0.47
N7 0.01 0.01 0.07 0.37 0.01 0.13 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.33 0.20 0.05 0.49 0.45 0.46 0.42
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.22 0.07 0.01 0.35 0.31 0.22 0.25
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.30 0.30 0.35 0.10 0.39 0.27 0.37 0.29 0.42 0.33 0.22 0.00 0.04 0.21 0.35 0.46 0.65 0.44
O3' 0.31 0.21 0.02 0.01 0.10 0.03 0.12 0.22 0.15 0.15 0.16 0.23 0.19 0.20 0.07 0.04 0.00 0.24 0.23 0.66 0.34 0.39
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.21 0.24 0.00 0.09 0.08 0.32 0.14
O5' 0.25 0.37 0.54 0.25 0.38 0.02 0.45 0.01 0.46 0.45 0.42 0.34 0.49 0.49 0.35 0.35 0.23 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.38 0.60 0.49 0.35 0.19 0.43 0.15 0.46 0.37 0.43 0.34 0.51 0.45 0.31 0.46 0.66 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.35 0.56 0.12 0.30 0.24 0.41 0.30 0.47 0.31 0.42 0.29 0.54 0.46 0.22 0.65 0.34 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.32 0.55 0.26 0.30 0.04 0.39 0.01 0.42 0.33 0.38 0.28 0.47 0.42 0.25 0.44 0.39 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 1.45 0.26 0.35 0.69 0.32 0.52 0.46 0.79 0.43 1.23 1.23 0.68 0.37 0.33 0.22 0.24 0.32 0.70 0.82 1.14 0.95
C2 0.51 2.73 0.35 0.55 1.36 0.50 1.19 0.97 1.79 0.55 2.54 2.17 1.68 0.62 0.65 0.22 0.34 0.41 1.27 1.45 2.07 1.73
C2' 0.22 1.24 0.21 0.56 0.54 0.35 0.44 0.59 0.71 0.43 1.09 0.99 0.64 0.34 0.26 0.18 0.47 0.23 0.86 1.05 1.30 1.16
C3' 0.17 0.96 0.24 0.20 0.49 0.13 0.39 0.16 0.58 0.21 0.84 0.82 0.52 0.21 0.23 0.17 0.20 0.12 0.35 0.70 0.61 0.58
C4 0.46 2.38 0.33 0.52 1.20 0.46 1.01 0.86 1.50 0.48 2.15 1.95 1.36 0.51 0.57 0.22 0.33 0.38 1.13 1.25 1.80 1.52
C4' 0.21 0.73 0.19 0.14 0.39 0.18 0.36 0.18 0.44 0.40 0.61 0.64 0.41 0.39 0.28 0.21 0.08 0.12 0.28 0.62 0.50 0.43
C5 0.52 2.76 0.36 0.60 1.45 0.57 1.27 1.08 1.84 0.52 2.54 2.24 1.69 0.63 0.70 0.24 0.40 0.41 1.34 1.51 2.08 1.77
C5' 0.39 0.68 0.24 0.22 0.49 0.24 0.43 0.26 0.47 0.37 0.59 0.65 0.43 0.37 0.40 0.32 0.20 0.28 0.28 0.63 0.32 0.37
C6 0.56 3.10 0.38 0.63 1.61 0.63 1.48 1.22 2.16 0.58 2.95 2.45 2.04 0.76 0.78 0.25 0.42 0.44 1.49 1.75 2.36 2.00
C8 0.42 2.01 0.32 0.54 1.08 0.47 0.88 0.83 1.26 0.40 1.77 1.73 1.12 0.42 0.52 0.23 0.36 0.35 1.05 1.14 1.57 1.36
N1 0.55 3.04 0.37 0.60 1.55 0.58 1.40 1.14 2.09 0.58 2.89 2.39 1.98 0.73 0.75 0.24 0.39 0.43 1.43 1.68 2.31 1.95
N3 0.45 2.39 0.33 0.50 1.18 0.44 0.99 0.83 1.50 0.51 2.17 1.93 1.37 0.53 0.55 0.22 0.31 0.38 1.11 1.24 1.82 1.51
N6 0.60 3.36 0.40 0.69 1.78 0.74 1.70 1.41 2.48 0.64 3.30 2.61 2.40 0.90 0.88 0.28 0.47 0.48 1.66 2.03 2.63 2.25
N7 0.51 2.58 0.37 0.62 1.42 0.60 1.23 1.10 1.73 0.48 2.35 2.16 1.57 0.60 0.69 0.25 0.43 0.40 1.33 1.48 1.98 1.72
N9 0.40 1.93 0.31 0.46 0.98 0.39 0.78 0.69 1.16 0.43 1.69 1.63 1.02 0.41 0.46 0.22 0.30 0.34 0.95 1.03 1.48 1.26
O2' 0.19 1.35 0.13 0.42 0.61 0.26 0.48 0.49 0.76 0.36 1.17 1.10 0.67 0.30 0.24 0.16 0.30 0.19 0.78 1.09 1.31 1.12
O3' 0.17 0.78 0.27 0.21 0.38 0.30 0.31 0.32 0.43 0.29 0.66 0.67 0.38 0.28 0.22 0.19 0.30 0.19 0.31 0.76 0.45 0.43
O4' 0.27 1.00 0.30 0.28 0.45 0.39 0.35 0.37 0.49 0.45 0.80 0.88 0.43 0.41 0.26 0.25 0.24 0.34 0.48 0.61 0.80 0.64
O5' 0.25 0.90 0.33 0.14 0.57 0.07 0.50 0.07 0.65 0.18 0.83 0.80 0.61 0.28 0.32 0.33 0.03 0.15 0.23 0.70 0.41 0.43
OP1 0.31 0.40 0.13 0.07 0.15 0.17 0.18 0.25 0.24 0.30 0.31 0.39 0.32 0.33 0.09 0.16 0.02 0.32 0.44 1.17 0.66 0.71
OP2 0.28 1.23 0.48 0.05 0.98 0.29 1.11 0.39 1.29 0.74 1.34 1.03 1.36 0.98 0.69 0.44 0.03 0.10 0.31 0.69 0.60 0.61
P 0.09 0.56 0.23 0.02 0.36 0.13 0.44 0.10 0.54 0.29 0.59 0.45 0.58 0.40 0.19 0.20 0.01 0.15 0.23 0.76 0.39 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.33 0.01 0.22 0.52 0.40 0.29
C2 0.03 0.00 0.42 0.31 0.01 0.13 0.02 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.34 0.33 0.29 0.28 0.90 0.55 0.42
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.21 0.02 0.10 0.23 0.19 0.22 0.32 0.42 0.13 0.13 0.02 0.01 0.04 0.03 0.46 0.63 0.42 0.59
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.25 0.01 0.29 0.03 0.32 0.23 0.33 0.27 0.34 0.28 0.18 0.02 0.01 0.02 0.14 0.40 0.21 0.26
C4 0.01 0.01 0.21 0.25 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.21 0.15 0.26 0.83 0.57 0.42
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.16 0.09 0.12 0.06 0.13 0.06 0.28 0.03 0.00 0.03 0.28 0.31 0.07
C5 0.02 0.02 0.10 0.29 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.13 0.07 0.28 0.96 0.73 0.49
C5' 0.10 0.21 0.23 0.03 0.13 0.01 0.11 0.00 0.13 0.12 0.18 0.20 0.12 0.12 0.09 0.08 0.21 0.02 0.02 0.36 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.32 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.18 0.14 0.29 1.02 0.76 0.49
C8 0.04 0.02 0.22 0.23 0.01 0.16 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.45 0.09 0.19 0.25 0.82 0.72 0.49
N1 0.03 0.01 0.32 0.33 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.25 0.26 0.23 0.29 0.99 0.67 0.46
N3 0.04 0.01 0.42 0.27 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.34 0.29 0.26 0.81 0.48 0.39
N6 0.03 0.02 0.13 0.34 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.31 0.16 0.10 0.30 1.10 0.86 0.53
N7 0.03 0.02 0.13 0.28 0.01 0.13 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.43 0.09 0.11 0.29 0.99 0.83 0.55
N9 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.22 0.15 0.02 0.23 0.71 0.54 0.39
O2' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.20 0.28 0.28 0.08 0.26 0.45 0.25 0.34 0.31 0.43 0.22 0.00 0.06 0.18 0.35 0.61 0.43 0.52
O3' 0.33 0.33 0.04 0.01 0.21 0.03 0.13 0.21 0.18 0.09 0.26 0.34 0.16 0.09 0.15 0.06 0.00 0.22 0.23 0.66 0.24 0.33
O4' 0.01 0.29 0.03 0.02 0.15 0.00 0.07 0.02 0.14 0.19 0.23 0.29 0.10 0.11 0.02 0.18 0.22 0.00 0.12 0.46 0.55 0.21
O5' 0.22 0.28 0.46 0.14 0.26 0.03 0.28 0.02 0.29 0.25 0.29 0.26 0.30 0.29 0.23 0.35 0.23 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.52 0.90 0.63 0.40 0.83 0.28 0.96 0.36 1.02 0.82 0.99 0.81 1.10 0.99 0.71 0.61 0.66 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.55 0.42 0.21 0.57 0.31 0.73 0.35 0.76 0.72 0.67 0.48 0.86 0.83 0.54 0.43 0.24 0.55 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.42 0.59 0.26 0.42 0.07 0.49 0.02 0.49 0.49 0.46 0.39 0.53 0.55 0.39 0.52 0.33 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00