Doublet Group distance statistics: 52443

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.048 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.016, 0.048, 0.080, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.048 std_dev=0.032
N7	A	0, 0.013, 0.047, 0.080, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.047 std_dev=0.033
C2'	A	0, 0.093, 0.217, 0.341, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.217 std_dev=0.124
O4'	A	0, 0.084, 0.217, 0.350, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.217 std_dev=0.133
O2'	A	0, 0.131, 0.308, 0.484, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.308 std_dev=0.177
C4'	A	0, 0.132, 0.335, 0.538, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.335 std_dev=0.203
C3'	A	0, 0.167, 0.375, 0.584, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.375 std_dev=0.208
O3'	B	0, 0.083, 0.333, 0.582, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.333 std_dev=0.250
C2'	B	0, 0.186, 0.445, 0.703, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.445 std_dev=0.258
C1'	B	0, 0.153, 0.424, 0.694, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.424 std_dev=0.271
O5'	A	0, 0.131, 0.425, 0.718, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.425 std_dev=0.294
O3'	A	0, 0.280, 0.591, 0.902, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.591 std_dev=0.311
C5'	A	0, 0.195, 0.521, 0.848, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.521 std_dev=0.327
C3'	B	0, 0.106, 0.436, 0.767, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.436 std_dev=0.330
O2'	B	0, 0.210, 0.546, 0.881, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.546 std_dev=0.336
P	A	0, 0.171, 0.519, 0.867, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.519 std_dev=0.348
O4'	B	0, 0.251, 0.603, 0.955, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.603 std_dev=0.352
N9	B	0, 0.213, 0.607, 1.001, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.607 std_dev=0.394
C4'	B	0, 0.215, 0.641, 1.068, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.641 std_dev=0.427
OP1	A	0, 0.327, 0.787, 1.246, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.787 std_dev=0.460
C4	B	0, 0.284, 0.763, 1.242, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.763 std_dev=0.479
N3	B	0, 0.303, 0.785, 1.267, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.785 std_dev=0.482
OP2	A	0, 0.230, 0.728, 1.225, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.728 std_dev=0.497
C8	B	0, 0.235, 0.736, 1.237, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.736 std_dev=0.501
C5	B	0, 0.346, 0.964, 1.583, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.964 std_dev=0.618
C2	B	0, 0.400, 1.023, 1.645, 1.587 max_d=1.587 avg_d=1.023 std_dev=0.622
N7	B	0, 0.309, 0.937, 1.566, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.937 std_dev=0.629
C5'	B	0, 0.260, 0.924, 1.588, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.924 std_dev=0.664
O5'	B	0, 0.206, 0.882, 1.557, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.882 std_dev=0.676
N1	B	0, 0.470, 1.214, 1.958, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.214 std_dev=0.744
C6	B	0, 0.438, 1.189, 1.940, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.189 std_dev=0.751
N6	B	0, 0.496, 1.404, 2.312, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.404 std_dev=0.908
P	B	0, 0.249, 1.194, 2.138, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.194 std_dev=0.945
OP2	B	0, 0.357, 1.328, 2.299, 3.113 max_d=3.113 avg_d=1.328 std_dev=0.971
OP1	B	0, 0.139, 1.389, 2.639, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.389 std_dev=1.250

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.08	0.04	0.00	0.07	0.34	0.06	0.13
C2	0.02	0.00	0.09	0.12	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.06	0.16	0.01	0.12	0.33	0.21	0.08
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.06	0.01	0.05	0.01	0.06	0.05	0.08	0.09	0.06	0.05	0.03	0.00	0.03	0.02	0.04	0.21	0.09	0.07
C3'	0.03	0.12	0.01	0.00	0.09	0.01	0.10	0.02	0.11	0.11	0.12	0.11	0.12	0.12	0.06	0.02	0.01	0.02	0.05	0.13	0.09	0.08
C4	0.01	0.01	0.06	0.09	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.10	0.01	0.13	0.34	0.14	0.11
C4'	0.02	0.06	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.05	0.06	0.06	0.06	0.05	0.06	0.03	0.06	0.03	0.01	0.01	0.17	0.07	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.12	0.02	0.17	0.35	0.15	0.13
C5'	0.02	0.07	0.01	0.02	0.06	0.01	0.08	0.00	0.09	0.10	0.08	0.06	0.09	0.10	0.06	0.05	0.05	0.01	0.01	0.04	0.13	0.03
C6	0.01	0.01	0.06	0.11	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.15	0.01	0.17	0.33	0.20	0.11
C8	0.01	0.02	0.05	0.11	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.12	0.03	0.21	0.39	0.10	0.19
N1	0.01	0.01	0.08	0.12	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.16	0.02	0.14	0.33	0.22	0.09
N3	0.02	0.01	0.09	0.11	0.01	0.06	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.14	0.01	0.10	0.33	0.17	0.09
N6	0.01	0.02	0.06	0.12	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.16	0.02	0.19	0.33	0.20	0.13
N7	0.01	0.02	0.05	0.12	0.01	0.06	0.01	0.10	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.14	0.03	0.21	0.37	0.12	0.19
N9	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.05	0.01	0.13	0.36	0.08	0.13
O2'	0.08	0.06	0.00	0.02	0.05	0.06	0.04	0.05	0.04	0.05	0.05	0.07	0.04	0.04	0.06	0.00	0.08	0.11	0.04	0.18	0.06	0.05
O3'	0.04	0.16	0.03	0.01	0.10	0.03	0.12	0.05	0.15	0.12	0.16	0.14	0.16	0.14	0.05	0.08	0.00	0.04	0.11	0.11	0.13	0.11
O4'	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.11	0.04	0.00	0.09	0.36	0.13	0.17
O5'	0.07	0.12	0.04	0.05	0.13	0.01	0.17	0.01	0.17	0.21	0.14	0.10	0.19	0.21	0.13	0.04	0.11	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.34	0.33	0.21	0.13	0.34	0.17	0.35	0.04	0.33	0.39	0.33	0.33	0.33	0.37	0.36	0.18	0.11	0.36	0.02	0.00	0.02	0.00
OP2	0.06	0.21	0.09	0.09	0.14	0.07	0.15	0.13	0.20	0.10	0.22	0.17	0.20	0.12	0.08	0.06	0.13	0.13	0.01	0.02	0.00	0.00
P	0.13	0.08	0.07	0.08	0.11	0.08	0.13	0.03	0.11	0.19	0.09	0.09	0.13	0.19	0.13	0.05	0.11	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.20	0.23	0.13	0.20	0.26	0.21	0.29	0.20	0.26	0.20	0.19	0.20	0.23	0.23	0.32	0.11	0.27	0.17	0.40	0.18	0.19
C2	0.10	0.23	0.25	0.10	0.16	0.28	0.17	0.31	0.22	0.13	0.24	0.17	0.23	0.15	0.13	0.47	0.09	0.26	0.14	0.36	0.25	0.17
C2'	0.13	0.21	0.19	0.14	0.13	0.19	0.13	0.21	0.17	0.14	0.21	0.16	0.17	0.13	0.12	0.29	0.11	0.19	0.13	0.28	0.19	0.11
C3'	0.09	0.25	0.16	0.15	0.15	0.17	0.16	0.19	0.21	0.12	0.26	0.20	0.22	0.13	0.10	0.21	0.12	0.15	0.17	0.23	0.25	0.14
C4	0.14	0.20	0.24	0.09	0.16	0.25	0.17	0.28	0.18	0.17	0.20	0.17	0.19	0.17	0.16	0.42	0.09	0.22	0.13	0.36	0.19	0.16
C4'	0.18	0.15	0.13	0.14	0.12	0.28	0.12	0.30	0.11	0.20	0.14	0.12	0.11	0.16	0.16	0.13	0.12	0.27	0.16	0.32	0.21	0.16
C5	0.10	0.20	0.23	0.10	0.16	0.28	0.17	0.30	0.19	0.14	0.20	0.17	0.19	0.15	0.14	0.44	0.12	0.25	0.13	0.34	0.22	0.16
C5'	0.15	0.14	0.09	0.13	0.10	0.29	0.10	0.31	0.09	0.17	0.12	0.12	0.09	0.14	0.13	0.08	0.12	0.26	0.16	0.29	0.27	0.18
C6	0.08	0.20	0.22	0.12	0.15	0.33	0.16	0.35	0.20	0.13	0.21	0.16	0.21	0.15	0.12	0.45	0.12	0.33	0.15	0.33	0.27	0.17
C8	0.22	0.22	0.23	0.09	0.22	0.22	0.23	0.24	0.22	0.25	0.22	0.21	0.22	0.24	0.24	0.35	0.11	0.22	0.14	0.36	0.17	0.16
N1	0.08	0.22	0.23	0.11	0.16	0.31	0.18	0.35	0.22	0.14	0.25	0.17	0.24	0.17	0.13	0.47	0.10	0.31	0.15	0.34	0.29	0.18
N3	0.13	0.21	0.25	0.10	0.15	0.25	0.16	0.29	0.19	0.15	0.22	0.17	0.20	0.15	0.15	0.44	0.09	0.23	0.13	0.37	0.21	0.16
N6	0.12	0.18	0.21	0.15	0.15	0.39	0.17	0.40	0.20	0.15	0.21	0.14	0.21	0.17	0.14	0.44	0.16	0.40	0.18	0.32	0.32	0.20
N7	0.15	0.22	0.23	0.11	0.20	0.26	0.21	0.27	0.21	0.19	0.22	0.21	0.21	0.20	0.19	0.40	0.15	0.22	0.13	0.33	0.20	0.15
N9	0.20	0.21	0.23	0.10	0.19	0.23	0.20	0.26	0.20	0.22	0.20	0.19	0.20	0.21	0.21	0.37	0.09	0.22	0.14	0.37	0.17	0.16
O2'	0.16	0.21	0.18	0.12	0.13	0.25	0.14	0.27	0.17	0.16	0.21	0.16	0.17	0.14	0.15	0.28	0.09	0.26	0.14	0.32	0.18	0.13
O3'	0.11	0.35	0.19	0.19	0.23	0.18	0.26	0.22	0.33	0.17	0.37	0.28	0.35	0.21	0.16	0.24	0.14	0.13	0.25	0.24	0.35	0.22
O4'	0.28	0.22	0.22	0.16	0.24	0.31	0.25	0.33	0.23	0.32	0.22	0.21	0.24	0.30	0.28	0.25	0.13	0.33	0.21	0.43	0.23	0.24
O5'	0.07	0.23	0.06	0.05	0.15	0.10	0.14	0.13	0.18	0.08	0.22	0.21	0.17	0.10	0.09	0.14	0.01	0.06	0.13	0.25	0.28	0.17
OP1	0.18	0.34	0.11	0.13	0.22	0.11	0.19	0.17	0.22	0.16	0.29	0.31	0.20	0.17	0.17	0.17	0.02	0.25	0.28	0.63	0.58	0.47
OP2	0.09	0.15	0.19	0.09	0.12	0.41	0.11	0.48	0.13	0.11	0.15	0.14	0.14	0.11	0.09	0.46	0.03	0.28	0.35	0.44	0.41	0.37
P	0.09	0.17	0.09	0.01	0.10	0.18	0.08	0.15	0.10	0.08	0.14	0.15	0.09	0.07	0.08	0.22	0.00	0.18	0.12	0.30	0.34	0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.04	0.02	0.02	0.02	0.08	0.03	0.03	0.04	0.05	0.03	0.03	0.01	0.07	0.06	0.02	0.17	0.12	0.24	0.20
C2	0.05	0.00	0.19	0.13	0.03	0.10	0.02	0.11	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.21	0.17	0.11	0.31	0.29	0.65	0.45
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.12	0.01	0.11	0.07	0.14	0.04	0.17	0.17	0.13	0.06	0.05	0.00	0.02	0.05	0.13	0.11	0.11	0.12
C3'	0.04	0.13	0.00	0.00	0.09	0.01	0.10	0.03	0.11	0.11	0.12	0.12	0.12	0.11	0.07	0.02	0.00	0.01	0.08	0.16	0.13	0.10
C4	0.02	0.03	0.12	0.09	0.00	0.03	0.00	0.14	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.10	0.06	0.33	0.34	0.62	0.47
C4'	0.02	0.10	0.01	0.01	0.03	0.00	0.07	0.01	0.06	0.17	0.06	0.10	0.09	0.15	0.06	0.03	0.02	0.00	0.02	0.11	0.03	0.03
C5	0.02	0.02	0.11	0.10	0.00	0.07	0.00	0.23	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.06	0.08	0.03	0.44	0.53	0.82	0.63
C5'	0.08	0.11	0.07	0.03	0.14	0.01	0.23	0.00	0.22	0.34	0.15	0.10	0.28	0.34	0.18	0.07	0.03	0.04	0.00	0.12	0.03	0.04
C6	0.03	0.00	0.14	0.11	0.01	0.06	0.01	0.22	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.11	0.10	0.03	0.44	0.54	0.88	0.66
C8	0.03	0.03	0.04	0.11	0.01	0.17	0.01	0.34	0.02	0.00	0.03	0.02	0.04	0.00	0.01	0.12	0.06	0.12	0.48	0.58	0.73	0.65
N1	0.04	0.01	0.17	0.12	0.03	0.06	0.02	0.15	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.17	0.14	0.07	0.38	0.42	0.79	0.57
N3	0.05	0.01	0.17	0.12	0.01	0.10	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.18	0.15	0.12	0.26	0.22	0.54	0.37
N6	0.03	0.01	0.13	0.12	0.01	0.09	0.02	0.28	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.04	0.03	0.10	0.09	0.04	0.50	0.66	1.01	0.76
N7	0.03	0.03	0.06	0.11	0.01	0.15	0.01	0.34	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.08	0.06	0.09	0.51	0.67	0.90	0.74
N9	0.01	0.04	0.05	0.07	0.01	0.06	0.02	0.18	0.03	0.01	0.04	0.03	0.03	0.01	0.00	0.04	0.06	0.02	0.33	0.34	0.52	0.43
O2'	0.07	0.21	0.00	0.02	0.09	0.03	0.06	0.07	0.11	0.12	0.17	0.18	0.10	0.08	0.04	0.00	0.07	0.08	0.17	0.14	0.17	0.16
O3'	0.06	0.17	0.02	0.00	0.10	0.02	0.08	0.03	0.10	0.06	0.14	0.15	0.09	0.06	0.06	0.07	0.00	0.05	0.08	0.24	0.18	0.14
O4'	0.02	0.11	0.05	0.01	0.06	0.00	0.03	0.04	0.03	0.12	0.07	0.12	0.04	0.09	0.02	0.08	0.05	0.00	0.17	0.14	0.23	0.19
O5'	0.17	0.31	0.13	0.08	0.33	0.02	0.44	0.00	0.44	0.48	0.38	0.26	0.50	0.51	0.33	0.17	0.08	0.17	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.12	0.29	0.11	0.16	0.34	0.11	0.53	0.12	0.54	0.58	0.42	0.22	0.66	0.67	0.34	0.14	0.24	0.14	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.24	0.65	0.11	0.13	0.62	0.03	0.82	0.03	0.88	0.73	0.79	0.54	1.01	0.90	0.52	0.17	0.18	0.23	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.20	0.45	0.12	0.10	0.47	0.03	0.63	0.04	0.66	0.65	0.57	0.37	0.76	0.74	0.43	0.16	0.14	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00