ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52446

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C8 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.080, 0.182, 0.284, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.182 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.190, 0.324, 0.459, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.324 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.086, 0.221, 0.357, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.221 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.135, 0.279, 0.423, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.279 std_dev=0.144
C2' B 0, 0.197, 0.361, 0.525, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.361 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.116, 0.281, 0.447, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.281 std_dev=0.166
O2' B 0, 0.080, 0.269, 0.457, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.269 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.161, 0.379, 0.596, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.379 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.157, 0.397, 0.638, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.397 std_dev=0.240
O2' A 0, 0.171, 0.420, 0.668, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.420 std_dev=0.249
OP2 A 0, 0.303, 0.572, 0.841, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.572 std_dev=0.269
P A 0, 0.227, 0.503, 0.779, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.503 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.138, 0.437, 0.735, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.437 std_dev=0.298
OP1 A 0, 0.372, 0.694, 1.017, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.694 std_dev=0.323
N9 B 0, 0.150, 0.475, 0.801, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.475 std_dev=0.326
C6 B 0, 0.181, 0.507, 0.833, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.507 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.255, 0.593, 0.930, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.593 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.166, 0.524, 0.882, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.524 std_dev=0.358
O3' B 0, 0.274, 0.659, 1.044, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.659 std_dev=0.385
C5' A 0, 0.445, 0.836, 1.226, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.836 std_dev=0.390
C3' A 0, 0.156, 0.590, 1.025, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.590 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.219, 0.663, 1.106, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.663 std_dev=0.443
N6 B 0, 0.191, 0.638, 1.085, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.638 std_dev=0.447
C4' B 0, 0.246, 0.694, 1.143, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.694 std_dev=0.449
C8 B 0, 0.150, 0.637, 1.124, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.637 std_dev=0.487
O5' A 0, 0.476, 0.970, 1.465, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.970 std_dev=0.495
N7 B 0, 0.156, 0.675, 1.195, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.675 std_dev=0.520
O5' B 0, 0.278, 0.802, 1.326, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.802 std_dev=0.524
OP1 B 0, 0.341, 0.967, 1.592, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.967 std_dev=0.626
C5' B 0, 0.281, 0.921, 1.561, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.921 std_dev=0.640
P B 0, 0.282, 0.983, 1.683, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.983 std_dev=0.701
OP2 B 0, 0.269, 1.108, 1.946, 2.887 max_d=2.887 avg_d=1.108 std_dev=0.839
O3' A 0, 0.208, 1.130, 2.052, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.130 std_dev=0.922

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.00 0.17 0.50 0.13 0.18
C2 0.03 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.46 0.06 0.30 0.43 0.23 0.23
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.13 0.03 0.08 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.04 0.26 0.40 0.20 0.15
C3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.02 0.10 0.26 0.02 0.10 0.15 0.24 0.10 0.02 0.01 0.01 0.20 0.27 0.51 0.23
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.27 0.02 0.32 0.43 0.22 0.23
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.02 0.04 0.08 0.12 0.05 0.09 0.05 0.00 0.01 0.39 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.15 0.01 0.40 0.38 0.28 0.27
C5' 0.07 0.13 0.13 0.02 0.15 0.00 0.21 0.00 0.21 0.23 0.17 0.11 0.24 0.26 0.15 0.06 0.09 0.02 0.01 0.27 0.19 0.03
C6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.21 0.02 0.40 0.37 0.29 0.29
C8 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.05 0.41 0.39 0.27 0.27
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.35 0.04 0.36 0.39 0.26 0.26
N3 0.03 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.46 0.05 0.27 0.46 0.20 0.21
N6 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.01 0.45 0.34 0.33 0.32
N7 0.00 0.01 0.07 0.24 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.10 0.03 0.45 0.35 0.31 0.31
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.15 0.01 0.30 0.45 0.20 0.21
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.17 0.09 0.17 0.06 0.20 0.10 0.22 0.19 0.20 0.14 0.10 0.00 0.02 0.06 0.26 0.40 0.24 0.14
O3' 0.24 0.46 0.03 0.01 0.27 0.05 0.15 0.09 0.21 0.12 0.35 0.46 0.15 0.10 0.15 0.02 0.00 0.15 0.16 0.28 0.77 0.35
O4' 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.15 0.00 0.07 0.58 0.09 0.23
O5' 0.17 0.30 0.26 0.20 0.32 0.01 0.40 0.01 0.40 0.41 0.36 0.27 0.45 0.45 0.30 0.26 0.16 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.43 0.40 0.27 0.43 0.39 0.38 0.27 0.37 0.39 0.39 0.46 0.34 0.35 0.45 0.40 0.28 0.58 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.23 0.20 0.51 0.22 0.24 0.28 0.19 0.29 0.27 0.26 0.20 0.33 0.31 0.20 0.24 0.77 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.23 0.15 0.23 0.23 0.06 0.27 0.03 0.29 0.27 0.26 0.21 0.32 0.31 0.21 0.14 0.35 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.10 0.16 0.07 0.17 0.06 0.19 0.06 0.07 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.17 0.20 0.13 0.15 0.14 0.12 0.14
C2 0.25 0.10 0.17 0.20 0.14 0.29 0.12 0.29 0.09 0.18 0.08 0.14 0.07 0.14 0.19 0.21 0.20 0.31 0.29 0.25 0.29 0.29
C2' 0.08 0.08 0.09 0.13 0.06 0.12 0.10 0.14 0.09 0.13 0.06 0.09 0.13 0.14 0.08 0.14 0.18 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09
C3' 0.33 0.19 0.32 0.31 0.30 0.30 0.34 0.30 0.29 0.43 0.21 0.22 0.32 0.42 0.36 0.28 0.28 0.32 0.32 0.33 0.34 0.33
C4 0.19 0.09 0.14 0.17 0.11 0.23 0.09 0.23 0.07 0.13 0.07 0.12 0.06 0.10 0.14 0.19 0.18 0.24 0.24 0.20 0.23 0.24
C4' 0.09 0.10 0.08 0.16 0.10 0.15 0.16 0.20 0.14 0.23 0.09 0.08 0.18 0.24 0.14 0.06 0.20 0.11 0.12 0.15 0.16 0.14
C5 0.22 0.08 0.17 0.22 0.14 0.29 0.14 0.30 0.11 0.20 0.08 0.11 0.11 0.17 0.19 0.17 0.23 0.29 0.31 0.26 0.30 0.30
C5' 0.15 0.29 0.13 0.19 0.21 0.18 0.22 0.23 0.23 0.22 0.27 0.26 0.24 0.24 0.18 0.15 0.19 0.17 0.16 0.16 0.20 0.17
C6 0.27 0.09 0.19 0.26 0.17 0.35 0.17 0.37 0.13 0.26 0.09 0.12 0.13 0.22 0.23 0.18 0.26 0.35 0.37 0.32 0.37 0.37
C8 0.13 0.08 0.11 0.16 0.09 0.18 0.09 0.19 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.19 0.16 0.21 0.18 0.20 0.20
N1 0.27 0.09 0.19 0.24 0.17 0.34 0.16 0.35 0.11 0.24 0.09 0.13 0.11 0.20 0.23 0.20 0.23 0.36 0.35 0.30 0.35 0.35
N3 0.21 0.11 0.15 0.17 0.12 0.24 0.08 0.24 0.07 0.12 0.08 0.13 0.05 0.09 0.15 0.21 0.18 0.25 0.24 0.19 0.22 0.23
N6 0.29 0.09 0.22 0.31 0.20 0.40 0.22 0.44 0.17 0.31 0.11 0.13 0.18 0.28 0.27 0.18 0.30 0.40 0.43 0.39 0.44 0.44
N7 0.19 0.09 0.16 0.24 0.14 0.27 0.15 0.29 0.13 0.20 0.10 0.10 0.13 0.19 0.18 0.13 0.26 0.25 0.31 0.26 0.30 0.30
N9 0.14 0.09 0.11 0.14 0.08 0.18 0.05 0.19 0.05 0.07 0.07 0.11 0.04 0.05 0.09 0.16 0.16 0.17 0.19 0.15 0.17 0.18
O2' 0.17 0.15 0.18 0.20 0.15 0.21 0.17 0.21 0.18 0.17 0.15 0.16 0.21 0.20 0.15 0.25 0.22 0.19 0.15 0.14 0.13 0.15
O3' 0.61 0.65 0.54 0.51 0.74 0.48 0.82 0.49 0.81 0.83 0.72 0.64 0.86 0.88 0.73 0.38 0.38 0.56 0.60 0.57 0.70 0.63
O4' 0.19 0.15 0.19 0.28 0.16 0.29 0.18 0.33 0.16 0.22 0.14 0.16 0.17 0.22 0.18 0.18 0.33 0.23 0.26 0.26 0.24 0.26
O5' 0.31 0.54 0.33 0.17 0.43 0.09 0.41 0.11 0.45 0.30 0.51 0.51 0.43 0.34 0.35 0.36 0.02 0.20 0.14 0.11 0.18 0.12
OP1 0.09 0.13 0.03 0.10 0.06 0.24 0.12 0.38 0.08 0.25 0.09 0.11 0.12 0.23 0.12 0.12 0.01 0.20 0.32 0.46 0.41 0.40
OP2 0.08 0.22 0.16 0.02 0.15 0.10 0.14 0.24 0.16 0.14 0.20 0.19 0.16 0.15 0.11 0.17 0.01 0.06 0.18 0.24 0.20 0.21
P 0.04 0.17 0.11 0.01 0.07 0.08 0.04 0.17 0.06 0.11 0.12 0.15 0.04 0.09 0.04 0.15 0.00 0.04 0.07 0.14 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.08 0.11 0.20 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.11 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08
C4 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.10 0.18 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.14 0.21 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.16 0.23 0.14
C8 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.08 0.11 0.18 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.09 0.14 0.22 0.13
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.02 0.07 0.09 0.18 0.09
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.18 0.24 0.16
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.09 0.15 0.22 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.15 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.08 0.09 0.05 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.11 0.07 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.07 0.05
O5' 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.03 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.11 0.05 0.08 0.10 0.04 0.14 0.06 0.16 0.11 0.14 0.09 0.18 0.15 0.07 0.05 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.20 0.11 0.08 0.18 0.04 0.21 0.01 0.23 0.18 0.22 0.18 0.24 0.22 0.15 0.07 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.06 0.08 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.09 0.16 0.14 0.08 0.03 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00