ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.018, 0.037, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.023, 0.053, 0.082, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.053 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.047 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.029, 0.063, 0.097, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.034
C2' B 0, 0.204, 0.464, 0.725, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.464 std_dev=0.260
O3' A 0, 0.014, 0.375, 0.736, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.375 std_dev=0.361
O2' B 0, 0.040, 0.436, 0.832, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.436 std_dev=0.396
O5' B 0, 0.235, 0.716, 1.197, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.716 std_dev=0.481
C4' B 0, 0.176, 0.745, 1.314, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.745 std_dev=0.569
C3' B 0, 0.068, 0.675, 1.282, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.675 std_dev=0.607
C3' A 0, -0.183, 0.459, 1.102, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.459 std_dev=0.643
P B 0, 0.287, 0.970, 1.654, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.970 std_dev=0.683
OP2 B 0, 0.275, 0.969, 1.662, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.969 std_dev=0.693
O4' B 0, 0.128, 0.833, 1.538, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.833 std_dev=0.705
C1' B 0, 0.039, 0.757, 1.475, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.757 std_dev=0.718
C5' B 0, 0.165, 0.884, 1.604, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.884 std_dev=0.719
O4' A 0, -0.402, 0.432, 1.266, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.432 std_dev=0.834
C2' A 0, -0.386, 0.456, 1.298, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.456 std_dev=0.842
C4' A 0, -0.391, 0.562, 1.515, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.562 std_dev=0.953
OP1 B 0, 0.134, 1.265, 2.396, 3.676 max_d=3.676 avg_d=1.265 std_dev=1.131
N9 B 0, -0.204, 0.998, 2.201, 3.947 max_d=3.947 avg_d=0.998 std_dev=1.203
O3' B 0, -0.420, 0.910, 2.241, 4.388 max_d=4.388 avg_d=0.910 std_dev=1.330
O2' A 0, -0.668, 0.782, 2.233, 4.606 max_d=4.606 avg_d=0.782 std_dev=1.451
C8 B 0, -0.476, 1.153, 2.782, 5.293 max_d=5.293 avg_d=1.153 std_dev=1.629
C4 B 0, -0.416, 1.264, 2.944, 5.487 max_d=5.487 avg_d=1.264 std_dev=1.680
C5' A 0, -0.915, 0.957, 2.829, 5.900 max_d=5.900 avg_d=0.957 std_dev=1.872
N3 B 0, -0.531, 1.450, 3.431, 6.482 max_d=6.482 avg_d=1.450 std_dev=1.981
C5 B 0, -0.671, 1.445, 3.560, 6.843 max_d=6.843 avg_d=1.445 std_dev=2.115
O5' A 0, -1.029, 1.107, 3.243, 6.747 max_d=6.747 avg_d=1.107 std_dev=2.136
N7 B 0, -0.743, 1.413, 3.569, 6.950 max_d=6.950 avg_d=1.413 std_dev=2.156
C2 B 0, -0.799, 1.741, 4.281, 8.259 max_d=8.259 avg_d=1.741 std_dev=2.540
C6 B 0, -0.915, 1.725, 4.366, 8.515 max_d=8.515 avg_d=1.725 std_dev=2.641
N1 B 0, -0.948, 1.851, 4.649, 9.051 max_d=9.051 avg_d=1.851 std_dev=2.798
P A 0, -1.573, 1.568, 4.709, 9.862 max_d=9.862 avg_d=1.568 std_dev=3.141
N6 B 0, -1.194, 1.950, 5.093, 10.081 max_d=10.081 avg_d=1.950 std_dev=3.143
OP2 A 0, -1.698, 1.799, 5.295, 11.023 max_d=11.023 avg_d=1.799 std_dev=3.497
OP1 A 0, -1.781, 1.722, 5.226, 10.974 max_d=10.974 avg_d=1.722 std_dev=3.503

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.23 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.41 0.38 0.01 0.41 0.01 0.88 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.05 0.19 1.23 1.04 2.05 1.55
C2' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.23 0.01 0.13 0.03 0.21 0.16 0.33 0.40 0.17 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.15 0.06
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.19 0.01 0.11 0.03 0.18 0.15 0.30 0.36 0.14 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.16 0.07
C4 0.00 0.01 0.23 0.19 0.00 0.19 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.02 0.09 0.52 0.23 0.96 0.59
C4' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.19 0.00 0.09 0.00 0.18 0.17 0.32 0.40 0.13 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.18 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.03 0.04 0.28 0.33 0.76 0.32
C5' 0.02 0.88 0.03 0.03 0.38 0.00 0.20 0.00 0.39 0.33 0.69 0.81 0.28 0.21 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.10 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.21 0.18 0.01 0.18 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.08 0.55 0.25 1.21 0.68
C8 0.02 0.02 0.16 0.15 0.01 0.17 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.10 0.50 1.01 0.28 0.63
N1 0.01 0.01 0.33 0.30 0.01 0.32 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.03 0.14 0.96 0.69 1.80 1.24
N3 0.01 0.01 0.40 0.36 0.00 0.40 0.00 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.05 0.19 1.12 0.87 1.68 1.31
N6 0.02 0.02 0.17 0.14 0.02 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.03 0.06 0.40 0.33 1.06 0.50
N7 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.06 0.33 0.92 0.20 0.44
N9 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.08 0.39 0.28 0.10
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.14 0.01 0.13 0.04 0.17 0.08 0.21 0.19 0.16 0.09 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.08 0.23 0.09
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.00 0.03 0.07 0.20 0.22 0.08
O4' 0.00 0.19 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.10 0.14 0.19 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.24 0.06 0.07
O5' 0.03 1.23 0.05 0.06 0.52 0.01 0.28 0.01 0.55 0.50 0.96 1.12 0.40 0.33 0.08 0.08 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 1.04 0.08 0.16 0.23 0.09 0.33 0.10 0.25 1.01 0.69 0.87 0.33 0.92 0.39 0.08 0.20 0.24 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.11 2.05 0.15 0.16 0.96 0.18 0.76 0.26 1.21 0.28 1.80 1.68 1.06 0.20 0.28 0.23 0.22 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.06 1.55 0.06 0.07 0.59 0.02 0.32 0.02 0.68 0.63 1.24 1.31 0.50 0.44 0.10 0.09 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 1.54 0.28 0.05 0.81 0.34 0.52 0.26 0.79 0.20 1.26 1.40 0.60 0.12 0.36 0.24 0.15 0.47 0.13 0.61 0.19 0.42
C2 0.40 2.03 0.29 0.11 1.00 0.24 0.76 0.19 1.19 0.15 1.80 1.67 1.02 0.14 0.42 0.07 0.24 0.38 0.17 0.54 0.17 0.41
C2' 0.28 0.80 0.54 0.70 0.11 0.32 0.32 0.38 0.12 0.99 0.50 0.66 0.24 0.87 0.44 0.50 0.76 0.23 0.55 0.07 0.41 0.20
C3' 0.25 0.66 0.50 0.67 0.13 0.23 0.39 0.33 0.18 0.99 0.38 0.56 0.36 0.91 0.45 0.29 0.62 0.21 0.61 0.06 0.42 0.27
C4 0.42 1.98 0.29 0.10 1.03 0.22 0.80 0.17 1.18 0.13 1.73 1.68 1.02 0.21 0.47 0.06 0.30 0.39 0.16 0.54 0.16 0.40
C4' 0.07 0.97 0.22 0.48 0.29 0.14 0.10 0.27 0.30 0.62 0.72 0.82 0.16 0.51 0.16 0.10 0.49 0.08 0.54 0.09 0.42 0.25
C5 0.44 2.19 0.31 0.15 1.18 0.21 1.03 0.20 1.46 0.24 2.00 1.80 1.34 0.45 0.58 0.10 0.42 0.38 0.22 0.51 0.21 0.41
C5' 0.64 0.54 0.80 1.21 0.20 0.91 0.40 1.09 0.11 1.05 0.35 0.33 0.23 0.88 0.64 0.58 1.24 0.75 1.36 0.70 1.25 1.06
C6 0.43 2.26 0.31 0.17 1.19 0.23 1.07 0.23 1.54 0.26 2.12 1.80 1.45 0.48 0.58 0.11 0.42 0.38 0.24 0.51 0.23 0.42
C8 0.48 2.00 0.31 0.15 1.18 0.19 1.00 0.17 1.33 0.29 1.78 1.77 1.20 0.49 0.63 0.11 0.47 0.41 0.20 0.52 0.18 0.41
N1 0.41 2.17 0.31 0.15 1.10 0.23 0.93 0.21 1.39 0.17 2.00 1.75 1.27 0.31 0.51 0.07 0.33 0.38 0.21 0.52 0.21 0.42
N3 0.40 1.91 0.29 0.09 0.94 0.26 0.67 0.20 1.05 0.18 1.64 1.61 0.87 0.09 0.39 0.10 0.20 0.39 0.14 0.56 0.15 0.40
N6 0.43 2.35 0.32 0.21 1.26 0.27 1.23 0.29 1.75 0.38 2.31 1.82 1.72 0.66 0.65 0.17 0.50 0.39 0.28 0.49 0.29 0.44
N7 0.47 2.27 0.32 0.20 1.29 0.23 1.18 0.23 1.59 0.39 2.09 1.88 1.49 0.65 0.69 0.17 0.53 0.40 0.25 0.51 0.23 0.43
N9 0.45 1.83 0.29 0.08 0.99 0.23 0.75 0.17 1.08 0.12 1.57 1.61 0.92 0.21 0.47 0.09 0.30 0.41 0.15 0.55 0.15 0.40
O2' 0.21 0.77 0.48 0.53 0.18 0.16 0.43 0.18 0.23 1.07 0.43 0.67 0.42 1.00 0.45 0.43 0.57 0.17 0.30 0.29 0.17 0.17
O3' 0.37 0.93 0.17 0.12 0.38 0.53 0.21 0.46 0.24 0.61 0.61 0.90 0.26 0.62 0.19 0.34 0.11 0.51 0.17 0.73 0.37 0.48
O4' 0.36 1.48 0.24 0.06 0.77 0.22 0.52 0.12 0.81 0.18 1.25 1.31 0.65 0.10 0.32 0.26 0.19 0.33 0.12 0.44 0.09 0.20
O5' 1.24 0.10 1.44 1.91 0.70 1.60 0.87 1.77 0.53 1.55 0.09 0.17 0.63 1.35 1.19 1.21 2.02 1.38 1.96 1.27 1.85 1.62
OP1 1.74 0.52 1.78 2.41 1.20 2.28 1.27 2.54 0.97 1.83 0.61 0.79 1.00 1.64 1.61 1.46 2.65 1.97 2.63 1.77 2.65 2.30
OP2 1.85 0.38 2.02 2.79 1.21 2.60 1.30 3.01 0.93 1.99 0.49 0.70 0.98 1.75 1.70 1.54 2.82 2.23 3.23 2.45 3.12 2.90
P 1.82 0.42 1.94 2.62 1.20 2.41 1.29 2.66 0.94 1.94 0.53 0.72 0.99 1.71 1.67 1.58 2.80 2.09 2.80 2.03 2.75 2.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.08 0.17 0.14
C2 0.04 0.00 0.35 0.17 0.00 0.36 0.00 0.57 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.18 0.49 0.54 1.16 1.23 0.81
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.20 0.04 0.11 0.03 0.18 0.14 0.29 0.34 0.14 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.13 0.15 0.24 0.10
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.27 0.26 0.23 0.14 0.31 0.30 0.18 0.02 0.01 0.02 0.13 0.11 0.24 0.08
C4 0.02 0.00 0.20 0.20 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.16 0.26 0.13 0.65 0.53 0.26
C4' 0.03 0.36 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.09 0.29 0.25 0.35 0.03 0.22 0.06 0.23 0.02 0.00 0.01 0.27 0.24 0.08
C5 0.01 0.00 0.11 0.27 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.23 0.13 0.13 0.63 0.26 0.10
C5' 0.01 0.57 0.03 0.02 0.17 0.00 0.05 0.00 0.12 0.48 0.39 0.52 0.04 0.39 0.11 0.21 0.07 0.02 0.01 0.25 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.27 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.26 0.23 0.11 0.91 0.54 0.33
C8 0.02 0.00 0.14 0.26 0.00 0.29 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.41 0.16 0.24 0.60 0.05 0.49 0.55
N1 0.03 0.01 0.29 0.23 0.01 0.25 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.24 0.38 0.36 1.14 0.99 0.66
N3 0.04 0.01 0.34 0.14 0.00 0.35 0.00 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.38 0.13 0.48 0.48 0.94 1.07 0.67
N6 0.02 0.01 0.14 0.31 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.30 0.16 0.11 0.88 0.36 0.23
N7 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.22 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.33 0.23 0.12 0.50 0.25 0.36 0.38
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.02 0.18 0.22 0.11 0.15
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.10 0.23 0.08 0.21 0.05 0.41 0.23 0.38 0.07 0.33 0.12 0.00 0.03 0.16 0.09 0.39 0.06 0.27
O3' 0.09 0.18 0.03 0.01 0.16 0.02 0.23 0.07 0.26 0.16 0.24 0.13 0.30 0.23 0.10 0.03 0.00 0.03 0.10 0.26 0.21 0.06
O4' 0.01 0.49 0.02 0.02 0.26 0.00 0.13 0.02 0.23 0.24 0.38 0.48 0.16 0.12 0.02 0.16 0.03 0.00 0.10 0.11 0.18 0.15
O5' 0.06 0.54 0.13 0.13 0.13 0.01 0.13 0.01 0.11 0.60 0.36 0.48 0.11 0.50 0.18 0.09 0.10 0.10 0.00 0.05 0.03 0.01
OP1 0.08 1.16 0.15 0.11 0.65 0.27 0.63 0.25 0.91 0.05 1.14 0.94 0.88 0.25 0.22 0.39 0.26 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 1.23 0.24 0.24 0.53 0.24 0.26 0.27 0.54 0.49 0.99 1.07 0.36 0.36 0.11 0.06 0.21 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.81 0.10 0.08 0.26 0.08 0.10 0.01 0.33 0.55 0.66 0.67 0.23 0.38 0.15 0.27 0.06 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00