ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52451

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.032, 0.208, 0.384, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.208 std_dev=0.176
O4' A 0, -0.002, 0.181, 0.365, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.181 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.136, 0.396, 0.657, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.396 std_dev=0.261
C3' A 0, 0.196, 0.482, 0.768, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.482 std_dev=0.286
O2' A 0, 0.137, 0.423, 0.709, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.423 std_dev=0.286
O2' B 0, 0.217, 0.511, 0.804, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.511 std_dev=0.294
P A 0, 0.298, 0.632, 0.967, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.632 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.334, 0.672, 1.009, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.672 std_dev=0.337
O5' A 0, 0.158, 0.498, 0.839, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.498 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.190, 0.562, 0.934, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.562 std_dev=0.372
O3' A 0, 0.389, 0.812, 1.234, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.812 std_dev=0.422
C5' A 0, 0.188, 0.614, 1.039, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.614 std_dev=0.425
O3' B 0, 0.248, 0.680, 1.111, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.680 std_dev=0.432
OP2 A 0, 0.277, 0.739, 1.202, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.739 std_dev=0.462
OP1 A 0, 0.255, 0.864, 1.473, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.864 std_dev=0.609
C4' B 0, 0.324, 0.977, 1.630, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.977 std_dev=0.653
O4' B 0, 0.487, 1.147, 1.807, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.147 std_dev=0.660
C1' B 0, 0.226, 0.902, 1.579, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.902 std_dev=0.676
C5' B 0, 0.815, 1.675, 2.536, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.675 std_dev=0.861
N9 B 0, 0.347, 1.606, 2.865, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.606 std_dev=1.259
C8 B 0, 0.730, 2.160, 3.591, 4.505 max_d=4.505 avg_d=2.160 std_dev=1.431
O5' B 0, 0.620, 2.197, 3.774, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.197 std_dev=1.577
P B 0, 0.660, 2.614, 4.568, 5.239 max_d=5.239 avg_d=2.614 std_dev=1.954
C4 B 0, 0.265, 2.226, 4.187, 6.098 max_d=6.098 avg_d=2.226 std_dev=1.961
OP2 B 0, 0.886, 2.872, 4.858, 5.325 max_d=5.325 avg_d=2.872 std_dev=1.986
N7 B 0, 0.846, 2.856, 4.866, 6.322 max_d=6.322 avg_d=2.856 std_dev=2.010
OP1 B 0, 1.131, 3.210, 5.289, 5.782 max_d=5.782 avg_d=3.210 std_dev=2.079
C5 B 0, 0.574, 2.906, 5.237, 7.292 max_d=7.292 avg_d=2.906 std_dev=2.331
N3 B 0, 0.146, 2.480, 4.814, 7.194 max_d=7.194 avg_d=2.480 std_dev=2.334
C2 B 0, 0.313, 3.365, 6.418, 9.427 max_d=9.427 avg_d=3.365 std_dev=3.052
C6 B 0, 0.634, 3.710, 6.786, 9.554 max_d=9.554 avg_d=3.710 std_dev=3.076
N1 B 0, 0.490, 3.903, 7.317, 10.549 max_d=10.549 avg_d=3.903 std_dev=3.413
N6 B 0, 0.909, 4.426, 7.943, 10.943 max_d=10.943 avg_d=4.426 std_dev=3.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.27 0.13 0.23
C2 0.03 0.00 0.18 0.16 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.03 0.17 0.08 0.32 0.08
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.08 0.14 0.18 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.15 0.19 0.07
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.08 0.21 0.11 0.15 0.10 0.18 0.08 0.02 0.01 0.02 0.15 0.22 0.26 0.13
C4 0.01 0.01 0.09 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.03 0.20 0.07 0.28 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.20 0.04 0.07 0.12 0.19 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.20 0.05 0.13
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.05 0.31 0.14 0.41 0.18
C5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.22 0.33 0.14 0.04 0.28 0.35 0.16 0.07 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.32 0.18 0.47 0.22
C8 0.03 0.01 0.08 0.21 0.01 0.20 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.20 0.06 0.34 0.11 0.29 0.14
N1 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.03 0.25 0.12 0.42 0.15
N3 0.03 0.00 0.18 0.15 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.21 0.03 0.12 0.12 0.25 0.09
N6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.05 0.38 0.29 0.56 0.32
N7 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.19 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.18 0.06 0.40 0.21 0.43 0.25
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.18 0.11 0.20 0.11
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.13 0.06 0.09 0.07 0.14 0.04 0.20 0.23 0.12 0.03 0.04 0.00 0.06 0.04 0.07 0.26 0.12 0.14
O3' 0.02 0.23 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.10 0.20 0.17 0.21 0.10 0.18 0.07 0.06 0.00 0.02 0.17 0.36 0.34 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.13 0.42 0.27 0.38
O5' 0.04 0.17 0.10 0.15 0.20 0.02 0.31 0.01 0.32 0.34 0.25 0.12 0.38 0.40 0.18 0.07 0.17 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.08 0.15 0.22 0.07 0.20 0.14 0.09 0.18 0.11 0.12 0.12 0.29 0.21 0.11 0.26 0.36 0.42 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.32 0.19 0.26 0.28 0.05 0.41 0.01 0.47 0.29 0.42 0.25 0.56 0.43 0.20 0.12 0.34 0.27 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.08 0.07 0.13 0.09 0.13 0.18 0.01 0.22 0.14 0.15 0.09 0.32 0.25 0.11 0.14 0.22 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 1.32 0.29 0.37 0.82 0.38 0.86 0.41 1.08 0.58 1.29 1.09 1.09 0.71 0.52 0.21 0.61 0.26 0.22 0.40 0.37 0.28
C2 0.51 2.49 0.25 0.21 1.52 0.14 1.66 0.39 2.18 0.98 2.57 1.98 2.27 1.31 0.92 0.21 0.41 0.39 0.70 1.00 0.68 0.80
C2' 0.31 1.27 0.29 0.23 0.82 0.26 0.89 0.30 1.12 0.59 1.29 1.03 1.16 0.75 0.54 0.18 0.42 0.19 0.21 0.40 0.28 0.25
C3' 0.37 1.01 0.35 0.13 0.73 0.15 0.80 0.26 0.96 0.56 1.06 0.84 1.00 0.68 0.53 0.33 0.23 0.19 0.23 0.49 0.20 0.25
C4 0.46 2.10 0.27 0.23 1.34 0.15 1.40 0.31 1.77 0.82 2.10 1.73 1.78 1.09 0.82 0.17 0.43 0.33 0.55 0.77 0.49 0.60
C4' 0.37 0.85 0.31 0.12 0.63 0.21 0.65 0.40 0.77 0.48 0.86 0.73 0.78 0.56 0.48 0.39 0.31 0.12 0.10 0.51 0.25 0.21
C5 0.56 2.33 0.26 0.17 1.57 0.16 1.65 0.46 2.05 0.97 2.35 1.95 2.04 1.29 0.99 0.10 0.28 0.41 0.82 1.06 0.67 0.87
C5' 0.58 0.80 0.54 0.20 0.66 0.20 0.62 0.37 0.69 0.47 0.77 0.76 0.66 0.51 0.56 0.72 0.12 0.33 0.16 0.63 0.19 0.25
C6 0.62 2.68 0.24 0.19 1.75 0.24 1.92 0.61 2.44 1.12 2.77 2.17 2.51 1.52 1.09 0.12 0.23 0.49 1.01 1.33 0.89 1.10
C8 0.43 1.60 0.30 0.20 1.13 0.13 1.12 0.28 1.35 0.67 1.56 1.41 1.31 0.85 0.73 0.07 0.35 0.29 0.50 0.64 0.36 0.50
N1 0.59 2.70 0.24 0.18 1.69 0.19 1.87 0.54 2.44 1.08 2.83 2.15 2.56 1.48 1.04 0.16 0.31 0.46 0.92 1.26 0.86 1.03
N3 0.44 2.20 0.27 0.25 1.34 0.19 1.43 0.30 1.86 0.86 2.22 1.76 1.91 1.13 0.80 0.22 0.48 0.33 0.52 0.76 0.50 0.59
N6 0.69 2.86 0.25 0.25 1.89 0.39 2.14 0.81 2.70 1.27 3.00 2.31 2.84 1.74 1.21 0.10 0.14 0.59 1.25 1.64 1.12 1.37
N7 0.57 2.06 0.29 0.17 1.48 0.20 1.51 0.47 1.80 0.92 2.04 1.78 1.76 1.18 0.98 0.07 0.21 0.41 0.83 1.01 0.59 0.83
N9 0.38 1.66 0.29 0.28 1.08 0.23 1.10 0.28 1.37 0.66 1.62 1.41 1.35 0.85 0.67 0.16 0.50 0.27 0.36 0.54 0.35 0.40
O2' 0.30 1.18 0.30 0.31 0.74 0.38 0.82 0.43 1.04 0.59 1.20 0.94 1.10 0.73 0.50 0.24 0.49 0.24 0.19 0.42 0.33 0.25
O3' 0.40 0.91 0.38 0.15 0.68 0.15 0.75 0.29 0.89 0.54 0.97 0.75 0.94 0.66 0.52 0.39 0.14 0.21 0.22 0.58 0.21 0.26
O4' 0.27 0.97 0.24 0.39 0.64 0.42 0.66 0.52 0.81 0.50 0.94 0.82 0.81 0.58 0.44 0.20 0.65 0.19 0.27 0.49 0.45 0.34
O5' 0.46 0.67 0.51 0.20 0.57 0.08 0.60 0.25 0.67 0.46 0.70 0.62 0.69 0.54 0.48 0.60 0.01 0.26 0.21 0.49 0.20 0.21
OP1 0.28 0.38 0.10 0.19 0.22 0.45 0.25 0.81 0.24 0.38 0.27 0.39 0.30 0.40 0.22 0.19 0.02 0.41 0.54 1.02 0.68 0.67
OP2 0.07 0.60 0.18 0.07 0.51 0.32 0.68 0.49 0.77 0.56 0.72 0.47 0.87 0.71 0.38 0.20 0.02 0.19 0.44 0.41 0.43 0.44
P 0.16 0.24 0.19 0.01 0.19 0.19 0.30 0.40 0.34 0.27 0.30 0.20 0.41 0.36 0.13 0.25 0.01 0.16 0.20 0.50 0.32 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.01 0.34 0.14 0.53 0.34
C2 0.03 0.00 0.40 0.26 0.01 0.18 0.02 0.27 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.19 0.33 0.44 0.34 0.49 0.31
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.21 0.02 0.10 0.17 0.19 0.20 0.31 0.40 0.13 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.36 0.25 0.09
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.21 0.00 0.25 0.01 0.27 0.19 0.27 0.22 0.29 0.24 0.16 0.01 0.01 0.02 0.27 0.34 0.15 0.15
C4 0.02 0.01 0.21 0.21 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.18 0.56 0.24 0.77 0.50
C4' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.18 0.13 0.17 0.04 0.13 0.05 0.25 0.03 0.00 0.02 0.17 0.32 0.08
C5 0.02 0.02 0.10 0.25 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.07 0.08 0.74 0.28 1.13 0.73
C5' 0.06 0.27 0.17 0.01 0.15 0.01 0.10 0.00 0.14 0.16 0.22 0.25 0.12 0.13 0.06 0.10 0.17 0.02 0.00 0.26 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.27 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.16 0.71 0.29 1.06 0.68
C8 0.01 0.02 0.20 0.19 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.07 0.19 0.91 0.38 1.38 0.95
N1 0.03 0.00 0.31 0.27 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.15 0.27 0.57 0.31 0.75 0.48
N3 0.03 0.00 0.40 0.22 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.21 0.33 0.40 0.31 0.44 0.27
N6 0.02 0.01 0.13 0.29 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.10 0.11 0.80 0.32 1.28 0.82
N7 0.01 0.02 0.11 0.24 0.01 0.13 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.08 0.10 0.93 0.39 1.50 1.00
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.10 0.01 0.62 0.22 0.87 0.59
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.10 0.25 0.16 0.10 0.12 0.42 0.21 0.37 0.17 0.37 0.15 0.00 0.02 0.17 0.12 0.18 0.34 0.14
O3' 0.25 0.19 0.02 0.01 0.12 0.03 0.07 0.17 0.10 0.07 0.15 0.21 0.10 0.08 0.10 0.02 0.00 0.19 0.20 0.39 0.09 0.13
O4' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.18 0.00 0.08 0.02 0.16 0.19 0.27 0.33 0.11 0.10 0.01 0.17 0.19 0.00 0.37 0.11 0.51 0.39
O5' 0.34 0.44 0.23 0.27 0.56 0.02 0.74 0.00 0.71 0.91 0.57 0.40 0.80 0.93 0.62 0.12 0.20 0.37 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.34 0.36 0.34 0.24 0.17 0.28 0.26 0.29 0.38 0.31 0.31 0.32 0.39 0.22 0.18 0.39 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.53 0.49 0.25 0.15 0.77 0.32 1.13 0.33 1.06 1.38 0.75 0.44 1.28 1.50 0.87 0.34 0.09 0.51 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.31 0.09 0.15 0.50 0.08 0.73 0.01 0.68 0.95 0.48 0.27 0.82 1.00 0.59 0.14 0.13 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00