ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52452

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.014, 0.033, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.016, 0.037, 0.059, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.020, 0.042, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.041 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.020, 0.049, 0.078, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.040, 0.087, 0.135, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.087 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.079, 0.191, 0.303, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.191 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.096, 0.218, 0.340, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.218 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.101, 0.284, 0.468, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.284 std_dev=0.183
C5' A 0, 0.153, 0.340, 0.528, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.340 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.050, 0.267, 0.485, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.267 std_dev=0.218
P A 0, 0.141, 0.369, 0.598, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.369 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.139, 0.392, 0.644, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.392 std_dev=0.252
O3' B 0, 0.137, 0.396, 0.654, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.396 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.221, 0.498, 0.775, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.498 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.133, 0.456, 0.780, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.456 std_dev=0.324
OP2 A 0, 0.132, 0.478, 0.824, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.478 std_dev=0.346
C2' B 0, 0.044, 0.399, 0.754, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.399 std_dev=0.355
OP1 A 0, 0.190, 0.547, 0.903, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.547 std_dev=0.357
O5' A 0, 0.002, 0.398, 0.793, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.398 std_dev=0.396
C4' B 0, 0.116, 0.664, 1.212, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.664 std_dev=0.548
C1' B 0, 0.009, 0.569, 1.129, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.569 std_dev=0.560
O4' B 0, 0.007, 0.731, 1.455, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.731 std_dev=0.724
O5' B 0, 0.323, 1.217, 2.112, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.217 std_dev=0.895
C5' B 0, 0.118, 1.074, 2.029, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.074 std_dev=0.955
N9 B 0, -0.276, 0.837, 1.949, 3.264 max_d=3.264 avg_d=0.837 std_dev=1.113
C4 B 0, -0.396, 1.081, 2.558, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.081 std_dev=1.477
N3 B 0, -0.336, 1.188, 2.713, 4.497 max_d=4.497 avg_d=1.188 std_dev=1.524
C8 B 0, -0.460, 1.066, 2.592, 4.379 max_d=4.379 avg_d=1.066 std_dev=1.526
P B 0, 0.160, 1.755, 3.350, 4.391 max_d=4.391 avg_d=1.755 std_dev=1.595
C5 B 0, -0.601, 1.363, 3.328, 5.667 max_d=5.667 avg_d=1.363 std_dev=1.964
OP1 B 0, 0.157, 2.130, 4.104, 4.243 max_d=4.243 avg_d=2.130 std_dev=1.973
N7 B 0, -0.613, 1.364, 3.341, 5.686 max_d=5.686 avg_d=1.364 std_dev=1.977
C2 B 0, -0.505, 1.554, 3.613, 6.012 max_d=6.012 avg_d=1.554 std_dev=2.059
C6 B 0, -0.748, 1.702, 4.152, 7.055 max_d=7.055 avg_d=1.702 std_dev=2.450
N1 B 0, -0.696, 1.778, 4.253, 7.158 max_d=7.158 avg_d=1.778 std_dev=2.475
OP2 B 0, -0.342, 2.190, 4.723, 6.372 max_d=6.372 avg_d=2.190 std_dev=2.532
N6 B 0, -0.940, 2.013, 4.967, 8.472 max_d=8.472 avg_d=2.013 std_dev=2.954

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.10 0.17 0.07
C2 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.07 0.05 0.14 0.18 0.40 0.21
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.14 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.14 0.10 0.05 0.15 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.19 0.05 0.13 0.08
C4 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.16 0.17 0.36 0.19
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.05 0.04 0.10 0.11 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01
C5 0.01 0.03 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.03 0.20 0.25 0.44 0.26
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.13 0.00 0.13 0.15 0.11 0.06 0.17 0.17 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.11 0.02 0.03
C6 0.02 0.02 0.04 0.13 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.04 0.20 0.28 0.48 0.29
C8 0.01 0.03 0.06 0.14 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.16 0.03 0.21 0.21 0.35 0.22
N1 0.03 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.11 0.04 0.17 0.24 0.45 0.26
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.05 0.05 0.13 0.14 0.34 0.17
N6 0.02 0.03 0.05 0.15 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.20 0.04 0.23 0.34 0.52 0.33
N7 0.01 0.03 0.06 0.16 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.19 0.03 0.22 0.29 0.46 0.29
N9 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.16 0.14 0.29 0.15
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.07 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.09 0.13 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.03 0.15 0.05 0.16 0.16 0.11 0.05 0.20 0.19 0.09 0.03 0.00 0.02 0.31 0.10 0.19 0.15
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.19 0.13 0.11 0.07
O5' 0.12 0.14 0.08 0.19 0.16 0.01 0.20 0.00 0.20 0.21 0.17 0.13 0.23 0.22 0.16 0.07 0.31 0.19 0.00 0.01 0.07 0.01
OP1 0.10 0.18 0.05 0.05 0.17 0.10 0.25 0.11 0.28 0.21 0.24 0.14 0.34 0.29 0.14 0.09 0.10 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00
OP2 0.17 0.40 0.14 0.13 0.36 0.06 0.44 0.02 0.48 0.35 0.45 0.34 0.52 0.46 0.29 0.13 0.19 0.11 0.07 0.05 0.00 0.01
P 0.07 0.21 0.05 0.08 0.19 0.01 0.26 0.03 0.29 0.22 0.26 0.17 0.33 0.29 0.15 0.05 0.15 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 1.65 0.40 0.34 1.22 0.23 1.36 0.39 1.64 0.87 1.77 1.35 1.70 1.15 0.85 0.30 0.27 0.35 0.30 0.42 0.70 0.37
C2 0.58 1.66 0.24 0.30 1.41 0.38 1.92 0.67 2.32 1.42 2.21 1.21 2.67 1.86 1.10 0.38 0.20 0.62 0.61 0.96 1.67 1.06
C2' 0.45 1.62 0.38 0.32 1.15 0.22 1.31 0.39 1.61 0.80 1.76 1.29 1.71 1.08 0.79 0.30 0.27 0.31 0.31 0.48 0.55 0.29
C3' 0.37 1.35 0.36 0.28 0.94 0.22 1.02 0.34 1.27 0.57 1.43 1.10 1.32 0.79 0.62 0.29 0.26 0.24 0.32 0.56 0.29 0.24
C4 0.56 1.54 0.28 0.32 1.32 0.36 1.65 0.62 1.91 1.22 1.86 1.21 2.07 1.55 1.02 0.35 0.19 0.56 0.52 0.73 1.34 0.82
C4' 0.30 1.29 0.34 0.24 0.85 0.23 0.87 0.34 1.12 0.41 1.31 1.07 1.12 0.62 0.51 0.26 0.28 0.14 0.32 0.65 0.23 0.27
C5 0.53 1.10 0.18 0.30 1.15 0.46 1.54 0.77 1.69 1.26 1.47 0.87 1.88 1.57 0.97 0.36 0.18 0.65 0.66 0.94 1.56 1.01
C5' 0.19 0.95 0.27 0.16 0.57 0.28 0.53 0.40 0.72 0.18 0.91 0.80 0.69 0.30 0.30 0.24 0.24 0.16 0.41 0.83 0.43 0.47
C6 0.53 0.99 0.13 0.29 1.13 0.51 1.66 0.85 1.86 1.41 1.50 0.75 2.19 1.78 0.99 0.39 0.19 0.71 0.77 1.19 1.87 1.24
C8 0.46 0.99 0.24 0.31 0.94 0.38 1.10 0.63 1.20 0.88 1.14 0.85 1.27 1.06 0.77 0.30 0.18 0.51 0.49 0.56 0.98 0.62
N1 0.56 1.30 0.17 0.29 1.28 0.47 1.85 0.80 2.19 1.47 1.90 0.95 2.60 1.91 1.07 0.39 0.18 0.69 0.74 1.17 1.88 1.23
N3 0.58 1.80 0.30 0.31 1.44 0.32 1.83 0.57 2.21 1.30 2.21 1.36 2.44 1.70 1.08 0.36 0.21 0.55 0.49 0.75 1.41 0.85
N6 0.49 0.56 0.09 0.29 0.88 0.59 1.46 0.98 1.55 1.40 1.04 0.42 1.96 1.76 0.89 0.40 0.22 0.77 0.91 1.44 2.10 1.44
N7 0.46 0.73 0.14 0.28 0.87 0.48 1.15 0.79 1.18 1.05 0.98 0.62 1.30 1.23 0.80 0.34 0.19 0.63 0.65 0.84 1.37 0.90
N9 0.53 1.46 0.34 0.34 1.21 0.32 1.41 0.53 1.62 1.01 1.64 1.21 1.71 1.27 0.91 0.31 0.20 0.48 0.42 0.53 1.00 0.59
O2' 0.44 1.80 0.39 0.30 1.22 0.19 1.38 0.33 1.74 0.80 1.94 1.41 1.85 1.12 0.80 0.31 0.28 0.24 0.26 0.52 0.50 0.23
O3' 0.33 1.36 0.35 0.26 0.89 0.24 0.96 0.35 1.24 0.48 1.43 1.09 1.29 0.71 0.56 0.28 0.27 0.21 0.35 0.70 0.34 0.36
O4' 0.40 1.42 0.40 0.32 1.01 0.21 1.06 0.32 1.30 0.61 1.45 1.20 1.31 0.83 0.67 0.28 0.31 0.22 0.25 0.43 0.41 0.20
O5' 0.45 0.94 0.53 0.26 0.69 0.12 0.62 0.18 0.74 0.35 0.88 0.86 0.68 0.43 0.49 0.55 0.11 0.25 0.18 0.65 0.31 0.24
OP1 0.20 0.28 0.16 0.19 0.23 0.34 0.36 0.59 0.32 0.55 0.26 0.24 0.41 0.55 0.31 0.22 0.14 0.32 0.61 1.20 1.14 0.93
OP2 0.22 0.45 0.26 0.21 0.38 0.32 0.42 0.50 0.47 0.31 0.48 0.40 0.50 0.39 0.30 0.21 0.16 0.25 0.43 0.39 0.41 0.34
P 0.03 0.37 0.12 0.02 0.21 0.18 0.22 0.30 0.28 0.22 0.34 0.32 0.29 0.24 0.12 0.13 0.00 0.10 0.38 0.69 0.61 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.26 0.87 0.46
C2 0.04 0.00 0.15 0.14 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.19 0.02 0.40 0.54 1.38 0.73
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.15 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.18 0.31 0.53 0.28
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.16 0.10 0.14 0.05 0.14 0.06 0.01 0.00 0.02 0.15 0.41 0.26 0.18
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.45 0.55 1.45 0.78
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.12 0.04 0.08 0.05 0.11 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.19 0.26 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.59 0.72 1.79 0.98
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.18 0.07 0.09 0.14 0.19 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.32 0.23 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.07 0.03 0.60 0.77 1.83 1.01
C8 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.17 0.06 0.62 0.67 1.76 0.97
N1 0.03 0.00 0.12 0.10 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.16 0.13 0.02 0.51 0.67 1.63 0.88
N3 0.04 0.01 0.15 0.14 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.18 0.03 0.34 0.45 1.23 0.65
N6 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.07 0.06 0.68 0.89 2.04 1.14
N7 0.02 0.02 0.05 0.14 0.00 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.15 0.06 0.68 0.81 1.98 1.10
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.43 0.49 1.36 0.73
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.11 0.06 0.16 0.17 0.09 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.08 0.19 0.27 0.14
O3' 0.02 0.19 0.03 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.07 0.17 0.13 0.18 0.07 0.15 0.05 0.07 0.00 0.02 0.09 0.42 0.28 0.18
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02 0.00 0.17 0.18 0.75 0.41
O5' 0.23 0.40 0.18 0.15 0.45 0.01 0.59 0.01 0.60 0.62 0.51 0.34 0.68 0.68 0.43 0.08 0.09 0.17 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.54 0.31 0.41 0.55 0.19 0.72 0.32 0.77 0.67 0.67 0.45 0.89 0.81 0.49 0.19 0.42 0.18 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.87 1.38 0.53 0.26 1.45 0.26 1.79 0.23 1.83 1.76 1.63 1.23 2.04 1.98 1.36 0.27 0.28 0.75 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.73 0.28 0.18 0.78 0.10 0.98 0.03 1.01 0.97 0.88 0.65 1.14 1.10 0.73 0.14 0.18 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00