ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52453

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.012, 0.061, 0.110, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.061 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.010, 0.061, 0.112, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.061 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.011, 0.074, 0.138, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.074 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.018, 0.099, 0.180, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.099 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.021, 0.104, 0.188, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.104 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.027, 0.140, 0.254, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.140 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.038, 0.177, 0.316, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.177 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.128, 0.281, 0.434, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.281 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.158, 0.323, 0.487, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.323 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.092, 0.257, 0.422, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.257 std_dev=0.165
C5 B 0, 0.080, 0.247, 0.414, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.247 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.096, 0.263, 0.430, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.263 std_dev=0.167
O5' A 0, 0.080, 0.248, 0.416, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.248 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.156, 0.325, 0.493, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.325 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.110, 0.287, 0.463, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.287 std_dev=0.176
N7 B 0, 0.117, 0.300, 0.483, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.300 std_dev=0.183
N6 B 0, 0.094, 0.280, 0.465, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.280 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.129, 0.315, 0.501, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.315 std_dev=0.186
C8 B 0, 0.156, 0.353, 0.550, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.353 std_dev=0.197
P A 0, 0.136, 0.337, 0.537, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.337 std_dev=0.201
OP2 B 0, 0.116, 0.326, 0.537, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.326 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.148, 0.368, 0.589, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.368 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.124, 0.352, 0.580, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.352 std_dev=0.228
OP1 A 0, 0.170, 0.402, 0.634, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.402 std_dev=0.232
P B 0, 0.121, 0.364, 0.608, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.364 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.147, 0.399, 0.651, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.399 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.084, 0.340, 0.596, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.340 std_dev=0.256
O2' B 0, 0.149, 0.405, 0.661, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.405 std_dev=0.256
C5' B 0, 0.098, 0.372, 0.646, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.372 std_dev=0.274
C4' B 0, 0.106, 0.387, 0.668, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.387 std_dev=0.281
O3' B 0, 0.097, 0.395, 0.693, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.395 std_dev=0.298
OP1 B 0, 0.154, 0.465, 0.777, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.465 std_dev=0.312
OP2 A 0, 0.120, 0.435, 0.751, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.435 std_dev=0.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.25 0.14 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.16 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.18 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.23 0.13 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.27 0.16 0.16
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.29 0.17 0.17
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.22 0.14 0.14
N1 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.28 0.15 0.16
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.22 0.13 0.12
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.31 0.20 0.19
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.26 0.19 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.19 0.11 0.11
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.08
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.23 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.08 0.06
O5' 0.03 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.05 0.09 0.09 0.06 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.13 0.25 0.11 0.10 0.23 0.06 0.27 0.03 0.29 0.22 0.28 0.22 0.31 0.26 0.19 0.10 0.11 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.14 0.16 0.18 0.13 0.09 0.16 0.03 0.17 0.14 0.15 0.13 0.20 0.19 0.11 0.16 0.23 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.07 0.08 0.13 0.04 0.16 0.01 0.17 0.14 0.16 0.12 0.19 0.17 0.11 0.08 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.10 0.13 0.15 0.13 0.08 0.15 0.16 0.12 0.07 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10
C2 0.05 0.12 0.02 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06 0.07 0.13 0.09 0.08 0.12 0.15 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09
C2' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.13 0.15 0.13 0.07 0.16 0.16 0.11 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09
C3' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.06 0.12 0.07 0.12 0.15 0.12 0.08 0.15 0.16 0.10 0.03 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08
C4 0.05 0.13 0.04 0.06 0.04 0.06 0.10 0.07 0.08 0.14 0.10 0.08 0.12 0.15 0.08 0.03 0.06 0.06 0.08 0.07 0.10 0.09
C4' 0.11 0.14 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.16 0.14 0.10 0.14 0.15 0.12 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10
C5 0.02 0.17 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.12 0.14 0.13 0.06 0.13 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.09 0.08
C5' 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.17 0.13 0.11 0.14 0.16 0.13 0.10 0.15 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12
C6 0.03 0.18 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.07 0.09 0.16 0.14 0.03 0.10 0.03 0.07 0.06 0.02 0.06 0.07 0.09 0.08
C8 0.05 0.17 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.09 0.13 0.13 0.13 0.09 0.13 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08
N1 0.03 0.15 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.10 0.13 0.11 0.05 0.12 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.08 0.10 0.09
N3 0.07 0.10 0.04 0.06 0.07 0.06 0.12 0.08 0.11 0.15 0.08 0.07 0.15 0.16 0.09 0.03 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10
N6 0.07 0.19 0.07 0.05 0.11 0.04 0.08 0.05 0.13 0.07 0.18 0.16 0.10 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.08 0.09 0.08
N7 0.04 0.19 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06 0.05 0.08 0.11 0.15 0.17 0.07 0.11 0.04 0.07 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08 0.07
N9 0.07 0.13 0.06 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.11 0.15 0.12 0.08 0.13 0.15 0.10 0.04 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09
O2' 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.14 0.15 0.14 0.09 0.17 0.16 0.12 0.06 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09
O3' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.06 0.12 0.06 0.12 0.15 0.13 0.08 0.15 0.16 0.10 0.03 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08
O4' 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.13 0.11 0.13 0.15 0.14 0.09 0.14 0.15 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10
O5' 0.14 0.11 0.15 0.15 0.12 0.13 0.15 0.14 0.13 0.20 0.11 0.09 0.15 0.19 0.16 0.10 0.15 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15
OP1 0.18 0.10 0.20 0.22 0.18 0.17 0.25 0.20 0.22 0.32 0.15 0.08 0.27 0.32 0.23 0.12 0.21 0.17 0.25 0.23 0.28 0.26
OP2 0.23 0.09 0.25 0.29 0.17 0.27 0.21 0.29 0.16 0.34 0.11 0.08 0.19 0.31 0.25 0.16 0.28 0.25 0.32 0.30 0.32 0.32
P 0.17 0.08 0.19 0.21 0.13 0.17 0.18 0.19 0.14 0.26 0.09 0.06 0.18 0.25 0.19 0.12 0.20 0.16 0.22 0.20 0.23 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.07 0.08 0.11 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.11 0.13 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.10 0.12 0.15 0.13
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.10 0.10 0.10
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.09 0.10 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
N6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.14 0.17 0.15
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.12 0.14 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.09 0.06 0.11 0.10 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.04 0.04 0.08 0.03 0.11 0.03 0.12 0.10 0.10 0.07 0.14 0.12 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.04 0.03 0.10 0.01 0.13 0.01 0.15 0.10 0.14 0.09 0.17 0.14 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.03 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.13 0.10 0.12 0.07 0.15 0.12 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00