Doublet Group distance statistics: 52454

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N9	A	0, 0.017, 0.041, 0.066, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N6	A	0, 0.017, 0.042, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N7	A	0, 0.005, 0.034, 0.063, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.029
C8	A	0, 0.009, 0.044, 0.079, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.044 std_dev=0.035
C2'	A	0, -0.009, 0.161, 0.330, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.161 std_dev=0.169
O4'	A	0, -0.043, 0.174, 0.392, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.174 std_dev=0.218
C1'	B	0, 0.138, 0.434, 0.731, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.434 std_dev=0.297
O2'	B	0, 0.143, 0.448, 0.753, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.448 std_dev=0.305
C2'	B	0, 0.035, 0.368, 0.701, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.368 std_dev=0.333
N9	B	0, 0.188, 0.533, 0.877, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.533 std_dev=0.344
C4'	A	0, -0.005, 0.347, 0.699, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.347 std_dev=0.352
OP1	A	0, 0.211, 0.593, 0.974, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.593 std_dev=0.381
C8	B	0, 0.189, 0.584, 0.979, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.584 std_dev=0.395
C3'	B	0, 0.071, 0.480, 0.890, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.480 std_dev=0.410
C4'	B	0, 0.168, 0.583, 0.998, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.583 std_dev=0.415
C4	B	0, 0.185, 0.604, 1.022, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.604 std_dev=0.419
N7	B	0, 0.192, 0.640, 1.087, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.640 std_dev=0.447
C5	B	0, 0.187, 0.640, 1.093, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.640 std_dev=0.453
O4'	B	0, 0.051, 0.507, 0.963, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.507 std_dev=0.456
O2'	A	0, -0.028, 0.450, 0.928, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.450 std_dev=0.478
O3'	B	0, 0.133, 0.639, 1.145, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.639 std_dev=0.506
N3	B	0, 0.163, 0.674, 1.185, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.674 std_dev=0.511
P	A	0, 0.130, 0.646, 1.163, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.646 std_dev=0.517
C6	B	0, 0.164, 0.711, 1.259, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.711 std_dev=0.547
N6	B	0, 0.192, 0.772, 1.351, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.772 std_dev=0.579
C3'	A	0, -0.034, 0.552, 1.138, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.552 std_dev=0.586
C5'	A	0, 0.014, 0.607, 1.201, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.607 std_dev=0.593
C2	B	0, 0.123, 0.745, 1.367, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.745 std_dev=0.622
N1	B	0, 0.124, 0.756, 1.388, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.756 std_dev=0.632
C5'	B	0, 0.358, 1.028, 1.699, 2.036 max_d=2.036 avg_d=1.028 std_dev=0.670
O5'	A	0, 0.078, 0.837, 1.597, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.837 std_dev=0.760
OP2	A	0, 0.126, 0.908, 1.690, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.908 std_dev=0.782
O5'	B	0, 0.583, 1.516, 2.448, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.516 std_dev=0.933
O3'	A	0, -0.193, 0.958, 2.109, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.958 std_dev=1.151
P	B	0, 1.066, 2.509, 3.952, 4.380 max_d=4.380 avg_d=2.509 std_dev=1.443
OP2	B	0, 1.110, 2.862, 4.613, 5.461 max_d=5.461 avg_d=2.862 std_dev=1.751
OP1	B	0, 1.226, 3.053, 4.880, 5.523 max_d=5.523 avg_d=3.053 std_dev=1.827

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.06	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.01	0.02	0.25	0.01	0.18	0.16	0.71	0.27
C2	0.03	0.00	0.13	0.27	0.01	0.12	0.01	0.17	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.42	0.23	0.03	0.39	0.25	0.53	0.19
C2'	0.00	0.13	0.00	0.01	0.07	0.02	0.06	0.17	0.08	0.06	0.10	0.13	0.08	0.06	0.03	0.00	0.03	0.01	0.24	0.20	0.68	0.25
C3'	0.02	0.27	0.01	0.00	0.27	0.01	0.36	0.03	0.37	0.37	0.32	0.23	0.42	0.41	0.24	0.03	0.01	0.02	0.37	0.35	0.25	0.13
C4	0.02	0.01	0.07	0.27	0.00	0.12	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.30	0.12	0.02	0.40	0.25	0.56	0.20
C4'	0.01	0.12	0.02	0.01	0.12	0.00	0.15	0.00	0.17	0.16	0.15	0.10	0.18	0.17	0.10	0.28	0.02	0.00	0.01	0.10	0.53	0.17
C5	0.02	0.01	0.06	0.36	0.00	0.15	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.30	0.17	0.02	0.51	0.30	0.44	0.20
C5'	0.06	0.17	0.17	0.03	0.14	0.00	0.18	0.00	0.20	0.14	0.20	0.15	0.22	0.18	0.08	0.12	0.21	0.01	0.01	0.31	0.45	0.01
C6	0.03	0.01	0.08	0.37	0.01	0.17	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.35	0.20	0.03	0.52	0.31	0.39	0.20
C8	0.01	0.01	0.06	0.37	0.01	0.16	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.13	0.20	0.03	0.52	0.28	0.51	0.20
N1	0.02	0.00	0.10	0.32	0.01	0.15	0.00	0.20	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.41	0.19	0.02	0.47	0.28	0.45	0.19
N3	0.02	0.00	0.13	0.23	0.00	0.10	0.01	0.15	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.38	0.24	0.02	0.33	0.22	0.59	0.21
N6	0.04	0.02	0.08	0.42	0.02	0.18	0.02	0.22	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.34	0.27	0.04	0.58	0.33	0.31	0.23
N7	0.02	0.01	0.06	0.41	0.00	0.17	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.21	0.25	0.03	0.57	0.32	0.38	0.22
N9	0.01	0.01	0.03	0.24	0.00	0.10	0.01	0.08	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.16	0.05	0.01	0.38	0.23	0.62	0.21
O2'	0.02	0.42	0.00	0.03	0.30	0.28	0.30	0.12	0.35	0.13	0.41	0.38	0.34	0.21	0.16	0.00	0.05	0.20	0.27	0.13	0.63	0.12
O3'	0.25	0.23	0.03	0.01	0.12	0.02	0.17	0.21	0.20	0.20	0.19	0.24	0.27	0.25	0.05	0.05	0.00	0.17	0.37	0.48	0.19	0.16
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.04	0.03	0.01	0.20	0.17	0.00	0.03	0.16	0.74	0.34
O5'	0.18	0.39	0.24	0.37	0.40	0.01	0.51	0.01	0.52	0.52	0.47	0.33	0.58	0.57	0.38	0.27	0.37	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.16	0.25	0.20	0.35	0.25	0.10	0.30	0.31	0.31	0.28	0.28	0.22	0.33	0.32	0.23	0.13	0.48	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.71	0.53	0.68	0.25	0.56	0.53	0.44	0.45	0.39	0.51	0.45	0.59	0.31	0.38	0.62	0.63	0.19	0.74	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.27	0.19	0.25	0.13	0.20	0.17	0.20	0.01	0.20	0.20	0.19	0.21	0.23	0.22	0.21	0.12	0.16	0.34	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.15	0.49	0.20	0.26	0.07	0.27	0.15	0.41	0.06	0.39	0.29	0.41	0.15	0.38	0.17	0.34	0.27	0.21	0.60	0.82	1.48	0.91
C2	0.11	0.67	0.18	0.14	0.13	0.25	0.17	0.50	0.13	0.42	0.55	0.45	0.20	0.48	0.15	0.32	0.14	0.19	0.92	1.49	2.24	1.55
C2'	0.12	0.47	0.16	0.18	0.09	0.20	0.13	0.36	0.04	0.35	0.30	0.39	0.12	0.35	0.15	0.30	0.19	0.16	0.55	0.80	1.47	0.88
C3'	0.08	0.30	0.11	0.07	0.09	0.08	0.07	0.18	0.06	0.18	0.20	0.26	0.06	0.18	0.08	0.19	0.12	0.07	0.19	0.31	0.98	0.39
C4	0.12	0.77	0.21	0.14	0.22	0.24	0.07	0.48	0.20	0.38	0.59	0.60	0.06	0.39	0.11	0.33	0.14	0.17	0.83	1.30	2.03	1.37
C4'	0.09	0.35	0.10	0.12	0.10	0.12	0.09	0.24	0.07	0.25	0.23	0.31	0.08	0.23	0.12	0.23	0.15	0.07	0.29	0.42	0.88	0.41
C5	0.15	0.87	0.25	0.05	0.41	0.21	0.24	0.51	0.45	0.28	0.77	0.71	0.26	0.26	0.14	0.32	0.08	0.13	0.90	1.52	2.21	1.55
C5'	0.27	0.48	0.34	0.18	0.27	0.18	0.14	0.24	0.19	0.10	0.35	0.48	0.11	0.10	0.18	0.52	0.23	0.21	0.20	0.39	0.58	0.22
C6	0.13	0.86	0.23	0.03	0.39	0.21	0.26	0.52	0.53	0.25	0.84	0.66	0.36	0.24	0.13	0.31	0.08	0.12	0.97	1.71	2.38	1.71
C8	0.22	0.77	0.31	0.10	0.42	0.21	0.23	0.46	0.35	0.24	0.61	0.71	0.20	0.19	0.20	0.35	0.09	0.17	0.71	1.11	1.71	1.16
N1	0.10	0.76	0.19	0.08	0.24	0.23	0.10	0.52	0.32	0.33	0.72	0.54	0.16	0.37	0.09	0.31	0.10	0.16	0.97	1.66	2.36	1.69
N3	0.12	0.65	0.18	0.18	0.10	0.25	0.20	0.48	0.10	0.45	0.46	0.45	0.23	0.50	0.18	0.32	0.17	0.20	0.85	1.31	2.08	1.39
N6	0.17	0.87	0.26	0.05	0.48	0.18	0.43	0.51	0.69	0.15	0.89	0.69	0.61	0.16	0.21	0.30	0.10	0.08	0.99	1.90	2.43	1.83
N7	0.24	0.86	0.31	0.06	0.54	0.19	0.39	0.50	0.53	0.21	0.76	0.77	0.37	0.17	0.27	0.33	0.09	0.14	0.84	1.46	2.05	1.46
N9	0.14	0.69	0.23	0.17	0.23	0.23	0.05	0.44	0.17	0.35	0.50	0.60	0.04	0.33	0.11	0.34	0.16	0.17	0.70	1.05	1.73	1.13
O2'	0.17	0.25	0.26	0.22	0.14	0.22	0.41	0.35	0.37	0.53	0.10	0.22	0.56	0.62	0.26	0.52	0.30	0.20	0.58	0.89	1.58	0.97
O3'	0.41	0.40	0.36	0.21	0.47	0.19	0.52	0.19	0.50	0.54	0.44	0.41	0.53	0.56	0.49	0.34	0.11	0.30	0.33	0.32	1.05	0.48
O4'	0.09	0.46	0.11	0.25	0.12	0.24	0.12	0.37	0.12	0.32	0.30	0.41	0.14	0.30	0.14	0.27	0.30	0.15	0.47	0.63	1.14	0.67
O5'	0.24	0.61	0.25	0.17	0.44	0.11	0.43	0.20	0.50	0.29	0.59	0.56	0.49	0.35	0.32	0.18	0.02	0.16	0.21	0.30	0.53	0.18
OP1	0.11	0.25	0.02	0.08	0.04	0.24	0.08	0.30	0.08	0.25	0.17	0.22	0.12	0.23	0.10	0.04	0.02	0.21	0.39	0.48	0.19	0.33
OP2	0.02	0.13	0.05	0.02	0.04	0.13	0.11	0.27	0.10	0.19	0.09	0.12	0.16	0.21	0.07	0.05	0.01	0.10	0.26	0.29	0.70	0.37
P	0.03	0.28	0.05	0.02	0.13	0.10	0.12	0.17	0.15	0.16	0.23	0.26	0.16	0.16	0.06	0.06	0.01	0.07	0.22	0.29	0.40	0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.03	0.04	0.01	0.08	0.09	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.19	0.40	0.60	0.29
C2	0.09	0.00	0.19	0.20	0.03	0.13	0.01	0.17	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.24	0.23	0.07	0.32	0.45	1.22	0.60
C2'	0.01	0.19	0.00	0.01	0.08	0.02	0.06	0.03	0.09	0.07	0.15	0.19	0.06	0.05	0.02	0.01	0.01	0.01	0.12	0.48	0.54	0.25
C3'	0.01	0.20	0.01	0.00	0.08	0.01	0.04	0.04	0.07	0.13	0.14	0.19	0.05	0.10	0.03	0.02	0.01	0.01	0.07	0.36	0.45	0.15
C4	0.04	0.03	0.08	0.08	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.09	0.03	0.38	0.48	1.20	0.64
C4'	0.01	0.13	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.06	0.11	0.09	0.13	0.08	0.10	0.03	0.06	0.03	0.00	0.01	0.44	0.16	0.19
C5	0.03	0.01	0.06	0.04	0.01	0.05	0.00	0.18	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.09	0.05	0.02	0.51	0.73	1.50	0.90
C5'	0.03	0.17	0.03	0.04	0.13	0.00	0.18	0.00	0.19	0.21	0.17	0.15	0.24	0.22	0.11	0.06	0.07	0.01	0.00	0.13	0.24	0.02
C6	0.04	0.01	0.09	0.07	0.01	0.06	0.01	0.19	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.08	0.03	0.51	0.78	1.58	0.95
C8	0.01	0.03	0.07	0.13	0.01	0.11	0.01	0.21	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.00	0.01	0.05	0.13	0.04	0.54	0.71	1.34	0.87
N1	0.08	0.00	0.15	0.14	0.03	0.09	0.02	0.17	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.20	0.17	0.06	0.42	0.61	1.44	0.79
N3	0.09	0.01	0.19	0.19	0.01	0.13	0.01	0.15	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.22	0.21	0.07	0.26	0.40	1.06	0.49
N6	0.03	0.02	0.06	0.05	0.01	0.08	0.02	0.24	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.11	0.06	0.04	0.60	0.99	1.76	1.13
N7	0.01	0.02	0.05	0.10	0.01	0.10	0.01	0.22	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.05	0.12	0.04	0.60	0.92	1.62	1.06
N9	0.01	0.05	0.02	0.03	0.02	0.03	0.02	0.11	0.02	0.01	0.05	0.04	0.02	0.01	0.00	0.04	0.03	0.01	0.37	0.43	1.04	0.57
O2'	0.02	0.24	0.01	0.02	0.11	0.06	0.09	0.06	0.13	0.05	0.20	0.22	0.11	0.05	0.04	0.00	0.03	0.04	0.09	0.78	0.28	0.40
O3'	0.01	0.23	0.01	0.01	0.09	0.03	0.05	0.07	0.08	0.13	0.17	0.21	0.06	0.12	0.03	0.03	0.00	0.02	0.07	0.52	0.24	0.18
O4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.04	0.06	0.07	0.04	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.13	0.34	0.35	0.19
O5'	0.19	0.32	0.12	0.07	0.38	0.01	0.51	0.00	0.51	0.54	0.42	0.26	0.60	0.60	0.37	0.09	0.07	0.13	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.40	0.45	0.48	0.36	0.48	0.44	0.73	0.13	0.78	0.71	0.61	0.40	0.99	0.92	0.43	0.78	0.52	0.34	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.60	1.22	0.54	0.45	1.20	0.16	1.50	0.24	1.58	1.34	1.44	1.06	1.76	1.62	1.04	0.28	0.24	0.35	0.02	0.02	0.00	0.02
P	0.29	0.60	0.25	0.15	0.64	0.19	0.90	0.02	0.95	0.87	0.79	0.49	1.13	1.06	0.57	0.40	0.18	0.19	0.01	0.01	0.02	0.00